[사건번호]    조심2013지0210 (2013.10.22)
   
[세     목]    등록    [결정유형]    경정
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[제     목]    (1) 이 건 심판청구가 적법한지 여부 (2) 법인분할로 인하여 취득한 쟁점부동산 등기시 등록세율(2%) 적용 적법 여부 및 등록세 추징사유 발생시 중과세율로 추징한 것이 적법한지 여부 (3) 이 건 등록세 감면세액 추징이 적법한지 여부
   
[결정요지]    (1) 2010.11.29. 청구법인의 설립등기에 대한 등록세 신고납부는 불복기간이 경과하여 부적법하고, 2011.11.28. 추징사유가 발생하여 신고납부한 취득세 등에 대한 경정청구 거부처분은 적법함. (2) 인적분할로 인한 부동산 취득은 취득 대가를 지급하는 유상승계취득으로 보기는 어려우므로 그 등록세율은 유상승계취득에 따른 세율(2%)이 아닌 무상승계취득에 따른 세율(1.5%)을 적용하여야 하는 것이 타당함. 또, 분할신설법인인 청구법인이 대도시(서울특별시)에서 설립된 이상 등록세 등을 중과세하는 것이 타당함. (3) 분할법인의 주주가 분할신설법인인 청구법인으로부터 받은 주식을 3년 이내에 처분한 사실이 확인되는 이상 추징요건이 발생하였다 할 것임.
           
[관련법령]    조세특례제한법 제119조
   
[참조결정]    조심2012지0684
   
[따른결정]   
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[주    문]

 

서울특별시 OOO구청장이 2012.11.22. 청구법인에게 한 서울특별시 OOO 및 법인설립 등기에 따른 등록세 중과세 대상이아니어서 과다 납부한 등록세액을 환급해 달라는 경정청구 거부처분 중

1. 청구법인이 2010.11.29. 신고납부한 법인설립 등기에 따른 등록세와 관련된 심판청구는 이를 각하하고,

2. 2010.11.26. 법인분할로 인해 취득한 서울특별시 OOO에 대한 등록세율을 15/1000의 3배 중과세율 적용하여 그 세액을 경정하며,

3. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

 

[이    유]

 

1. 처분개요

 

 가. 청구법인은 OOO 소재 주식회사 OOO로부터 서울특별시 OOO에 2010.11.26. 법인분할로 인해 기존 분할법인 서울지점의 자산·부채를 포괄승계 받아 쟁점부동산 소재지를 본점으로 하여 부동산 매매 및 임대업 등을 영위하는 분할신설법인으로서, 2010.12.14. 처분청으로부터 구 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10461호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조제1항제10호 및 같은 법 제120조제1항제9호 규정에 의거 쟁점부동산에 대한 취득세 및 등록세를 100% 감면받았다.

 

 나. 2011.12.28. 분할법인의 주주 이OOO 외 2인은 분할신설법인으로부터 받은 주식 86,925주를 청구법인의 주주인 박OOO에게 유상으로 처분함에 따라 청구법인은 “분할법인의 주주가 분할신설법인으로부터 받은 주식을 그 받은 날로부터 3년 내에 처분하면 당초 감면받은 취득세 및 등록세를 추징” 하도록 규정한 구 조세특례제한법 제119조제1항제10호 및 같은 법 제120조제1항제9호 단서 조항에 의거 과세표준 OOO으로 하여 취득세(농어촌특별세 포함) OOO 및 등록세OOO, 합계 OOO을 2012.1.30. 신고납부하였다.

 

 다. 한편, 청구법인은 2010.12.2. 분할신설법인 설립등기 당시 구 지방세법(2010.6.8. 법률 제10361호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조제1항 규정에 의한 3배 중과세율이 적용되는 것으로 보아 법인등기 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 2010.11.29. 신고납부하였다.

 

 라. 이후, 2012.10.4. 청구법인은 구 지방세법 시행령 제102조제6항과 구 조세특례제한법 제119조제1항 후단 조항에 의거 쟁점부동산 및 법인설립 등기에 따른 등록세 중과세 대상이 아니라고 주장하면서 처분청에 과다 납부한 등록세액 OOO을 환급해 달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2012.11.22. 이를 거부하였다.

 

 마. 청구법인은 이에 불복하여 2012.12.28. 심판청구를 제기하였다.

