(1) 대도시 내 주택건설법인의 판매시설 신축용 토지에 대하여 건축 허가일을 기준으로 등록세를 중과세할 수 있는지 여부(기각)
(2) 이미 취득 등기한 토지를 기부채납 하는 경우에도 기부채납을 조건으로 취득하는 토지로 보아 등록세 등을 비과세하여야 한다는 청구 주장의 당부(기각)
청구번호 : 2009지0563 결정일자 : 2010-05-24 세목 : 등록세
청구번호 조심 2009지0563
주 문
심판청구를 기각한다.
이 유
1. 처분 개요
가. 청구법인은 2006.3.21. 주택건설업 등을 목적사업으로 ○○○ 624-20을 본점소재지로 하여 설립한 법인○○○으로서 주상복합건축물을 신축할 목적으로 2006.6.15.～2007.7.12.까지 ○○○ 457-3 등 토지 5,859.986㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후 취득가액 29,948,003,410원을 과세표준으로 하고「지방세법」제131조 제1항 제3호 ⑵목의 세율을 적용하여 산출한 등록세 585,081,090원과 지방교육세 117,016,210원, 농어촌특별세 2,775,790원, 합계 704,873,090 원을 2006.5.30부터 2007.7.25.까지 각각 신고납부하였다.
나. 처분청은 청구법인이 이 건 토지에 ○○○ 아파트를 신축하고자 2007.4.2. 이 건 토지 5,859.986㎡에 연면적 99,201.67㎡의 건축허가(주택 49.4%, 판매시설 50.6%)를 받았으나 2007.8.3. 99,247.07㎡로 건축연면적 변경허가(주택 49.47%, 판매시설 50.53%, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 받아 건축중에 있으므로 이 건 토지 중 판매시설 50.53%(이하 이 건 “쟁점부동산”이라 한다)에 해당하는 토지 2,961.05㎡는 주택건설업법인의 대도시내 등록세 중과세 예외대상에 해당하지 아니하므로 건축허가일인 2007.4.2.을 등록세 중과세 납세의무 성립일로 보아 2,961.05㎡에 대한 등기당시의 가액 15,131,797,770원을 과세표준으로 하고「지방세법」제138조 제1항에서 규정하고 있는 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 등록세 824,787,760원, 지방교육세 153,132,530원, 농어촌특별세 3,913,260원, 합계 981,833,550원을 2009.2.16. 부과고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.3.31. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 등 의견
가. 청구법인 주장
⑴ 이 건 토지에 대한 주택 이외 부분에 대한 중과세 신고납부 기준일은 건축물사용승인일로부터 30일 이내로 보아야 하므로 건축허가일을 기준으로 중과세율로 등록세를 부과고지한 것은 조세법률주의에 위배된다 할 것이므로 취소되어야 하고,
⑵ 대법원판례○○○에서 “비록 기부채납에 대한 최종승인이 이루어지지는 아니하였으나 당해 부동산의 공여자체가 기부채납형식으로 되어 있고 국가도 이를 승낙하는 채납의 의사표시를 한 이상,「지방세법」제106조 제2항 및 제126조 제2항 규정에 의한 비과세 대상이 된다”고 판결하고 있는바, 이 건 토지 중 1,118.02㎡(무상귀속분 649.69㎡, 기부채납분 114.63㎡, 신청외 부지(제척분)353.7㎡,(이하 “이 건 쟁점토지”라 한다)는 등록세를 비과세 하거나 일반세율 적용대상이 되어야 한다.
