조세심판원 심판청구 외국인투자기업이 조세감면대상사업을 영위하면서 추가로 자본금을 증자하고 부동산을 취득․등기하는 경우 각각의 자본증가에 관한 증자등기일을 사업개시일로 하여 증자시점별로 감면비율을 산정하여야 한다고 감사원에서 지적함에 따라 해당 부동산에 대하여 과다하게 감면한 세액을 추징한 처분이 적법한지 여부
청구번호 조심 2008지0533
주 문
처분청이 2008.4.10. 청구인에게 한 취득세 112,471,700원, 농어촌특별세 11,247,180원, 등록세 44,963,710원, 지방교육세 8,992,750원의 부과처분 중 취득세 89,228,560원, 농어촌특별세 8,922,860원, 등록세 35,666,460원, 지방교육세 7,133,300원을 초과하는 부분을 취소한다.
이 유
1. 처분 개요
가. 처분청은 조세감면대상사업을 영위하는 외국인투자기업인 청구인이 충청북도 충주시 ○○○동 630번지상에 2005.11.1. 가설건축물 26.5㎡(이하 “제1건축물”이라 한다)를 신축 취득하였고, 2006.10.24. 공장용 건축물 996.49㎡(이하 “제2건축물”이라 한다)를 증축 취득하였으며, 2007.6.8. 공장용 건축물 7,623.06㎡(이하 “제3건축물”이라 하고, 제1․2건축물을 포함하여 이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 증축 취득한데 대하여 조세특례제한법 제121조의2 제4항 제1호 및 충청북도 도세감면조례 제26조 제1호의 규정에 의하여 외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득하는 재산으로 보고 감면비율 100%를 적용하여 각각 취득세와 등록세를 전액 면제하였다.
나. 그 후 처분청은 2008.3.28. 감사원으로부터 이 사건 건축물에 대한 감면비율을 잘못 적용하였다는 감사결과처분통보를 받은 다음 이 사건 건축물의 취득가액(9,456,673,850원)에 지방세법 제112조 제1항 및 같은 법 제131조 제1항 제4호의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 정당 감면세액을 차감한 취득세 112,471,700원, 농어촌특별세 11,247,180원, 등록세 44,963,710원, 지방교육세 8,992,750원, 합계 177,675,340원을 2008.4.10. 청구인에게 부과 고지하였다.
다. 청구인은 처분청이 구 행정자치부의 질의회신에 따라 취득세 등을 전액 면제하였음에도 감사원의 지적이 있다고 하여 면제된 취득세 등을 추징하는 것은 신의성실의 원칙에 반하는 부당한 처분이라고 주장하면서 2008.6.5. 이 사건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
구 행정자치부의 질의회신이 감사원의 법 해석과 다르다는 이유로 한번 감면결정된 지방세를 추징하는 것은 신의성실의 원칙에 반할 뿐만 아니라 새로운 유권해석으로 소급하여 과세하는 것 또한 위법하고, 외국인투자촉진법 제5조제1항 등의 규정에서 “외국인투자비율”이라 함은 외국인투자기업의 주식 등에 대한 외국인투자가 소유의 주식 등의 비율을 말한다고 규정하고 있음에도, 이를 “수정비율”로 하여 취득세 등을 부과한 것은 조세법률주의 원칙 등에 반하여 위법하므로, 이 사건 취득세 등의 부과처분은 취소되어야 한다.