 

 

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

 

 가. 청구법인 주장

 

  < 주위적 청구 >

 

  (1) 구 지방세법 시행령 제102조제6항 규정에 의하면, “분할등기일 현재 5년이상 계속사업을 영위한 대도시내 내국법인이 법인의 분할(적격분할의 요건을 갖춘 경우에 한한다)로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 중과세 대상으로 보지 아니한다”라고 규정하고 있으므로 청구법인은 분할등기일 현재 5년이상 사업을 영위한 부산의 본점법인(설립후 5년 경과)과 서울의 지점법인(설치후 5년경과)을 둔 기존 내국법인이 분할에 의하여 부산에 본점을 둔 내국법인을 분할법인로, 서울의 지점을 둔 기존 내국법인을 분할신설법인으로 설립등기하므로써 대도시내에 새로이 법인이 설립되었지만 사실상 종전 서울지점의 일부가 분할되어 계속 본점법인으로 존속하는 것으로 새로운 법인의 설립도 아니고 대도시외의 내국법인이 대도시내로 전입한 것도 아닌 기존 OOO법인이 분할되면서 형태만 본점으로 바꾸어 등기한 것에 불과하므로 등록세 중과세 입법목적(대도시의 인구집중 억제)과 기존 법인과의 형평성에 비추어 볼 때 이러한 법인이 취득하는 부동산 및 법인설립 등기에 대하여 등록세를 중과하는 것은 부당하다.

 

  (2) 또한, 구 조세특례제한법 제119조제1항에서는 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대해서는 등록세를 면제한다. 이 경우 구 지방세법 제138조제1항에 의한 세율을 적용하지 아니한다”하고 규정하면서, 제10호는 “법인세법 제46조제2항 각 호의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기. 다만 법인세법 제46조의3제3항 각 호의 사유가 발생하는 경우에는 감면받은 등록세를 추징한다”라고 규정하고 있으므로, 청구법인의 경우 설립당시 법인세법 제46조제2항 각 호의 요건에 갖춰 적법하게 분할되어 설립된 이상 청구법인이 취득한 부동산 등기에 따른 등록세 중과세율은 적용되지 아니할 뿐만 아니라 감면받은 세액 또한 중과세로 감면을 받지 아니한 일반세율로 감면받았다고 보아야 할 것이다.

 

   여기서, 구 조세특례제한법 제119조제1항제10호에서 법인분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기라 함은 법인설립등기 뿐만 아니라 부동산 등기까지 포함OOO한다고 할 것이다.

 

  (3) 한편, 등록면허세율에 있어서도 법인 인적분할로 인하여 취득하는 부동산의 등기의 경우 유상승계취득에 따른 등록세율 2%가 아닌 무상승계취득에 따른 세율 1.5%를 적용하여야 하고OOO, 법인등기 세율은 4/1,000가 아닌 기타등기 세율OOO이 적용되어야 한다OOO.

 

 < 예비적 청구 >

 

  구 조세특례제한법 제119조제1항에 의하면, “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대해서는 등록세를 면제한다. 이 경우 구 지방세법 제138조제1항에 의한 세율을 적용하지 아니한다”하고 하면서, 제10호는 “법인세법 제46조제2항 각 호의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기. 다만 법인세법 제46조의3제3항 각 호의 사유가 발생하는 경우에는 감면받은 등록세를 추징한다”라고 규정하고 있는 바, 여기서 법인세 제46조제2항 각 호의 요건을 갖춘 분할이란 제1호(사업목적의 분할), 제2호(지분의 연속성), 제3호(사업의 계속성)의 사유가 모두 충족하는 경우를 말한다. 따라서, 감면받은 등록세가 추징되는 ‘법인세법 제46조의3제3항 각 호의 사유가 발생하는 경우’도 ‘각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우’와는 구별되어야 하므로 제1호(사업의 폐지, 청구법인 : 해당없음), 제2호(주식의 처분, 청구법인 : 해당) 중 어느 하나의 사유가 발생하는 것만으로는 감면받은 등록세를 추징할 수 없다.