나. 처분청 및 ○○○ 의견
⑴ 청구법인의 경우 2006.6.15.부터 2007.7.12.까지 이 건 토지를 취득하여 등기한 후 2007.4.2. 이 건 토지에 주상복합건물 건축허가〔공동주택 49,010.26㎡(49.4%), 판매시설 50,191.41㎡(50.6%)〕(※ 2007.8.3. 주택 49.47%, 판매시설 50.53%로 건축연면적 변경 허가)를 받아 건축허가를 받았으므로 건축허가 시점에서 당해 업종에 사용여부를 판단하여 판매시설로 안분한 토지 2,961.05㎡는 주택건축에 사용된 토지가 아니므로 등록세를 중과세하는 것이고,
⑵ 청구법인이 취득한 토지 중 353.7㎡는 주상복합단지 외에 소재한 토지로써 기부채납 대상토지에 포함되어 있지 아니하므로 취득세 등의 비과세 대상에 해당되지 아니하며, 주택건설사업계획에 대한 승인결정을 할 무렵에 기부채납의 대상이 되는 공공시설용지의 위치나 면적이 어느 정도 특정되고 해당 지방자치단체가 구체적으로 공공시설용지로 편입될 토지에 대하여 기부채납을 하도록 승인조건을 부과한 때 비로소 기부체납에 대한 의사합치가 있었던 것으로 볼 수 있으므로, 그 사업승인 결정 이후에 취득하는 토지만이「지방세법」제126조 제2항에서 규정하고 있는 “국가 또는 지방자치단체에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 등기”에 해당되어 등록세 등의 비과세 대상이 된다 할 것이므로 청구법인의 경우 무상귀속분(648.33㎡) 토지와 기부채납분(114.63㎡)토지 모두 건축허가일인 2007.4.2. 이전에 취득하였고, 신청외 부지(제척분)353.7㎡은 이 건 부동산 신축과 관련 없이 취득한 이상, 이 건 등록세 등을 부과고지한 것은 적법하다.
3. 사실관계 및 판단
가. 쟁 점
대도시내에서 공동주택 등을 신축한 주택건설법인의 판매시설부분 토지에 대하여 건축허가일을 기준으로 등록세를 중과세할 수 있는지 여부와 무상귀속분, 사용승인후 기부채납분 토지를 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득한 부동산으로 보아 취득세를 비과세 할 수 있는지 여부
나. 관련 법령
(1) 지방세법
제124조(납세의무자) 등록세는 재산권 기타 권리의 취득․이전․변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다.
제126조(2005.1.27. 법률 제7386호로 개정된 것)(국가 등에 대한 비과세) ② 국가․지방자치단체 및 지방자치단체 조합에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 등기에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다.
제138조(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정된 것) (대도시지역 내 법인등기 등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만,「수도권정비계획법」제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.
3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기
(2) 지방세법 시행령
제73조(취득의 시기 등) ③ 제1항․제2항 및 제5항 규정에 의한 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다.
제101조(2008.2.29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것)(대도시내 법인 중과세 예외) ① 법 제138조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 업종”이라 함은 다음 각호에 해당하는 업종을 말한다.
5. 「해외건설촉진법」의 규정에 의하여 신고된 해외건설업(당해 연도에 해외건설실적이 있는 경우의 해외건설에 직접 사용하는 사무실용 부동산에 한한다) 및「주택법」제9조의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)
다. 사실관계 및 판단
⑴ 「지방세법」제124조에서 등록세는 재산권 기타 권리의 취득․이전․변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다고 규정하고 있고, 제126조(2005.1.27. 법률 제7386호로 개정된 것)제2항에서 국가․지방자치단체 및 지방자치단체 조합에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 등기에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으며, 제138조(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정된 것) 제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만,「수도권정비계획법」제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다고 한 후 그 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제101조(2008.2.29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것) 제1항에서 법 제138조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 업종”이라 함은 다음 각호에 해당하는 업종을 말한다고 한 후 그 제5호에서「해외건설촉진법」의 규정에 의하여 신고된 해외건설업(당해 연도에 해외건설실적이 있는 경우의 해외건설에 직접 사용하는 사무실용 부동산에 한한다) 및「주택법」제9조의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)으로 규정하고 있다.
