조세심판원 심판청구 청구법인이 공동사업자와 노인복지시설을 신축 하고 취득세 등을 감면 받았으나 그 후 청구법인의 부도 등으로 인하여 노인복지시설(건축물과 그 부속토지)에 대한 지분을 공동사업자에게 양도한 경우 감면받은 취득세와 등록세를 납부하지 아니할 만한 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부(기각)
쟁점
(1) 청구법인이 공동사업자와 노인복지시설을 신축 하고 취득세 등을 감면 받았으나 그 후 청구법인의 부도 등으로 인하여 노인복지시설(건축물과 그 부속토지)에 대한 지분을 공동사업자에게 양도한 경우 감면받은 취득세와 등록세를 납부하지 아니할 만한 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부(기각)
(2) 청 구법인의 지분을 100분의 1로, 공동사업자의 지분을 100분의 99로 하여 소유권보존등기를 하였으므로 소유권보존등기비율로 취득세 와 등록세를 납부하여야 한다는 주장(취득세:기각, 등록세:인용)
(3) 노인복지시설을 청구법인과 공동사업자가 공동으 로 신축하였으므로 100분의 50에 대하여만 취득세 등의 납세의무가 있다는 청구 주장(수정 인용)
청구번호 : 2009지0645 결정일자 : 2010-06-09 세목 : 취득세
청구번호 조심 2009지0645
주 문
1. 처분청이 2009.4.15. 청구법인에게 한 취득세 943,419,020원, 농어촌특별세 36,461,360원, 등록세 334,997,640원, 지방교육세 62,286,870원, 합계 1,377,164,890원의 부과처분 중 건축물분에 대한 취득세는 50%를 경감하고, 등록세는 청구법인이 소유권보존등기한 지분인 100분의 1에 대하여만 부과고지하는 것으로 경정한다.
2. 나머지 청구는 기각한다.
이 유
1. 처분 개요
가. 청구법인은 1958.9.11. 일반건설업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인○○○으로서 학교법인 ○○○과 공동으로 노인복지시설을 건축하여 분양 및 임대하고자 2003.5.12. ○○○ 임야 992㎡를, 2004.3.6. 같 은 동 산 583-1 외 4필지 임야 62,096 ㎡를, 2006.10.26. 같은 동 582 임야 외 19필지 5,981㎡와 2007.10.8. 같은 동 582-1 임야 외 6필지 835.0㎡ 등 합계 69,904㎡를 취득한 후 토지취득가액 20,171,161,000을 과세표준으로 하고「지방세법」제112조 제1항 및 제131조 제1항 제3호 ⑵목의 규정에 의하여 산출한 세액에「○○○ 감면조례」(2006.12.26. 조례 제3673호로 개정되기 이전의 것)제9조 규정을 적용하여 경감(100분의 50)한 취득세 403,423,220원, 농어촌특별세 21,280,350원, 등록세 598,030,220원, 지방교육세 119,606,040원, 합계 1,142,339,830원을 신고납부하였고,
나. 취득한 토지 69,904㎡ 중 61,700㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)에 분양 및 임대하기 위한 주택 7개동 336세대(29평:144세대, 33평:126세대, 39평:66세대) 연면적 59,328.50㎡〔분양주택 28,578.14㎡(48.17%), 임대주택24,263.92㎡(40.90%), 복지관 6,486.44(10.93%) 이하 “이 건 노인복지시설”이라 한다)〕을 신축하여 2006.12.12.(2008.2.26. 사용승인) 임시사용승인을 받은 후 분양분 주택 및 복지관(전체 연면적 59,328.50㎡의 59.1%)과 임대분 주택(전체 연면적 59,328.50㎡의 40.9%)의 취득금액 40,969,833,000원을 과세표준으로 하고「지방세법」제112조 제1항 및 제131조 제1항 제4호 및 구「○○○ 감면조례」(2008.12.30. 조례 제3827호로 개정되기 이전의 것) 제9조 제2호 규정(100분의 50)을 적용하여 산출한 취득세 819,369,660원, 농어촌특별세 152,978,860원(등록세분 농어촌특별세 19,534,320원 포함), 등록세 327,758,660원 지방교육세 65,551,730원 합계 1,365,685,910원을 2007.3.30. 신고납부하였으며,
다. 이 건 토지를 임야에서 대지로 지목변경한데 대하여 이 건 토지의 지목변경 전 공시지가에서 지목변경 후 공시지가가 증가한 가액의 차액 7,205,492,000원을 과세표준으로 하고「지방세법」제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 144,109,840원, 농어촌특별세 23,469,290원, 합계 167,579,130원을 2007.3.30. 신고납부하였다.
