쟁점(1) 대도시 내에서 5년 이상 사업을 영위한 청구법인이 대도시 외로 본점을 이전하였다가 다시 대도시 내로 본점을 이전한 경우 대도시 내로 본점을 재전입한 날을 기준으로 그 날부터 5년 이내에 취득한 대도시 내 부동산의 등기에 대하여 등록세를 중과세한 처분의 당부(취소)

청구번호 : 2010지0540 결정일자 : 2011-04-14 세목 : 등록세

청구번호 조심 2010지0540

주 문

처분청이 2010.4.8. 청구법인에게 한 등록세 68,943,210원, 지방교육세 12,765,440원 합계 81,708,650원의 부과처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분 개요

가. 청구법인은 2007.11.2. ○○○ 212-115 잡종지 4,975㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 1,279,000,000원에 취득한 후, 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고 납부하였다.

나. 처분청은 청구법인이 대도시 내로 본점을 이전 등기한지 5년 이내에 대도시 내에 소재하는 이 건 토지를 소유권이전등기 하였음에도 일반세율로 산출한 등록세를 신고 납부하였음을 확인하고 이 건 토지의 취득가액 1,279,000,000원을 과세표준으로 지방세법(2010.12.27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항의 세율(일반세율의 3배, 6%)을 적용하여 산출한 세액에서 청구법인이 납부한 세액을 차감한 등록세 68,943,210원, 지방교육세 12,765,440원, 합계 81,708,650원(가산세 포함)을 2010.4.8. 청구법인에게 부과 고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.7.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 대도시 내인 ○○○ 535-2○○○에서 설립한지 5년이 경과한 후, 2005.10.31. 대도시 외인 ○○○으로 이전 등기하였으나, 이는 형식적인 이전일 뿐 사실상 ○○○ 본점은 그대로 둔 상태에서 본점 이전 후 불과 16일만인 2005.11.16. 다시 /*십정동*/ 본점으로 본점이전 등기를 하였으므로 이는 실질적인 본점 이전에 해당되지 아니함에도 처분청이 대도시 인 ○○○ 본점으로 다시 이전한 날(2005.11.16.)을 청구법인의 대도시 내 전입일로 보아 그 날부터 5년 이내에 등기한 이 건 토지에 대한 등록세를 중과세 한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

대도시 외 법인이 대도시 내로 본점을 전입한 후, 5년 내에 등기하는 일체의 부동산에 대하여 등록세를 중과세하는 것이므로 여기에 실질적인 본점의 전입(이전)이 있었는지 여부는 그 고려 대상이 아니며, 설령 실질적인 본점 이전이 있었는지를 고려한다고 하더라도 청구법인은 2005.10.31. 대도시 외인 ○○○ 883-20으로 본점을 이전 등기한 후, 관할세무서에 사업장의 주소지 변경을 하고 변경된 본점을 관할하는 처분청에 주민세 특별징수분을 신고 납부하였으므로 이는 실질적인 본점 이전에 해당된다고 할 것이므로 청구법인이 대도시외에서 대도시 내로 본점을 재 전입한 2005.11.16.을 기준으로 그 날부터 5년 이내에 소유권 이전등기한 이 건 토지는 등록세 중과세 대상이라 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

대도시 내에서 5년 이상 사업을 영위한 청구법인이 대도시 외로 본점을 이전하였다가 다시 대도시 내로 본점을 이전한 경우 대도시 내로 본점을 재전입한 날을 기준으로 그 날부터 5년 이내에 취득한 대도시 내 부동산의 등기에 대하여 등록세를 중과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.12.27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것)

제138조【대도시 지역 내 법인등기 등의 중과】① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만,「수도권정비계획법」제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 대도시에서 법인의 설립[설립 후 또는 대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 이 항에서 "휴면법인"이라 한다)을 인수한 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다]과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기

2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

3. 대도시에서 법인의 설립(휴면법인을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

(2) 지방세법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22585호로 개정되기 전의 것)

제102조【대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준】② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

(3) 지방세법 시행규칙(2010.12.23. 행정안전부령 제186호로 개정되기 전의 것)

제55조의2【사무소등】영 제102조제2항 후단에서 "행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장"이라 함은「법인세법」·「부가가치세법」또는「소득세법」의 규정에 의하여 등록된 사업장(「법인세법」·「부가가치세법」또는「소득세법」의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장과 「부가가치세법 시행령」제6조의3에 따라 승인을 얻은 사업자단위 과세적용사업장의 종된 사업장으로 신고된 사업장을 포함한다)으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음의 장소는 제외한다. (이하 생략)

다. 사실관계 및 판단

청구법인은 사실상 대도시 외로 본점을 이전한 사실이 없으므로 대도시 내에서 법인 설립 후 5년이 경과한 후 소유권이전 등기한 이 건 토지에 대하여 등록세를 중과세하는 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(1) 청구법인의 법인등기부 등본 등에 의하면, 청구법인은 1998.9.30. 본점소재지를 대도시 내인 ○○○ 535-2로, 목적사업을 고철 수집 및 압축판매업 등으로 하여 설립되었다.

