처분청이 2008.4.30. 청구인에게 한 취득세 8,624,791,320원, 농어촌특별세 862,479,130원, 합계 9,487,270,410원의 부과처분 중 취득세 7,722,723,960원, 농어촌특별세 772,272,390원, 합계 8,494,996,350원을 초과하는 부분은 이를 취소한다.
가. 청구인은 (O)OOOOOO몰(이하 “이 사건 법인”이라 한다)의 총 발행주식 중 47.69%인 2,136,678주를 소유하고 있고, (O)OOOO스는 3.24%인 145,285주를 소유하고 있던 상태에서 2008.3.31. 이 사건 법인이 증자를 함에 따라 청구인이 이 사건 법인의 발행주식 중 83.08%인 16,205,975주를 소유하게 되었고, (O)OOOO스가 5.65%인 1,101,937주를 소유하게 되었다.
나. 청구인이 (O)OOOO스의 총 발행주식 중 56.55%를 소유하고 있으므로 청구인과 (O)OOOO스는 특수관계에 있는 법인에 해당되고, 청구인과 (O)OOOO스가 이 사건 법인의 총 발행주식 중 88.73%를 소유한 과점주주가 되었으므로 청구인은 이 사건 법인이 소유하고 있는 취득세 과세대상 물건의 법인장부가액 519,065,438,384원에 청구인의 주식소유비율 83.08%를 곱하여 산정한 금액 431,289,566,200원을 과세표준으로 하고, 지방세법 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 8,624,791,320원, 농어촌특별세 862,479,130원, 합계 9,487,270,410원을 2008.4.30. 신고납부하였다.
다. 청구인은 이러한 취득세 등 부과처분(신고납부)에 불복하여 2008.7.28. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 청구인은 1998.11.18. O OOOO 및 (O)OOOOO업과 OOOOO OOO OOO OO 40-1번지 일원의 토지상에 역무시설과 이에 부대되는 시설을 구비한 종합역사시설(OO OOOOOOOOO OO)을 건립하여 관리 운영하는 『OOOOO OOO(민자역사)사업』을 추진하기로 하고, 그 시행방법으로 공동으로 법인을 설립하여 당해 법인이 민자역사 건설 및 운영을 담당하기로 하는 사업추진협약을 체결하였으며, 협약의 주요내용은 역무시설 및 기타 국유철도사업에 직접 필요한 시설은 준공과 동시에 철도청에 무상귀속시키고, 그 이외의 시설은 공동으로 설립한 법인의 소유로 하되 점용허가기간(30년)이 경과한 후에 원상회복 의무를 면제한 때에는 당해 시설물도 철도청에 무상귀속시키기로 하였으며, 이러한 협약에 따라 청구인 등이 출자하여 이 사건 법인을 설립하였다.
(2) 이 사건 법인은 2003.12.24. 우선적으로 OOOO역사 중 역무시설과 이와 연결된 후면진입도로(이하 도로 및 부속시설에 대하여 “이 사건 구축물”이라 한다)를 조성하여 구 건설교통부장관으로부터 준공전 사용허가를 받았고, 2004.9.21. 추가로 OOOO역사 중 역무시설과 판매 및 영업시설, 영화관을 신축하여 준공전 사용허가를 받았으며, 2005.4.26. OOOO역사에 대한 준공확인필증을 교부받았다.
(3) 이 사건 법인은 OOOO역사 중 역무시설에 대하여는 국가에 무상귀속할 건축물이므로 취득세를 신고납부하지 아니하였고, 도로관련시설인 이 사건 구축물에 대하여는 취득세 등을 신고납부한 후 심사청구를 제기하자 구 행정자치부장관은 이 사건 구축물을 국가에 무상귀속할 시설물에 해당된다고 보아 당초 신고납부 처분을 취소결정(OOOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO)하였고, OOOO역사 중 역무시설을 제외한 건축물(이하 “상업시설”이라 한다)에 대하여는 취득세 등을 신고납부하였으나 현재 이러한 신고납부처분과 관련하여 행정소송이 진행중인 상태이다.
(4) 또한 이 사건 법인은 OOOO역사를 건축하는 과정에서 공사기간중 사용할 목적으로 임시역사(역 대합실 및 승강장), 임시 변경철도선 및 신호체계시스템(이하 모두 합하여 “임시 시설물”이라 한다)을 임시로 가설하였다가 OOOO역사 완공후 이를 철거하였는데 OOOO역사와 관련된 행정소송에서 이러한 임시시설물은 이 사건 법인이 그 소유권을 취득한 것으로 볼 수 없다는 사유 등으로 당초 부과처분 중 일부를 취소하라고 판결(OOOOOO OOOOOOO, OOOOOOOOOO OO)하였다.