라. 처분청은 청구법인이 2006.12.12. 이 건 노인복지시설을 취득한 날부터 2년 이내인 2008.3.24. 이 건 노인복지시설을 ○○○으로 소유권이전등기한 것을 확인한 후 이 건 토지 취득가액보다 과소신고 및 감면 한 금액을 포함한 4,221,950,500원(총 토지 취득금액 24,393,111,743원-기 신고과세표준 20,171,161,000원)과 이 건 노인복지시설 취득가액보다 과소신고 및 감면한 금액을 포함한 25,250,448,500원(총 건축물 취득금액 66,220,281,867원-기 신고과세표준 40,969,833,000원) 및 이 건 토지의 지목변경에 대하여 과소신고한 3,706,860,000원(총 지목변경 증가금액 10,912,352,122원-7,205,492,000원)을 과세표준으로 하고「지방세법」제112조 제1항 및 제131조 제1항 제3호 ⑵목의 규정에 의하여 산출한 취득세 등과 이 건 노인복지시설 취득시 구「○○○ 감면조례」(2008.12.30. 조례 제3827호로 개정되기 이전의 것) 제9조 제2호 규정(100분의 50)을 적용하여 감면하였던 금액을 포함한 취득세 943,419,020원, 농어촌특별세 36,461,360원, 등록세 334,997,640원, 지방교육세 62,286,870원, 합계 1,377,164,890원(신고 및 납부불성실 가산세 포함)을 2009.4.15. 부과고지하였다.
마. 청구법인은 이에 불복하여 2009.4.30. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
⑴ 이 건 노인복지시설은 당초 청구법인의 주식 100%를 소유하고 있는 모기업인 학교법인 ○○○이 수익사업을 하기 위한 방안으로 단독으로 건축허가를 받아 추진하여 오던 중 원활한 사업추진을 위하여 2004.12.24. 건축허가를 변경하여 청구법인을 공동사업시행자로 참여시킨 후 2006.12.5. 공동명의로 임시사용승인을 받아「○○○ 감면 조례」제9조에서 규정하고 있는 감면요건을 충족하도록 하여 계속 노인복지시설로 직접 사용(운영)하여왔으나,
⑵ 청구법인의 재정상태가 2006년도 당기 순손실 1,104억원이 발생하여 완전한 자본잠식상태(△457억원)에 빠짐으로써 채권단의 조기채권회수와 금융기관의 대출금 상환만기연장이 불가하여 자금사정이 악화됨에 따라 2007.3.19.과 2007.4.27. 2차례 265억원의 부도 등 심각한 자금난에 의한 경영위기가 지속되었을 뿐만 아니라 1차부도시 차입금 및 보증채무가 5,456억원, 2차부도시 5,713억원으로 회생불능상태인 자본잠식상태가 되었고, 2007.11.21. ○○○로부터 건설업등록기준 미달에 따른 행정처분사전통지 및 청문통지를 받음과 함께 2008.1.24. 영업정지처분을 받음으로써 더 이상 회사의 존립이 어려워짐에 따라 청구법인의 모기업인 ○○○은 M&A를 통하여 청구법인을 회생시키기 위한 방안으로 2007.10.16. (주)○○○와 ○○○, 청구법인간에 투자계약서를 체결하면서 선행조건으로 이 건 노인복지시설을 공동사업자인 ○○○에 이전하여야 한다는 투자자인 (주)○○○의 요구에 따라 2008.1.8. 이 건 노인복지시설에 대한 사용검사를 받은 후 2008.3.24. ○○○ 지분 99/100, 청구법인지분 1/100으로 하여 이 건 노인복지시설 건축물보존등기를 하였는바,
⑶ 청구법인은 ○○○의 100% 자회사로서 ○○○이 단독으로 추진하던 이 건 노인복지시설의 건축을 원활하게 진행하기 위하여 ○○○의 건설자금을 지원받아 건설시공에만 참여해온 공동사업자에 불과하고, 당초 목적대로 노인복지시설을 설치한 후「○○○ 감면조례」입법취지대로 운영하여 오다가 사실상 건축주인 ○○○에서 청구법인의 전체지분을 이전받아 2010년 4월 현재까지 약 3년 4개월 동안 고유목적에 직접 사용하고 있어「○○○ 감면조례」제9조의 감면요건에 충족됨에도 2년 이상 노인복지시설에 직접 사용하지 아니한 것으로 보는 것은 부당하다 할 것이고, 설사, 이 건 노인복지시설을 2년 이상 직접 사용하지 아니하고 매각한 경우에 해당한다 하더라도 ○○○ 명의로 소유권을 이전한데에는 청구법인의 경영정상화를 위한 정당한 사유가 있다 할 것이므로 기 면제한 취득세 등을 추징한 것은 부당하므로 취소되어야 한다.
