쟁점(1) 사업양수도 방법을 통한 법인전환으로 설립된 청구법인이 취득한 사업용 재산을 2년 이상 직접 사용하지 아니한 채 제3자에게 임대한 것으로 보아 면제된 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부(취소)

청구번호 : 2010지0266 결정일자 : 2011-04-11 세목 : 취득세

청구번호 조심 2010지0266

주 문

처분청이 2010.1.8. 청구법인에게 한 취득세 28,824,020원, 농어촌특별세 2,882,390원, 등록세 28,824,020원, 지방교육세 5,338,150원, 합계 65,868,580원(가산세 포함)의 부과처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분 개요

가. 처분청은 2008.7.22. 청구법인이 취득한 ○○○ 248-1 토지 4,443㎡ 및 지상건축물 1,170.82㎡(이하, “이 건 부동산”이라 한다)에 대하여 개인사업자의 사업양수도 방법에 의한 법인전환에 따라 취득하는 사업용 재산에 해당되는 것으로 보아 「조세특례제한법」(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 제4항 및 제120조 제5항의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 면제하였다.

나. 그 후 처분청은 2009.9.15. 현지확인 결과 청구법인이 이 건 부동산을 취득(등기)일부터 2년 이상 직접 사용하지 아니하고 2008.7.22. ○○○(주)에게 임대한 것으로 보아 그 취득가액 1,066,608,600원을 과세표준으로 하고 「지방세법」(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 28,824,020원, 농어촌특별세 2,882,390원, 등록세 28,824,020원, 지방교육세 5,338,150원, 합계 65,868,580원(가산세 포함)을 2010.1.8. 청구법인에게 부과고지 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.2.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

2008.7.8. 개인사업체인 ○○○를 법인으로 전환한 후 2008.7.22. 이 건 부동산을 취득한 다음 「조세특례제한법」에 의하여 취득세 등을 면제받았으나, 처분청은 이 건 부동산을 취득(등기)일부터 2년 이상 직접 사용하지 아니한 채 정당한 사유 없이 임대하였다고 보아 면제된 취득세 등을 추징하였는바,

청구법인의 재무제표 및 부가가치세 과세표준 확인서, 공정도 및 사진에 의하여 이 건 부동산에서 2008년도에는 1,360,000,000원, 2009년도에는 3,300,000,000원의 매출액이 발생한 것과 후판(두꺼운 강철판)을 원료로 압축, 절단, 연삭 등의 가공을 거쳐 거대한 볼탱크를 제작하여 원청업체에 납품하는 과정을 거치는데 이러한 과정에서 공장시설인 이 건 부동산과 크레인이 없다면 생산이 불가능하다는 것이 확인되고 있는 점, 이 건 부동산을 임대하였다면 임대료를 영수하여야 하나 재무제표에 수입임대료가 전혀 계상되지 아니하였고, 설사 임대료를 수령하였음에도 이를 고의로 누락하였다면 이에 대한 국세 추징세액이 취득세 등의 감면세액보다 더 많다고 할 수 있는 점, ○○○(주)는 이 건 부동산에 대한 임대차계약을 체결하고 공장등록증을 발급받았지만 이 건 부동산 소재지에서 사업자등록을 한 사실이 없을 뿐만 아니라 매출액 또한 전혀 없는 점, 법인전환 이후 이 건 심판청구일 현재까지 청구법인 소속 종업원 15명 정도가 이 건 부동산에서 계속하여 근무하고 있음이 이들의 사실확인서 및 원천징수영수증에 의하여 확인되고 있는 점, 법인전환 당시부터 계속하여 청구법인 및 ○○○가 전기와 전화를 사용하면서 이에 대한 대금을 납부하고 있음이 전기이용 명세 및 전화이용 내역에서 확인되고 있는 점, ○○○의 2008년도 및 2009년도 크레인 안전검사합격증명서에 의하여 ○○○ 및 청구법인이 제품제조공정에 필요한 크레인(호이스트)을 사용하였음이 확인되고 있는 점,

청구법인의 제품운반명세서에 의하여 설립 당시부터 이 건 심판청구일 현재까지 제품운반이 이 건 부동산 소재지에서 이루어지고 있음이 확인되고 있는 점, 2009년도 주민세(법인균등할 및 법인세할) 및 사업소세, 지역개발세 및 하수도 이용대금의 납부주체가 청구법인 또는 ○○○인 점, 이 건 부동산에 ○○○(주)의 간판이 설치되어 있는 것은 청구법인의 협력업체로서 설치한 것일 뿐이고 청구법인 또한 간판을 따로 설치하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때,

