[사건번호]    조심2013지0499 (2013.10.17)
   
[세     목]    취득    [결정유형]    기각
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
[제     목]    기업부설연구소로 인정받지 못한 공용면적에 대하여 기 과세면제한 취득세 등을 추징한 처분의 적법 여부
   
[결정요지]    이 건 토지 중 공용면적에 해당하는 토지 부분은 기업부설연구소로 인정받은 부동산으로 보기는 어렵다 할 것이므로 기 감면한 취득세 등을 추징한 것은 적법함.
           
[관련법령]    지방세특례제한법 제46조
   
[참조결정]    조심2012지0751 / 조심2012지0813
   
[따른결정]   
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

[주    문]

 

심판청구를 기각한다.

 

[이    유]

 

1. 처분개요

 

 가. 청구법인은 2011.2.28. 경기도 OOO OOO OOO OO-O OO O OO-O OO OO OO,OOOOOO(OO OO O OOOO OO)를 취득하여2011.4.29. 이 건 토지 77.8%에 해당하는 토지는 기업부설연구소용 부동산으로 취득세 등을 면제 받고, 나머지 토지에 대하여는 일반세율로 산출한취득세 등 OOO을처분청에 신고납부 하였으며,

 

 2012.6.13. 이 건 토지상에 건축물 20,567.16㎡(이하 “이 건 건축물”이라하고, 이 건 토지와 함께 “이 건 부동산”이라한다)를 취득한 후, 2012.8.3. 이 건 건축물 중 10,592.17㎡는 기업부설연구소용 건축물로 면제받고, 나머지 부분 9,974.99㎡에 대하여는 본점 사업용부동산으로 중과세율을적용하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 처분청에 신고납부하였다.

 

 나.청구법인은2011.4.29. 이 건 토지 중 77.8%를 기업부설연구소용부동산으로 하여 취득세 등을 면제 받았으나, 2012.6.13. 이 건 건축물신축 후 기업부설연구소용 부동산 면적이 57.62%로 축소됨에 따라면제대상 토지가 축소되고, 나머지토지는 본점용 건축물의 부속토지가 됨에 따라 이 건 토지 중 기업부설연구소용 건축물 부속토지를 제외한 토지에 대하여 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서기 신고납부한 세액을 감한 취득세 OOO, 농어촌특별세OO,OOO,OOOO,지방교육세 OOO, 합계 OOO을2012.8.10. 처분청에 신고납부하였다.

 

 다.그 후, 청구법인은 2012.10.16. ① 이 건 부동산 중 기업부설연구소용부동산의 공용면적도 취득세 면제대상에 포함하고, ② 이 건 건축물중1층 로비를 공용면적으로 인정하고, 1층 로비, 5층 및 7층 공용부분을공장, 본점 및 연구소로 재안분하며, ③ 이 건 건축물 중 8층 구내식당은복리후생시설로 본점 중과세 대상에서 제외할 것을 내용으로 하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2012.12.11. 청구법인의경정청구 중 ② 및 ③의 내용은 받아들이고, 기업부설연구소의 공용면적에 대하여는기업부설연구소로 인정받지 아니한 면적이라하여 ①의 내용은 거부하였다.

 

 라.청구법인은 이에불복하여2013.3.6. 심판청구를 제기하였다.

 

 

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

 

 가. 청구법인 주장

 

    「지방세특례제한법」 제46조 제1항에서 기업부설연구소용 부동산에 대하여 취득세 등을 감면하는 것은 연구 및 인력개발을 촉진하기위한 것으로서 감면대상을 사용 용도에 중점을 두어 “기업부설연구소용에 직접 사용”하기 위해취득하는 부동산으로 정의하고 있으므로 당해부동산의 기업부설연구소를폐쇄하거나, 폐쇄와 유사한 사실관계가 발생하지 아니하거나 또는 당해 부동산을 다른 용도로 임대하지 아니한다면 기업부설연구소용에 직접 사용하는 것으로 보아야 할 것이고,

 