⑷ 예비적 청구로서, 청구법인의 주식 100%를 소유한 모기업인 ○○○과 공동사업으로 이 건 노인복지시설을 건축하면서 공동사업과 관련한 구체적인 지분율 및 수익배분 등에 대한 별도 약정 또는 합의가 없었으며, 이 건 노인복지시설을 준공한 후 청구법인의 지분을 100분의 1로, ○○○의 지분을 100분의 99로 하여 소유권 보존등기가 경료되었다면 소유권 보존등기비율로 취득세와 등록세를 납부하여야 하고, 설사, 소유권보존등기시 지분율로 과세하는 것이 부적절하다면 민법 제262조 규정에 의거 임시사용승인을 받을 때까지 공유자의 지분의 균등한 것으로 보아야 하므로 50%의 지분율에 해당하는 취득세와 등록세를 납부하여야 하는 것이 타당하며, 임시사용승인 이후 사용승인을 받을 때까지 발생된 과세표준(건축비)에 대하여는 청구법인의 지분인 100분의 1에 해당하는 부분에 대하여만 취득세와 등록세를 납부하는 것이 타당하다.
나. 처분청 의견
청구법인은 이 건 노인복지시설 중 ○○○의 소유지분을 99/100로, 청구법인의 소유지분은 1/100로 소유권 보존등기를 하였으므로 ○○○이 사실상 소유자라고 주장하고 있으나, 청구법인은 이 건 노인복지시설을 건축중인 자산으로 회계처리하였고, 2006.12.12. 처분청으로부터 임시사용승인서를 교부받고 30일 이내인 2007.1.8. 건물분 취득세 및 등록세를 신고납부하였으나 2008.3.24. 이 건 노인복지시설 사용승인 후 지분별로 보존등기한 것은 양 법인간의 명의신탁해지로 인한 지분등기로서 명의신탁이나 명의신탁해지로 인한 소유권이전등기를 마친 경우 취득에 해당된다 할 것이므로 청구법인이 이 건 노인복지시설의 사실상 소유자로서 원시취득에 따른 취득세 등의 납세의무가 있는 것이므로 처분청에서 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
청구법인의 주식을 100% 소유하고 있는 모기업인 ○○○과 공동으로 노인복지시설을 신축․취득하여 취득세와 등록세 50%를 경감받았으나 불가피하게 청구법인의 지분을 공동사업자인 ○○○이 인수받아 노인복지사업을 계속하는 경우 고유목적사업에 직접 사용하는 것으로 보아 감면요건을 충족하는지 여부와 공동사업자가 투자지분율 및 수익배분에 관한 별도 약정없이 공동으로 노인복지시설을 건축하여 운영해 오다가 소유권보존등기시 청구법인의 지분은 100분의 1로, 모기업인 ○○○의 지분을 100분의 99로 한 경우 전체 납부하여야 할 등록세 중 100분의 1에 대하여만 납세의무가 있는지 여부
나. 관련 법령
⑴ 지방세법
제112조(세율) ① 취득세의 과세표준은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다.
제124조(납세의무자) 등록세는 재산권 기타 권리의 취득․이전․변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다.)을 하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다.
제130조 (과세표준) ① 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록당시의 가액으로 한다.
제131조(부동산 등기의 세율) ① 부동산에 대한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.
3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득
⑵ 기타 : 부동산가액의 1,000분의 20
⑵ 지방 세법 시행령
제73조(취득의 시기) ④ 건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 사용승인서 교부일(사용승인서 교부일 이전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상 사용일 또는 임시사용승인일)을 취득일로 보고, 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다.(이하 생략)
⑶ 구「○○○ 감면조례」(2008.12.30. 조례 제3827호로 개정되기 이전의 것)제9조(노인복지시설에 대한 감면)
「노인복지법」제31조 규정에 의한 노인복지시설을 설치하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각호에서 정하는 바에 따라 취득세와 등록세를 감면한다. 다만, 부동산 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 노인복지시설에 직접 사용하지 아니하거나 건축공사에 착공하지 아니하는 경우와 2년 이상 노인복지시설에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다.
1. 무료 또는 실비노인시설에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다.
2. 유료노인복지시설에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다.
다. 사실관계 및 판단
⑴ 청구법인은 이 건 노인복지시설을 설치한 후「○○○ 감면조례」입법취지대로 운영하여 오다가 사실상 건축주인 ○○○에서 청구법인의 전체지분을 이전받아 2010년 4월 현재까지 약 3년 4개월 동안 고유목적에 직접 사용하고 있어「○○○ 감면조례」제9조의 감면요건에 충족됨에도 2년 이상 노인복지시설에 직접 사용하지 아니한 것으로 보는 것은 부당하고, 설사, 이 건 노인복지시설을 2년 이상 직접 사용하지 아니하고 매각한 경우에 해당한다 하더라도 ○○○ 명의로 소유권을 이전한데에는 청구법인의 경영정상화를 위한 정당한 사유가 있다 할 것이므로 기 면제한 취득세 등을 추징한 것은 부당하므로 취소되어야 한다고 주장하고 있다.
