쟁점
(1) 청구법인이 국가와 교환으로 취득한 택지개발사업지구 내 토지가 청구법인이 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득하는 부동산에 해당되는지 여부(취소)
청구번호 : 2010지0396 결정일자 : 2011-03-22 세목 : 취득세
청구번호 조심 2010지0396
주 문
처분청이 2010.1.5. 청구법인에게 한 취득세 102,904,760원, 농어촌특별세 10,290,470원, 등록세 102,904,760원, 지방교육세 20,580,950원 합계 236,680,940원의 부과처분은 이를 취소한다.
이 유
1. 처분 개요
가. 청구법인은 청구법인 소유의 ○○○내 공공청사부지10,017㎡와 국가소유의 ○○○ 178-131 잡종지 5,521㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 외 3필지 및 주차시설을 2009.12.7. 교환하고 2010.1.5. 이 건 토지에 대한 취득세 등을 지방세법(2010.1.1. 법률제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제289조 제1항에 의하여 처분청에 감면신청을 하였으나, 처분청은 청구법인이 이 건 토지를 국가의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 비축 등의 사업을 위하여 일시 취득하는 부동산에 해당되지 않는다고 보고 이 건 토지의 교환가격 5,145,238,047원을 과세표준으로 하여 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항 제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 102,904,760원, 농어촌특별세 10,290,470원, 등록세 102,904,760원, 지방교육세 20,580,950원 합계 236,680,940원의 납부서를 2010.1.5. 교부하였고, 청구법인은 이를 2010.1.6. 납부하였다.
나. 청구법인은 이에 불복하여 2010.4.2. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
청구법인의 이 건 토지 취득은 ○○○의 2008년 국유재산관리계획에 따라 ○○○가 노후 청사를 교체하기 위해 매입을 의뢰하여 한국토지주택공사법 제8조 제1항 제1호에 따른 실수요자에게 공급할 목적의 일시취득(일반비축토지로 2년보유 후 매각수행)용 일반비축토지로 취득하였으므로 처분청의 이 건 토지에 대한 취득세 등의 부과처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
(1) 청구법인과 ○○○는 2008.12.23. 상호 교환의뢰 요청에 의하여 청구법인 소유의 ○○○내 공공청사부지와 국가 소유의 이 건 토지 외 3필지에 대하여 교환계약서를 체결하였고, 청구법인이 그 교환차액 352,826,561원을 토지원상 회복의 종료 시점인 2009.12.7. ○○○에 지급한 사실을 확인할 때 국가가 매입을 의뢰한 것에 의한 이 건 토지의 취득 사실은 명확하다 할 것이나, 청구인의 비축 토지의 취득은 청구인이 토지를 취득․관리 및 공급함에 있어 필요한 사항을 규정한「토지업무규정」과 중점매입 토지의 선정과 관련한「비축 토지 중점매입 및 의무보유기간 운영지침」에 의한 명확한 기준과 계획에 의한 취득이어야 할 것이므로 이 건 토지에 대한 취득세 등의 부과처분은 적법하다.
(2) 또한, 2009.2.6. 제정 시행된「공공토지의 비축에 관한 법률」은 공공토지의 비축 및 공급에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한국토지주택공사는 토지은행을 운용하면서 토지은행계정의 운용 및 관리, 공공토지비축계획의 수립 등 관련된 사업 일체를 운영하고 공공토지의 비축에 있어서도 한국토지주택공사가 시행계획, 공공개발용 토지를 취득 및 공급하는 등, 비축토지의 사업계획과 국토해양부장관의 승인 및 고시 등을 명확히 하고 있는 내용을 확인할 때, 청구법인의 이 건 토지가 비축토지에 해당하기 위해서는 「공공토지의 비축에 관한 법률」에 근거한 취득이어야 할 것이므로 이 건 토지에 대한 취득세 등의 부과처분이 부당하다는 청구주장은 받아들일 수 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
교환받은 토지가 국가계획에 따른 제3자 공급목적용 토지인지 여부
나. 관련 법령
(1) 지방세법(2010.1.1. 법률제9924호로 개정되기 전의 것)
제289조【공공사업용 토지 등에 대한 감면】① 「한국토지주택공사법」에 의하여 설립된 한국토지주택공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다.