⑵ 청구법인은 2006.6.15.부터 2007.7.12.까지 이 건 토지 5,859.986㎡를 취득하면서 이 건 토지상의 건축물 연면적 중 99,201.67㎡중 주택 49.4%와 판매시설 50.6%를 신축하는 것으로 하여 2007.4.2. 건축허가를 받은 후 2007.8.1. 착공하고 2007.8.3. 주택 49.7%, 판매시설 50.53%로 연면적을 99,247.07㎡로 변경허가를 받아 건축중에 있으므로 청구법인이 이 건 토지를 취득하기 전부터 이 건 토지상에 주택과 판매시설용 건축물을 건축하는 것으로 계획되어 있었다고 할 것이고, 이 건 토지 중 판매시설 50.53%에 해당하는 토지 2,961.05㎡에 대하여 건축허가일인 2007.4.2.을 납세의무 성립일로 보아 이 건 등록세 를 부과고지한 것은 적법한 것으로 판단된다.
⑶ 또한,「지방세법」제126조 제2항에서 국가․지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 등기에 대하여 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 건축허가를 받을 무렵에 기부채납의 대상이 되는 공공시설용지의 위치나 면적이 어느 정도 특정되어 처분청에서 청구법인에게 구체적으로 공공시설용지로 편입될 토지에 관하여 기부채납을 하도록 승인조건을 부과한 때에 비로소 청구법인과 처분청 사이에 기부채납에 대한 의사의 합치가 있었던 것으로 볼 수 있다 할 것이므로 청구법인이 이 건 부동산을 신축하기 위한 건축허가를 받은 이후에 취득하는 토지만이「지방세법」제126조 제2항에서 규정하고 있는 '국가 또는 지방자치단체에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산'으로 취득세 및 등록세의 비과세대상이 된다 할 것이나, 청구법인의 경우 무상귀속분(648.33㎡) 토지와 기부채납분(114.63㎡)토지 및 제척분토지(353.7㎡) 모두 건축허가일인 2007.4.2. 이전에 취득하여 등기한 토지로써 취득․등기당시 기부채납을 조건으로 취득한 것으로 확인되고 있지 아니하므로 등록세의 비과세나 일반세율 적용대상이 되지 아니한다 할 것이므로 처분청에서 이 건 등록세 등을 부과고지한 것은 적법한 것으로 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「지방세법」제77조 제5항과「국세기 본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
(2) 이미 취득 등기한 토지를 기부채납 하는 경우에도 기부채납을 조건으로 취득하는 토지로 보아 등록세 등을 비과세하여야 한다는 청구 주장의 당부(기각)
청구번호 : 2009지0563 결정일자 : 2010-05-24 세목 : 등록세
청구번호 조심 2009지0563
주 문
심판청구를 기각한다.
이 유
1. 처분 개요
가. 청구법인은 2006.3.21. 주택건설업 등을 목적사업으로 ○○○ 624-20을 본점소재지로 하여 설립한 법인○○○으로서 주상복합건축물을 신축할 목적으로 2006.6.15.～2007.7.12.까지 ○○○ 457-3 등 토지 5,859.986㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후 취득가액 29,948,003,410원을 과세표준으로 하고「지방세법」제131조 제1항 제3호 ⑵목의 세율을 적용하여 산출한 등록세 585,081,090원과 지방교육세 117,016,210원, 농어촌특별세 2,775,790원, 합계 704,873,090 원을 2006.5.30부터 2007.7.25.까지 각각 신고납부하였다.