 

 나. 처분청 의견

 

  < 원처분청(서울특별시 OOO구청장) >

 

  (1) 지방세법과 조세특례제한법 등에 의하여 감면되는 경우에 그 면제요건을 갖추지 못하여 추징할 때에는 해당 법규에 의하여 중과세 대상법인이 된다고 할 때 그 세액은 중과세율로 추징해야 할 것이며, 일부 경감하는 경우에도 그 납부세액은 중과세액에서 경감비율을 적용하여 산출하는 것이 대도시내에서의 법인설립이나 그에 따른 부동산 등기에 관하여는 일반세율의 3배를 중과하도록 규정한 구 지방세법 제138조제1항 등 관계법규와 그 입법취지에 합당하다 할 것이다OOO.

 

   이러한 법리에 비추어 보면, 청구법인은 OOO 소재 분할법인의 부동산 임대부분이 분할되면서 서울특별시 OOO에 설립되고 법인설립에 따른 부동산 등기를 한 것이고, 이는 대도시외의 법인이 대도시내에 새로이 본점을 설립하고 부동산을 등기한 경우이므로 구 지방세법 제138조제1항 각 호에 따라 대도시내 법인의 설립에 따른 부동산 등기로 보아 등록세를 일반세율의 3배 중과세로 신고납부한 것은 적법하다 할 것이다. 따라서 법인설립등기에 따른 기타등록세 신고납부도 마찬가지라 할 것이다.

 

  (2) 또한, 구 지방세법 시행령 제102조제6항에서 “분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시내의 내국법인이 법인의 분할로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 중과세 대상으로 보지 아니 한다”라고 한 규정을 해석함에 있어 그 설립등기에 따른 기타등록세만 중과세 제외할 것인지 아니면 분할법인은 중과세 대상에서 제외한다 하였으므로 분할법인 설립 후 5년 이내의 자본금 변경등기 등과 부동산 취득에 대해서도 중과세 제외할 것인지 쟁점이 될 수 있는바,

 

   형식상으로는 법인설립등기를 함으로써 새로이 법인이 설립되지만, 사실상 종전의 법인의 일부가 분할되어 계속 존속하는 것이므로 설립 후 5년이내의 부동산등기에 대하여는 중과세하지 않는다고 할 것인 바OOO, 그렇다면 설립 후 5년 이내에 행하는 법인등기에 대하여도 중과세대상에서 제외된다고 하겠다. 즉, 5년이상 영위한 분할 전 기존법인과의 영속성에서 대도시내에서 5년이상 영위한 법인과 동일하게 보겠다는 의미이다.

 

   그런데, 대도시외의 법인이 대도시내로 전입한 후 5년이 경과하기 전에 분할하는 경우를 보면, 동 규정은 대도시내에서 5년 이내 영위한 법인이 분할하는 경우를 의미하고, 대도시내로의 전입은 신설로 보기 때문에 대도시외의 법인이 대도시내로의 전입한 후 5년이 경과하기 전에 분할하는 경우 그 분할로 신설되는 법인은 이 규정을 적용할 수 없다고 할 것이다.

 

   이상의 규정은 법인 본점관계에서 그와 같다는 것이므로 청구법인과 같이 분할 전 기존법인의 본점이 대도시외에 소재하고 있는 이상 이 규정을 적용할 수 없으므로 중과세대상으로 판단하여 분할신설법인 설립 등기에 따른 기타등록세 및 부동산 등기에 관련된 등록세 중과세액의 신고납부는 적법하다.

 

 < 서울특별시장 >

 

  (1) 구 조세특례제한법 제119조제1항에 의하면, “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대해서는 등록세를 면제한다. 이 경우 구 지방세법 제138조제1항에 의한 세율을 적용하지 아니한다”하고 하면서, 제10호는 “법인세법 제46조제2항 각 호의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기. 다만 법인세법 제46조의3제3항 각 호의 사유가 발생하는 경우에는 감면받은 등록세를 추징한다”라고 규정하고 있으므로, 청구법인의 경우 법인세법 제46조제2항 각호의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득한 재산에 대하여 처분청으로부터등록세를 감면받았던 바, 이에 대하여 처분청 역시 이견이 없으므로 그 감면세액은 일반세율에 해당하는 등록세액이 정당하다 할 것이고,

 

   구 조세특례제한법 제119조제1항제10호 단서 조항에 따르면, 법인세법 제46조의3제3항 각 호의 사유가 발생하는 경우에는 감면받은 등록세를 추징하도록 규정하고 있는 바, 그 추징세액은 일반세율에 해당하는 등록세를 추징해야 한다고 하는 청구법인의 주장은 이유 있는 것으로 판단된다.

