1. 처분개요

가. 청구법인은 2015.6.30. OOO 도시개발구역 산업시설용지 OOO 토지 61,232㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 OOO로부터 분양을 원인으로 취득하고, 2015.8.26. 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 「지방세법」 제11조 제1항 및 「지방세특례제한법」 제78조 제4항에 따라 농어촌특별세 OOO원(면제된 취득세 OOO원의 20%)을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2016.4.26. 산업시설용지 관리기관인 OOO에 이 건 토지의 관리처분을 신청(이하 “이 건 처분신청”이라 한다)하였고, 이를 「지방세특례제한법」 제78조 제5항 제2호(이하 “이 건 추징규정”이라 한다)에서 규정한 추징사유(매각)로 보아 2016.5.16. 기 면제된 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고하였고, 2016.11.25. 이를 납부하였다.

다. 청구법인은 2019.2.14. 이 건 처분신청에 대해서 이 건 추징규정을 적용할 수 없다면서 이 건 취득세 등을 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2019.4.12. 이를 거부하였으며, 청구법인은 이의신청을 거쳐 2019.11.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장 

 (1) 이 건 추징규정은 그 문언에도 불구하고, 납세자에게 정당한 사유가 있는 경우에는 적용될 수 없다. 대법원은 추징에 관하여 정당한 사유라는 명문의 규정이 없더라도, 납세자에게 의무 위반에 대한 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 인정되는 경우에는 추징이 허용될 수 없다는 취지로 판시하였는바(대법원 2019.3.14. 선고 2018두64214 판결, 참조), 이 건 추징규정에 따른 추징 역시 정당한 사유가 인정되는 경우에는 허용될 수 없다 할 것이다. 특히, 조세심판원은 이 건 추징규정과 관련하여, 「지방세특례제한법」 제78조 제5항 제2호에 2년 내 매각 등에 대한 정당한 사유가 규정되어 있지 않다 하더라도 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유로 인해 사용하지 못한 채 매각에 이르렀다면, 동항 제1호와의 연속선상에서 정당한 사유를 인정할 수 있다는 취지로 결정하였는바(조심 2017지853, 2017.12.19. 참조), 상기 법리에 비추어 볼 때 이 건 처분신청에 정당한 사유가 있다면 위 조항에 따른 추징은 허용될 수 없다.

 (2) 한편, 이 건 추징규정은 취득 이후 산업단지 용도로 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 부동산을 매각한 경우에 적용되는 것인데, 청구법인이 매각한 것은 이 건 토지 자체가 아닌 이 건 토지에 대한 권리에 불과하므로 본 사안에는 이 건 추징규정이 적용될 수 없다. 이 건 추징규정은 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각하는 경우에 당초 감면받은 취득세를 추징하는 규정이다. 「지방세법」 상 취득의 경우 관계 법령에 따른 등기·등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 취득으로 간주, 즉 「민법」 상의 완전한 소유권(통제권)을 취득하지 않더라도 「지방세법」 상의 취득은 성립할 수 있는 반면, 부동산의 매각이란 해당 부동산에 대한 「민법」 상의 완전한 소유권(통제권)을 보유하고 있음이 전제된다 할 것이다. 이 건 처분신청의 경우 ① OOO 명의의 소유권 보존등기도 이루어지지 않아, 이를 전제로 하는 청구법인(매도인)으로부터 매수인들에 대한 소유권 이전 등기가 불가하였고, ② 청구법인은 매각 상대방에 대한 결정 권한이 없으며(OOO에서 매수인을 결정하고, 그 매수인은 청구법인과 OOO가 체결한 이 건 토지에 대한 분양계약 상의 매수인의 지위를 승계), ③ 매각 대금 역시 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」(이하 “산업집적법”이라 한다)에 따른 한도를 초과할 수 없다. 이처럼 부동산 매각의 전제가 되는 부동산에 대한 완전한 「민법」 상 소유권(통제)의 표지인 소유권 이전등기, 상대방, 대금에 대한 결정권이 모두 충족되지 않는 이 건 처분신청의 경우, 부동산(토지) 자체를 매각한 것으로 보기는 어려우므로, 이와 관련하여 이 건 추징규정의 적용(추징) 요건인 부동산 매각이 이루어졌다고 할 수 없다.

