1. 처분개요

가. 청구법인은 2014∼2016 각 연결사업연도 소득에 대하여 법인지방소득세를 신고함에 있어 「법인세법」 제76조의13에 따라 계산한 법인세 과세표준 금액을 과세표준으로 하여 법인지방소득세를 산출한 다음 이를 각 지방자치단체별로 안분하여 신고․납부하였다. 

나. 청구법인은 「조세특례제한법」제121조의8 제1항에 따라 감면받은 법인세 상당액에 대한 법인지방소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 2019.9.30. 처분청들에 아래 ＜표1＞ 기재와 같이 하였으나, 처분청들은 2019.11.26., 2019.11.29. 이를 각 거부하였다.

＜표1＞ 법인지방소득세 경정청구내역

다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.2.19. 심판청구를 하였다. 

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장 

2014.1.1. 법률 제12153호로 「지방세법」이 개정되기 전까지는 청구법인이 신고․납부한 법인세가 법인지방소득세의 과세표준이 됨에 따라 청구법인과 같이 「조세특례제한법」에 따라 법인세를 감면받은 경우는 감면받은 법인세만큼 법인지방소득세도 감면 효과를 보았으나, 2014.1.1. 「지방세법」이 개정되어 지방소득세를 법인세액에 연동되지 아니하고 독립하여 계산하는 방식으로 전환된 후로는 법인지방소득세에 대해 「조세특례제한법」에 따른 세액감면을 적용할 수 없게 되었다.

그러나 개정 「지방세법」 부칙 제15조에서 경과규정을 두어 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세”에 대하여는 종전의 규정을 적용하도록 하였으므로 이 건과 같이 종전 규정에서 5년간 세액감면을 받을 것으로 정해져 있었던 경우는 잔여기간 동안에도 종전 규정에 따른 세액감면을 계속 적용함이 타당하다.

나. 처분청 의견

2014.1.1.이전에는 「지방세법」상 법인세분 지방소득세가 법인세 납부세액을 과세표준으로 하고 10%의 세율을 적용하여 산출되었으므로, 각종 감면이 적용된 법인세 납부세액을 기준으로 법인세분 지방소득세를 산출하는 결과 지방소득세에서도 법인세 감면의 반사적 효과를 보았던 것이나, 이는 지방세법령상 지방소득세 관련 규정에 따른 법률효과가 아니므로, 이를 개정 「지방세법」 부칙 제15조에서 종전 규정의 적용대상으로 정한 ‘종전의 법령에 따라 감면 또는 부과되어야 할 지방세’에 해당한다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

2014.1.1. 개정된 「지방세법」 부칙 제15조의 일반적 경과조치에 따라 「조세특례제한법」상 법인세 세액감면효과를 2014.1.1. 이후의 법인지방소득세를 과세함에 있어서도 반영하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인이 제출한 증빙서류와 처분청이 제시한 심리자료에서 아래와 같은 사실이 나타난다.

 (가) 청구법인은 1995.2.16. 설립되어 OOO 검색·개발 및 판매업 등을 영위하는 법인으로, 청구법인은 2012.3.30. 그 본점을 OOO에서 OOO 내인 OOO로 이전하였다. 

(나) 청구법인은 OOO 주식회사 등 자회사의 모법인으로서 「법인세법」상 연결납세방식을 적용하여 2014∼2016 각 연결사업연도 소득에 대하여 계산한 법인세 산출세액에서 「조세특례제한법」 제121조의8 제1항에 따른 OOO 입주기업 감면액 등을 차감하여 계산한 납부할 세액을 신고·납부하였다.

 (다) 청구법인은 개정된 「지방세법」에 따라 2014∼2016 각 연결사업연도 소득에 대한 법인지방소득세를 「법인세법」 제76조의13에 따라 계산한 금액에 세율을 곱하여 산출한 다음, 이를 각 지방자치단체별로 안분하여 신고·납부하였다가, 개정된 「지방세법」의 일반적 경과규정 및 개정전 「지방세법」에 따라 위 법인세 감면액의 10% 상당의 지방소득세를 환급하여야 한다며 이 건 경정청구를 하였다. 