 

  (2) 구 지방세법 시행령 제102조제6항에서 분할등기일 현재 5년이상 계속하여 사업을 영위한 대도시내의 내국법인이 법인분할로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 중과세 대상으로 보지 아니한다고 규정하고 있는 데, 이는 분할 전 기존 법인과의 연속성에서 대도시내 5년이상 사업이 영위된 법인과 동일하게 보겠다는 의미가 강하다고 할 것이어서 기존 분할법인의 본점이 부산광역시 소재로 대도시외의 법인이 분할로 인하여 서울특별시에 법인을 설립하는 경우로 보아야 할 것으로 기존 분할법인의 지점이 비록 대도시내에서 5년이상 계속하여 사업을 영위하였다 하더라도 이는 청구법인이 분할등기일 현재 5년이상 계속하여 사업을 영위한 ‘대도시내의 내국법인’이 분할로 인하여 법인을 설립된 경우로는 볼 수 없다 할 것이므로 청구법인이 법인설립 등기시 등록세 중과세율로 신고납부한 것은 적법하다.

 

 

3. 심리 및 판단

 

 가. 쟁  점

 

  (1) 이 건 심판청구가 본안심리 대상인지 여부

 

  (2)법인분할로 인해 취득한 쟁점부동산 등기시 등록세율(2%) 적용 및 등록세 추징사유 발생시 중과세율로 추징한 것이 적법한 지 여부

 

  (3) 이 건 등록세 감면세액 추징이 적법한지 여부

 

 나. 관련법령(【별지】에 기재)

 

 다. 사실관계 및 판단

 

  (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다.

 

   (가) 분할법인인 주식회사 OOO 등기부등본에 의하면, OOO를 본점 소재지로 하고 의류제조판매 등을 사업목적으로 하여 1973.5.7. 회사설립하였고, 기타 사항에는 ①1991.2.12. 서울 OOO으로부터 본점 이전, ②(회사분할) 일부를 분할하여 서울특별시 OOO에 청구법인을 설립(2010.11.30. 등기)한 것으로 나타나고,

 

   분할신설법인인 청구법인의 등기부등본에는 본점 소재지 서울특별시 OOO, 목적사업 부동산 매매 및 임대업 등, 회사성립일 2010.12.2. OOO를 분할하여 설립(2010.12.2. 등기)한 것으로 나타난다.

 

   (나) 분할법인의 분할계획서(2010.10.5.)에 의하면, 분할법인은 상법 제530조의2 내지 제530조의11의 규정이 정하는 바에 따라 단순 인적분할 방식으로 분할하여 새로운 회사를 설립하고자 한다는 내용이 나타나는 바,

 2. 분할의 방법

 1) 상법 제530조의2 내지 제530조의11의 규정이 정하는 바에 따라 아래 표와 같이 분할되는 회사가 영위하는 사업 중 파크랜드빌딩 임대사업부문을 분할하여 분할신설회사를 설립하고, 분할되는 회사의 주주가 분할 신주배정기준일 현재의 지분율에 비례하여 신설회사의 주식을 배정받는 인적 분할방식이며, 분할 후 기존의 분할되는 회사는 존속한다.

 2) 분할기일은2010년 11월 26일로 한다.

 3) 상법 제530조의3 제1항에 의거 주주총회의 특별결의에 의해 분할하며, 동법 제530조의9 제1항에 의거 분할신설회사 또는 분할되는 회사는 분할전의 회사채무에 관하여 연대하여 변제할 책임이 있다.

 4) 분할되는 회사의 일체의 적극/소극재산과 공법상의 권리/의무를 포함한 기타의 권리/의무 및 재산적 가치가 있는 사실관계(인허가, 근로관계, 계약관계, 소송 등을 모두 포함한다)는 분할대상부문에 관한 것이면 분할신설회사에게, 분할대상부문 이외의 부문에 관한 것이면 분할되는 회사에게 각 귀속되는 것을 원칙으로 한다.

 

   2010.11.26. 청구법인이 분할법인으로부터 법인세법 제46조제2항 각 호의 요건을 갖춘 적격분할로 인하여 쟁점부동산을 취득한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

 

   (다) 2010.11.29. 청구법인은 분할법인인 주식회사 OOO로부터 인적분할 후 신설법인 등기를 위하여 자본금 OOO에 대한 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 자진 신고납부(등록세 3배 중과세율 적용)하였다.

