1. 처분개요

가. OOO 주식회사 및 OOO 주식회사(이하 “청구법인들”이라 한다)는 2015.2.17. OOO 토지상에 지식산업센터 및 근린생활시설용 건축물 연면적 99,807.63㎡를 신축하여 각 1/2지분을 취득한 후, 그 중 지식산업센터용 부분 89,978.17㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)에 대하여는 2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 「지방세특례제한법」(이하 “개정 후 「지방세특례제한법」”이라 한다) 제58조의2(이하 “개정규정”이라 한다)에 따라 50%의 감면율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 각 신고·납부하였다.

나. 청구법인들은 쟁점건축물은 개정 후 「지방세특례제한법」 부칙 제6조의 일반적 경과조치에 따라 2014.1.1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 「지방세특례제한법」제58조의2(이하 “종전규정”이라 한다)의 감면율(75%)을 적용되어야 한다며 2019.3.4. 처분청에 취득세 등 차액 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나 처분청은 2019.4.29. 이를 거부하였다. 

다. 청구법인들은 이에 불복하여 2019.7.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인들 주장 

대법원과 조세심판원은 일관되게 납세자에게 불리하게 세법이 개정된 경우 종전규정 시행당시 과세요건이 성립하지 아니하였더라도 납세자가 종전규정을 신뢰하여 착공행위 등 과세요건 성립을 위한 원인행위를 한 경우는 법개정 후 과세요건이 성립되더라도 일반적 경과조치에 따라 종전규정을 적용하여야 한다고 일관되게 판단하였는바, 청구법인들이 쟁점건축물 취득을 위한 원인행위인 사업승인, 건축허가, 신축공사 착공 등을 한 이후 감면규정이 불리하게 개정(취득세 등의 50% 감면)된 이 건의 경우는 개정 후 취득행위가 완성되어 과세요건이 성립되었더라도 개정 후 「지방세특례제한법」 부칙 제6조에 따라 종전규정의 감면(취득세 등 75% 감면)을 적용함이 타당하다.

일반적 경과조치 규정을 ‘장래 일정한 기간 내에 과세요건을 충족하는 경우에 감면한다는 규정’ 또는 ‘장래 일정한 기간 동안의 비과세를 정한 규정’에 대한 신뢰에만 적용하여야 한다는 처분청 주장은 아무런 근거가 없는 논리적 비약에 불과하고, 그와 같은 처분청 주장에 따르면 일반적 경과조치 규정이 적용되는 경우는 발생하기 어려워 동 조항을 사문화 시키는 결과가 된다.

나. 처분청 의견

대법원이 일반적 경과조치를 납세자 신뢰보호를 위한 특별규정으로 보아 납세자에게 유리한 구법을 적용한 경우는 적어도 ① 구법 시행시 원인행위가 이루어졌고, ② 그 신뢰가 ‘장래 일정한 기간 내에 과세요건을 충족하는 경우에 감면한다는 규정’ 또는 ‘장래 일정한 기간 동안의 비과세를 정한 규정’에 대한 신뢰인 경우이다. 

이 건의 경우 쟁점건축물에 관한 건축허가 및 착공행위가 개정규정 시행전에 이루어졌으므로 구법 시행시 원인행위가 이루어진 것으로 볼 수 있지만, 종전규정은 2013.12.31.까지 지방세를 경감한다고 하여 일몰시한을 두고 있었으므로(2013.12.31.까지 감면하는 것에 대한 신뢰만 존재함) 납세자에게 명시적으로 일정기간 동안 지방세 감면을 입법적으로 보장하였다고 볼 수 없어 그 신뢰를 보호하기 어렵다. 

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

일반적 경과조치 또는 신뢰보호원칙에 따라 종전규정(지식산업센터의 사업시설용 건축물에 대하여 취득세를 75%감면)을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인들이 제출한 증빙서류와 처분청이 제시한 심리자료에서 아래와 같은 사실이 나타난다.

 (가) OOO은 2011.2.10. “OOO지구단위계획 구역지정, 지구단위계획 결정 및 지형도면 고시(OOO 고시 제2011-41호)”를 하였는데, 동 고시에는 해당 구역 15,763.6㎡ 중 12,798.0㎡(쟁점건축물 부지)는 지식산업센터용지로, 나머지는 도로용지, 소공원용지, 공공청사용지 등으로 나타난다.

(나) 청구법인들은 지식산업센터를 신축·분양할 목적으로 2011년 9월경 OOO지분씩을 취득한 후, 공장부분에 대한 취득세는 「OOO 시세감면조례」(2012.1.1. OOO조례 제5277호로 개정되기 전의 것) 제12조에 따라 전액 면제받고 나머지 부분에 대하여 취득세 등 OOO원을 각 신고·납부하였다.