(2) 지방세법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정되기 이전의 것)
제225조(공급목적사업의 범위) 법 제289조 제1항에서 “대통령령이 정하는 사업”이란 한국토지주택공사법 제8조 제1항 제1호(국가 또는 지방자치단체가 매입을 지시 또는 의뢰한 것으로 한정한다), 제2호 가목부터 라목까지, 제3호, 제7호, 제8호 및 제10호(공공기관으로부터 위탁받은 업무는 제외한다)의 사업을 말한다.
(3) 지방세법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호)
제225조(공급목적사업의 범위) 법 제289조제1항에서 "대통령령이 정하는 사업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다.
1. 「한국토지주택공사법」 제8조제1항제1호(국가 또는 지방자치단체가 매입을 지시 또는 의뢰한 것으로 한정한다), 제2호가목부터 라목까지, 제3호, 제7호, 제8호 및 제10호(공공기관으로부터 위탁받은 업무는 제외한다)의 사업
2. 「공공토지의 비축에 관한 법률」 제14조 및 제15조에 따른 공공개발용 토지의 비축사업
(4) 한국토지주택공사법(2010.12.29. 법률제10420호로 개정되기 전의 것)
제1조 (목적) 이 법은 한국토지주택공사를 설립하여 토지의 취득·개발·비축·공급, 도시의 개발·정비, 주택의 건설·공급·관리 업무를 수행하게 함으로써 국민주거생활의 향상 및 국토의 효율적인 이용을 도모하여 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다.
제8조(사업) ① 공사는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 행한다.
1. 토지의 취득․개발․비축․관리․공급 및 임대
제12조(매입대상토지) ⑤ 공사는 토지를 매입할 경우 해당 토지가 법령에 따라 그 처분이나 이용이 제한되는 등의 사유로 매입 후 매각이나 개발이 어려울 것으로 예상되는 때에는 이를 매입하여서는 아니된다.
(5) 공공토지의 비축에 관한 법률
제14조(공공개발용 토지의 비축사업계획과 승인) ① 공공개발용 토지의 공익사업시행자가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제20조제1항에 따른 사업인정(이하 "사업인정"이라 한다)을 받거나 다른 법률에 따라 사업인정을 받은 것으로 보는 경우 시행계획에 따라 한국토지공사는 다음 각 호의 사항이 포함된 공공개발용 토지의 비축사업계획을 수립하여 국토해양부장관의 승인을 받아야 한다.
1. 공공개발용 토지를 사용할 사업의 종류, 시기 및 대상지역
2. 비축대상토지의 세목
3. 비축대상토지의 관리 및 공급에 관한 사항
4. 그 밖에 공공개발용 토지의 비축에 관하여 대통령령으로 정하는 사항
제15조(공공개발용 토지의 비축사업계획 승인의 고시) ① 국토해양부장관은 공공개발용 토지의 비축사업계획을 승인한 때에는 지체 없이 그 내용을 한국토지공사, 토지소유자(해당 토지에 관하여 소유권 외의 권리를 가진 자를 포함한다), 관계 시ㆍ도지사에게 통지하고 관보에 고시하여야 한다.
② 공공개발용 토지의 비축사업계획 승인의 사실을 통지받은 시ㆍ도지사(제주특별자치도지사를 제외한다)는 관계 시장ㆍ군수 및 구청장(자치구의 구청장을 말한다)에게 이를 통지하여야 한다.
③ 공공개발용 토지의 비축사업계획 승인은 고시한 날부터 그 효력을 발생한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청의 과세기록과 청구인이 제시한 심리자료에 의하면 사실관계는 다음과 같다.