  전문화와 다각화가 동시에 요구되는 21세기 기업 환경에서 각 사업부의 효율적이고, 합리적인 기업운영을 위해서 부동산의 공용은 불가피한 현실이고, 이러한 기업환경의 현실을 고려하여 구 행정자치부유권해석OOO에서 건축물의 일부를 기업부설연구소로 사용하는 경우로서 공용면적의 구분이 불분명한 경우기업부설연구소용으로 직접 사용하는 전용면적과 다른 용도로 사용하는전용면적의 비율로 안분한다고 해석하고 있고, 구 행정자치부 심사결정(OOOO-OO, OOOOOOOOOO)에서도 공용으로 사용하는 주차장의 면적을 각각의용도에 안분하여야 한다고 해석하고 있으므로 기업부설연구소용의 공용으로 사용하는 면적은「지방세특례제한법」 제46조 제1항에서 규정하고 있는 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 해당한다고 보아야 할 것인 바, 

 

 이 건 건축물은 청구법인이 기업부설연구소로 주로 사용하기 위하여 설립한OOOOOOO OO로 실제로 이 건 건축물의 대부분(전용면적 비율 71%, 임직원비율 74%)을 기업부설연구소로 직접 사용하고 있고, 공용면적 대부분도 기업부설연구소의 공용면적으로 사용되고 있으므로 이 건건축물의 공용면적 중 청구법인의 기업부설연구소에 안분되는 공용면적(이하 “쟁점공용면적”이라 한다)은 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 해당되므로 취득세 등의 면제대상에 해당됨에도

 

처분청이 취득세 등의 면제대상인 기업부설연구소에 대한 정의와 범위를규정한「지방세특례제한법 시행령」 제23조 제1항의 규정을 입법취지와 법률 조문을 고려하지 아니하고,취득세 등의 면제대상인 기업부설용연구소용 부동산의 정의와범위로 해석하여 교육과학기술부장관으로부터 기업부설연구소로 인정받은 면적만 취득세 등의 면제대상으로보아 쟁점공용면적을 취득세 등의 면제대상에서 제외한 것은 실질과세원칙을 고려하지 아니한 부당한 처분이므로 처분청의 경정청구 거부처분은 취소되어야한다.

 

 나. 처분청 의견

 

    「지방세특례제한법 시행령」 제23조 제1항의 규정에 의하면 같은법 제46조제1항 본문에서 규정하고 있는 “대통령령으로 정하는 기업부설연구소”란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있으므로 취득세등의 감면대상이 되는 기업부설연구소용 부동산은 부동산을 취득한 후 4년 이내에 기업부설연구소용 부동산으로 교육과학기술부장관으로부터 인정받은 면적에 한한다고 해석되어지는 바,

 

  쟁점공용면적은 청구법인이 교육과학기술부장관으로부터 기업부설연구소용 부동산으로 인정받지 못하였음이 OOOOOOOOOO OOOO(OOOOOO-OOOO, OOOOOOOOOOO)에 의해 확인되고 있고, 기업부설연구소로 인정받은 범위를 초과하여 본점과 공용으로 사용하는 세미나실 등은 취득세 등의 면제대상에 해당되지 아니한 점 등을 종합하여볼 때 처분청이 쟁점공용면적을 취득세 등의 면제대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거분한 것은 잘못이 없다 할 것이다.

 

 

3. 심리 및 판단

 

 가. 쟁  점

 

    교육과학기술부 장관으로부터 기업부설연구소로 인정받지 못한 기업부설연구소 공용면적이 취득세 등의 감면대상에 해당하는지 여부

 

나. 관련법령

 

  (1) 지방세특례제한법

     제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2012년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.

 

  (2) 지방세특례제한법 시행령

     제23조(기업부설연구소) ① 법 제46조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 기업부설연구소"란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다.

 

  (3) 지방세기본법

    제17조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 이 법 또는 지방세관계법을 적용한다

     ② 이 법 또는 지방세관계법 중 과세표준 또는 세액의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다.

 

  (4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률

    제14조(특정연구개발사업의 추진) ① 교육과학기술부장관은 기초연구의 성과 등을 바탕으로 하여 국가 미래 유망기술과 융합기술을중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 “특정연구개발사업”이라한다)에 대하여 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각 호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관 중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.