 (3) 이 건 처분신청에 정당한 사유가 있는지 여부에 대하여 살펴보면, 청구법인에게는 취득세 추징의 위험을 감수하고 산업단지로서 추후 거의 확실시되는 가치 상승분을 포기하면서까지 이 건 토지를 처분할 유인이 전혀 없다. 이 건 토지의 매각은 어디까지나 주채권자인 OOO이 이를 종용하였기 때문에 이루어진 것이며, 이에 응하지 않을 경우, 「기업구조조정 촉진법」과 그 내용이 유사한 「채권은행협의회 운영협약」에 근거한 경영정상화 약정에 따라 이 건 토지가 임의 처분될 가능성이 있었는바, 청구법인은 그 의사와 무관하게 이 건 토지에 대한 권리를 포기할 수밖에 없었던 것이며, 자구계획에 관련 내용을 포함한 것은 단순히 청구법인이 수립 주체이기 때문일 뿐, 이를 두고 이 건 처분신청을 청구법인이 내부적으로 의사결정한 것이라 판단하는 것은 관련 전후 사정을 도외시한 단편적인 해석이다. 구체적으로, 청구법인이 제출한 자구계획과 관련하여 청구법인의 주채권자인 OOO은 자구안 규모 확대 및 보완을 요구하였으며, 이 건 처분신청은 그러한 강요에 의해 자구계획에 포함된 것인 바, 이에 비추어 보면, 이 건 처분신청은 납세의무자인 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유에 의해 이루어진 것임이 명백하다. 이처럼 청구법인이 이 건 처분신청을 할 수밖에 없었던 사정이 판례 등에서 정당한 사유로 인정한 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유 및 사실상 장애에 해당된다. 아울러, 매매계약의 합의해제 및 반환과 마찬가지로, 청구법인은 실질적으로 이 건 토지를 관리기관에 반환한 것이고, 이 경우 청구법인이 이 건 토지를 산업단지 조성에 직접 사용할 「지방세특례제한법」 상의 의무는 소멸하였다 할 것이므로 고유목적에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보아야 한다(조심 2016지53, 2016.12.2. 참조). 이처럼 청구법인의 이 건 토지 매각의 경위나 실질(원 소유자에 대한 반환)을 고려할 때 청구법인에게는 추징처분을 면할 정당한 사유가 있다 할 것이다.

나. 처분청 의견

 (1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다. 이 건 추징규정은 동항 제1호와는 달리 정당한 사유를 규정하고 있지 아니하는바, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각을 함에 정당한 사유가 있는지 여부를 판단할 필요가 없고, 따라서 이 사건 토지의 매각이 경영정상화계획의 이행을 위한 것이므로 정당한 사유가 존재하고 따라서 취득세 추징이 면제되어야 한다는 청구법인의 주장은 이유 없다.

 (2) 청구법인은 관리기관에 이 건 토지의 처분을 신청할 당시 청구법인이 이 건 토지에 대한 온전한 소유권을 갖고 있지 아니한 상태였으므로 이를 매각으로 볼 수 없다고 주장하나, 청구법인이 이 건 토지에 대한 잔금을 납부한 시점에 이 건 토지에 대한 사용·수익이 가능한 상태였으므로 청구법인을 이 건 토지의 소유자로 보는 것이 타당하고, 청구법인은 그 소유권을 제3자에게 이전하려 한 것이므로 이는 매각에 해당한다. 더욱이, 청구법인과 주식회사 OOO(이하 “이 건 매수인”이라 한다)간 부동산 매매계약서 전문 라목에는 OOO로부터 청구법인으로의 소유권이전등기의 경료, 청구법인으로부터 이 건 매수인으로의 소유권이전등기의 경료 방식으로 순차등기가 이루어진다고 기재되어 있는 점을 보면 청구법인이 이 건 토지에 대한 소유권을 취득한 후에 이를 제3자에게 매각하였다고 보는 것이 타당하다.

 (3) 이 건 추징규정을 정당한 사유가 없는 경우에 한하여 취득세를 추징하는 규정이라고 전제하더라도, 다음과 같은 점을 고려하면 이 사건 매각에 정당한 사유가 인정될 수 없다. OOO이 경영정상화를 위해 토지의 매각을 종용하였고 이에 응하지 않을 경우 경영정상화계획 이행을 위한 약정서에 따라 임의 처분될 가능성이 높았다는 사정이 존재한다고 하더라도, 청구법인이 자기의 의사에 의하여 이 사건 토지를 매각하였다는 점, 부득이하게 이 사건 토지의 매각을 이행할 수밖에 없었다는 사정은 청구법인의 내부적 사정에 불과한 점 등을 고려하면(대법원 2001.9.28. 선고 2001두4351 판결 참조), 청구법인에게 추징을 면할 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 처분신청이 「지방세특례제한법」 제78조 제5항에서 규정한 추징사유에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2015. 12. 29 법률 제13637호로 개정되기 전의 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다. 

1. 대상 지역

 가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

 나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

 다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다.

나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2016년 12월 31일까지 경감한다.

다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

부칙 제25조(산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례) 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축［공장용 건축물(「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］ 또는 대수선 하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다.