⑵ 구「○○○ 감면조례」(2008.12.30. 조례 제3827호로 개정되기 이전의 것) 제9조에서「노인복지법」제31조 규정에 의한 노인복지시설을 설치하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각호에서 정하는 바에 따라 취득세와 등록세를 감면한다고 규정한 후 그 단서에서 부동산 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 노인복지시설에 직접 사용하지 아니하거나 건축공사에 착공하지 아니하는 경우와 2년 이상 노인복지시설에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있는바, 청구법인이 2006.12.5. 이 건 노인복지시설에 대한 임시사용승인을 받아 취득한 후 2008.4.10. 이 건 노인복지시설에 대한 소유권을 ○○○으로 이전한 것으로 확인되고 있으므로 취득일로부터 2년 이상 노인복지시설에 직접 사용한 후 ○○○ 감면조례」제9조에서 규정하고 있는 “정당한 사유” 여부와 관계없이 기 감면한 취득세 등의 추징대상이 된다 할 것이며, 설사, “정당한 사유”여부를 판단한다 하더라도 이 건 노인복지시설을 취득한 후 2년 이상 그 용도에 사용하지 못한 귀책사유가 행정관청의 사용금지․제한 등이 아닌 청구법인 내부의 경영상 문제에 국한되므로 이 건 취득세 등의 취소대상으로 판단하기는 어렵다 할 것이다.
⑶ 다음으로 청구법인은 이 건 노인복지시설을 준공한 후 청구법인의 지분을 100분의 1로, ○○○의 지분을 100분의 99로 하여 소유권 보존등기가 경료되었으므로 소유권보존등기비율로 취득세와 등록세를 납부하여야 하고, 설사 소유권보존등기시 지분율로 과세하는 것이 부적절하다면 임시사용승인을 받을 때까지는 ○○○과 공동으로 신축하였으므로 동일한 지분으로 보아 50%의 지분에 해당하는 취득세와 등록세를 납부하고, 임시사용승인 이후 사용승인을 받을 때까지 발생된 과세표준(건축비)에 대하여는 청구법인의 지분인 100분의 1에 해당하는 부분에 대하여만 취득세와 등록세를 납부하여야 한다고 주장하고 있다
⑷ 청구법인의 모(母) 기업인 ○○○은 수익사업을 하기 위하여 2004.8.2. ○○○ 단독으로 이 건 토지에 노인복지시설 건축허가를 받았으나, 2004년 11월 이 건 노인복지시설 사업시행과 관련한 사업인가 조건 미이행으로 발생되는 문제점에 대하여 ○○○과 청구법인이 공동으로 책임지는 것으로 협약서를 체결한 후 2004.12.24. ○○○ 단독건축주에서 청구법인을 이 건 노인복지시설의 공동사업시행자○○○로 건축주를 변경하여 2006.12.5.과 2008.2.26. ○○○과 청구법인 공동명의로 각각 임시사용승인 및 사용승인을 받았으며, 이 건 노인복지시설의 취득과 관련하여 ○○○과 청구법인의 취득 지분을 별도로 규정하고 있는 자료가 확인되고 있지 아니하는 이상, 이 건 노인복지시설 건축 및 분양과 관련한 회계처리를 청구법인이 주도하여 처리하였다고 하더라도 이 건 노인복지시설은 ○○○과 청구법인이 각각 100분의 50%을 취득한 것으로 보아야 할 것임에도 처분청이 이 건 노인복지시설을 청구법인이 전부 취득한 것으로 보아 취득세와 등록세를 부과한 것은 잘못이 있다고 하더라도 그 후 청구법인이 그 지분을 100분의 1로 하여 이 건 노인복지시설의 소유권보존등기를 하였으므로 이 건 노인복지시설의 100분의 1에 대하여만 취득세를 납부하여야 한다는 청구 주장은 받아들일 수 없다.
⑸ 또한, 임시사용승인일부터 사용승인일까지 발생한 건축비에 대하여는 소유권보존등기 당시 청구법인의 지분인 100분의1에 대하여만 취득세와 등록세 납세의무가 있다고 주장하고 있으나「지방세법 시행령」제82조의 3 제1항에서 취득가격은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대발 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용이라고 규정하고 있으므로
⑹ 이 건 노인복지시설의 취득시기(임시사용승인일)부터 사용승인일 까지 발생한 건축비는 비록 임시사용승인일 이후에 발생되었다고 하더 라도 이 건 노인복지시설을 신축하기 위하여 지급하여야 할 일체의 비용에 해당한다고 할 것이므로 청구법인의 경우 그 건축비의 100분의 50에 해당하는 부분에 대하여는 취득세 납세의무가 있다고 할 것이다.