청구법인은 법인전환 당시부터 이 건 심판청구일 현재까지 이 건 부동산을 점유, 사용하면서 제조업을 영위하였다고 봄이 타당하므로 이 건 부동산을 임대하였다고 판단하여 면제된 이 건 취득세 등을 추징한 것은 부당하므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 ○○○(주)와 이 건 부동산에 대한 임대차계약을 체결하였지만 2008사업년도 재무제표와 2009년도 부가가치세 신고서에 의하여 매출액이 발생되고 있음이 확인되고 있고, 제조공정상 이 건 부동산을 전적으로 사용하지 않으면 이러한 매출이 발생할 수 없다고 하면서 실제는 청구법인이 전적으로 이 건 부동산을 제조업에 사용하고 있으므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하나,

청구법인은 2008.7.22. ○○○(주)와 이 건 부동산을 임대목적물로 하고, 임대차 기간을 2008.7.23.부터 2013.7.22.까지로 하며, 임대료를 월 6,500,000원으로 하는 내용의 임대차계약을 체결하였고, 이 건 부동산 소재지 사업장 정문에 설치되어 있는 간판이 임차인인 ○○○(주)의 상호로 되어 있음이 2009.9.15.자 담당공무원의 출장보고서에 의하여 확인되고 있으며, ○○○(주)가 이 건 부동산에서 공장등록을 한 사실이 공장등록증명서에서 확인되고 있고, 사업주에게 납세의무가 있는 사업소세(재산할)를 ○○○(주)이 신고납부한 사실과 이 건 부동산 소재지를 사업장으로 기재하고 주민세(법인세할)를 안분하여 신고한 사실이 통합부과내역서와 2008년 귀속 사업장별 주민세(법인세할) 신고서에 의하여 확인되고 있는바,

조세부과에 있어서 과세요건에 대한 입증책임은 처분청에 있는 것이 원칙이나 이 건과 같이 실제로는 청구법인의 사업장으로 사용하면서 임대차계약서를 거짓으로 작성하고, 실제와는 다르게 공장등록을 사업주가 아닌 제3자가 하였다거나 임대차계약서상의 임차인이 사실과 다르게 사업주가 납부해야 하는 주민세(법인세할), 사업소세 등을 신고납부하였다는 등의 사정이 있는 경우에는 처분청의 입증책임을 완화하여 청구법인과 임차인이 입증토록 함이 타당하다 할 것으로,

임대차계약서, 공장등록현황, 2009.9.15.자 담당공무원의 출장보고서, 임차인인 ○○○(주)의 2008년 귀속 사업장별 주민세(법인세할) 신고서 등에 의하여 이 건 부동산은 임차인인 ○○○(주)의 사업장으로 사용되었다고 볼 수 있는 반면,

청구법인의 재무제표와 부가가치세 신고서만으로는 임대차계약서와 처분청 담당공무원의 출장보고서 내용 등을 부인하고 실질적으로 청구법인이 이 건 부동산을 제조업 용도에 직접 사용하고 있다는 주장을 뒷받침하기에는 부족하다 하겠으므로 이 건 부동산은 임차인인 ○○○(주)의 사업장으로 사용되어 있다고 보아 면제된 이 건 취득세 등을 추징한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

사업양수도 방법을 통한 법인전환으로 설립된 청구법인이 취득한 사업용 재산을 2년 이상 직접 사용하지 아니한 채 제3자에게 임대한 것으로 보아 면제된 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것)

제119조【등록세의 면제 등】④ 제32조의 규정에 따른 현물출자 또는 사업양수도에 따라 취득하는 사업용 재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 등기일부터 2년 이내에 대통령령이 정하는 정당한 사유없이 당해 사업을 폐지하거나 당해 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

제120조【취득세의 면제 등】⑤ 제32조의 규정에 따른 현물출자 또는 사업양수도에 따라 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 대통령령이 정하는 정당한 사유없이 당해 사업을 폐지하거나 당해 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

제32조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】① 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도 방법에 따라 2009년 12월 31일까지 법인(소비성서비스업을 영위하는 법인을 제외한다)으로 전환하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항의 규정은 새로이 설립되는 법인의 자본금이 대통령령이 정하는 금액이상인 경우에 한하여 이를 적용한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2008.12.31. 대통령령 제21196호로 개정되기 전의 것)

제116조【지방세면제】⑨ 법 제119조 제4항 단서 및 법 제120조 제5항 단서에서 “대통령령이 정하는 정당한 사유”라 함은 각각 제78조 제3항 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 이 경우 “신시설”은 “사업용 재산”으로 본다.

제29조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】② 법 제32조 제1항에서 “대통령령이 정하는 사업양수도방법”이라 함은 당해 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제4항의 규정에 의한 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

④ 법 제32조 제2항에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

제28조【중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】① 법 제31조 제1항에서 “대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합”이라 함은 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(「국세기본법」 제39조 제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.