청구법인은 2005.10.31. 대도시 외인 ○○○ 본점으로 본점을 이전 등기한 후, ○○○에게 사업장 소재지 이전 신고를 하였고 2005.11.10. 주민세 특별징수분 14,340원을 ○○○ 본점을 관할하는 처분청에 신고 납부하였으며, 본점이전일부터 16일이 경과한 2005.11.16. 다시 ○○○ 본점으로 본점을 이전 등기하고 ○○○에게 사업장 소재지 정정신고를 하였다.

청구법인은 2007.11.2. 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고 납부하고 이 건 토지를 소유권 이전등기하였다.

청구법인 및 우리 원의 사실조회에 의하여 ○○○이 제출한「조세심판청구사건 심리자료」에 의하면, 청구법인은 최계분과 2004.4.26.부터 2009.9.7.까지 총 3회에 걸쳐 ○○○ 535-2 토지 1,380㎡를 임차하기로 하는 부동산 임대차계약을 한 후, ○○○으로부터 허가를 받지 아니하고 컨테이너 사무실을 설치하고 고철 야적업등을 영위한 사실을 알 수 있다.

처분청이 제출한 건축물 대장 및 조사 보고서 등에 의하면, 청구법인이 2005.10.31. 본점이전 등기를 한 ○○○ 본점은 지상2층의 근린생활시설로서 ○○○ 본점이 소재하는 부동산의 소유자인 ○○○은 청구법인이 월 30만원의 임대료를 지급하고 9개월간 점유하면서 40평 중에서 8평 정도를 사용하였다고 처분청 담당공무원에게 진술한 것으로 되어 있다.

청구법인이 제출한 항변자료 등에 의하면, ○○○ 본점 소재지 인근 주민들이 고철 야적장이 공해를 유발한다는 이유로 민원을 제기함에 따라 청구법인이 인근 주민을 설득하는 과정에서 ○○○ 본점에 소재하는 고철 야적장을 다른 곳으로 이전하겠다고 약속하고 그 사실을 입증하고자 2005.10.31. ○○○ 본점으로 본점이전등기를 하였으나, 그 후 ○○○ 본점 소재지 내 고철 야적장의 담장을 확장(길이 280m, 높이 4m)하는 조건으로 인근 주민들과 합의가 이루어져 종전 본점소재지인 ○○○ 535-2로 2005.11.16. 다시 본점 이전등기를 하였을 뿐 실질적으로 본점을 이전한 사실은 없다고 하고 있다.

한편 ○○○은 2005년 10월 16일 청구법인과 ○○○ 본점의 임대차계약을 체결하였다가 청구법인의 사정으로 계약을 파기하였으며, ○○○ 본점 부동산에 청구법인이 입주한 사실이 없다는 취지의 사실확인서를 2010.6.15. 작성한 후 청구법인을 통하여 제출하였다.

이 건 조세심판관회의 시 심리과정에서 청구법인은 ○○○에게 5개월간 월 30만원씩 임대료를 지급한 것은 사실이지만, 이는 당초 부동산 임대차계약에 따라 지급한 것일 뿐 실제로는 ○○○ 본점에 입주한 사실이 없다고 의견진술하였으며, 처분청 담당공무원은 ○○○ 본점을 청구법인이 사실상 사용하였는지 여부에 관한 조세심판관의 질의에 대하여 청구법인이 ○○○ 본점을 사용하였는지 여부에 관하여 구체적으로 확인한 사실은 없다고 답변하였다.

청구법인의 주거래은행○○○ 거래 내역서를 보면 청구법인은 2005.10.31.～2005.11.16.(변경 후 본점등록 기간) 사이에도 ○○○ 본점 인근에 소재하는 주거래은행과 계속하여 금융거래를 하고 있다.

(3) 지방세법 제138조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조 제2항에서 대도시내로 지점 등(본점을 포함한다)을 전입한 법인이 그 전입일로부터 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산 등기를 등록세 중과세 대상으로 규정하고 있으며, 여기에서 “지점 등”이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말하고, 지방세법 시행규칙 제55조의2에서 사무소 또는 사업장이라 함은 법인세법등의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있다.