나. 처분청은 청구법인이 이 건 토지에 ○○○ 아파트를 신축하고자 2007.4.2. 이 건 토지 5,859.986㎡에 연면적 99,201.67㎡의 건축허가(주택 49.4%, 판매시설 50.6%)를 받았으나 2007.8.3. 99,247.07㎡로 건축연면적 변경허가(주택 49.47%, 판매시설 50.53%, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 받아 건축중에 있으므로 이 건 토지 중 판매시설 50.53%(이하 이 건 “쟁점부동산”이라 한다)에 해당하는 토지 2,961.05㎡는 주택건설업법인의 대도시내 등록세 중과세 예외대상에 해당하지 아니하므로 건축허가일인 2007.4.2.을 등록세 중과세 납세의무 성립일로 보아 2,961.05㎡에 대한 등기당시의 가액 15,131,797,770원을 과세표준으로 하고「지방세법」제138조 제1항에서 규정하고 있는 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 등록세 824,787,760원, 지방교육세 153,132,530원, 농어촌특별세 3,913,260원, 합계 981,833,550원을 2009.2.16. 부과고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.3.31. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 등 의견
가. 청구법인 주장
⑴ 이 건 토지에 대한 주택 이외 부분에 대한 중과세 신고납부 기준일은 건축물사용승인일로부터 30일 이내로 보아야 하므로 건축허가일을 기준으로 중과세율로 등록세를 부과고지한 것은 조세법률주의에 위배된다 할 것이므로 취소되어야 하고,
⑵ 대법원판례○○○에서 “비록 기부채납에 대한 최종승인이 이루어지지는 아니하였으나 당해 부동산의 공여자체가 기부채납형식으로 되어 있고 국가도 이를 승낙하는 채납의 의사표시를 한 이상,「지방세법」제106조 제2항 및 제126조 제2항 규정에 의한 비과세 대상이 된다”고 판결하고 있는바, 이 건 토지 중 1,118.02㎡(무상귀속분 649.69㎡, 기부채납분 114.63㎡, 신청외 부지(제척분)353.7㎡,(이하 “이 건 쟁점토지”라 한다)는 등록세를 비과세 하거나 일반세율 적용대상이 되어야 한다.
나. 처분청 및 ○○○ 의견
⑴ 청구법인의 경우 2006.6.15.부터 2007.7.12.까지 이 건 토지를 취득하여 등기한 후 2007.4.2. 이 건 토지에 주상복합건물 건축허가〔공동주택 49,010.26㎡(49.4%), 판매시설 50,191.41㎡(50.6%)〕(※ 2007.8.3. 주택 49.47%, 판매시설 50.53%로 건축연면적 변경 허가)를 받아 건축허가를 받았으므로 건축허가 시점에서 당해 업종에 사용여부를 판단하여 판매시설로 안분한 토지 2,961.05㎡는 주택건축에 사용된 토지가 아니므로 등록세를 중과세하는 것이고,
⑵ 청구법인이 취득한 토지 중 353.7㎡는 주상복합단지 외에 소재한 토지로써 기부채납 대상토지에 포함되어 있지 아니하므로 취득세 등의 비과세 대상에 해당되지 아니하며, 주택건설사업계획에 대한 승인결정을 할 무렵에 기부채납의 대상이 되는 공공시설용지의 위치나 면적이 어느 정도 특정되고 해당 지방자치단체가 구체적으로 공공시설용지로 편입될 토지에 대하여 기부채납을 하도록 승인조건을 부과한 때 비로소 기부체납에 대한 의사합치가 있었던 것으로 볼 수 있으므로, 그 사업승인 결정 이후에 취득하는 토지만이「지방세법」제126조 제2항에서 규정하고 있는 “국가 또는 지방자치단체에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 등기”에 해당되어 등록세 등의 비과세 대상이 된다 할 것이므로 청구법인의 경우 무상귀속분(648.33㎡) 토지와 기부채납분(114.63㎡)토지 모두 건축허가일인 2007.4.2. 이전에 취득하였고, 신청외 부지(제척분)353.7㎡은 이 건 부동산 신축과 관련 없이 취득한 이상, 이 건 등록세 등을 부과고지한 것은 적법하다.
3. 사실관계 및 판단
가. 쟁 점
대도시내에서 공동주택 등을 신축한 주택건설법인의 판매시설부분 토지에 대하여 건축허가일을 기준으로 등록세를 중과세할 수 있는지 여부와 무상귀속분, 사용승인후 기부채납분 토지를 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득한 부동산으로 보아 취득세를 비과세 할 수 있는지 여부
나. 관련 법령
(1) 지방세법
제124조(납세의무자) 등록세는 재산권 기타 권리의 취득․이전․변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다.
제126조(2005.1.27. 법률 제7386호로 개정된 것)(국가 등에 대한 비과세) ② 국가․지방자치단체 및 지방자치단체 조합에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 등기에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다.