(가) ○○○의 2008.5.30. 및 2008.8.13. ○○○ 공공청사 부지와 ○○○ 소유토지의 상호교환 의뢰에 따른 청구법인의 교환 부적격 통보(2008.7.2.) 및 교환가능 회신○○○, ○○○의 국유재산 관리계획 반영을 위한 교환재원 교체 요청(2008.9.22.) 및 상호간 협약서 교환(2008.10.2. 및 2008.10.6.), 청구법인의 감정평가 결과 통보 및 교환대상토지 조정 요청(2008.11.3.), 교환계약 체결 요청에 따른 교환계약서 체결(2008.12.23.), 청구법인의 비축토지 교환 차액금 지급(2009.12.7.) 등의 일련의 과정을 거쳐 청구법인은 이 건 토지를 2010.1.11. 소유권이전등기한 것으로 확인된다.
(나) 2008.10.6. 청구법인과 ○○○간 체결된 교환 협약서에 의하면 ○○○은 토지 교환을 위하여 ○○○로부터 국유지에 대한 관리계획 승인을 득하여야 한다라고 하고, 청구법인은 경찰서 부지의 면적 확대(기존 5,193㎡ → 변경 10,017㎡)를 위하여 개발계획 변경 등 필요한 절차를 이행하여야 한다고 협약하였고, 2008.12.23. ○○○와 청구법인간 체결된 교환 계약서에 의하면 국유인 이 건 토지 외 3필지와 주차시설(교환가액 18,160,918,940원)을 청구법인 소유의 ○○○ 내 대지 10,017㎡(교환가액 17,808,092,379원)를 상호교환하기로 하면서, 청구법인이 ○○○에게 지급하여야 하는 교환차액은 352,826,561원으로 하고, ○○○이 인수하는 청구법인 소유의 토지는 조성사업 준공과 지적 및 등기공부 정리를 완료한 후에 소유권이전하기로 하며, 청구법인이 인수하는 ○○○ 소유의 토지는 교환차액을 청구법인이 국(경찰청)에게 지급한 후에 소유권이전 하기로 한다라고 기재되어 있다.
(다) 청구법인의 관리계획 관련 자료요청○○○에서 ○○○ 이 건 토지 외 3필지는 2008년 11월(수시) ○○○에서 이전부지 교환재원으로 활용하기 위해 관리전환된 국유재산으로 확인 하였다.
(라) 청구법인은 2008.12.23. 이 건 토지 외 3필지에 대한 교환계약을 체결한 후 기타 유동부채 및 비축토지 외상매입금(매입채무) 18,160,918,940원을 대변에 설정한 후 ○○○ 내 공공청사 부지 공급시 비축토지 순매입(당기상품 매입 또는 제품제조원가) 18,160,918,940원을 차변에 계상하기로 한 것을 지출결의서○○○ 및 회계전표○○○에서 확인되어진다.
(2) 지방세법 제289조 제1항에 의하면 「한국토지주택공사법」에 의하여 설립된 한국토지주택공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다라고 규정하고, 같은 법 시행령 제225조(2010.1.1. 대통령령 제21975호)에서는 법 제289조제1항에서 "대통령령이 정하는 사업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다고 하면서 제1호에서는「한국토지주택공사법」제8조제1항제1호(국가 또는 지방자치단체가 매입을 지시 또는 의뢰한 것으로 한정한다), 제2호가목부터 라목까지, 제3호, 제7호, 제8호 및 제10호(공공기관으로부터 위탁받은 업무는 제외한다)의 사업을 말한다라고 규정하고, 제2호에서는「공공토지의 비축에 관한 법률」제14조 및 제15조에 따른 공공개발용 토지의 비축사업을 규정하며, 한국토지주택공사법 제8조 제1항 제1호에서는 공사는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 토지의 취득․개발․비축․관리․공급 및 임대로 규정하고 있다.