＜표2＞ 2014사업연도 법인세 및 법인지방소득세 

＜표3＞ 2015사업연도 법인세 및 법인지방소득세 

＜표4＞ 2016사업연도 법인세 및 법인지방소득세 

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2014.1.1. 「지방세법」이 개정되기 전에는 법인세분 지방소득세를 산정함에 있어 법인세 납부세액을 지방소득세의 과세표준으로 함에 따라 법인세 감면에 따른 세액감소 효과를 보았다 하더라도 이는 간접적인 효과에 불과한 점, 이 건 부칙 제15조의 일반적 경과조치는 지방세법령의 규정에서 정한 내용에 한하여 그 효력이 미치는 것인데 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 OOO 입주기업 감면에 관하여 규정한 바가 없으므로 「조세특례제한법」 제121조의8 제1항의 OOO 입주기업에 대한 법인세 감면에 따라 법인세분 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 일반적 경과 조치의 적용대상이라고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 처분청들이 이 건 법인지방소득세 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2020지643, 2020.12.21., 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률 

 (1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것)

제91조[신고납부] ① 법인세분의 납세의무자(연결집단의 경우에는 연결모법인을 말한다. 이하 같다)는 제89조에 따라 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다)을 제87조 제2항 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 연결법인 또는 법인의 각 사업장 소재지 관할 지방자치단체별로 안분계산하여 해당 사업연도 종료일부터 4개월(연결법인의 경우에는 해당 연결사업연도 종료일부터 5개월,「법인세법」 또는「국세기본법」에 따라 세액이 결정되거나 경정되는 경우에는 그 고지서의 납부기한, 신고기한을 연장하는 경우에는 그 연장된 신고기간의 만료일, 수정신고를 하는 경우에는 그 신고일부터 각각 1개월) 내에 관할 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다. 다만, 경정 또는 수정신고로 인하여 사업연도별로 추가납부 또는 환급되는 총세액이 당초에 결정 또는 신고한 세액의 100분의 10에 미달할 때에는 귀속사업연도에도 불구하고 경정고지일 또는 수정신고일이 속하는 사업연도분 법인세분에 가감하여 신고하고 납부할 수 있으며, 이 경우에는「지방세기본법」제77조를 적용하지 아니한다.

제94조[소득분의 계산방법] ① 소득분은「소득세법」과「법인세법」에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조 제1항의 세율을 적용하여 계산한다. 다만, 제87조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 부과된 세액은 공제한다

 (2) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것)

제103조의20[세율] ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다.

(표 생략)

② 지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세율을 제1항에 따른 표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다.

제103조의33[연결납세방식의 적용 등] ① 「법인세법」 제76조의8에 따라 연결납세방식을 적용받는 내국법인은 법인지방소득세에 관하여 연결납세방식을 적용할 수 있다.

② 연결납세방식의 적용, 연결납세방식의 취소와 포기, 연결자법인의 추가와 배제 등에 관하여는 「법인세법」 제76조의8부터 제76조의12까지의 규정을 준용한다.

제103조의34[과세표준] 각 연결사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세 과세표준은 「법인세법」 제76조의13에 따라 계산한 법인세의 과세표준(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다.

제103조의35[연결산출세액] ① 각 연결사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세 연결산출세액은 제103조의34에 따른 과세표준에 제103조의20에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액으로 한다.

② 연결법인이 제103조의31 제1항에 따른 토지등을 양도한 경우(해당 토지등을 다른 연결법인이 양수하여 「법인세법」 제76조의14 제1항 제3호가 적용되는 경우를 포함한다) 또는 같은 조 제5항에 따른 미환류소득이 있는 경우에는 해당 토지등의 양도소득 또는 해당 미환류소득에 대한 법인지방소득세를 합산한 금액을 연결산출세액으로 한다. 

③ 각 연결사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세를 계산하는 경우에는 제103조의21 제2항을 준용한다.

④ 연결산출세액 중 각 연결법인에 귀속되는 금액(이하 이 장에서 "연결법인별 법인지방소득세 산출세액"이라 한다)의 계산방법은 대통령령으로 정한다.

제103조의36[세액공제 및 세액감면] ① 연결법인의 연결사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 「지방세특례제한법」에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 연결산출세액에서 공제한다.

부칙

제15조[일반적 경과조치] 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

 (3) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것)

제121조의8[제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면] ①「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제216조에 따라 지정된 제주첨단과학기술단지(이하 이 장에서 “제주첨단과학기술단지”라 한다)에 2012년 12월 31일까지 입주한 기업이 생물산업, 정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업(이하 이 조에서 “감면대상사업”이라 한다)을 하는 경우 감면대상사업에서 발생한 소득에 대하여 사업개시일 이후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세 또는 소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세 또는 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.