유권해석 등기명의인 경정(원시적 신청착오)을 원인으로 당초 과세대상 납세의무자(개인명의)에서 비과세 대상 납세의무자(교회명의)로 등기명의인을 변경하였다고 하더라도 당초 개인명의로의 등기에 따른 등록세 과세처분의 효력에는 영향을 미치지 아니하므로, 담임목사 개인명의로 등기시 신고·납부한 등록세는 환부대상이 아닌 것으로 사료됩니다.
지방세정팀-185(20060117) 등록면허세
신청착오에 따른 등록세 환부관련 질의회신
관계법령 지방세법제124조
답변요지
등기명의인 신청착오에 의한 경정을 원인으로 과세대상 납세의무자에서 비과세 대상 납세의무자로 등기명의인을 변경하였더라도 개인명의의 등기에 따른 등록세 부과처분의 효력에는 영향을 미치지 않으므로, 개인명의로 등기시 신고·납부한 등록세는 환부대상이 아니다.
본문
가. 지방세법 제124조에 의하여 부과하는 등록세는 재산권 기타 권리의 취득, 이전, 변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 등기 또는 등록이라는 단순한 사실의 존재를 과세물건으로 하여 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 세금으로서, 그 등기 또는 등록의 유·무효나 실질적인 권리귀속 여부와는 관계가 없는 것이므로 등기 또는 등록명의자와 실질적인 권리귀속 주체가 다르다거나 일단 공부에 등재되었던 등기 또는 등록이 뒤에 원인무효로 말소되었다 하더라도 위와 같은 사유는 그 등기 또는 등록에 따른 등록세부과처분의 효력에 아무런 영향이 없다 할 것입니다(대법원 판례 85누858, 1986.2.25. 참조).
나. 귀문의 경우, 비록 등기명의인 경정(원시적 신청착오)을 원인으로 당초 과세대상 납세의무자(개인명의)에서 비과세 대상 납세의무자(교회명의)로 등기명의인을 변경하였다고 하더라도 당초 개인명의로의 등기에 따른 등록세 과세처분의 효력에는 영향을 미치지 아니하므로, 담임목사 개인명의로 등기시 신고·납부한 등록세는 환부대상이 아닌 것으로 사료됩니다.