 (2) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률

제39조(산업용지 등의 처분제한 등) ① 산업시설구역등의 산업용지 또는 공장등을 소유하고 있는 입주기업체가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 산업용지(공유지분을 처분하려는 때에는 해당 공유지분을 말한다) 또는 공장등을 관리기관에 양도하여야 한다.

1. 제15조 제1항에 따른 공장설립등의 완료신고 전 또는 신고 후 10년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간이 지나기 전에 분양받은 산업용지(분양받은 자로부터 제2항에 따라 양도받거나 법원의 판결, 상속 등의 사유로 소유권을 취득한 산업용지, 제39조의2 제2항 제1호에 따라 분할된 산업용지 및 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제46조의6에 따른 임대전용산업단지에서 분양 전환으로 소유권을 취득한 산업용지를 포함한다)를 처분(해당 산업용지의 공유지분을 처분하는 경우를 포함한다)하려는 경우 또는 공장 등을 처분하려는 경우

② 관리기관이 제1항에 따라 입주기업체의 산업용지 또는 공장등을 매수할 수 없는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관리기관이 매수신청을 받아 선정한 다른 기업체나 다음 각 호의 기관(이하 "유관기관"이라 한다)에 양도하여야 한다. 

1. 「중소기업진흥에 관한 법률」에 따른 중소벤처기업진흥공단

2. 「한국토지주택공사법」에 따른 한국토지주택공사 및 「한국수자원공사법」에 따른 한국수자원공사

3. 「은행법」 제8조에 따라 설립인가를 받은 은행(「중소기업은행법」 등 법률에 따라 설립된 은행을 포함한다)

4. 그 밖에 입주기업체의 설립 및 지원과 관련된 기관으로서 대통령령으로 정하는 기관

 (3) 공공기관 운영에 관한 법률

제4조(공공기관) ① 기획재정부장관은 국가ㆍ지방자치단체가 아닌 법인ㆍ단체 또는 기관(이하 "기관"이라 한다)으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관을 공공기관으로 지정할 수 있다.

1. 다른 법률에 따라 직접 설립되고 정부가 출연한 기관

2. 정부지원액(법령에 따라 직접 정부의 업무를 위탁받거나 독점적 사업권을 부여받은 기관의 경우에는 그 위탁업무나 독점적 사업으로 인한 수입액을 포함한다. 이하 같다)이 총수입액의 2분의 1을 초과하는 기관

3. 정부가 100분의 50 이상의 지분을 가지고 있거나 100분의 30 이상의 지분을 가지고 임원 임명권한 행사 등을 통하여 당해 기관의 정책 결정에 사실상 지배력을 확보하고 있는 기관

4. 정부와 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 기관이 합하여 100분의 50 이상의 지분을 가지고 있거나 100분의 30 이상의 지분을 가지고 임원 임명권한 행사 등을 통하여 당해 기관의 정책 결정에 사실상 지배력을 확보하고 있는 기관

5. 제1호부터 제4호까지의 어느 하나에 해당하는 기관이 단독으로 또는 두개 이상의 기관이 합하여 100분의 50 이상의 지분을 가지고 있거나 100분의 30 이상의 지분을 가지고 임원 임명권한 행사 등을 통하여 당해 기관의 정책 결정에 사실상 지배력을 확보하고 있는 기관

6. 제1호부터 제4호까지의 어느 하나에 해당하는 기관이 설립하고, 정부 또는 설립 기관이 출연한 기관

 (4) 한국산업은행법

제1조(목적) 이 법은 산업의 개발ㆍ육성, 사회기반시설의 확충, 지역개발, 금융시장 안정 및 그 밖에 지속가능한 성장 촉진 등에 필요한 자금을 공급ㆍ관리하는 한국산업은행을 설립하여 금융산업 및 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다.

제13조(임원의 임면) ① 회장은 금융위원회 위원장의 제청으로 대통령이 임면한다.

② 전무이사와 이사는 회장의 제청으로 금융위원회가 임면한다.

③ 감사는 금융위원회가 임면한다.

17조(벌칙 적용에서의 공무원 의제) 한국산업은행의 임원, 제29조에 따른 기금운용심의회의 위원 및 제29조의6에 따른 기간산업안정기금운용심의회의 위원은 「형법」이나 그 밖의 법률에 따른 벌칙을 적용할 때에는 공무원으로 본다.

제18조(업무) ① 한국산업은행은 제1조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 분야에 자금을 공급한다.

1. 산업의 개발ㆍ육성

2. 중소기업의 육성

3. 사회기반시설의 확충 및 지역개발

4. 에너지 및 자원의 개발

5. 기업ㆍ산업의 해외진출

6. 기업구조조정

7. 정부가 업무위탁이 필요하다고 인정하는 분야

8. 그 밖에 신성장동력산업 육성과 지속가능한 성장 촉진 등 금융산업 및 국민경제의 발전을 위하여 자금의 공급이 필요한 분야

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2013.12.2. OOO일반산업단지의 사업시행자인 OOO와 이 건 토지에 대한 분양계약을 체결하였고, 그 구체적인 내용은 아래와 같다.