 

   (라) 2010.12.2. 청구법인은 인적분할 후 법인설립 등기하였고, 본점 소재지 서울특별시 OOO, 자본금 OOO,발행주식수는 156,400주, 1주당 액면가액은 OOO, 주주현황은 이OOO72,469주(46.3%), 박OOO 69,475주(44.4%), 기타 14,456주(9.3%)이다.

 

 

 

   (마) 2010.12.14. 청구법인은 분할법인 소유인 쟁점부동산을 회사분할로 인한 취득을 이유로 구 조세특례제한법 제119조제1항제10호 및 같은 법 제120조제1항제9호 규정에 의거 처분청으로부터 쟁점부동산에 대한 취득세 및 등록세 100% 감면받았다.

 

   (바)2011.12.28. 주주 이OOO 외 2인은 보유주식을 주주 박OOO에게모두 처분한 사실이 주식이동상황명세서에 의해 다음과 같이 확인된다.

 

 

 

   (사) 2012.1.27. 청구법인은 처분청으로부터 쟁점부동산 취득에 따라 감면받은 취득세(농특세 포함) OOO, 등록세(지방교육세 포함) OOO(3배 중과세율 적용), 합계 OOO을 자진 신고하고 2012.1.30. 이를 납부하였다.

 

   (아) 2012.10.4. 청구법인은 구 조세특례제한법 제119조제1항에서 “법인세법 제46조제2항 각 호의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산의 등기”의 경우 대도시내 법인의 부동산 등기 중과세율을 적용하지 아니하도록 규정하고 있으므로 3배 중과세율로 신고납부한 등록세 OOO 중 OOO과, 분할에 따른 법인설립 등기시 기 신고납부한 등록세 OOO 중 OOO을 각각 과다납부 하였으므로 환급하여야 한다고 주장하면서 처분청에 경정청구 하였으나, 2012.11.22. 처분청은 이를 거부하였다.

 

  (2) 먼저, 쟁점①에 대하여 본다.

 

   (가) 지방세법(2010.6.8. 법률 제10361호로 개정되기 전의 것) 제72조제1항에 의하면, 불복청구 대상을 이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자로 규정하고 있고, 같은 법 제74조제3항은 이의신청을 거치지 아니하고 심판청구를 하려는 때에는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 제기하도록 규정하고 있고,

 

   2011.1.1. 시행된 지방세기본법 제51조제1항에서는 “이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 3년(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청, 심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 최초 신고 및 수정신고한 지방세의 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을말한다)의결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다“고 규정하고 있다.

 

   (나) 청구법인은 구 조세특례제한법 제119조제1항에서 “법인세법 제46조제2항 각 호의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산의 등기”의 경우 대도시내 법인의 부동산 등기 중과세율을 적용하지 아니하도록 규정하고 있으므로 부동산 등기시 3배 중과세율로 신고납부한 등록세 OOO 중 OOO과, 분할에 따른 법인설립 등기시 3배 중과세율로 신고납부한 등록세 OOO을 각각 과다납부 하였으므로 환급하여야 한다고 주장하면서 2012.10.4. 처분청에 경정청구 하였으나, 2012.11.22. 처분청은 이를 거부함에 따라 2012.12.28. 이 건 심판청구를 제기하였는 바,

 

    1) 청구법인은 2010.11.26. 법인분할로 승계취득한 부동산에 대하여 구 조세특례제한법에 따라 전액감면 받은 후 2011.12.28. 추징사유발생으로 2012.1.27. 감면받은 취득세와 등록세를 신고납부하였고, 이에 대하여는 지방세기본법 제51조에 의한 경정청구대상에 해당되고 2012.11.22. 처분청의 경정청구 거부처분에 따른 심판청구는 적법하므로, 청구법인이 취득한 부동산 등기에 따른 등록세와 관련한 다툼은 본안심리대상이라고 판단된다.