나. 처분청 의견
(1) 구 행정자치부의 회신은 전국적으로 통일적인 세정운영을 위하여 특별히 지침적인 성격으로 통보하는 경우와 단지 납세자의 질의에 따라 회신하는 경우가 있는데, 후자의 경우는 개별적인 질의에 대한 의견이므로 그 의견은 추후 공신력 있는 심의의결기관에 의하여 달리 내려질 수 있다 할 것(같은 취지의 행정자치부 심사결정 제2007-241호,2007.4.30)으로, 이 사건의 경우 당초 행정자치부의 질의회신(지방세정팀-4566, 2006.9.21)에서 이 사건 건축물 취득에 대하여 취득세 등이 전액 감면된다는 것으로 하였으나, 그 후 「외국인투자기업이 유상증자를 하는 경우 증자분에 대한 조세감면은 자본증가에 관한 변경등기일을 각각 사업개시일로 보고 증자별로 감면대상이 되는 증자액에 100%, 50% 또는 0%(감면기간이 종료된 경우)를 적용한 후 이를 더한 것을 취득일의 총자본금으로 나누어 감면비율을 결정한다는 내용으로 해석된다」고 그 내용을 추가 보완하여 해석하고 있으므로, 청구인의 이 사건 건축물 취득에 대하여 감면율 100%를 일괄 적용하여 취득세 등을 과다하게 감면하게 된 부분에 대하여 처분청에서 취득세 등을 부과고지 한 것은 신의성실의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다 하겠고,
(2) 이 사건에서 쟁점이 되는 근거법률인 조세특례제한법 제121조의4 제1항에서 외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용하도록 규정하고 있고, 그 제3항에서 제1항의 규정을 적용함에 있어서 사업개시일은 자본증자에 관한 변경등기를 한 날로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제121조의2 제4항에서는 취득세 등 감면은 사업개시일로부터 외국인투자비율에 해당하는 일정기간에 따라 100%와 50%로 구분 적용하도록 규정하고 있는바, 청구인 주장처럼 외국인투자법인에 대한 감면은 최종 자본증자 변경등기일 만을 기준으로 사업개시일을 판단하여 그 후 일정기간(7년 내지 5년)동안 감면(100%) 하여야 하는 것이 아니라, 유상증자를 하는 경우 증자분에 대한 변경등기일을 각각 사업개시일로 보고 증자별로 감면대상이 되는 증자액에 따라 취득세 등 감면율을 적용하여야 하는 것으로, 외국인투자비율을 적용함에 있어 증자분에 대한 조세감면은 조세특례제한법 제121조의2 및 동법 제121조의4에 대한 해석으로 감면율을 적용하여 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 이상 조세법률주의 원칙에 위배된다고 볼 수는 없는 것이므로, 이 사건 취득세 등의 부과처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
외국인투자기업이 조세감면대상사업을 영위하면서 추가로 자본금을 증자하고 부동산을 취득․등기하는 경우 이에 대하여 처분청이 구 행정자치부의 회신에 따라 마지막 자본금 증자일을 사업개시일로 보고 100% 감면비율을 적용하여 취득세와 등록세를 면제하였다가 그 후 이에 대한 감사원의 감사결과 각각의 자본증가에 관한 증자등기일을 사업개시일로 하여 증자시점별로 감면비율을 산정하여야 한다고 지적함에 따라 해당 부동산에 대하여 과다하게 감면한 세액을 추징한 처분이 적법한지 여부
나. 관련 법령
(1) 조세특례제한법 제121조의2【외국인투자에 대한 법인세등의 감면】① 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제4호의 규정에 의한 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 제2항 내지 제5항 및 제12항에 규정하는 바에 따라 법인세․소득세․취득세․등록세 및 재산세를 각각 감면한다.
1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업
② 「외국인투자촉진법」 제2조 제1항 제6호의 규정에 의한 외국인투자기업(이하 이 장에서 “외국인투자기업”이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면하되, 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(총 산출세액에 제1항 각호의 사업을 영위함으로써 발생한 소득이 총 과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호 및 제2호에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항 제2호의2․제2호의3․제2호의4 내지 제2호의7 및 제3호의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 대하여는 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정함에 있어서 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간중인 외국인투자기업을 제외한다)과 합병하여 당해 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 때에는 합병전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.
④ 외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득․보유하는 재산에 대한 취득세․등록세 및 재산세에 대하여는 다음 각호와 같이 그 세액을 감면하거나 일정금액을 과세표준에서 공제한다. 다만, 지방자치단체가 지방세법 제9조의 규정에 의한 조례가 정하는 바에 따라 감면기간 또는 공제기간을 15년까지 연장하거나 연장한 기간 내에서 감면비율 또는 공제비율을 높인 때에는 제1호 및 제2호의 규정에 불구하고 그 기간 및 비율에 의한다.
1. 취득세․등록세 및 재산세는 사업개시일부터 5년 이내에 있어서는 당해 재산에 대한 산출세액에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면. 다만, 제1항 제2호의2․제2호의3․제2호의4 내지 제2호의7 및 제3호의 규정에 의한 감면대상이 되는 사업을 영위하기 위하여 취득․보유하는 재산에 대한 취득세․등록세 및 재산세는 사업개시일부터 3년 이내에 있어서는 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다.
⑥ 외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항 내지 제5항 및 제12항의 규정에 의한 감면을 받고자 할 때에는 당해 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지 기획재정부장관에게 감면신청을 하여야 한다. 다만, 제8항의 규정에 의하여 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받고자 할 때에는 당해 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 기획재정부장관에게 조세감면내용변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 잔여기간에 한하여 적용된다.
⑧ 기획재정부장관은 제6항의 규정에 의한 조세감면신청 또는 조세감면내용변경신청을 받거나 제7항의 규정에 의한 사전확인신청을 받은 때에는 주무부장관과 협의하여 그 감면․감면내용변경․감면대상 해당여부를 결정하고 이를 신청인에게 통지하여야 한다. 다만, 제4항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호의 규정에 의한 취득세․등록세 및 재산세의 감면에 대하여는 당해 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장과 협의하여야 한다.