⑺ 다만,「지방세법」제124조에서 등록세는 재산권 기타 권리의 취득․이전․변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록을 하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다고 규정하고 있고 같은 법 제130조 제1항에서 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록당시의 가액으로 한다고 규정하고 있음을 볼 때 이 건 노인복지시설의 경우 건축물을 건축한 후 2008.3.24. ○○○ 100분의 99, 청구법인 100분의 1의 비율로 소유권보존등기를 한 것으로 확인되고 있는 이상, 청구법인은 납부하여야 할 등록세의 100분의 1에 대하여만 납세의무가 있는 것으로 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「지 방세법」제77조 제5항과「국세기본 법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
(1) 청구법인이 공동사업자와 노인복지시설을 신축 하고 취득세 등을 감면 받았으나 그 후 청구법인의 부도 등으로 인하여 노인복지시설(건축물과 그 부속토지)에 대한 지분을 공동사업자에게 양도한 경우 감면받은 취득세와 등록세를 납부하지 아니할 만한 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부(기각)
(2) 청 구법인의 지분을 100분의 1로, 공동사업자의 지분을 100분의 99로 하여 소유권보존등기를 하였으므로 소유권보존등기비율로 취득세 와 등록세를 납부하여야 한다는 주장(취득세:기각, 등록세:인용)
(3) 노인복지시설을 청구법인과 공동사업자가 공동으 로 신축하였으므로 100분의 50에 대하여만 취득세 등의 납세의무가 있다는 청구 주장(수정 인용)
청구번호 : 2009지0645 결정일자 : 2010-06-09 세목 : 취득세
청구번호 조심 2009지0645
주 문
1. 처분청이 2009.4.15. 청구법인에게 한 취득세 943,419,020원, 농어촌특별세 36,461,360원, 등록세 334,997,640원, 지방교육세 62,286,870원, 합계 1,377,164,890원의 부과처분 중 건축물분에 대한 취득세는 50%를 경감하고, 등록세는 청구법인이 소유권보존등기한 지분인 100분의 1에 대하여만 부과고지하는 것으로 경정한다.
2. 나머지 청구는 기각한다.
이 유
1. 처분 개요
가. 청구법인은 1958.9.11. 일반건설업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인○○○으로서 학교법인 ○○○과 공동으로 노인복지시설을 건축하여 분양 및 임대하고자 2003.5.12. ○○○ 임야 992㎡를, 2004.3.6. 같 은 동 산 583-1 외 4필지 임야 62,096 ㎡를, 2006.10.26. 같은 동 582 임야 외 19필지 5,981㎡와 2007.10.8. 같은 동 582-1 임야 외 6필지 835.0㎡ 등 합계 69,904㎡를 취득한 후 토지취득가액 20,171,161,000을 과세표준으로 하고「지방세법」제112조 제1항 및 제131조 제1항 제3호 ⑵목의 규정에 의하여 산출한 세액에「○○○ 감면조례」(2006.12.26. 조례 제3673호로 개정되기 이전의 것)제9조 규정을 적용하여 경감(100분의 50)한 취득세 403,423,220원, 농어촌특별세 21,280,350원, 등록세 598,030,220원, 지방교육세 119,606,040원, 합계 1,142,339,830원을 신고납부하였고,
나. 취득한 토지 69,904㎡ 중 61,700㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)에 분양 및 임대하기 위한 주택 7개동 336세대(29평:144세대, 33평:126세대, 39평:66세대) 연면적 59,328.50㎡〔분양주택 28,578.14㎡(48.17%), 임대주택24,263.92㎡(40.90%), 복지관 6,486.44(10.93%) 이하 “이 건 노인복지시설”이라 한다)〕을 신축하여 2006.12.12.(2008.2.26. 사용승인) 임시사용승인을 받은 후 분양분 주택 및 복지관(전체 연면적 59,328.50㎡의 59.1%)과 임대분 주택(전체 연면적 59,328.50㎡의 40.9%)의 취득금액 40,969,833,000원을 과세표준으로 하고「지방세법」제112조 제1항 및 제131조 제1항 제4호 및 구「○○○ 감면조례」(2008.12.30. 조례 제3827호로 개정되기 이전의 것) 제9조 제2호 규정(100분의 50)을 적용하여 산출한 취득세 819,369,660원, 농어촌특별세 152,978,860원(등록세분 농어촌특별세 19,534,320원 포함), 등록세 327,758,660원 지방교육세 65,551,730원 합계 1,365,685,910원을 2007.3.30. 신고납부하였으며,
다. 이 건 토지를 임야에서 대지로 지목변경한데 대하여 이 건 토지의 지목변경 전 공시지가에서 지목변경 후 공시지가가 증가한 가액의 차액 7,205,492,000원을 과세표준으로 하고「지방세법」제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 144,109,840원, 농어촌특별세 23,469,290원, 합계 167,579,130원을 2007.3.30. 신고납부하였다.
