1. 처분개요

가. 청구법인은 2014~2016년도 법인세를 신고하면서 2014.1.1. 이전에 발생한 연구․인력개발비 세액공제액 등 OOO원(이하 “쟁점공제세액”이라 한다)을 차감하여 산출한 금액을 2014~2016사업연도 법인세로 신고․납부한 후, 2015.4.30. 등에 처분청에 「법인세법」제13조에 따라 계산한 금액을 과세표준으로 하고 「지방세법」제103조의20에 따른 세율과 같은 법 제89조 제2항에 따른 안분율을 적용하여 산출한 2014~2016사업연도 법인지방소득세(이하 “이 건 법인지방소득세”라 한다)를 아래의 ＜표＞와 같이 신고․납부하였다.

나. 청구법인은 2020.4.28. 처분청에 이 건 법인지방소득세를 신고․납부하면서 2013.12.31. 이전에 발생한 쟁점공제세액의 이월공제를 적용하지 아니하여 과다 신고․납부하였다는 이유로 아래의 ＜표＞와 같이 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.6.23. 이를 거부하였다.

＜표＞ 법인지방소득세 신고․납부 및 경정청구 현황

다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.16. 심판청구를 하였다. 

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장 

2014.1.1. 개정된 「지방세법」부칙에서는 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있는바, 해당 경과규정의 문언과 취지 및 납세자의 신뢰보호를 고려할 때 2014.1.1. 전에 발생하여 이월된 세액공제액은 법인지방소득세에서도 공제가 허용되어야 한다.

나. 처분청 의견

2014.1.1. 이전에는 법인지방소득세가 법인세액을 과세표준으로 하고 10%의 세율을 적용하여 산출되었으므로, 법인세 세액공제를 적용한 법인세액을 과세표준으로 하여 법인지방소득세를 산출한 결과 법인지방소득세에서도 법인세법령상 세액공제액 이월공제의 반사적 효과를 보았으나, 이는 지방세법령상 법인지방소득세 세액공제 관련 규정에 따른 법률효과는 아니었으므로 법인지방소득세 세액공제액 이월공제를 개정된 「지방세법」부칙에서 종전규정의 적용대상으로 규정한 ‘종전의 법령에 따라 감면 또는 부과되어야 할 지방세’에 해당한다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

2014.1.1. 개정된 「지방세법」부칙 제15조에 따라 법인세 세액공제액의 이월액을 법인지방소득세 계산시에도 공제할 수 있는지 여부 

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

 (가) 청구법인은 본점소재지를 OOO 하고, 목적사업을 선박용 OOO 제조 등의 사업을 영위하기 위하여 2004년 2월에 설립되었다.

(나) 청구법인은 2010~2013년에 발생한 연구ㆍ인력개발비 등 쟁점공제액에 대하여 해당 사업연도의 법인세 신고시 납부할 세액이 없음에 따라 2014사업연도 법인세로 OOO원, 2015사업연도 법인세로 OOO원, 2016사업연도 법인세로 OOO원을 각각 이월하여 공제를 받았으나, 위 기간 동안의 해당 사업연도 법인지방소득세 신고시에는 동 세액공제를 적용하지 아니하였다.

(다) 청구법인은 2020.4.28. 2014~2016사업연도에 공제가 가능한 쟁점공제세액의 10%를 위 해당연도 법인지방소득세 세액공제액으로 적용하여 환급하여 달라는 이유로 경정청구를 하였다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.

청구법인은 이 건 경정청구 거부처분이 부당하다고 주장하나, 법인세 세액공제 및 이월공제를 규정한 「조세특례제한법」에서는 연구·인력개발비 등 각종 세액공제대상을 법인세에서 공제하되 해당 사업연도에 공제받지 못한 금액은 이월하여 공제한다고 규정한 것인데 2014.1.1. 개정전 「지방세법」상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 법인지방소득세 산출시 법인세 세액공제 및 이월공제에 따른 세액감소 효과를 간접적으로 보았던 것뿐이므로, 위 법령에서 법인지방소득세에 대하여도 비과세 내지 감면을 명시적으로 규정하고 있었다고 보기 어렵고, 지방세법령에서도 달리 세액공제와 그 이월공제에 관하여 정한 바가 없어 법인세 세액공제 이월공제에 따른 지방소득세 경감액을 개정된 「지방세법」부칙 제15조에서 규정한 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세”에 해당한다고 보기 어려우므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

 (1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것)

제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」제13조에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다.

제103조의20(세율) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다. 

(표 생략)

제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 「지방세특례제한법」에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득, 「조세특례제한법」 제100조의32 제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다. 

부 칙

제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

 (2) 법인세법

제57조(외국 납부 세액공제 등) ① 내국법인의 각 사업연도의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액(이하 이 조에서 "외국법인세액"이라 한다)을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 제21조제1호에도 불구하고 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다.

1. 제55조에 따라 산출한 해당 사업연도의 법인세액(토지등 양도소득에 대한 법인세액은 제외한다)에 국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율(「조세특례제한법」이나 그 밖의 법률에 따라 면제되거나 세액 감면을 적용받는 경우에는 대통령령으로 정하는 비율)을 곱하여 산출한 금액을 한도(이하 이 조에서 "공제한도"라 한다)로 외국법인세액을 해당 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법

2. 국외원천소득에 대하여 납부하였거나 납부할 외국법인세액을 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하는 방법

② 외국정부에 납부하였거나 납부할 외국법인세액이 공제한도를 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도에 이월하여 그 이월된 사업연도의 공제한도 범위에서 공제받을 수 있다.

③ 국외원천소득이 있는 내국법인이 조세조약의 상대국에서 해당 국외원천소득에 대하여 법인세를 감면받은 세액 상당액은 그 조세조약으로 정하는 범위에서 제1항에 따른 세액공제 또는 손금산입의 대상이 되는 외국법인세액으로 본다.

④ 내국법인의 각 사업연도의 소득금액에 외국자회사로부터 받는 이익의 배당이나 잉여금의 분배액(이하 이 조에서 "수입배당금액"이라 한다)이 포함되어 있는 경우 그 외국자회사의 소득에 대하여 부과된 외국법인세액 중 그 수입배당금액에 대응하는 것으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액은 제1항에 따른 세액공제 또는 손금산입되는 외국법인세액으로 본다. 

 (3) 조세특례제한법

제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. 

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

(이하 생략)

제144조(세액공제액의 이월공제) ①제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6, 제126조의7제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제5조에 따라 공제할 세액으로서 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 7년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 「소득세법」 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.