조세특례제한법 제121조의4【증자의 조세감면】① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용한다. 다만, 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대하여는 제121조의2 제8항의 규정에 의한 주무부장관 또는 지방자치단체의 장과의 협의를 생략할 수 있다.
③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 사업개시일은 자본증가에 관한 변경등기를 한 날로 한다.
(2) 조세특례제한법 시행령 제116조의2【조세감면의 기준등】① 법 제121조의2 제1항 제1호의 규정에 의하여 법인세․소득세․취득세․등록세 및 재산세를 감면하는 외국인투자는 기획재정부장관이 「외국인투자촉진법」 제27조의 규정에 의한 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위하여 공장시설(한국표준산업분류상의 제조업외의 사업의 경우에는 사업장을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 설치 또는 운영하는 경우로 한다.
2. 고도의 기술을 수반하는 사업 : 국내에서의 개발수준이 낮거나 개발이 되지 아니한 기술을 수반하는 사업으로서 국내산업의 국제경쟁력 강화를 위하여 필요하다고 인정되는 사업
② 제1항의 규정에 의한 사업(제1항 제1호에 해당하는 사업으로서 한국표준산업분류상의 연구 및 개발업에 해당하는 경우를 제외한다)은 다음 각호의 기술을 수반하는 사업이어야 한다.
1. 국민경제에 대한 경제적 또는 기술적 파급효과가 크고 산업구조의 고도화와 산업경쟁력 강화에 긴요한 기술
2. 국내에 최초로 도입된 날(「외국인투자촉진법」에 의하여 당해기술을 수반하는 외국인투자의 신고 또는 기술도입계약의 신고를 한날을 말한다)부터 3년이 경과되지 아니한 기술이거나 3년이 경과한 기술로서 이미 도입된 기술보다 경제적 효과 또는 기술적 성능이 뛰어난 기술
3. 당해기술이 소요되는 공정이 주로 국내에서 이루어지는 기술
⑭ 법 제121조의2 제2항 전단에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율”이라 함은 「외국인투자촉진법」 제5조 제1항의 규정에 의한 외국인투자비율을 말한다. 다만, 외국인투자가가 회사정리계획인가를 받은 내국법인의 채권금융기관이 회사정리계획에 따라 출자하여 새로이 설립한 내국법인(이하 이 항에서 “신설법인”이라 한다)에 대하여 2002년 12월 31일까지 외국인투자를 개시하여 동기한까지 출자목적물의 납입을 완료하는 경우로서 당해 신설법인의 부채가 출자전환(2002년 12월 31일까지 출자전환되는 분에 한한다)됨으로써 우선주가 발행되는 때에는 다음 각호의 비율중 높은 비율을 그 신설법인의 외국인투자비율로 한다.
1. 우선주를 포함하여 「외국인투자촉진법」 제5조 제1항의 규정에 따라 계산한 외국인투자비율
2. 우선주를 제외하고 「외국인투자촉진법」 제5조 제1항의 규정에 따라 계산한 외국인투자비율
(3) 외국인투자촉진법 제2조【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
4. “외국인투자”라 함은 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
가. 외국인이 이 법에 의하여 대한민국법인(설립중인 법인을 포함한다) 또는 대한민국국민이 영위하는 기업의 경영활동에 참여하는 등 당해 법인 또는 기업과 지속적인 경제관계를 수립할 목적으로 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 법인이나 기업의 주식 또는 지분(이하 “주식등”이라 한다)을 소유하는 것
5. “외국투자가”라 함은 이 법에 의하여 주식등을 소유하고 있거나 출연(출연)을 한 외국인을 말한다.
6. “외국인투자기업이나 출연을 한 비영리법인”이라 함은 외국투자가가 출자한 기업이나 출연을 한 비영리법인을 말한다.
외국인투자촉진법 제5조【신주등의 취득에 의한 외국인투자】① 외국인은 대한민국법인(설립중인 법인을 포함한다) 또는 대한민국국민이 영위하는 기업이 새로이 발행하는 주식등의 취득에 의하여 외국인투자를 하고자 하는 경우에는 지식경제부령이 정하는 바에 따라 미리 지식경제부장관에게 신고하여야 한다. 신고한 내용중 외국인투자금액․외국인투자비율(외국인투자기업의 주식등에 대한 외국투자가 소유의 주식등의 비율을 말한다. 이하 같다)등 대통령령이 정하는 사항을 변경하고자 할 때에도 또한 같다.