라. 처분청은 청구법인이 2006.12.12. 이 건 노인복지시설을 취득한 날부터 2년 이내인 2008.3.24. 이 건 노인복지시설을 ○○○으로 소유권이전등기한 것을 확인한 후 이 건 토지 취득가액보다 과소신고 및 감면 한 금액을 포함한 4,221,950,500원(총 토지 취득금액 24,393,111,743원-기 신고과세표준 20,171,161,000원)과 이 건 노인복지시설 취득가액보다 과소신고 및 감면한 금액을 포함한 25,250,448,500원(총 건축물 취득금액 66,220,281,867원-기 신고과세표준 40,969,833,000원) 및 이 건 토지의 지목변경에 대하여 과소신고한 3,706,860,000원(총 지목변경 증가금액 10,912,352,122원-7,205,492,000원)을 과세표준으로 하고「지방세법」제112조 제1항 및 제131조 제1항 제3호 ⑵목의 규정에 의하여 산출한 취득세 등과 이 건 노인복지시설 취득시 구「○○○ 감면조례」(2008.12.30. 조례 제3827호로 개정되기 이전의 것) 제9조 제2호 규정(100분의 50)을 적용하여 감면하였던 금액을 포함한 취득세 943,419,020원, 농어촌특별세 36,461,360원, 등록세 334,997,640원, 지방교육세 62,286,870원, 합계 1,377,164,890원(신고 및 납부불성실 가산세 포함)을 2009.4.15. 부과고지하였다.
마. 청구법인은 이에 불복하여 2009.4.30. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
⑴ 이 건 노인복지시설은 당초 청구법인의 주식 100%를 소유하고 있는 모기업인 학교법인 ○○○이 수익사업을 하기 위한 방안으로 단독으로 건축허가를 받아 추진하여 오던 중 원활한 사업추진을 위하여 2004.12.24. 건축허가를 변경하여 청구법인을 공동사업시행자로 참여시킨 후 2006.12.5. 공동명의로 임시사용승인을 받아「○○○ 감면 조례」제9조에서 규정하고 있는 감면요건을 충족하도록 하여 계속 노인복지시설로 직접 사용(운영)하여왔으나,
⑵ 청구법인의 재정상태가 2006년도 당기 순손실 1,104억원이 발생하여 완전한 자본잠식상태(△457억원)에 빠짐으로써 채권단의 조기채권회수와 금융기관의 대출금 상환만기연장이 불가하여 자금사정이 악화됨에 따라 2007.3.19.과 2007.4.27. 2차례 265억원의 부도 등 심각한 자금난에 의한 경영위기가 지속되었을 뿐만 아니라 1차부도시 차입금 및 보증채무가 5,456억원, 2차부도시 5,713억원으로 회생불능상태인 자본잠식상태가 되었고, 2007.11.21. ○○○로부터 건설업등록기준 미달에 따른 행정처분사전통지 및 청문통지를 받음과 함께 2008.1.24. 영업정지처분을 받음으로써 더 이상 회사의 존립이 어려워짐에 따라 청구법인의 모기업인 ○○○은 M&A를 통하여 청구법인을 회생시키기 위한 방안으로 2007.10.16. (주)○○○와 ○○○, 청구법인간에 투자계약서를 체결하면서 선행조건으로 이 건 노인복지시설을 공동사업자인 ○○○에 이전하여야 한다는 투자자인 (주)○○○의 요구에 따라 2008.1.8. 이 건 노인복지시설에 대한 사용검사를 받은 후 2008.3.24. ○○○ 지분 99/100, 청구법인지분 1/100으로 하여 이 건 노인복지시설 건축물보존등기를 하였는바,
⑶ 청구법인은 ○○○의 100% 자회사로서 ○○○이 단독으로 추진하던 이 건 노인복지시설의 건축을 원활하게 진행하기 위하여 ○○○의 건설자금을 지원받아 건설시공에만 참여해온 공동사업자에 불과하고, 당초 목적대로 노인복지시설을 설치한 후「○○○ 감면조례」입법취지대로 운영하여 오다가 사실상 건축주인 ○○○에서 청구법인의 전체지분을 이전받아 2010년 4월 현재까지 약 3년 4개월 동안 고유목적에 직접 사용하고 있어「○○○ 감면조례」제9조의 감면요건에 충족됨에도 2년 이상 노인복지시설에 직접 사용하지 아니한 것으로 보는 것은 부당하다 할 것이고, 설사, 이 건 노인복지시설을 2년 이상 직접 사용하지 아니하고 매각한 경우에 해당한다 하더라도 ○○○ 명의로 소유권을 이전한데에는 청구법인의 경영정상화를 위한 정당한 사유가 있다 할 것이므로 기 면제한 취득세 등을 추징한 것은 부당하므로 취소되어야 한다.
⑷ 예비적 청구로서, 청구법인의 주식 100%를 소유한 모기업인 ○○○과 공동사업으로 이 건 노인복지시설을 건축하면서 공동사업과 관련한 구체적인 지분율 및 수익배분 등에 대한 별도 약정 또는 합의가 없었으며, 이 건 노인복지시설을 준공한 후 청구법인의 지분을 100분의 1로, ○○○의 지분을 100분의 99로 하여 소유권 보존등기가 경료되었다면 소유권 보존등기비율로 취득세와 등록세를 납부하여야 하고, 설사, 소유권보존등기시 지분율로 과세하는 것이 부적절하다면 민법 제262조 규정에 의거 임시사용승인을 받을 때까지 공유자의 지분의 균등한 것으로 보아야 하므로 50%의 지분율에 해당하는 취득세와 등록세를 납부하여야 하는 것이 타당하며, 임시사용승인 이후 사용승인을 받을 때까지 발생된 과세표준(건축비)에 대하여는 청구법인의 지분인 100분의 1에 해당하는 부분에 대하여만 취득세와 등록세를 납부하는 것이 타당하다.