     2. 연구 인력ㆍ시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소 및 기업의 연구개발전담부서

 

  (5) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령

     제16조(특정연구개발사업 참여기관 등의 기준) ① 법 제14조 제1항 제2호에서 "연구 인력·시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소"란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구소에서 근무하는 연구전담요원을 늘 확보하고 교육과학기술부령으로 정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업부설 연구기관으로서, 교육과학기술부령으로 정하는 사항을 신고하여 교육과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 교육과학기술부장관은 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정할 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.

     ②법 제14조 제1항 제2호에서 "연구 인력·시설 등 대통령령으로정하는 기준에 해당하는 기업의 연구개발전담부서"란 해당 부서에서근무하는 연구전담요원을 1명 이상 늘 확보하고 교육과학기술부령으로정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 연구개발부서로서, 교육과학기술부령으로 정하는 사항을 신고하여 교육과학기술부장관의 인정을받은 연구개발전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다.

 

 다. 사실관계 및 판단

 

  (1)처분청과 청구법인이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실을알 수 있다.

 

   (가)청구법인은1993.12.30. 서울 OOO를 본점(2012.8.16. 이 건 부동산으로 본점 이전)으로하고, 레이저 응용 장비의개발 및 제작공급 등을 목적사업으로 하여 설립되었고, 2011.2.28. 이 건토지(10,779.7㎡)를 취득한 후, 2011.4.29. 처분청으로부터 이 건 토지 중 77.8%(8,386.6㎡)에 대하여는 기업부설연구소용으로 취득세 등을 면제 받았고, 나머지 부분에 대하여는취득세 등 OOO을 신고납부 하였고,2012.6.13.이 건 토지상에 이 건 건축물을신축한 후,2012.8.3. 이 건건축물 중 기업부설연구소 면적 10,592.17㎡(연구소용 부동산)에대하여는처분청으로부터취득세 등을 면제받았고, 나머지 부분(9,974.99㎡)은대도시내 본점 사업용부동산으로 중과세하여 산출한 취득세 등 OOO을2012.8.10. 신고납부하였다.

 

   (나) 청구법인은이 건 토지 중 77.8%(8,386.6㎡)를기업부설연구소용부동산으로 취득세 등을 면제 받았으나, 2012.6.13. 이 건 건축물 신축 후기업부설연구소용부동산 면적이 57.62%로 축소됨에 따라2012.8.10.연구소용건축물의 부속토지를 제외한 나머지 부분은 본점 사업용부동산으로 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO을처분청에 신고납부하였고,

 

 2012.8.13.OOOOOOOOOO로부터 이 건 건축물 중 2층～7층 9,306.7㎡에 대하여 기업부설연구소로 인정받았고,처분청으로부터 청구법인이 기업부설연구소로 인정받으려고 준비 중인 면적을 포함한 10,592.17㎡에 대하여 취득세 등을 면제받았다.

 

   (다) 청구법인은2012.10.16. 처분청에 경정청구를 하였고, 처분청은 2012.11.28. 이 건 부동산 현지 확인을 거쳐, 2012.12.11. 경정청구 중 이유 있다고 판단되는 부분에 대하여는 경정청구를받아들여 취득세 OOO, 농특세 OOO,합계 OOO을 감액하였고, 청구법인의 기업부설연구소의 공용면적에 대하여는 기업부설연구소로 인정받지 않은 면적이라며 불가 통지를 하였다.

 

 (2) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살펴보면, 「지방세특례제한법시행령」 제23조의 규정에 의하면 법 제46조 제1항에서 “대통령령이 정하는기업부설연구소”라 함은 토지또는 건축물을 취득한 후 4년이내에「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말하는 것으로 규정하고 있으므로 취득세 등의 감면대상이 되는기업부설연구소용부동산은 부동산을 취득한 후 4년 이내에 기업부설연구소용 부동산으로교육과학기술부장관으로부터 인정 받은 면적에 한한다고 해석되어지므로감면대상 기업부설연구소 면적은교육과학기술부장관에게 인정을 받은 것을 한도로 봄이 타당하다고 할것인 바, 인정받은 범위를 초과하는공용면적은 실제로 기업부설연구소의 공용면적으로 사용된다 하더라도취득세 등의 면제대상에해당된다고 보기는 어렵다 할 것OOO이다.

 

 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고판단된다.

 

 

4. 결  론

 

   이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.