(3) 살피건대, 지방세법 제289조 제1항 및 같은 법 시행령 제225조, 한국토지주택공사법 제8조 제1항 제1호에 의하면 청구법인이 국가의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 국가가 매입을 의뢰한 토지의 취득․비축․관리 등의 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하는 바, 이 건 토지의 취득 경위가 국가(○○○)의 청사신축을 위한 계획에 따른 매입의뢰○○○에 따라 이루어지게 되었고, 국가에서는 이 건 토지 등과 청구법인 소유의 ○○○ 내 공공청사 부지의 교환을 위하여 ○○○의 국유재산관리계획에 반영하여 그 계획에 따라 교환이 추진된 것으로 확인○○○되고, 청구법인은 교환으로 취득한 이 건 토지를 제3자에게 매각할 목적으로 일반비축용 토지로 보유하고 있는 것으로 법인장부에서 나타나는 점 등에서 이 건 토지의 취득은 지방세법 제289조 제1항에 의한 감면요건을 충족하여 취득세 등이 면제되어야 한다는 청구법인의 주장에 설득력이 있다.
(4) 한편, 처분청에서는 청구법인의 비축 토지의 취득은 청구법인이 토지를 취득․관리 및 공급함에 있어 필요한 사항을 규정한「토지업무규정」등에 의한 명확한 기준과 계획에 의한 취득이어야 하고, 이 건 토지가 비축토지에 해당하기 위해서는「공공토지의 비축에 관한 법률」에 근거한 취득이어야 한다고 주장하나, 지방세법 제289조 제1항 및 같은 법 시행령 제225조에서는 국가 등의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 국가가 매입을 의뢰한 토지의 취득․비축․관리 등의 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대해 취득세 등을 면제하도록 하고 있고 명확한 기준 및 계획과 단순계획, 전략적 비축매입과 일반 비축매입 등을 취득세 등의 감면요건으로 구분하고 있지 않고, 더군다나 「공공토지의 비축에 관한 법률」제14조 및 제15조에 따른 공공개발용 토지의 비축사업은 공공개발용 토지의 공익사업시행자에 해당하는 공공비축토지에 해당하는 규정으로 일반 실수요자에게 공급하는 일반 비축토지인 이 건 토지에는 적용의 여지가 없는 것으로 처분청의 주장들은 법리를 오해한 것으로서 이를 받아들이기 어렵다.
따라서, 처분청의 이 건 토지에 대한 취득세 및 등록세 등의 부과처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
(1) 청구법인이 국가와 교환으로 취득한 택지개발사업지구 내 토지가 청구법인이 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득하는 부동산에 해당되는지 여부(취소)
청구번호 : 2010지0396 결정일자 : 2011-03-22 세목 : 취득세
청구번호 조심 2010지0396
주 문
처분청이 2010.1.5. 청구법인에게 한 취득세 102,904,760원, 농어촌특별세 10,290,470원, 등록세 102,904,760원, 지방교육세 20,580,950원 합계 236,680,940원의 부과처분은 이를 취소한다.
이 유
1. 처분 개요
가. 청구법인은 청구법인 소유의 ○○○내 공공청사부지10,017㎡와 국가소유의 ○○○ 178-131 잡종지 5,521㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 외 3필지 및 주차시설을 2009.12.7. 교환하고 2010.1.5. 이 건 토지에 대한 취득세 등을 지방세법(2010.1.1. 법률제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제289조 제1항에 의하여 처분청에 감면신청을 하였으나, 처분청은 청구법인이 이 건 토지를 국가의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 비축 등의 사업을 위하여 일시 취득하는 부동산에 해당되지 않는다고 보고 이 건 토지의 교환가격 5,145,238,047원을 과세표준으로 하여 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항 제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 102,904,760원, 농어촌특별세 10,290,470원, 등록세 102,904,760원, 지방교육세 20,580,950원 합계 236,680,940원의 납부서를 2010.1.5. 교부하였고, 청구법인은 이를 2010.1.6. 납부하였다.