나. 처분청 의견
청구법인은 이 건 노인복지시설 중 ○○○의 소유지분을 99/100로, 청구법인의 소유지분은 1/100로 소유권 보존등기를 하였으므로 ○○○이 사실상 소유자라고 주장하고 있으나, 청구법인은 이 건 노인복지시설을 건축중인 자산으로 회계처리하였고, 2006.12.12. 처분청으로부터 임시사용승인서를 교부받고 30일 이내인 2007.1.8. 건물분 취득세 및 등록세를 신고납부하였으나 2008.3.24. 이 건 노인복지시설 사용승인 후 지분별로 보존등기한 것은 양 법인간의 명의신탁해지로 인한 지분등기로서 명의신탁이나 명의신탁해지로 인한 소유권이전등기를 마친 경우 취득에 해당된다 할 것이므로 청구법인이 이 건 노인복지시설의 사실상 소유자로서 원시취득에 따른 취득세 등의 납세의무가 있는 것이므로 처분청에서 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
청구법인의 주식을 100% 소유하고 있는 모기업인 ○○○과 공동으로 노인복지시설을 신축․취득하여 취득세와 등록세 50%를 경감받았으나 불가피하게 청구법인의 지분을 공동사업자인 ○○○이 인수받아 노인복지사업을 계속하는 경우 고유목적사업에 직접 사용하는 것으로 보아 감면요건을 충족하는지 여부와 공동사업자가 투자지분율 및 수익배분에 관한 별도 약정없이 공동으로 노인복지시설을 건축하여 운영해 오다가 소유권보존등기시 청구법인의 지분은 100분의 1로, 모기업인 ○○○의 지분을 100분의 99로 한 경우 전체 납부하여야 할 등록세 중 100분의 1에 대하여만 납세의무가 있는지 여부
나. 관련 법령
⑴ 지방세법
제112조(세율) ① 취득세의 과세표준은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다.
제124조(납세의무자) 등록세는 재산권 기타 권리의 취득․이전․변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다.)을 하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다.
제130조 (과세표준) ① 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록당시의 가액으로 한다.
제131조(부동산 등기의 세율) ① 부동산에 대한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.
3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득
⑵ 기타 : 부동산가액의 1,000분의 20
⑵ 지방 세법 시행령
제73조(취득의 시기) ④ 건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 사용승인서 교부일(사용승인서 교부일 이전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상 사용일 또는 임시사용승인일)을 취득일로 보고, 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다.(이하 생략)
⑶ 구「○○○ 감면조례」(2008.12.30. 조례 제3827호로 개정되기 이전의 것)제9조(노인복지시설에 대한 감면)
「노인복지법」제31조 규정에 의한 노인복지시설을 설치하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각호에서 정하는 바에 따라 취득세와 등록세를 감면한다. 다만, 부동산 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 노인복지시설에 직접 사용하지 아니하거나 건축공사에 착공하지 아니하는 경우와 2년 이상 노인복지시설에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다.
1. 무료 또는 실비노인시설에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다.
2. 유료노인복지시설에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다.
다. 사실관계 및 판단
⑴ 청구법인은 이 건 노인복지시설을 설치한 후「○○○ 감면조례」입법취지대로 운영하여 오다가 사실상 건축주인 ○○○에서 청구법인의 전체지분을 이전받아 2010년 4월 현재까지 약 3년 4개월 동안 고유목적에 직접 사용하고 있어「○○○ 감면조례」제9조의 감면요건에 충족됨에도 2년 이상 노인복지시설에 직접 사용하지 아니한 것으로 보는 것은 부당하고, 설사, 이 건 노인복지시설을 2년 이상 직접 사용하지 아니하고 매각한 경우에 해당한다 하더라도 ○○○ 명의로 소유권을 이전한데에는 청구법인의 경영정상화를 위한 정당한 사유가 있다 할 것이므로 기 면제한 취득세 등을 추징한 것은 부당하므로 취소되어야 한다고 주장하고 있다.