(5) 첫째, 이 사건 법인의 법인장부상 가액에는 OOOO역사 중 역무시설 부분의 건축비가 포함되어 있으나 이러한 역무시설은 이 사건 법인이 이를 취득한 것으로 볼 수 없다 하겠으며, 이 사건 구축물의 경우에도 마찬가지로 국가에 무상귀속될 시설로 보아 취득세 등의 비과세 대상에 해당된다는 심사청구 결정을 받았으므로 과점주주인 청구인에게 취득세 등을 부과고지하면서 이러한 역무시설 및 구축물의 건축비용을 과세표준에 포함한 것은 부당하다.
(6) 둘째, 이 사건 법인의 장부상에 계상되어 있는 임시시설물 설치비용의 경우 임시시설물은 OOOO역사 공사기간중 역사건물을 대체하기 위하여 설치된 시설로서 이 사건 법인이 취득하지 아니한 역무시설과 관련된 비용일 뿐만 아니라 임시시설물은 지방세법상 취득세 과세대상에도 해당되지 아니하며, 과점주주가 된 당시에는 이미 존재하지 아니한 시설물로서 이러한 비용을 취득세 과세표준에 포함하여 과점주주인 청구인에게 취득세를 부과고지한 처분은 부당하다.
(7) 셋째, OOOO역사 중 상업시설의 경우에도 30년의 점용허가기간이 경과하면 사실상 국가에 기부채납할 시설로서 일정한 기간이 지난 후에 부동산 국가에 귀속되는 기한부 귀속 또는 기한부 기부채납의 경우에도 지방세법 제106조 제2항의 규정에 의한 취득세 비과세 대상에 해당된다고 보아야 할 것이므로 결국 이 사건 취득세 등 부과처분(신고납부)은 취소되어야 한다.
나. 처분청 의견
(1) 지방세법 제111조 제4항의 규정에서 과점주주에 대한 취득세 과세표준은 주식취득 당시의 그 법인의 자산총액을 기준으로 산정하여야 하고, 이 경우 과세표준을 당해 법인의 결산서 기타 장부 등에 의한 과세대상 자산총액을 기초로 산출하는 경우에는 취득의제 당시의 과세대상 물건의 장부가액을 기준으로 과세표준을 산출하여야 할 것이며, 과점주주에 대한 취득세가 비과세 또는 감면되는 경우라 함은 과점주주의 간주취득이 지방세법 또는 기타 법령의 규정에 의한 비과세 또는 감면요건에 해당하는 경우라 할 것이므로 당해 법인이 부동산을 취득하면서 취득세를 면제받았다고 하여 바로 과점주주로 된 자의 취득세 납세의무도 면제받는 것은 아니라 할 것이므로(OOOOO OOOOOOO, OOOOOOOOOO), OOOO역사 중 역무시설 부분에 대하여 법인장부상 가액을 취득세 과세표준에 포함한 것은 정당하다.
(2) 또한 임시시설물 공사비의 경우에도 OOOO역사를 운행중인 철로위에 신축하여야 하는 관계로 공사진행에 따라 임시역사를 수시로 이전하면서 발생한 비용으로서 OOOO역사의 신축과 관련하여 소요된 추가비용으로 보아야 할 것이므로 OOOO역사의 신축비용에 포함되는 비용으로서 이러한 비용은 취득세 과세표준에 포함하여야 할 것이다.
(3) 끝으로 OOOO역사 중 상업시설의 경우 취득세 등의 비과세 대상에 해당되지 아니한다고 행정소송 판결에서도 나타나 있으므로 취득세 비과세대상이 되는 것을 전제로 한 청구인의 주장은 타당하지 아니하고, 설령 행정소송에서 비과세 대상에 해당된다고 하더라도 과점주주에게 곧바로 취득세가 비과세 되는 것은 아니라 하겠으므로 상업시설에 대하여 이 사건 법인의 과점주주인 청구인에게 취득세를 부과고지하면서 그 과세표준에 포함하여 취득세 등을 부과고지(신고납부)한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
법인의 장부상 취득세 과세대상 물건의 가액에 기부채납하였거나 할 예정인 부동산과 임시로 설치하였다가 철거한 시설물 등의 취득가액이 포함되어 있는 경우 당해 법인의 과점주주에게 취득세 부과시 이러한 법인장부상 금액 전부를 취득세 과세표준에 포함하는 것이 적법한지 여부
나. 관련 법령
(1) 지방세법 제22조 (출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 「한국증권선물거래소법」 제2조제1항의 규정에 따른 유가증권시장에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호의 규정에 의한 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식수(의결권이 없는 주식을 제외한다) 또는 출자액(제2호가목 및 나목의 과점주주의 경우에는 당해 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.
2. 과점주주(주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들을 말한다. 이하 같다)중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자
(2) 지방세법 제105조(납세의무자) ⑥ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산ㆍ차량ㆍ기계장비ㆍ입목ㆍ항공기ㆍ선박ㆍ광업권ㆍ어업권ㆍ골프회원권ㆍ콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우 또는 과점주주에 대한 취득세 납세의무성립일 현재 이 법 및 기타 법령에 의하여 취득세가 비과세ㆍ감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다.