 (다) 2012.1.1. 「지방세특례제한법」이 법률 제11138호로 개정되면서 위 「OOO 시세감면조례」 제12조의 지식산업센터 등에 대한 감면규정을 「지방세특례제한법」제58조의5로 옮기고 그 감면범위를 취득세 등의 면제에서 75% 감면으로 축소하였다.

 (라) 청구법인들은 2012.9.27. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의2 제1항 및 동법 시행규칙 제24조 제1항에 따른 지식산업센터 신설(변경)승인을 받아 2012.10.10. 쟁점건축물 건축공사를 착공하고 그 무렵 분양공고를 하여 2013년경 그 분양을 완료하였다.

 (마) 한편, 2014.1.1. 「지방세특례제한법」이 법률 제12175호로 개정되면서 지식산업센터 등에 대한 감면의 범위를 취득세 등 75% 감면에서 50% 감면으로 축소하였다. 

 (바) 청구법인들은 쟁점건축물 신축공사를 완료한 후, 2015.2.17. 사용승인을 받아 취득세를 신고·납부하고 그 보존등기를 하였다. 

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. 

청구법인들이 지식산업센터를 신축하여 취득함에 있어 그 취득세 납세의무가 성립하기 전의 원인행위인 건축공사에 착공할 당시 시행 중이던 이 건 종전규정의 경우, ‘지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 지식산업센터를 신축하여 취득하는 경우’ 취득세의 75%를 감면한다고 규정하면서 그 적용 기간을 2013.12.31.까지 신축하여 취득하는 경우로 한정하여 규정하고 있었던 점, 실제로 이러한 지식산업센터에 대한 취득세 등의 감면규정은 청구법인이 지식산업센터를 신축할 목적으로 그 부지를 취득할 당시에는 2011.12.31.까지 취득세 등을 전부 면제한다는 내용이었으나, 청구법인이 지식산업센터 건축공사를 착공할 당시에는 2013.12.31.까지 취득세 등을 75% 감면하는 것으로 축소되었다가, 청구법인이 지식산업센터 건축공사를 완료하고 사용승인을 받은 당시에는 2016.12.31.까지 취득세 등을 50% 감면하는 것으로 계속하여 그 감면범위를 축소하는 것으로 개정되어 온 점 등에 비추어 청구법인들이 종전규정에 따라 감면받을 수 있을 것으로 신뢰하였다고 보기 어려우므로 이러한 경우에까지 일반적 경과조치에 따라 종전규정의 감면을 적용하기는 어렵다 할 것이다.

따라서 처분청이 일반적 경과조치 적용대상이 아니라고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

 (1) 지방세특례제한법(2012.1.1. 법률 제11138호로 개정된 것)

제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우

 나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 경감한다.

부 칙

제1조(시행일) 이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제10조 제1항 및 제57조 제3항의 개정규정은 2012년 3월 2일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다.

제6조(지식산업센터 등에 대한 감면 적용특례) 제58조의2 제1항에 따른 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의4에 따라 지식산업센터를 분양 또는 임대하는 경우로서 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대하여는 제58조의2의 개정규정에도 불구하고 취득세를 면제한다.

 (2) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것) 

제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다. 

1. 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우

나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 분양·임대하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 경감한다.

부 칙

제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제34조 제7항의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.

제3조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

제6조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

 (3) 지방세특례제한법(2017.1.1. 법률 제14477호로 개정된 것)

제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2019년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업시설용으로 분양 또는 임대(「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 대상으로 분양 또는 임대하는 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우

 나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 분양·임대하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 그 사업시설용으로 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 경감한다.

부 칙 

제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 법률 제12955호 지방세특례제한법 일부개정법률 부칙 제2조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

제10조(지식산업센터에 대한 경감세율 특례) 제58조의2 제1항에 따라 지식산업센터를 설립하는 자가 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 사업시설용으로 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정규정에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 감면율을 적용한다.

제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 지방세를 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

 (4) 서울특별시 시세감면조례(2012.1.1. 서울특별시조례 제5277호로 개정되기 전의 것)

제12조(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제2조제13호에 따른 지식산업센터의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(이미 지식산업센터용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우에는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 건축공사에 착공하지 아니한 경우 또는 건축물의 사용승인서 교부일부터 5년 이내에 같은 법 제28조의5 제1항 제1호 및 같은 항 제2호에 따른 사업 이외의 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.