⑵ 구「○○○ 감면조례」(2008.12.30. 조례 제3827호로 개정되기 이전의 것) 제9조에서「노인복지법」제31조 규정에 의한 노인복지시설을 설치하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각호에서 정하는 바에 따라 취득세와 등록세를 감면한다고 규정한 후 그 단서에서 부동산 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 노인복지시설에 직접 사용하지 아니하거나 건축공사에 착공하지 아니하는 경우와 2년 이상 노인복지시설에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있는바, 청구법인이 2006.12.5. 이 건 노인복지시설에 대한 임시사용승인을 받아 취득한 후 2008.4.10. 이 건 노인복지시설에 대한 소유권을 ○○○으로 이전한 것으로 확인되고 있으므로 취득일로부터 2년 이상 노인복지시설에 직접 사용한 후 ○○○ 감면조례」제9조에서 규정하고 있는 “정당한 사유” 여부와 관계없이 기 감면한 취득세 등의 추징대상이 된다 할 것이며, 설사, “정당한 사유”여부를 판단한다 하더라도 이 건 노인복지시설을 취득한 후 2년 이상 그 용도에 사용하지 못한 귀책사유가 행정관청의 사용금지․제한 등이 아닌 청구법인 내부의 경영상 문제에 국한되므로 이 건 취득세 등의 취소대상으로 판단하기는 어렵다 할 것이다.
⑶ 다음으로 청구법인은 이 건 노인복지시설을 준공한 후 청구법인의 지분을 100분의 1로, ○○○의 지분을 100분의 99로 하여 소유권 보존등기가 경료되었으므로 소유권보존등기비율로 취득세와 등록세를 납부하여야 하고, 설사 소유권보존등기시 지분율로 과세하는 것이 부적절하다면 임시사용승인을 받을 때까지는 ○○○과 공동으로 신축하였으므로 동일한 지분으로 보아 50%의 지분에 해당하는 취득세와 등록세를 납부하고, 임시사용승인 이후 사용승인을 받을 때까지 발생된 과세표준(건축비)에 대하여는 청구법인의 지분인 100분의 1에 해당하는 부분에 대하여만 취득세와 등록세를 납부하여야 한다고 주장하고 있다
⑷ 청구법인의 모(母) 기업인 ○○○은 수익사업을 하기 위하여 2004.8.2. ○○○ 단독으로 이 건 토지에 노인복지시설 건축허가를 받았으나, 2004년 11월 이 건 노인복지시설 사업시행과 관련한 사업인가 조건 미이행으로 발생되는 문제점에 대하여 ○○○과 청구법인이 공동으로 책임지는 것으로 협약서를 체결한 후 2004.12.24. ○○○ 단독건축주에서 청구법인을 이 건 노인복지시설의 공동사업시행자○○○로 건축주를 변경하여 2006.12.5.과 2008.2.26. ○○○과 청구법인 공동명의로 각각 임시사용승인 및 사용승인을 받았으며, 이 건 노인복지시설의 취득과 관련하여 ○○○과 청구법인의 취득 지분을 별도로 규정하고 있는 자료가 확인되고 있지 아니하는 이상, 이 건 노인복지시설 건축 및 분양과 관련한 회계처리를 청구법인이 주도하여 처리하였다고 하더라도 이 건 노인복지시설은 ○○○과 청구법인이 각각 100분의 50%을 취득한 것으로 보아야 할 것임에도 처분청이 이 건 노인복지시설을 청구법인이 전부 취득한 것으로 보아 취득세와 등록세를 부과한 것은 잘못이 있다고 하더라도 그 후 청구법인이 그 지분을 100분의 1로 하여 이 건 노인복지시설의 소유권보존등기를 하였으므로 이 건 노인복지시설의 100분의 1에 대하여만 취득세를 납부하여야 한다는 청구 주장은 받아들일 수 없다.
⑸ 또한, 임시사용승인일부터 사용승인일까지 발생한 건축비에 대하여는 소유권보존등기 당시 청구법인의 지분인 100분의1에 대하여만 취득세와 등록세 납세의무가 있다고 주장하고 있으나「지방세법 시행령」제82조의 3 제1항에서 취득가격은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대발 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용이라고 규정하고 있으므로
⑹ 이 건 노인복지시설의 취득시기(임시사용승인일)부터 사용승인일 까지 발생한 건축비는 비록 임시사용승인일 이후에 발생되었다고 하더 라도 이 건 노인복지시설을 신축하기 위하여 지급하여야 할 일체의 비용에 해당한다고 할 것이므로 청구법인의 경우 그 건축비의 100분의 50에 해당하는 부분에 대하여는 취득세 납세의무가 있다고 할 것이다.
⑺ 다만,「지방세법」제124조에서 등록세는 재산권 기타 권리의 취득․이전․변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록을 하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다고 규정하고 있고 같은 법 제130조 제1항에서 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록당시의 가액으로 한다고 규정하고 있음을 볼 때 이 건 노인복지시설의 경우 건축물을 건축한 후 2008.3.24. ○○○ 100분의 99, 청구법인 100분의 1의 비율로 소유권보존등기를 한 것으로 확인되고 있는 이상, 청구법인은 납부하여야 할 등록세의 100분의 1에 대하여만 납세의무가 있는 것으로 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「지 방세법」제77조 제5항과「국세기본 법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.