나. 청구법인은 이에 불복하여 2010.4.2. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
청구법인의 이 건 토지 취득은 ○○○의 2008년 국유재산관리계획에 따라 ○○○가 노후 청사를 교체하기 위해 매입을 의뢰하여 한국토지주택공사법 제8조 제1항 제1호에 따른 실수요자에게 공급할 목적의 일시취득(일반비축토지로 2년보유 후 매각수행)용 일반비축토지로 취득하였으므로 처분청의 이 건 토지에 대한 취득세 등의 부과처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
(1) 청구법인과 ○○○는 2008.12.23. 상호 교환의뢰 요청에 의하여 청구법인 소유의 ○○○내 공공청사부지와 국가 소유의 이 건 토지 외 3필지에 대하여 교환계약서를 체결하였고, 청구법인이 그 교환차액 352,826,561원을 토지원상 회복의 종료 시점인 2009.12.7. ○○○에 지급한 사실을 확인할 때 국가가 매입을 의뢰한 것에 의한 이 건 토지의 취득 사실은 명확하다 할 것이나, 청구인의 비축 토지의 취득은 청구인이 토지를 취득․관리 및 공급함에 있어 필요한 사항을 규정한「토지업무규정」과 중점매입 토지의 선정과 관련한「비축 토지 중점매입 및 의무보유기간 운영지침」에 의한 명확한 기준과 계획에 의한 취득이어야 할 것이므로 이 건 토지에 대한 취득세 등의 부과처분은 적법하다.
(2) 또한, 2009.2.6. 제정 시행된「공공토지의 비축에 관한 법률」은 공공토지의 비축 및 공급에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한국토지주택공사는 토지은행을 운용하면서 토지은행계정의 운용 및 관리, 공공토지비축계획의 수립 등 관련된 사업 일체를 운영하고 공공토지의 비축에 있어서도 한국토지주택공사가 시행계획, 공공개발용 토지를 취득 및 공급하는 등, 비축토지의 사업계획과 국토해양부장관의 승인 및 고시 등을 명확히 하고 있는 내용을 확인할 때, 청구법인의 이 건 토지가 비축토지에 해당하기 위해서는 「공공토지의 비축에 관한 법률」에 근거한 취득이어야 할 것이므로 이 건 토지에 대한 취득세 등의 부과처분이 부당하다는 청구주장은 받아들일 수 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
교환받은 토지가 국가계획에 따른 제3자 공급목적용 토지인지 여부
나. 관련 법령
(1) 지방세법(2010.1.1. 법률제9924호로 개정되기 전의 것)
제289조【공공사업용 토지 등에 대한 감면】① 「한국토지주택공사법」에 의하여 설립된 한국토지주택공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다.
(2) 지방세법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정되기 이전의 것)
제225조(공급목적사업의 범위) 법 제289조 제1항에서 “대통령령이 정하는 사업”이란 한국토지주택공사법 제8조 제1항 제1호(국가 또는 지방자치단체가 매입을 지시 또는 의뢰한 것으로 한정한다), 제2호 가목부터 라목까지, 제3호, 제7호, 제8호 및 제10호(공공기관으로부터 위탁받은 업무는 제외한다)의 사업을 말한다.
(3) 지방세법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호)
제225조(공급목적사업의 범위) 법 제289조제1항에서 "대통령령이 정하는 사업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다.
1. 「한국토지주택공사법」 제8조제1항제1호(국가 또는 지방자치단체가 매입을 지시 또는 의뢰한 것으로 한정한다), 제2호가목부터 라목까지, 제3호, 제7호, 제8호 및 제10호(공공기관으로부터 위탁받은 업무는 제외한다)의 사업
2. 「공공토지의 비축에 관한 법률」 제14조 및 제15조에 따른 공공개발용 토지의 비축사업
(4) 한국토지주택공사법(2010.12.29. 법률제10420호로 개정되기 전의 것)
제1조 (목적) 이 법은 한국토지주택공사를 설립하여 토지의 취득·개발·비축·공급, 도시의 개발·정비, 주택의 건설·공급·관리 업무를 수행하게 함으로써 국민주거생활의 향상 및 국토의 효율적인 이용을 도모하여 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다.
제8조(사업) ① 공사는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 행한다.
1. 토지의 취득․개발․비축․관리․공급 및 임대
제12조(매입대상토지) ⑤ 공사는 토지를 매입할 경우 해당 토지가 법령에 따라 그 처분이나 이용이 제한되는 등의 사유로 매입 후 매각이나 개발이 어려울 것으로 예상되는 때에는 이를 매입하여서는 아니된다.
