쟁점 - (1) 청구법인의 분할이 「법인세법」제46조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제82조 제3항 제2호의 분할요건(포괄승계)을 갖추었는지 여부(기각)
(2) 분할특례요건 판단시 지방세 과세단위인 사업장별로도 구분하여 일부 포괄 승계요건을 충족한 사업장에 대해 등록세를 감면할 수 있는지 여부(기각)
(3) 분할특례요건을 충족하지 못한 것으로 보는 경우에도 당해사업장을 도시형 공장에 해당되므로 등록세 중과 대상에서 제외하여야 한다는 주장(기각)

청구번호 : 2009지0897     결정일자 : 2010-07-20     세목 : 등록세

청구번호 조심 2009지0897

주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분 개요

가. 청구법인은 2009.4.1. ○○○(주)(이하 “분할법인”이라 한다)가 영위하는 사업부문 중 레미콘 및 골재사업부분을 분할하여 신설된 법인으로, ○○○ 346-1 외 3필지 토지 12,045㎡, 건축물 3,462.957㎡ (이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후, 2009.5.27. 이 건 부동산의 장부가액인 29,891,689,080원을 등록세 과세표준으로 하고,「지방세법」제138조 제1항 제3호 규정에 의거 등록세 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 1,793,501,340원, 지방교육세 358,700,260원, 합계 2,152,201,600원을 신고하고, 2009.5.29. 이를 납부하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2009.8.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 분할법인인 ○○○(주)로부터 물적분할시 총 32개 사업장 중 ○○○사업장을 포함한 3개 사업장의 토지는 승계하고 나머지(29개) 사업장의 토지는 공통 차입금의 담보 설정문제(① 해당 토지 단독승계시 채권금융기관의 분할 승인 불가능, ② 토지 및 공통차입금 일괄 승계시 신설법인의 부채비율 과다로 인한 금융비용 발생 및 채권금융기관의 대출 연장 불허 등)로 인하여 승계대상에서 제외하였으나, 제외된 사업장의 토지도 분할법인과 임대차계약을 체결하여 청구법인이 계속하여 사업에 사용해오고 있는 등 분할법인과 분리하여 독립적으로 사업을 영위해오고 있으므로, 이는「법인세법」제46조 제1항 및 제47조 제1항과 같은법 시행령 제82조 제3항의 분할 특례요건을 갖추었다고 보아야 하므로「조세특례제한법」제119조 제1항 제10호의 감면요건에 맞는 물적분할에 해당하므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.

(2) 총 32개 사업장 중 처분청 관할의 ○○○사업장은 토지를 포함하여 승계하는 등 포괄적 승계요건을 충족하였으므로, 청구법인 전체단위로는 분할특례요건을 충족하지 못하였다 하더라도 등록세 부과주체인 지방자치단체별로 구분하여 판단했을 때는 포괄적 승계요건을 충족하였으므로 이 건 부과처분은 부당하다.

(3) 설령, 분할특례요건을 충족하지 못한 것으로 본다 하더라도, 청구법인 ○○○사업장은「산업집적활성화및 공장설립에 관한 법률」 제28조의 규정에 의한 도시형공장을 영위하고 있는 바, 이는 대도시내 법인중과세의 예외업종에 해당하므로, 일반세율로 과세하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 경우, 분할하는 사업부문의 일부 토지를 포괄적으로 승계받지 아니하고 분할법인으로부터 임차하여 사용하고 있고, 동 토지등이「법인세법 시행규칙」제41조의2에 규정하는 자산으로 분할이 불가능한 그 부속토지에도 해당하지 아니하므로 분할요건을 충족한 물적분할이라고 보기는 어렵다.

(2) 청구법인은 ○○○사업장의 경우「법인세법」제46조 및 제47조의 요건에 따라 포괄승계되었으므로 이 건 부동산에 대하여는「조세특례제한법」제119조 제1항 제10호 규정에 의한 등록세 감면요건을 충족하고 있다고 주장하나,「조세특례제한법」제119조 제1항 제10호의 물적분할 요건은 법인 전체에 대하여 판단하는 것이므로 청구주장은 이유가 없다.

(3) 청구법인은 이 건 부동산이「지방세법 시행령」제101조 제1항 제19호의 중과제외업종인 도시형업종에 해당하므로 일반과세하여야 한다고 주장하나, 중과제외업종에 해당하는 사업은「중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률」에 의한 협동화사업으로서「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」제34조 제1호의 규정에 의한 도시형공장을 영위하는 사업을 의미하므로, 여러 중소기업자가 공동으로 공장 등 사업장을 집단화하는 등 협동화사업에 해당하지 아니하는 청구법인의 의왕사업장은 중과제외업종에 해당하는 사업을 영위한다고 보기 어려워 청구주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) (주위적 청구) 청구법인의 분할이「법인세법」제46조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제3항 제2호의 분할요건(포괄승계)을 갖추었는지 여부

(1)-1 (예비적 청구) 분할특례요건 판단시 지방세 과세단위인 사업장별로도 구분하여 일부 포괄 승계요건을 충족한 사업장에 대해 등록세를 감면할 수 있는지 여부