(4) 충청북도 도세감면조례 제26조【외국인투자유치지원을 위한 감면】외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득하는 재산에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 의하여 지방세를 감면한다. 다만,「조세특례제한법」제121조의5 제3항의 규정에 의한 추징대상이 되는 경우에는 감면된 지방세를 추징한다.
1. 「조세특례제한법」제121조의2 제4항 제1호의 규정에 의한 외국인 투자비율에 해당하는 취득세와 등록세는 동항 단서의 규정에 의하여 사업개시일부터 7년간 감면대상세액의 전액을 면제하고 그 다음 3년간 감면대상세액의 100분의 50을 경감하며, 동조 제1항 제2호의2․제2호의3․제2호의5 내지 제2호의7 및 제3호의 규정에 의한 감면대상사업의 외국인투자비율에 해당하는 취득세와 등록세는 사업개시일부터 7년간 감면대상세액의 전액을 면제하고, 그 다음 3년간 감면대상세액의 100분의 50을 경감한다.
(5) 구 충청북도 도세감면조례(2006.5.12. 조례2920호로 개정되기 전의 것) 제26조【외국인투자유치지원을 위한 감면】외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득하는 재산에 대하여 조세특례제한법 제121조의2 제4항 제1호․제5항 제1호․제12항 제3호 (가)목 및 제2항 제4호 (가)목의 규정에 의한 외국인투지비율에 해당하는 취득세와 등록세는 동법 제121조의2 제4항 단서․제5항 단서 및 제12항 단서의 규정에 의하여 사업개시일부터 7년간 전액을 면제하고, 그 다음 3년간 50%를 경감한다. 다만, 조세특례제한법 제121조의5 제3항의 규정에 의한 추징대상이 되는 경우에는 감면된 지방세를 추징한다.
(6) 구 충청북도 도세감면조례(2003.12.31. 조례2787호로 개정되기 전의 것) 제26조【외국인투자유치지원을 위한 감면】외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득하는 재산에 대하여 조세특례제한법 제121조의2 제4항 제1호의 규정에 의한 외국인투자비율에 해당하는 취득세와 등록세는 동법 제121조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 사업개시일부터 7년간 전액을 면제하고, 그 다음 3년간 50%를 경감한다. 다만, 조세특례제한법 제121조의5 제3항의 규정에 의한 추징대상이 되는 경우에는 감면된 지방세를 추징한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인은 2005.11.1. 제1건축물을 축조하였고, 2006.4.3. 처분청으로부터 제2건축물에 대한 건축허가를 받아 일련의 건축공사를 진행하면서 2006.9.14. 구 행정자치부에 「외국인투자비율이 100%로서 고도수반기술사업을 영위하는 법인이 1996년 1월 사업을 개시한 후 4차례의 증자를 거쳐 2006년 10월 공장을 증축하여 취득한 경우 취득세와 등록세의 면제대상에 되는지 여부」에 대하여 질의를 하여 2006.9.21. 「최초 사업개시일부터 외국인투자비율이 100%인 외국인투자기업이 2006년 9월 증자하여 외국인투자비율 100%에 변동이 없다면 마지막 자본증자 변경등기일이 사업개시일이 되는 것이므로 당해 외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 자본증자 변경등기일부터 7년 이내에 취득하는 부동산은 취득세와 등록세의 면제대상이 되는 것으로 판단된다」는 회신(구 행정자치부 지방세정팀-○○○)을 받았다.
(2) 그 후 청구인은 2006.10.24. 제2건축물에 대한 사용승인을 받았고, 제3건축물에 대하여는 2006.11.21. 처분청으로부터 건축허가를 받아 일련의 건축공사를 진행한 다음 2007.6.8. 이에 대한 사용승인을 받았으며, 한편 청구인은 2001.4.13.에 10,100,000,000원을 증자한 이후 2006.9.29.에 1,700,000,000원, 2006.11.2.에 340,000,000원, 2006.11.20.에 1,010,390,000원, 2006.12.20.에 1,433,760,000원, 2007.1.24. 849,000,000원, 2007.3.8.에 893,400,000원, 2007.5.8.에 6,991,390,000원 등 2006.9.29.부터 제3건축물 취득일인 2007.6.8.까지 총 27,534,750,000원의 자본금을 증자하였으나, 감사원이 이 사건 부동산 중 제3건축물에 대한 감면비율(40.88%)을 산정하면서 반영한 자본금은 2006.11.20.까지의 자본금 증자분으로 한정하였고, 2007.6.8. 제3건축물 취득일까지의 자본금 증자분을 반영하여 산정한 감면비율은 55.11%이다.
(3) 처분청은 구 행정자치부의 질의회신에 따라 청구인의 이 사건 건축물의 취득․등기에 대하여 2006.11.28.과 2006.12.11. 및 2007.7.9. 청구인에게 취득세와 등록세를 면제한다는 각각의 지방세감면통지를 하였다(세정과-○○○, ○○○ ; 세정과-○○○, ○○○, ○○○).