(5) 공공토지의 비축에 관한 법률
제14조(공공개발용 토지의 비축사업계획과 승인) ① 공공개발용 토지의 공익사업시행자가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제20조제1항에 따른 사업인정(이하 "사업인정"이라 한다)을 받거나 다른 법률에 따라 사업인정을 받은 것으로 보는 경우 시행계획에 따라 한국토지공사는 다음 각 호의 사항이 포함된 공공개발용 토지의 비축사업계획을 수립하여 국토해양부장관의 승인을 받아야 한다.
1. 공공개발용 토지를 사용할 사업의 종류, 시기 및 대상지역
2. 비축대상토지의 세목
3. 비축대상토지의 관리 및 공급에 관한 사항
4. 그 밖에 공공개발용 토지의 비축에 관하여 대통령령으로 정하는 사항
제15조(공공개발용 토지의 비축사업계획 승인의 고시) ① 국토해양부장관은 공공개발용 토지의 비축사업계획을 승인한 때에는 지체 없이 그 내용을 한국토지공사, 토지소유자(해당 토지에 관하여 소유권 외의 권리를 가진 자를 포함한다), 관계 시ㆍ도지사에게 통지하고 관보에 고시하여야 한다.
② 공공개발용 토지의 비축사업계획 승인의 사실을 통지받은 시ㆍ도지사(제주특별자치도지사를 제외한다)는 관계 시장ㆍ군수 및 구청장(자치구의 구청장을 말한다)에게 이를 통지하여야 한다.
③ 공공개발용 토지의 비축사업계획 승인은 고시한 날부터 그 효력을 발생한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청의 과세기록과 청구인이 제시한 심리자료에 의하면 사실관계는 다음과 같다.
(가) ○○○의 2008.5.30. 및 2008.8.13. ○○○ 공공청사 부지와 ○○○ 소유토지의 상호교환 의뢰에 따른 청구법인의 교환 부적격 통보(2008.7.2.) 및 교환가능 회신○○○, ○○○의 국유재산 관리계획 반영을 위한 교환재원 교체 요청(2008.9.22.) 및 상호간 협약서 교환(2008.10.2. 및 2008.10.6.), 청구법인의 감정평가 결과 통보 및 교환대상토지 조정 요청(2008.11.3.), 교환계약 체결 요청에 따른 교환계약서 체결(2008.12.23.), 청구법인의 비축토지 교환 차액금 지급(2009.12.7.) 등의 일련의 과정을 거쳐 청구법인은 이 건 토지를 2010.1.11. 소유권이전등기한 것으로 확인된다.
(나) 2008.10.6. 청구법인과 ○○○간 체결된 교환 협약서에 의하면 ○○○은 토지 교환을 위하여 ○○○로부터 국유지에 대한 관리계획 승인을 득하여야 한다라고 하고, 청구법인은 경찰서 부지의 면적 확대(기존 5,193㎡ → 변경 10,017㎡)를 위하여 개발계획 변경 등 필요한 절차를 이행하여야 한다고 협약하였고, 2008.12.23. ○○○와 청구법인간 체결된 교환 계약서에 의하면 국유인 이 건 토지 외 3필지와 주차시설(교환가액 18,160,918,940원)을 청구법인 소유의 ○○○ 내 대지 10,017㎡(교환가액 17,808,092,379원)를 상호교환하기로 하면서, 청구법인이 ○○○에게 지급하여야 하는 교환차액은 352,826,561원으로 하고, ○○○이 인수하는 청구법인 소유의 토지는 조성사업 준공과 지적 및 등기공부 정리를 완료한 후에 소유권이전하기로 하며, 청구법인이 인수하는 ○○○ 소유의 토지는 교환차액을 청구법인이 국(경찰청)에게 지급한 후에 소유권이전 하기로 한다라고 기재되어 있다.
(다) 청구법인의 관리계획 관련 자료요청○○○에서 ○○○ 이 건 토지 외 3필지는 2008년 11월(수시) ○○○에서 이전부지 교환재원으로 활용하기 위해 관리전환된 국유재산으로 확인 하였다.