(3) 지방세법 제106조 (국가 등에 대한 비과세) ② 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다.
(4) 지방세법시행령 제6조 (친족 기타 특수관계인의 범위) ① 법 제22조 제2호에서 “대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자를 말한다. 다만, 주주 또는 유한책임사원이 출가녀인 경우에는 제9호 내지 제13호의 경우를 제외하고 그 남편과의 관계에 의한다.
12. 주주 또는 유한책임사원이 법인인 경우에는 그 법인의 소유주식수 등이 발행주식총수 등의 100분의 50 이상인 법인(정부가 주주인 경우에는 정부를 제외한다)과 소유주식수 등이 해당 법인의 발행주식총수 등의 100분의 50 이상인 법인(정부가 주주인 경우에는 정부를 제외한다) 또는 개인
(5) 지방세법시행령 제78조 (과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제105조제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다
다. 사실관계 및 판단
(1) OOOO과 청구인 및 (O)OOOOO업은 1998.11.18. 다음과 같은 사항을 주된 내용으로 하는 『OOOOOOOOOO(민자역사)사업추진협약』을 체결하였다.
(2) 이 사건 법인의 주주변동현황은 다음과 같다.
(단위 : 주, %)
(3) 이 사건 법인의 결산서상 2008년 재고자산 및 유형고정자산 내역은 다음과 같다.
(4) 집합건축물대장상 OOOO역사의 시설내역은 다음과 같다.
(단위 : ㎡)
(5) 이 사건 법인은 2003.12.24. 구 건설교통부장관으로부터 OOOO역사중 역무시설(지하3층, 지상 5층, 연면적 25,901,83㎡)과 후면 진입도로(연장 747.460m, 폭 8～11.2m)에 대하여 1차로 준공전 사용허가를 받았으며, 2004.9.21. 추가로 역무시설과 상업시설 등에 대하여 준공전 사용허가를 받았다가 2005.4.26. 준공필증을 교부받았고, 역무시설에 대하여는 2006.8.18. 국가로 소유권이 이전되었다.
(6) 지방세법 제105조 제6항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보도록 규정하고 있고, 비상장법인의 과점주주가 된 경우 당해 법인의 자산에 대한 관리ㆍ처분권을 취득하게 되므로 실질적으로 당해 법인의 자산을 취득한 것이나 다름없게 되어 취득세를 과세하는 것으로서 과점주주에 대한 납세의무 성립 시점에 당해 법인이 취득세 과세대상 물건을 소유하고 있는 것을 전제로 하여 과점주주가 이를 취득한 것으로 간주하는 것으로 보여진다.
(7) 그런데 OOOO역사 중 역무시설의 경우에는 이 사건 법인이 이미 이를 당초 사업협약서에 따라 2006.8.18. 역무시설을 국가에 기부채납하여 소유권이 이전된 상태이고, 이 사건 구축물의 경우에도 철도부지위에 OOOO역사와 연결된 도로 및 교각 등을 설치한 것으로서 이는 공사완료시부터 그 토지의 소유자인 국가에 귀속되었다고 보아야 할 것이므로, 청구인이 과점주주가 된 2008.3.31.에 이 사건 법인이 소유하고 있지 아니한 역무시설과 이 사건 구축물에 대하여 이 사건 법인이 이러한 시설 등의 취득가액을 회계처리상 법인장부에 계상하고 있다고 하여 당해 금액을 취득세 등의 과세표준에 포함할 수는 없다 하겠다.
(8) 그러나 나머지 임시시설물의 경우 OOOO역사를 건축하는 과정에서 임시로 설치되었던 시설물로서 OOOO역사의 건축과 관련이 있다고 보여지고, 상업시설의 경우에 점용허가기간(30년 이내)이 경과한 후에 이를 원칙적으로 원상회복하여야 하는 것이고 원상회복의무를 면한 경우에만 국가에 귀속될 시설로서 당해 상업시설이 기부채납을 조건으로 취득한 부동산에 해당된다고 볼 수 없으므로 임시시설물과 상업시설의 법인장부상 가액은 과점주주에 대한 취득세 과세표준에 포함하는 것이 타당하다고 보여진다.
(9) 따라서 처분청이 OOOO역사중 이미 국가에 기부채납한 역무시설과 이 사건 구축물의 취득가액까지 취득세 과세표준에 포함하여 이 사건 부과처분을 한 것은 잘못이라고 판단된다.
역무시설의 경우는 국가에 기부채납하여 소유권이 이전된 상태이고, 구축물의 경우에도 역사와 연결된 도로 및 교각 등을 설치한 것으로서 공사완료시부터 국가에 귀속되었다고 보아야 할 것이므로, 과점주주가 된 때에 법인이 소유하고 있지 않은 역무시설과 구축물에 대하여 취득가액을 회계처리상 법인장부에 계상하고 있다고 하여 가액을 취득세 등의 과세표준에 포함할 수는 없다.