(4) 감사원이 2007.9.5.부터 2007.9.20.까지 처분청에 대하여 감사를 실시한 이후인 2007.10.5. 구 행정자치부는 2006.9.21. 당초 회신내용과 관련하여 추가로 「마지막 자본증자 변경등기일만이 사업개시일이 된다는 뜻으로 회신한 것이 아니라 자본증자 변경등기일이 그 증자분에 대한 사업개시일이 된다는 의미로 판단되며, 이는 마지막 자본증자 변경등기일만이 사업개시일이라고 하면 외국인투자 법인이 증자를 통해 감면기간을 무한 연장할 수 있게 되어 과세당국이 과세할 수 없기 때문이다. 따라서 위 회신은 외국인투자기업이 유상증자를 하는 경우 증자분에 대한 조세감면은 자본증가에 관한 변경등기일을 각각 사업개시일로 보고 증자별로 감면대상이 되는 증자액에 100%, 50% 또는 0%(감면기간이 종료된 경우)를 적용한 후 이를 더한 것을 취득일의 총자본금으로 나누어 감면비율을 결정한다는 내용으로 해석된다」는 의견을 감사원에 개진하였다.
(5) 2008.3.28. 감사원은 처분청이 이 사건 건축물에 대한 지방세 감면업무를 처리하면서 유상증자분의 외국인투자비율(유상증자액/취득시점의 총자본금)을 산정한 후 감면기간에 따른 적정 감면율을 적용하여 1997.12.2. 유상증자의 경우 외국인투자비율은 유상증자액 5,874백만원을 위 가설건축물 취득시점의 총자본금인 29,100백만원으로 나누어 20.18%로 산정하고 기간에 대한 감면율은 50%를 적용하여 감면비율은 10.99%로 산정하는 등으로 가설건축물(제1건축물)에 대하여는 46.46%, 1차 공장 증축분(제2건축물)에 대하여는 38.30%, 2차 공장 증축분(제3건축물)에 대해서는 40.88%로 산정하여 감면세액을 결정하여야 했음에도, 외국인투자비율에 대해서는 유상증자액을 취득시점의 총자본금으로 나누지 않고, 기간에 따른 감면율은 적용기간에 따라 100%와 50%로 구분하여 적용하지 아니한 채 구 행정자치부의 질의회신을 근거로 투자비율과 감면비율을 각각 일괄적으로 100%를 적용하여 지방세 등 감면세액을 결정함으로써 지방세 등 합계 177,675,340원만큼 과다하게 감면하여 같은 금액만큼 부족하게 징수된 결과를 가져왔다」고 하면서 이에 대한 시정요구를 하였고(자치행정감사국 제3과-○○○), 이에 처분청은 ○○○ 이 사건 취득세 등을 청구인에게 부과 고지하였다.
(6) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 이러한 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하고, 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요하는 것이나, 이러한 신의성실의 원칙 또한 합법성을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의, 형평에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되는 것이고, 이를 적용함에 있어서도 과세상 잘못을 시정하는 것까지 금지하는 것은 아니라 할 것인바,
조세특례제한법 제121조의2 제4항 제1호, 같은 법 제121조의4 제1항 및 제3항, 충청북도 도세감면조례 제26조 제1호의 규정을 종합하여 볼 때, 외국인투자기업이 조세감면대상사업을 영위하면서 자본금을 증자하고 부동산을 취득․등기하는 경우 당해 부동산에 조세감면은 각각의 당해 자본증가에 관한 변경등기일을 사업개시일로 보아 증자시점별로 외국인투자비율을 적용하되, 그 감면비율은 각각의 증자시점별로 감면기간에 따른 감면율을 적용하여야 하는 것이므로, 총자본금 중 당해 증자분(외국인투자금액)별로 감면율 및 적용기간에 따른 감면비율을 적용하여 감면세액을 산정하여야 함이 타당하다 하겠고, 더구나 외국인 투자기업에 대한 지방세감면은 당초 외자도입촉진법에서 감면하였다가 그 후 외자도입법, 외국인투자및외자도입에관한법률, 외국인투자촉진법으로 변경하였고, 1999.5.24.부터 이를 조세특례제한법으로 이관하여 규정하고 있는바, 종전 대법원 판례(94누11156, 1995.7.14)에서 구 외자도입법에 의하여 외국인투자기업이 취득․보유하는 재산에 대한 감면여부를 판단함에 있어서도 감면율과 외국인투자비율에 따라 감면비율을 정하여야 한다고 판시하고 있을 뿐만 아니라 구 행정자치부 또한 ○○○ 질의회신을 통해 외국인투자기업의 자본증자 등기도 외국인투자비율에 따라 등록세를 감면하는 것이라고 한 바 있고(세정과-○○○), 당초 ○○○자 질의회신에 대한 감사원의 확인요청에 대하여 ○○○ 다른 의견을 개진한 사실 등에 비추어 볼 때, 당초 이 사건 건축물 취득에 대하여 마지막 자본증자 변경등기일만이 사업개시일이 된다고 보고 감면비율 100%를 일괄 적용하여야 한다는 ○○○자 구 행정자치부의 회신과 처분청이 이에 근거하여 취득세 등을 과다하게 감면한 것은 관계법령의 해석의 잘못으로 인한 것으로 보아야 할 것이며, 그렇다면 통상의 경우 과세관청은 과세표준과 세율을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 5년의 부과제척기간이 만료되기 전까지는 언제든지 경정할 수 있는 것이므로, 처분청의 이 사건 부과처분이 신의성실의 원칙에 반한다거나 조세법률주의 원칙에 위배된다고 인정할 수는 없다 할 것이다.