(2) (예비적 청구) 분할특례요건을 충족하지 못한것으로 보는 경우에도 당해사업장이「산업집적활성화및 공장설립에관한법률」규정에 의한 도시형공장이어서 중과세 배제하여야 하는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 지방세법(2008.2.29. 법률 제8864호로 개정된 것)

제 138조【대 도시지역내 법인등기 등의 중과】① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만,「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용 부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기

2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기

4. 대도시(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」의 적용을 받는 공업지역을 제외한다)안에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기

③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

(2) 지방세법 시행령(2005.1.5. 대통령령 제18669호로 개정된 것)

제101조【대도시내 법인중과세의 예외 등】① 법 제138조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 업종”이라 함은 다음 각호에 해당하는 업종을 말한다.

19.「중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률」에 의한 협동화사업으로서 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」 제34조 제1호의 규정에 의한 도시형공장을 영위하는 사업

(3) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것)

제 119조【등록세의 면제 등】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대하여는 등록세를 면제(제13호ㆍ제28호 및 제29호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다. 이 경우 「지방세법」 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다.

10. 법인세법 제46조 제1항 각호(물적분할의 경우에는 동법 제47조 제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기

(4) 법인세법

제 46조【분할평가차익상당액의 손금산입】① 다음 각호의 요건을 갖춘 분할(물적 분할을 제외한다)의 경우로서 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액 중 당해 자산에 대한 분할평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

1. 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것일 것

2. 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인으로부터 받은 분할대가의 전액(분할합병의 경우에는 제44조 제1항 제2호의 비율 이상)이 주식이고 그 주식이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정될 것

3. 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것

제 47조【물적 분할로 인한 자산양도차익상당액의 손금산입】① 분할법인이 물적 분할에 의하여 분할신설법인의 주식을 취득한 경우로서 제46조 제1항 각호의 요건(동항 제2호의 경우 전액이 주식이어야 한다)을 갖춘 경우 당해 주식의 가액 중 물적 분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

(5) 법인세법 시행령

제82조【분할평가차익상당액의 손금산입】③ 법 제46조 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것”이라 함은 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다.

1. 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것

2. 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것. 다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 재정경제부령이 정하는 것의 경우에는 그러하지 아니하다.

3. 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다)만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것

4. 분할합병의 경우 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인일 것

(6) 법인세법 시행규칙

제 41조의 2【포괄승계의 예외가 인정되는 자산ㆍ부채의 범위】영 제82조 제3항 제2호 단서에서 “공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 재정경제부령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 자산 및 부채를 말한다.

1. 자산

가. 변전시설ㆍ폐수처리시설ㆍ전력시설ㆍ용수시설ㆍ증기시설

나. 사무실ㆍ창고ㆍ식당ㆍ연수원ㆍ사택

다. 기타 물리적으로 분할이 불가능한 공동의 생산시설 및 사업지원시설과 그 부속토지

2. 부채

가. 지급어음

나. 차입조건상 차입자의 명의변경이 제한된 차입금

다. 분할로 인하여 약정상 차입자의 차입조건이 불리하게 변경되는 차입금

라. 분할되는 사업부문에 직접 사용되지 아니한 공동의 차입금

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건의 사실관계를 살펴본다.

(가) 이건 부동산 현황은 ○○○ 외 3필지 토지 12,045㎡, 건축물 3,462.957㎡로 아래 <표1> 토지명세표 내용과 같다.

<표1> 토지 명세표 (면적 :㎡, 원)

자산 구분	자산코드	소재지	지목	면적	취득일자	취득금액	전 기 미상각 금 액	기말금액	개별지가
토지	○○○	○○○	대	11,768	‘09.4.1.	28,465,163,000	0	28,465,163,000	19,652,560,000
토지	○○○	○○○	대	21	‘09.4.1.	3,004,000	0	3,004,000	30,450.000
토지	○○○	○○○	하천	160	‘09.4.1.	389,433,000	0	389,433,000	227,200,000
토지	○○○	○○○	대	96	‘09.4.1.	67,200,000	0	67,200,000	160,320,000
합계				12,045		28,924,800,000		28,924,800,000	20,070,530,000

※ 건축물 장부가액은 966,889,080원임

(나) 분할법인인 ○○○(주)는 1962.5.14. 설립되어 양회제조 및 판매업, 광산개발업, 국내외 무역업, 토목건설업, 에스.오.씨 관련 사업, 부동산 임대,매매,개발과 이와 관련된 사업을 영위해 오는 법인이고, 분할신설법인인 청구법인은 2009.4.1. 분할법인의 레미콘 및 골재 사업부문을 물적분할하여 신설·등기되었으며, 2009.4.7. 총 32개 사업장 중 승계가 이루어진 의왕사업장 등 3개 사업장의 토지를 제외한 나머지 29개 사업장의 토지는 분할법인으로부터 임차하기로 계약한 사실이 법인등기부등본 등 관련증빙에 의해 확인된다.