(4) 지방세법 제138조 제1항 본문 및 제3호에서 대도시 외의 법인이 대도시 내로의 본점을 전입하고 그 전입일로부터 5년 이내에 취득하는 부동산 등기는 등록세 중과세 대상에 해당된다고 규정하고 있으므로 청구법인이 2005.10.31. 대도시 내인 ○○○ 본점에서 대도시 외인 ○○○ 본점으로 본점을 이전 하였다가 2005.11.16. 다시 대도시 내인 ○○○ 본점으로 본점을 이전 한 후 그 날부터 5년 이내인 2007.11.2. 이 건 토지를 취득한 이상, 청구법인의 ○○○ 본점이 지방세법 시행령 제102조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제55조의 2에서 규정한 사무소 또는 사업장에 해당되는 경우에는 청구법인이 대도시 내에서 설립한지 5년이 경과한 후 대도시 외로 본점을 이전하였고 대도시외에 본점을 둔 기간이 16일에 불과하고 하더라도 이 사실만으로 이 건 토지의 소유권이전 등기가 등록세 중과세 대상에 해당되지 아니한다고 할 수는 없다.

(5) 그러나 지방세법 시행규칙에서 등록세 중과세 대상이 되는 대도시 내 법인의 “지점 등”이라 함은 법인세법 등의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있으므로 그 지점 등이 법인세법 등의 규정에 사업자등록을 한 후, 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소에 해당된다면 등기 여부에 관계없이 지점 등으로 보아 그 설치일부터 5년 이내에 취득하는 부동산 등기에 대하여는 등록세를 중과세하여야 할 것이고, 그 반대로 지점 등으로 등기가 되어 있다고 하더라도 인적·물적설비를 갖추지 아니하고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소에 해당되지 아니하는 경우에는 그 등기일부터 5년 이내에 취득하는 부동산의 등기에 해당된다고 하더라도 등록세를 중과세를 할 수 없다고 할 것이다 ○○○.

(6) 살피건대, ○○○ 535-2에 소재하는 고철 야적장의 민원을 해결하기 위한 방편으로 형식적으로 본점을 ○○○ 883-20으로 이전 등기하였다는 청구법인의 주장이 일견 타당하다고 보이는 점, 청구법인은 본점이전 기간(2005.10.31.～2005.11.16)에도 ○○○ 인근의 종전 주거래은행○○○과 계속하여 금융거래를 하고 있는 점, 처분청은 청구법인이 ○○○ 본점으로 본점이전 등기를 하였다는 점만 주장할 뿐 청구법인이 ○○○ 본점에서 인적․물적 설비를 갖고 계속하여 사업을 영위하였는지 여부에 대하여는 입증하지 못하고 있는 점, 청구법인이 ○○○ 본점에 사실상 입주하였는지 여부에 대한 ○○○의 진술은 일관되지 아니한 반면 청구법인은 당초 부동산 임대차계약에 따라 임대료만 수 개월간 지급하였을 뿐 위 건축물을 사실상 사용하지는 않았다고 일관되게 진술하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때,

비록 청구법인이 2005.10.31. 대도시 내인 ○○○ 본점에서 대도시 외인 ○○○ 본점으로 본점을 이전 등기하고 ○○○에게 사업장 소재지 정정 신고 및 ○○○ 본점을 관할하는 처분청에 특별징수분 주민세를 납부하였다고 하더라도, 청구법인이 ○○○ 본점에서 인적․물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업을 영위한 것이 아니라 사실상 본점을 이전하지 아니하고 ○○○ 본점에서 계속하여 영업을 하였다고 미루어 짐작이 가능한 바, 사실이 이러하다면 ○○○ 본점은 대도시 내 법인의 등록세 중과세 대상이 되는 사무소 등에 해당되지 않는다고 할 것이므로 청구법인의 경우 1998.9.30. ○○○ 본점에서 설립되어 2005.10.31. ○○○ 본점으로 본점이전 등기를 하였다가 다시 ○○○ 본점으로 본점을 이전 하였다고 하더라도 그에 관계없이 청구법인의 사실상 본점소재지는 설립 이후부터 계속하여 대도시 내인 ○○○ 535-2라 할 것이므로 청구법인이 2007.11.2. 취득한 이 건 토지의 등기는 청구법인이 대도시 내 본점 설립 후 5년이 경과한 후 취득하는 등기에 해당된다고 할 것이다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구 주장이 이유 있으므로「지방세기본법」 제123조 제4항과「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.