다만, 당초 감사원에서 제3건축물에 대한 감면비율(40.88%) 산정시 그 취득일(2007.6.8)까지의 자본금 증자분(총 자본금 42,317,940,000원)을 반영하였어야 함에도 2006.11.20.까지의 자본금 증자분(총 자본금 32,150,390,000원)만을 반영함으로써 정당감면비율(55.11%)보다 낮게 산정되었음이 법인등기부등본에 의하여 확인되고 있으므로, 그 차이(14.23%)만큼은 추가로 감면되어야 할 것으로 판단된다.
4. 결 론
이 사건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으나 감면비율 산정에 잘못이 있으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
주 문
처분청이 2008.4.10. 청구인에게 한 취득세 112,471,700원, 농어촌특별세 11,247,180원, 등록세 44,963,710원, 지방교육세 8,992,750원의 부과처분 중 취득세 89,228,560원, 농어촌특별세 8,922,860원, 등록세 35,666,460원, 지방교육세 7,133,300원을 초과하는 부분을 취소한다.
이 유
1. 처분 개요
가. 처분청은 조세감면대상사업을 영위하는 외국인투자기업인 청구인이 충청북도 충주시 ○○○동 630번지상에 2005.11.1. 가설건축물 26.5㎡(이하 “제1건축물”이라 한다)를 신축 취득하였고, 2006.10.24. 공장용 건축물 996.49㎡(이하 “제2건축물”이라 한다)를 증축 취득하였으며, 2007.6.8. 공장용 건축물 7,623.06㎡(이하 “제3건축물”이라 하고, 제1․2건축물을 포함하여 이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 증축 취득한데 대하여 조세특례제한법 제121조의2 제4항 제1호 및 충청북도 도세감면조례 제26조 제1호의 규정에 의하여 외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득하는 재산으로 보고 감면비율 100%를 적용하여 각각 취득세와 등록세를 전액 면제하였다.
과세물건 |
취득가액 (원) |
감면세액(원) |
||||
|
계 |
취 득 세 |
농어촌특별세 |
등 록 세 |
지방교육세 |
||
|
계 |
9,456,673,850 |
298,774,910 |
189,133,470 |
18,913,340 |
75,606,750 |
15,121,350 |
|
제1건축물 |
5,830,000 |
128,260 |
116,600 |
11,660 |
- |
- |
|
제2건축물 |
1,283,893,815 |
40,571,030 |
25,677,870 |
2,567,780 |
10,271,150 |
2,054,230 |
|
제3건축물 |
8,166,950,042 |
258,075,620 |
163,339,000 |
16,333,900 |
65,335,600 |
13,067,120 |
나. 그 후 처분청은 2008.3.28. 감사원으로부터 이 사건 건축물에 대한 감면비율을 잘못 적용하였다는 감사결과처분통보를 받은 다음 이 사건 건축물의 취득가액(9,456,673,850원)에 지방세법 제112조 제1항 및 같은 법 제131조 제1항 제4호의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 정당 감면세액을 차감한 취득세 112,471,700원, 농어촌특별세 11,247,180원, 등록세 44,963,710원, 지방교육세 8,992,750원, 합계 177,675,340원을 2008.4.10. 청구인에게 부과 고지하였다.