 

    2) 한편, 지방세법에 근거하지 아니한 납세의무자의 경정청구에 대하여 과세관청이 이를 거부하는 회신을 하였다고 하더라도 이를 가리켜 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다고 할 것OOO이므로

 

    청구법인이 법인설립 등기를 위하여 2010.11.29. 3배 중과세율을 적용하여 등록세를 신고납부한 것은 2011.1.1. 시행된 지방세기본법 제51조에 의한 경정청구 대상이 되지 아니하고, 구 지방세법 제74조제3항에 따라 당해 처분 즉, 신고납부한 때로부터 90일내에 심판청구를제기하지 아니하였으므로 법인등기에 따른 등록세와 관련한 다툼은적법한 심판청구로 볼 수 없어서 본안심리 대상이 아니라고 판단된다.

 

  (3) 다음으로 쟁점②에 대하여 본다.

 

   (가) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10461호로 개정되기 전의 것) 제119조제1항 규정에 의하면, “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대해서는 등록세를 면제(제13호 및 제28호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다. 이 경우 지방세법 제138조제1항의 세율을 적용하지 아니한다”고 하면서, 제10호에서 법인세법 제46조제2항 각 호의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 관한등기를 규정하고 있고,

 

   지방세법(2010.6.8. 법률 제10361호로 개정되기 전의 것) 제138조제1항제3호에서는대도시에서 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 따른 해당 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고, 같은 법 시행령 제102조제6항은 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시내의 내국법인이 법인의 분할로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 중과세 대상으로 보지 아니한다고 규정하고 있다.

 

   (나) 첫째, 법인분할로 인해 취득한 쟁점부동산에 대한 등록세율은 20/1000(유상승계취득)이 아니라 무상승계취득에 해당하는 15/1000를 적용하여야 한다는 청구주장에 대하여 살펴보면,

 

    2010.11.29. 적격 분할로 인하여 신설된 청구법인이 취득하는 부동산 등기시 쟁점부동산을 출자하는 분할법인에게 대가를 지급하는 것이 없고 당해 분할법인의 주주에게 신설법인의 주식을 분할대가로 교부하는 형태의 인적 분할방식인 이상 분할신설법인이 취득한 쟁점부동산은 무상승계취득에 해당한다고 볼 수 있다.

 

    따라서, 처분청이 쟁점부동산의 등록세율을 유상승계취득으로 보아 20/1000을 적용한 것은 잘못이라고 판단된다.

 

   (다) 둘째, 구 조세특례제한법 제119조제1항제10호 단서 조항에 따른 등록세 추징사유 발생으로 쟁점부동산 등록세를 추징하는 경우 일반세율이 아닌 3배 중과세율을 적용하는 것은 부당하다는 청구주장을 살펴보면,

 

    일반적으로 조세특례제한법령상 제반조항은 조세감면 규정에 해당하므로 추징사유 발생으로 감면세액을 추징할 때에는 해당 조세특례제한법령상 감면조항을 배제하고, 감면조항을 적용하기 이전에 적용되었어야 할 지방세법령에 따른 조세부과(또는 신고납부) 관련규정을 적용하는 것이 합리적이라 하겠는 바,

 

    청구법인의 경우, 2010.11.26. 법인분할로 인해 구 조세특례제한법 제119조제1항제10호 규정에 따라 쟁점부동산 등록세를 전액감면 받았지만, 2011.12.28. 법인세법 제46조의3제3항제2호에 의한 등록세 추징사유 발생으로 해당세액을 추징하는 경우 그 추징세액은 구 조세특례제한법 제119조를 적용하지 아니하고 구 지방세법 제138조제1항에 의한 3배 중과세율을 적용하는 것이 타당하다고 볼 수 있다.

 

    한편, 구 지방세법 제138조제1항제1호 및 제3호에서 ‘법인의 설립’이라 함은 지점의 설치를 별도로 규정하고 있고 민법 제33조 및 상법 제172조에 의거 법인은 그 주된 사무소(본점)의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립하도록 규정하고 있는 점 등으로 보아 ‘법인 본점의 설립’을 의미한다 할 것인 바, 청구법인은 대도시 외OOO에 소재하는 내국법인인 종전법인이 분할하여 새로이 대도시 내OOO에 신설된 법인인 이상 구 지방세법 시행령 제102조제6항에 따른 ‘대도시내 내국법인의 분할’로 볼 여지도 없다 할 것이다.

 

    따라서, 청구법인이 당초 감면받은 쟁점부동산 등록세를 추징사유 발생으로 2012.1.27. 구 지방세법 제138조제1항에 의한 3배 중과세율을 적용하여 신고납부한 것은 타당하다고 할 것이다.