2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다) 이상일 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 그 대표이사인 ○○○가 1996.9.1.부터 운영하던 개인사업체(○○○)를 사업양수도 방법을 통하여 2008.7.8. 법인으로 전환함으로써 설립된 법인으로서, 등기부등본상 본점 소재지는 이 건 부동산 소재지인 ○○○ 248-1이고, 목적사업은 공작기계 제조업, 특수목적용기계 제조업 등이다.

(2) 청구법인은 2008.7.22. 이 건 부동산을 취득하고 같은 날 ○○○(주)와 임대목적물을 이 건 부동산(설비 포함)으로 하고, 임대차기간을 2008.7.23.부터 2013.7.22.까지(60개월)로 하며, 임대료는 월 6,500,000원으로 하되 임대기간 중의 유지관리비는 임차인의 책임으로 하고, 임차인은 이 건 부동산을 고압가스 특정설비 제조, 저장탱크 및 화학 장치설비 제조 이외의 용도로 사용 수익하지 못하며 타인에게 양도담보제공 또는 전대할 수 없다는 등을 내용으로 하는 임대차계약을 체결하였다.

(3) 2009.9.15. 처분청 담당공무원이 이 건 부동산을 현지조사한 후 작성한 출장복명서에는 “청구법인은 사업양수도 방법에 의한 법인전환으로 지방세를 감면받은 법인으로서 사후확인을 위해 현장을 방문하여 부장 ○○○과 상담한 결과 소위 원청업체인 ○○○(주)에게 임대차계약을 체결한 바 있으나 임차인(○○○(주))은 품질관리를 위해 간헐적으로 방문하여 일부 면적을 사용하기도 하지만 평상시 전체 면적을 청구법인이 사용하고 있고 사업소세도 신고납부하고 있다고 함, ○○○(주) 또한 재산할 사업소세를 전체 면적에 대해 신고납부하고 있고 임대차계약을 맺었지만 임대차계약서를 명확히 제시하지 못하고 정문의 간판이 에스탱크로 부착된 점으로 보아 관련 회계서류 등을 확보하여 직접 사용여부를 조사하여야 되겠음”으로 기재되어 있고, 현장사진에는 ○○○(주)의 간판이 설치되어 있는 것으로 나타나고 있다.

(4) 처분청이 제출한 자료에 의하면, 이 건 부동산에 대한 임대차계약서상 임차인인 ○○○(주)는 본점 소재지를 ○○○로 하고, 목적사업을 저장탱크(시스템 포함), 화학장치설비 및 환경설비에 대한 설계․제작․시공업 등으로 하여 2002.1.19. 설립된 법인으로, 법인등기부등본 및 사업자등록증상 이 건 부동산 소재지에서 본점 또는 지점등록을 하거나 사업자등록을 한 적은 없는 것으로 나타나고 있지만,

2003.7.28.에는 이 건 부동산 소재지에서 업종을 그 외 기타 일반목적용 기계 제조업(분류번호 29199)으로, 종업원수는 남자 6명으로 하는 내용의 공장등록을, 2003.9.4.에는 특정설비 제조등록○○○을 한 것으로 나타나고 있고,

아래 표와 같이 연도별로 이 건 부동산 소재지를 사업장으로 하여 지방세를 신고납부하였으며,

이 건 부동산 소재지가 아닌 ○○○ 144-2를 주소지로 하여 2008년 6월부터 2010년 5월까지의 사이에 최저 25,970원에서 최고 81,100원의 전기요금을 납부한 것으로 나타나고 있다.

(5) 청구법인은 수입임대료가 계상되어 있지 아니한 2008사업연도 및 2009사업연도 재무제표, 이 건 부동산 소재지를 사업장으로 하여 부가가치세 235,262,864원을 신고납부하였다는 2009년 귀속 부가가치세 과세표준 확인서, 청구법인이 이 건 부동산에서 제품(볼탱크)을 제조하고 있는 것으로 보이는 현장사진(이 건 부동산에 청구법인의 간판이 설치되어 있는 것이 나타나고 있는 사진 포함), 이 건 부동산 소재지를 사업장으로 한 종업원의 근로소득에 대한 소득세 등을 원천징수하여 관할 세무서장에게 신고납부하였다는 2008년도 및 2009년도 근로소득 원천징수이행신고서확인, 2008.7.22.부터 이 건 부동산 소재지에서 2010.2.3.까지 청구법인의 종업원으로 근무하고 있다는 ○○○ 등 14명의 사실확인서(2010.2.3. 작성), 청구법인이 소유하고 있는 크레인(천장 및 갠트리크레인)이 안전검사에 합격하였다는 증명서, 청구법인이 ○○○(주)에 ○○○를 공급한 것으로 되어 있는 거래명세서(법인전환 이전 ○○○ 포함) 등을 제출하고 있고,