과세물건 |
추징세액(원) |
||||
|
계 |
취 득 세 |
농어촌특별세 |
등 록 세 |
지방교육세 |
|
|
계 |
177,675,340 |
112,471,700 |
11,247,180 |
44,963,710 |
8,992,750 |
|
제1건축물 |
68,680 |
62,430 |
6,250 |
- |
- |
|
제2건축물 |
25,032,330 |
15,843,250 |
1,584,320 |
6,337,300 |
1,267,460 |
|
제3건축물 |
152,574,330 |
96,566,020 |
9,656,610 |
38,626,410 |
7,725,290 |
다. 청구인은 처분청이 구 행정자치부의 질의회신에 따라 취득세 등을 전액 면제하였음에도 감사원의 지적이 있다고 하여 면제된 취득세 등을 추징하는 것은 신의성실의 원칙에 반하는 부당한 처분이라고 주장하면서 2008.6.5. 이 사건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
구 행정자치부의 질의회신이 감사원의 법 해석과 다르다는 이유로 한번 감면결정된 지방세를 추징하는 것은 신의성실의 원칙에 반할 뿐만 아니라 새로운 유권해석으로 소급하여 과세하는 것 또한 위법하고, 외국인투자촉진법 제5조제1항 등의 규정에서 “외국인투자비율”이라 함은 외국인투자기업의 주식 등에 대한 외국인투자가 소유의 주식 등의 비율을 말한다고 규정하고 있음에도, 이를 “수정비율”로 하여 취득세 등을 부과한 것은 조세법률주의 원칙 등에 반하여 위법하므로, 이 사건 취득세 등의 부과처분은 취소되어야 한다.
나. 처분청 의견
(1) 구 행정자치부의 회신은 전국적으로 통일적인 세정운영을 위하여 특별히 지침적인 성격으로 통보하는 경우와 단지 납세자의 질의에 따라 회신하는 경우가 있는데, 후자의 경우는 개별적인 질의에 대한 의견이므로 그 의견은 추후 공신력 있는 심의의결기관에 의하여 달리 내려질 수 있다 할 것(같은 취지의 행정자치부 심사결정 제2007-241호,2007.4.30)으로, 이 사건의 경우 당초 행정자치부의 질의회신(지방세정팀-4566, 2006.9.21)에서 이 사건 건축물 취득에 대하여 취득세 등이 전액 감면된다는 것으로 하였으나, 그 후 「외국인투자기업이 유상증자를 하는 경우 증자분에 대한 조세감면은 자본증가에 관한 변경등기일을 각각 사업개시일로 보고 증자별로 감면대상이 되는 증자액에 100%, 50% 또는 0%(감면기간이 종료된 경우)를 적용한 후 이를 더한 것을 취득일의 총자본금으로 나누어 감면비율을 결정한다는 내용으로 해석된다」고 그 내용을 추가 보완하여 해석하고 있으므로, 청구인의 이 사건 건축물 취득에 대하여 감면율 100%를 일괄 적용하여 취득세 등을 과다하게 감면하게 된 부분에 대하여 처분청에서 취득세 등을 부과고지 한 것은 신의성실의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다 하겠고,
(2) 이 사건에서 쟁점이 되는 근거법률인 조세특례제한법 제121조의4 제1항에서 외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용하도록 규정하고 있고, 그 제3항에서 제1항의 규정을 적용함에 있어서 사업개시일은 자본증자에 관한 변경등기를 한 날로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제121조의2 제4항에서는 취득세 등 감면은 사업개시일로부터 외국인투자비율에 해당하는 일정기간에 따라 100%와 50%로 구분 적용하도록 규정하고 있는바, 청구인 주장처럼 외국인투자법인에 대한 감면은 최종 자본증자 변경등기일 만을 기준으로 사업개시일을 판단하여 그 후 일정기간(7년 내지 5년)동안 감면(100%) 하여야 하는 것이 아니라, 유상증자를 하는 경우 증자분에 대한 변경등기일을 각각 사업개시일로 보고 증자별로 감면대상이 되는 증자액에 따라 취득세 등 감면율을 적용하여야 하는 것으로, 외국인투자비율을 적용함에 있어 증자분에 대한 조세감면은 조세특례제한법 제121조의2 및 동법 제121조의4에 대한 해석으로 감면율을 적용하여 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 이상 조세법률주의 원칙에 위배된다고 볼 수는 없는 것이므로, 이 사건 취득세 등의 부과처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
외국인투자기업이 조세감면대상사업을 영위하면서 추가로 자본금을 증자하고 부동산을 취득․등기하는 경우 이에 대하여 처분청이 구 행정자치부의 회신에 따라 마지막 자본금 증자일을 사업개시일로 보고 100% 감면비율을 적용하여 취득세와 등록세를 면제하였다가 그 후 이에 대한 감사원의 감사결과 각각의 자본증가에 관한 증자등기일을 사업개시일로 하여 증자시점별로 감면비율을 산정하여야 한다고 지적함에 따라 해당 부동산에 대하여 과다하게 감면한 세액을 추징한 처분이 적법한지 여부
나. 관련 법령
(1) 조세특례제한법 제121조의2【외국인투자에 대한 법인세등의 감면】① 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제4호의 규정에 의한 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 제2항 내지 제5항 및 제12항에 규정하는 바에 따라 법인세․소득세․취득세․등록세 및 재산세를 각각 감면한다.