 

  (4) 마지막으로 쟁점③에 대하여 본다.

 

   (가) 구 조세특례제한법 제119조제1항제10호 단서조항에서는 법인세법 제46조의3제3항 각 호의 사유가 발생하는 경우에는 감면받은 등록세를 추징한다고 규정하고 있고,

 

   법인세법 제46조의3제3항은 “분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 분할신설법인 등은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제46조의2제1항에 따른 시가와의 차액, 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입한다”고 규정하면서 제1호는 분할신설법인 등이 분할법인 등으로부터 승계 받은 사업을 폐지하는 경우, 제2호는 대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주가 분할신설법인 등으로부터 받은 주식을 처분하는 경우로 각각 규정하고 있다.

 

   (나) 구 조세특례제한법 제119조제1항제10호 단서의 등록세 추징요건에서 “법인세법 제46조의3제3항 각 호의 사유가 발생하는 경우”라 함은 적격분할시 분할신설법인에 대한 과세특례 규정인 법인세법 제46조의3 제3항 규정을 포괄적으로 준용한 것으로서 이는 제1호와제2호 중 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는등록세 추징요건을 충족한다고 볼 수 있는 바, 두 가지 요건을 모두 충족하여야만 추징요건에 해당된다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

 

 

4. 결 론

 

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제123조 제4항과「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제1호, 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

(1) 지방세기본법(2010.12.27. 법률 제10415호로 개정되기 전의 것)

제51조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 3년(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청, 심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 최초 신고 및 수정신고한 지방세의 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

 

부칙 <제10219호, 2010.3.31>

제1조(시행일) 이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 제34조에 따른 납세의무가 성립하는 지방자치단체의 지방세부터 적용한다.

 

(2) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10461호로 개정되기 전의 것)

 

제119조(등록세의 면제 등)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대해서는 등록세를 면제(제13호 및 제28호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다. 이 경우 「지방세법」제138조제1항의 세율을 적용하지 아니한다.

 

10.「법인세법」제46조제2항 각 호(물적 분할인 경우에는 같은 법 제47조제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기. 다만,「법인세법」제46조의3제3항(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제2항) 각 호의 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 감면받은 등록세를 추징한다.

 

(3) 지방세법(2010.6.8. 법률 제10361호로 개정되기 전의 것)

 

제72조(청구대상) ① 이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다. 이하 이 절에서 같다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 절의 규정에 의한 이의신청, 심사청구 및 심판청구를 할 수 있다.

제74조(심사청구 및 심판청구) ③ 이의신청을 거치지 아니하고 바로 심사청구 또는 심판청구를 하려는 때에는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 도세[생략]에 있어서는 조세심판원장에게 심판청구를, 시·군세[생략]에 있어서는 도지사에게 심사청구를 하거나 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다.

 

제131조(부동산등기의 세율)

① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

 

1. 상속으로 인한 소유권의 취득

(1) 농지

부동산가액의 1,000분의 3

(2) 기타

부동산가액의 1,000분의 8

2. 제1호 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득 : 부동산가액의 1,000분의 15. (단서 생략)

3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(1) 농지

부동산가액의 1,000분의 10

(2) 기타

부동산가액의 1,000분의 20

4. 소유권의 보존

부동산가액의 1,000분의 8

 

제137조(법인등기의 세율)

① 법인이 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 구분에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

 

1. 상사회사 기타 영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인

(1) 설립과 불입 : 불입한 주식금액이나 출자금액 또는 현김 이외의 출자가액의 1,000분의 4

(2) 자본증가 또는 출자증가 : 불입한 금액 또는 현금 이외의 출자가액의 1,000분의 4

 

제138조(대도시 지역 내 법인등기 등의 중과)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 따른 해당 세율의 100분의 300으로 한다. (단서 생략)

 

1. 대도시에서 법인의 설립[설립 후 또는 대통령령으로 정하는 휴면(휴면)법인(이하 이 항에서 "휴면법인"이라 한다)을 인수한 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다]과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기

2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

3. 대도시에서 법인의 설립(휴면법인을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

 

(4) 지방세법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22586호로 개정되기 전의 것)

 

제102조(대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준)

② 법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립ㆍ설치ㆍ전입이후 5년이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 부동산등기에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점 등"이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

 

④ 법 제138조제1항제2호의 규정에 의한 대도시외의 법인이 대도시내로의 본점 또는 주사무소의 전입에 따른 등기 및 동항제3호의 규정에 의한 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 전입이후의 부동산등기는 당해 대도시외의 법인이 당해 대도시내로의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 등기를 말한다.