이 건 부동산 소재지가 주소지로 되어 있으며, 납부주체가 청구법인으로 되어 있는 하수도 사용료 영수증과 전기요금 및 통신요금 납부내역, 법인장부인 원장을 제출하고 있는데, 청구법인은 2008년도 1월분부터 2009년도 8월분까지 지하수 사용에 따른 하수도 사용요금을 납부하였고, 전기요금의 경우 2008년 1월부터 2011년 1월까지의 사이에 최저 808,690원에서 최고 2,342,310원의 요금을, 통신요금의 경우 2008년 7월부터 2009년 11월까지의 사이에 최저 69,260원에서 최고 97,540원의 요금을 납부한 후 이를 각 계정별 원장(전력비, 통신비)에 계상한 것으로 확인되고 있고, 2009년도에는 아래 표와 같이 이 건 부동산 소재지를 사업장으로 하여 지방세를 신고납부하였다.

(6) 청구법인은 이 건 조세심판관회의 심리과정에서 의견진술을 통하여 ○○○(주)은 제품 제조공장이 있다는 것을 발주업체에게 보여주고, 입찰 등에 있어 공장에 대한 서류가 필요하여 형식상 이 건 부동산에 대한 임대차계약을 체결하였다고 진술하였다.

(7) 「조세특례제한법」 제119조 제4항 및 제120조 제5항에서 사업양수도 방법에 따라 취득하는 사업용 재산 및 이에 관한 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 다만 그 취득․등기일부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 당해 재산을 임대하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다고 규정하고 있고,

위 규정에서 “임대”라 함은 당사자 사이에 임대차계약의 체결이 있는 경우는 물론 특별한 사정에 의하여 그와 같은 계약체결은 이루어지지 아니하였다 하더라도 부동산의 소유자가 타인으로 하여금 그 부동산을 사용케 하고 그 사용자로부터 임대료 상당 금액을 계속적으로 수령하여 오고 있는 경우도 포함된다 할 것이나,

당사자 사이에 형식상 임대차계약이 체결되어 있다 하더라도 임차인이 임차물을 사용․수익하지 아니한 채 실제로는 임대인이 이를 사용함으로써 사실상 이러한 임대차계약이 성립되었다고 할 수 없는 경우에는 위 규정에서 면제된 취득세 등의 추징요건의 하나로 정하고 있는 당해 재산을 임대하는 경우에 해당된다고 보기는 어렵다.

(8) 살피건대, 이 건 부동산 취득일에 ○○○(주)와 임대차계약을 체결하였다고는 하나 계약서상 임대료가 월 6,500,000원에 달하는 반면, 청구법인의 2008년도 및 2009년도 재무제표상에 수입임대료가 계상되어 있지 아니할 뿐만 아니라 이 건 부동산에 대한 임대와 관련하여 세금계산서를 발급한 사실이 확인되고 있지 아니한 점, 청구법인은 이 건 부동산을 사업장으로 하는 소속 종업원의 근로소득에 대한 소득세를 원천징수한 후 이를 관할 세무서장에게 납부한 점, 청구법인은 이 건 부동산을 사업장으로 한 2009년 귀속 부가가치세를 신고납부한 점,

청구법인이 이 건 부동산에서 제품(볼탱크)을 직접 제작하고 있는 현장사진(청구법인의 간판 또한 설치되어 있음)을 제출하고 있는 점, 청구법인은 ○○○(주)에 SHEEL PLATE를 공급한 점, ○○○(주)는 이 건 부동산 소재지에서 공장등록을 하였지만 사업자등록을 하였다거나 지점등록을 한 사실이 없는 점, 이 건 부동산에서 사용된 전기, 통신, 지하수에 대한 요금의 납부주체가 청구법인으로 되어 있는 점, 청구법인은 이 건 심리과정에서 ○○○(주)은 발주업체에게 제조공장이 있다는 것을 보여주기 위하여 형식적으로 임대차계약을 체결하였다고 진술하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때,

청구법인은 제조시설인 이 건 부동산에서 제품을 만들고 ○○○(주)는 단지 청구법인이 제작한 제품을 납품받아 설치, 관리업무만을 담당하였다는 청구주장에 수긍이 가므로 청구법인이 이 건 부동산을 ○○○(주)에게 임대하였다고 단정하기는 어렵다 하겠고, 그렇다면 청구법인과 ○○○(주)는 형식적으로 이 건 부동산을 임차하는 것으로 계약서를 작성하였을 뿐 실제로는 청구법인이 이를 직접 사용하고 있다고 봄이 타당하다.

따라서 처분청이 이 건 취득세 등을 청구법인에게 부과고지한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.