제138조(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정된 것) (대도시지역 내 법인등기 등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만,「수도권정비계획법」제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.
3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기
(2) 지방세법 시행령
제73조(취득의 시기 등) ③ 제1항․제2항 및 제5항 규정에 의한 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다.
제101조(2008.2.29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것)(대도시내 법인 중과세 예외) ① 법 제138조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 업종”이라 함은 다음 각호에 해당하는 업종을 말한다.
5. 「해외건설촉진법」의 규정에 의하여 신고된 해외건설업(당해 연도에 해외건설실적이 있는 경우의 해외건설에 직접 사용하는 사무실용 부동산에 한한다) 및「주택법」제9조의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)
다. 사실관계 및 판단
⑴ 「지방세법」제124조에서 등록세는 재산권 기타 권리의 취득․이전․변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다고 규정하고 있고, 제126조(2005.1.27. 법률 제7386호로 개정된 것)제2항에서 국가․지방자치단체 및 지방자치단체 조합에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 등기에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으며, 제138조(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정된 것) 제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만,「수도권정비계획법」제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다고 한 후 그 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제101조(2008.2.29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것) 제1항에서 법 제138조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 업종”이라 함은 다음 각호에 해당하는 업종을 말한다고 한 후 그 제5호에서「해외건설촉진법」의 규정에 의하여 신고된 해외건설업(당해 연도에 해외건설실적이 있는 경우의 해외건설에 직접 사용하는 사무실용 부동산에 한한다) 및「주택법」제9조의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)으로 규정하고 있다.
⑵ 청구법인은 2006.6.15.부터 2007.7.12.까지 이 건 토지 5,859.986㎡를 취득하면서 이 건 토지상의 건축물 연면적 중 99,201.67㎡중 주택 49.4%와 판매시설 50.6%를 신축하는 것으로 하여 2007.4.2. 건축허가를 받은 후 2007.8.1. 착공하고 2007.8.3. 주택 49.7%, 판매시설 50.53%로 연면적을 99,247.07㎡로 변경허가를 받아 건축중에 있으므로 청구법인이 이 건 토지를 취득하기 전부터 이 건 토지상에 주택과 판매시설용 건축물을 건축하는 것으로 계획되어 있었다고 할 것이고, 이 건 토지 중 판매시설 50.53%에 해당하는 토지 2,961.05㎡에 대하여 건축허가일인 2007.4.2.을 납세의무 성립일로 보아 이 건 등록세 를 부과고지한 것은 적법한 것으로 판단된다.
⑶ 또한,「지방세법」제126조 제2항에서 국가․지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 등기에 대하여 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 건축허가를 받을 무렵에 기부채납의 대상이 되는 공공시설용지의 위치나 면적이 어느 정도 특정되어 처분청에서 청구법인에게 구체적으로 공공시설용지로 편입될 토지에 관하여 기부채납을 하도록 승인조건을 부과한 때에 비로소 청구법인과 처분청 사이에 기부채납에 대한 의사의 합치가 있었던 것으로 볼 수 있다 할 것이므로 청구법인이 이 건 부동산을 신축하기 위한 건축허가를 받은 이후에 취득하는 토지만이「지방세법」제126조 제2항에서 규정하고 있는 '국가 또는 지방자치단체에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산'으로 취득세 및 등록세의 비과세대상이 된다 할 것이나, 청구법인의 경우 무상귀속분(648.33㎡) 토지와 기부채납분(114.63㎡)토지 및 제척분토지(353.7㎡) 모두 건축허가일인 2007.4.2. 이전에 취득하여 등기한 토지로써 취득․등기당시 기부채납을 조건으로 취득한 것으로 확인되고 있지 아니하므로 등록세의 비과세나 일반세율 적용대상이 되지 아니한다 할 것이므로 처분청에서 이 건 등록세 등을 부과고지한 것은 적법한 것으로 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「지방세법」제77조 제5항과「국세기 본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.