 

⑥ 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시내의 내국법인이 법인의 분할(「법인세법 시행령」제82조제3항제1호 내지 제3호의 요건을 갖춘 경우에 한한다)로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 중과세 대상으로 보지 아니한다.

 

(5) 법인세법(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것)

 

제1조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "내국법인"이라 함은 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다.

 

제46조(분할 시 분할법인등에 대한 과세)

① 내국법인이 분할 또는 분할합병으로 해산하는 경우(물적분할은 제외한다) 그 법인의 자산을 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인(이하 "분할신설법인 등"이라 한다)에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제46조의3에서 같다)은 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인(이하 "분할법인등"이라 한다)이 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

 

1. 분할법인등이 분할신설법인 등으로부터 받은 양도가액

2. 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산장부가액

 

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 갖춘 분할의 경우에는 제1항제1호의 가액을 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

 

1. 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할하는 것일 것(분할합병의 경우에는 소멸한 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인일 것)

 

2. 분할법인등의 주주가 분할신설법인 등으로부터 받은 분할대가의 전액(분할합병의 경우에는 제44조제2항제2호의 비율 이상)이 주식으로서 그 주식이 분할법인등의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정(분할합병의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정한 것을 말한다)되고 대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주가 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식을 보유할 것

 

3. 분할신설법인 등이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

 

제46조의3(적격분할 시 분할신설법인 등에 대한 과세특례)

③ 제1항에 따라 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 분할신설법인 등은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제46조의2제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입한다. (단서 생략)

 

1. 분할신설법인 등이 분할법인 등으로부터 승계 받은 사업을 폐지하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주가 분할신설법인 등으로부터 받은 주식을 처분하는 경우

 

(6) 민법

 

제33조(법인설립의 등기) 법인은 그 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

제36조(법인의 주소) 법인의 주소는 그 주된 사무소의 소재지에 있는 것으로 한다.

제49조(법인의 등기사항) ① 법인설립의 허가가 있는 때에는 3주간 내에 주된 사무소 소재지에서 설립등기를 하여야 한다.

제77조(해산사유) ① 법인은 존립기간의 만료, 법인의 목적의 달성 또는 달성의 불능 기타 정관에 정한 해산사유의 발생, 파산 또는 설립허가의 취소로 해산한다.

② 사단법인은 사원이 없게 되거나 총회의 결의로도 해산한다

제85조(해산등기) ① 청산인은 파산의 경우를 제하고는 그 취임후 3주간 내에 해산의 사유 및 연월일, 청산인의 성명 및 주소와 청산인의 대표권을 제한한 때에는 그 제한을 주된 사무소 및 분사무소 소재지에서 등기하여야 한다.

 

(7) 상법

제170조(회사의 종류) 회사는 합명회사, 합자회사, 주식회사와 유한회사의 4종으로 한다.

제171조(회사의 법인성, 주소) ① 회사는 법인으로 한다.

② 회사의 주소는 본점소재지에 있는 것으로 한다.

제172조(회사의 성립) 회사는 본점소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

제227조(해산원인) 회사는 다음의 사유로 인하여 해산한다.

 1. 존립기간의 만료 기타 정관으로 정한 사유의 발생

 2. 총사원의 동의

 3. 사원이 1인으로 된 때

 4. 합병

 5. 파산

 6. 법원의 명령 또는 판결

제317조(설립의 등기) ① 주식회사의 설립등기는 발기인이 회사설립시에 발행한 주식의 총수를 인수한 경우에는 제299조와 제300조의 규정에 의한 절차가 종료한 날로부터, 발기인이 주주를 모집한 경우에는 창립총회가 종결한 날 또는 제314조의 규정에 의한 절차가 종료한 날로부터 2주간 내에 이를 하여야 한다.

③ 주식회사의 지점설치 및 이전시 지점소재지 또는 신지점소재지에서 하는 등기에 있어서는 제2항 제1호·제4호·제9호 및 제10호의 규정에 의한 사항을 등기하여야 한다.