(다) 2009.5.27. 청구법인은 이 건 부동산에 대해 법인 장부가액인 29,891,689,080원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제138조 제1항 제3호 규정에 의한 등록세 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 등 합계 2,152,201,600원을 처분청에 신고하였고, 2009.5.29. 납부한 사실이 있다.

(라) 한편, 청구법인이 분할법인으로부터 승계한 승계대상자산(토지)는 아래 <표2>와 같다.

○○○

(2) 위의 사실관계 등을 종합하여 먼저, 쟁점 ①에 대해 살펴본다.

(가) 「조세특례제한법」제119조 제1항 제10호 및 같은 법 제120조 제1항 제9호에서「법인세법」제46조 제1항 각호(물적분할의 경우에는 동법 제47조 제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 대하여는 취득세·등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 물적분할 요건을 규정하고 있는「법인세법」제47조 제1항에서는 물적분할 요건에 대해 분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식을 취득한 경우로서 같은 법 제46조 제1항의 각호의 요건을 갖춘 경우라고 하고 있는바, 같은 법 제46조 제1항에서는 분할요건에 대해 각호에서 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 대통령이 정하는 바에 따라 분할하는 것일 것 등의 요건을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제82조 제3항에서는 같은 법 제46조 제1항 제1호에서 ‘대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것’이라 함은 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것(다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 재정경제부령이 정하는 것의 경우에는 그러하지 아니한다) 등을 규정하면서, 같은 법 시행규칙 제41조의2에서 같은 법 시행령 제82조 제3항 제2호 단서상 “공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 재정경제부령이 정하는 것”에 대해 자산의 경우는 변전시설·폐수처리시설·전력시설·용수시설·증기시설(가목), 사무실·창고·식당·연수원·사택(나목), 기타 물리적으로 분할이 불가능한 공동의 생산시설 및 사업지원시설과 그 부속토지(다목)가 이에 해당한다고 규정하고 있다.

(나) 살피건대, 청구법인이 분할법인으로부터 물적분할할 당시 승계에서 제외한 29개 사업장의 토지(분할하는 사업부문의 부동산)의 경우, 분할부문과 비분할부문에 공통되는 차입금의 담보로 제공된 사실이 있어 당해 토지만 분리하여 승계하는 것이 현실적으로 어려운 점은 인정되나,「법인세법시행령」제82조 제3항 제2호 단서규정의 위임을 받은「법인세법 시행규칙」제41조의2에서 열거하고 있는 포괄승계의 예외가 인정되는 자산에는 해당하지 아니하므로, 청구법인의 경우「법인세법」제46조 제1항에 규정하는 법인분할요건을 갖추었다고 보기는 어렵다 할 것이다.

(3) 다음으로, 쟁점 ①-1(쟁점①의 예비적 청구)에 대해 살펴본다.

(가) 청구법인은 분할부문에 해당하는 총 32개 사업장 중 처분청 관할의 의왕사업장은 토지를 포함하여 승계하는 등 포괄적 승계요건을 충족하였으므로, 청구법인 전체단위로는 분할특례요건을 충족하지 못하였다 하더라도 등록세 부과주체인 지방자치단체별로 구분하여 판단했을 때는 포괄적 승계요건을 충족한 것이어서 이 건 부과처분이 부당하다고 주장한다.

(나) 그러나,「조세특례제한법」제119조 제1항 제10호 및「법인세법」제46조 제1항 각호에 규정하는 물적분할 요건은 분할신설하는 법인전체의 사업부문이나 자산 및 부채를 기준으로 판단하는 것이어서 분할신설법인의 사업장별 사업부문이나 자산 및 부채를 기준으로 포괄승계요건을 판단하여야 한다는 청구주장은 이유없다 할 것이다.

(4) 마지막으로, 쟁점 ②(예비적 청구)에 대해 살펴본다.

(가) 청구법인은 설령, 청구법인이 분할특례요건을 충족하지 못하였다고 보는 경우에도, 의왕사업장은「산업집적활성화및 공장설립에 관한 법률」제28조 규정에 의한 도시형공장을 영위하고 있어, 이는 대도시내 법인중과세의 예외에 해당한다 할 것이므로 일반세율로 과세하여야 한다고 주장한다.

(나) 그러나,「지방세법」제138조 제1항 단서 및 같은 법 시행령 제101조제1항제19호 규정에 의한 대도시내 법인 중과세의 예외 업종에 해당하기 위해서는「중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률」에 의한 협동화 사업임을 전제로 하여야 할 것인데, 이러한 협동화 사업에 해당하기 위해서는 여러 중소기업자가 공동으로 공장 등 사업장을 집단화하여 협동화 사업의 승인을 받은 사실이 있어야 함에도, 청구법인의 의왕사업장은 이러한 사실이 확인되지 아니하는바, 「지방세법 시행령」제101조제1항제19호 규정에 의한 대도시내 법인 중과세 예외 업종에 해당한다는 청구주장 또한 이유없다 할 것이다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「지방세법」제77조 제5항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.