(라) 청구법인은 2008.12.23. 이 건 토지 외 3필지에 대한 교환계약을 체결한 후 기타 유동부채 및 비축토지 외상매입금(매입채무) 18,160,918,940원을 대변에 설정한 후 ○○○ 내 공공청사 부지 공급시 비축토지 순매입(당기상품 매입 또는 제품제조원가) 18,160,918,940원을 차변에 계상하기로 한 것을 지출결의서○○○ 및 회계전표○○○에서 확인되어진다.
(2) 지방세법 제289조 제1항에 의하면 「한국토지주택공사법」에 의하여 설립된 한국토지주택공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다라고 규정하고, 같은 법 시행령 제225조(2010.1.1. 대통령령 제21975호)에서는 법 제289조제1항에서 "대통령령이 정하는 사업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다고 하면서 제1호에서는「한국토지주택공사법」제8조제1항제1호(국가 또는 지방자치단체가 매입을 지시 또는 의뢰한 것으로 한정한다), 제2호가목부터 라목까지, 제3호, 제7호, 제8호 및 제10호(공공기관으로부터 위탁받은 업무는 제외한다)의 사업을 말한다라고 규정하고, 제2호에서는「공공토지의 비축에 관한 법률」제14조 및 제15조에 따른 공공개발용 토지의 비축사업을 규정하며, 한국토지주택공사법 제8조 제1항 제1호에서는 공사는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 토지의 취득․개발․비축․관리․공급 및 임대로 규정하고 있다.
(3) 살피건대, 지방세법 제289조 제1항 및 같은 법 시행령 제225조, 한국토지주택공사법 제8조 제1항 제1호에 의하면 청구법인이 국가의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 국가가 매입을 의뢰한 토지의 취득․비축․관리 등의 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하는 바, 이 건 토지의 취득 경위가 국가(○○○)의 청사신축을 위한 계획에 따른 매입의뢰○○○에 따라 이루어지게 되었고, 국가에서는 이 건 토지 등과 청구법인 소유의 ○○○ 내 공공청사 부지의 교환을 위하여 ○○○의 국유재산관리계획에 반영하여 그 계획에 따라 교환이 추진된 것으로 확인○○○되고, 청구법인은 교환으로 취득한 이 건 토지를 제3자에게 매각할 목적으로 일반비축용 토지로 보유하고 있는 것으로 법인장부에서 나타나는 점 등에서 이 건 토지의 취득은 지방세법 제289조 제1항에 의한 감면요건을 충족하여 취득세 등이 면제되어야 한다는 청구법인의 주장에 설득력이 있다.
(4) 한편, 처분청에서는 청구법인의 비축 토지의 취득은 청구법인이 토지를 취득․관리 및 공급함에 있어 필요한 사항을 규정한「토지업무규정」등에 의한 명확한 기준과 계획에 의한 취득이어야 하고, 이 건 토지가 비축토지에 해당하기 위해서는「공공토지의 비축에 관한 법률」에 근거한 취득이어야 한다고 주장하나, 지방세법 제289조 제1항 및 같은 법 시행령 제225조에서는 국가 등의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 국가가 매입을 의뢰한 토지의 취득․비축․관리 등의 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대해 취득세 등을 면제하도록 하고 있고 명확한 기준 및 계획과 단순계획, 전략적 비축매입과 일반 비축매입 등을 취득세 등의 감면요건으로 구분하고 있지 않고, 더군다나 「공공토지의 비축에 관한 법률」제14조 및 제15조에 따른 공공개발용 토지의 비축사업은 공공개발용 토지의 공익사업시행자에 해당하는 공공비축토지에 해당하는 규정으로 일반 실수요자에게 공급하는 일반 비축토지인 이 건 토지에는 적용의 여지가 없는 것으로 처분청의 주장들은 법리를 오해한 것으로서 이를 받아들이기 어렵다.
따라서, 처분청의 이 건 토지에 대한 취득세 및 등록세 등의 부과처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.