＜OOO일반산업단지 토지분양계약서＞

 (나) OOO는 이 건 토지에 대한 지목변경이 2015.6.30. 이루어진 것으로 보아 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

 (다) OOO이 2015.10.29. 작성한 “청구법인 경영정상화 방안 수립”이라는 제목의 보도자료에는 청구법인의 경영상황, 경영정상화 계획 등이 기재되어 있고, 그 주요 내용은 아래와 같다.

＜OOO의 보도자료 주요 내용 요약＞

 (라) 청구법인과 OOO은 2015.11.9. 청구법인의 경영정상화계획 이행을 위한 약정(이하 “이 건 이행약정서”라 한다)을 체결하였고, 그 주요내용을 아래와 같다.

＜경영정상화계획 이행을 위한 약정서＞

 (마) 이 건 이행약정서의 별지1로 하여 자구계획이 첨부되어 있는 데, 자구계획은 유동성 확보 및 재무구조 개선으로 OOO원을 마련하고, 손익 개선으로 OOO을 확보하는 것으로 되어있고, 유동성확보 방안으로 사옥 등 부동산 매각OOO 주식 및 회원권 매각OOO 선박 OOO척 매각OOO 이 건 토지 대금 회수OOO으로 되어있다.

 (바) 이 건 이행약정서의 별지2로 하여 경영평가위원회 운용규정이 첨부되어 있는데, 해당 규정은 경영평가위원회의 목적, 구성, 업무 등을 규정하고 있고, 그 주요 내용은 아래와 같다.

＜경영평가위원회 운용규정＞

 (사) 청구법인은 2016.4.26. OOO에게 이 건 토지의 처분신청서를 제출하였는데, 처분사유는 대내외 경영환경 및 해양시장 침체에 다른 경영상의 애로 발생으로 기재되어 있다.

 (아) 청구법인이 제출한 이 건 토지의 환매 요청과 관련한 문서에는 청구법인이 2016.5.31. 이 건 토지의 매각 및 대금 회수를 위해 OOO에게 이 건 토지의 환매를 요청하였고, OOO 등은 2016.6.7. 아래와 같은 의견을 제시한 것으로 되어있다.

＜OOO 의견＞

 (자) 청구법인은 2018.7.26. 이 건 토지 중 일부OOO에 대하여 이 건 매수인과 매매계약을 체결하였고, 그 주요 내용은 아래와 같다.

＜부동산매매계약서＞

(차) 청구법인은 이 건 매수인 등과 이 건 토지에 대한 매매계약을 체결하였고, 해당 매매계약에 따라 이 건 매수인 등은 이 건 토지를 취득하였으며, 그 매수자 등의 구체적인 내역은 아래 ＜표＞와 같다.

＜표＞ 이 건 토지의 매수자 내역 등

 (카) OOO는 이 건 토지를 포함하여 OOO일반산업단지의 사업시행자이고, 심리일 현재까지 이 건 토지는 구획정리가 완료되지 않아, OOO 명의에 소유권보존등기가 이루어지지 아니한 상태로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, 청구법인은 2015.11.9. OOO과 경영정상화계획 이행을 위한 약정을 체결하면서 이 건 토지 대금 OOO을 회수하기로 약정하였고, 2016.4.26. OOO에게 이 건 처분신청을 하였는데, 이는 청구법인이 이 건 토지를 직접 사용하는 것이 장래를 향해 불가능해진 것일 뿐 “매각”으로 볼 수는 없으므로 이 건 처분신청에 대하여 이 건 추징규정을 적용하기는 어렵다. 다만, 「지방세특례제한법」 제78조 제5항 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 추징사유로 규정하고 있고, 이는 유예기간을 넘긴 경우뿐만 아니라 유예기간 이내에 이를 처분하는 등 더 이상 당해 사업에 직접 사용할 수 없게 된 경우도 포함하는 규정인바, 이 건 처분신청이 이 건 추징규정에 따른 추징사유에 해당하지 않는다 하더라도 청구법인은 이 건 처분신청을 통해 이 건 토지를 해당 사업에 직접 사용하지 못할 것이 확정되었고, 여기에 행정관청의 금지·제한 등 외부적 사유로 볼만한 사정도 나타나지 아니하므로 이 건 처분신청은 「지방세특례제한법」 제78조 제5항 제1호에 따른 추징사유에 해당된다. 따라서 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢지방세기본법｣ 제96조 제6항과 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.