1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업
② 「외국인투자촉진법」 제2조 제1항 제6호의 규정에 의한 외국인투자기업(이하 이 장에서 “외국인투자기업”이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면하되, 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(총 산출세액에 제1항 각호의 사업을 영위함으로써 발생한 소득이 총 과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호 및 제2호에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항 제2호의2․제2호의3․제2호의4 내지 제2호의7 및 제3호의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 대하여는 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정함에 있어서 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간중인 외국인투자기업을 제외한다)과 합병하여 당해 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 때에는 합병전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.
④ 외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득․보유하는 재산에 대한 취득세․등록세 및 재산세에 대하여는 다음 각호와 같이 그 세액을 감면하거나 일정금액을 과세표준에서 공제한다. 다만, 지방자치단체가 지방세법 제9조의 규정에 의한 조례가 정하는 바에 따라 감면기간 또는 공제기간을 15년까지 연장하거나 연장한 기간 내에서 감면비율 또는 공제비율을 높인 때에는 제1호 및 제2호의 규정에 불구하고 그 기간 및 비율에 의한다.
1. 취득세․등록세 및 재산세는 사업개시일부터 5년 이내에 있어서는 당해 재산에 대한 산출세액에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면. 다만, 제1항 제2호의2․제2호의3․제2호의4 내지 제2호의7 및 제3호의 규정에 의한 감면대상이 되는 사업을 영위하기 위하여 취득․보유하는 재산에 대한 취득세․등록세 및 재산세는 사업개시일부터 3년 이내에 있어서는 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다.
⑥ 외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항 내지 제5항 및 제12항의 규정에 의한 감면을 받고자 할 때에는 당해 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지 기획재정부장관에게 감면신청을 하여야 한다. 다만, 제8항의 규정에 의하여 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받고자 할 때에는 당해 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 기획재정부장관에게 조세감면내용변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 잔여기간에 한하여 적용된다.
⑧ 기획재정부장관은 제6항의 규정에 의한 조세감면신청 또는 조세감면내용변경신청을 받거나 제7항의 규정에 의한 사전확인신청을 받은 때에는 주무부장관과 협의하여 그 감면․감면내용변경․감면대상 해당여부를 결정하고 이를 신청인에게 통지하여야 한다. 다만, 제4항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호의 규정에 의한 취득세․등록세 및 재산세의 감면에 대하여는 당해 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장과 협의하여야 한다.
조세특례제한법 제121조의4【증자의 조세감면】① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용한다. 다만, 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대하여는 제121조의2 제8항의 규정에 의한 주무부장관 또는 지방자치단체의 장과의 협의를 생략할 수 있다.
③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 사업개시일은 자본증가에 관한 변경등기를 한 날로 한다.
(2) 조세특례제한법 시행령 제116조의2【조세감면의 기준등】① 법 제121조의2 제1항 제1호의 규정에 의하여 법인세․소득세․취득세․등록세 및 재산세를 감면하는 외국인투자는 기획재정부장관이 「외국인투자촉진법」 제27조의 규정에 의한 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위하여 공장시설(한국표준산업분류상의 제조업외의 사업의 경우에는 사업장을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 설치 또는 운영하는 경우로 한다.
2. 고도의 기술을 수반하는 사업 : 국내에서의 개발수준이 낮거나 개발이 되지 아니한 기술을 수반하는 사업으로서 국내산업의 국제경쟁력 강화를 위하여 필요하다고 인정되는 사업
② 제1항의 규정에 의한 사업(제1항 제1호에 해당하는 사업으로서 한국표준산업분류상의 연구 및 개발업에 해당하는 경우를 제외한다)은 다음 각호의 기술을 수반하는 사업이어야 한다.
1. 국민경제에 대한 경제적 또는 기술적 파급효과가 크고 산업구조의 고도화와 산업경쟁력 강화에 긴요한 기술
2. 국내에 최초로 도입된 날(「외국인투자촉진법」에 의하여 당해기술을 수반하는 외국인투자의 신고 또는 기술도입계약의 신고를 한날을 말한다)부터 3년이 경과되지 아니한 기술이거나 3년이 경과한 기술로서 이미 도입된 기술보다 경제적 효과 또는 기술적 성능이 뛰어난 기술
3. 당해기술이 소요되는 공정이 주로 국내에서 이루어지는 기술
⑭ 법 제121조의2 제2항 전단에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율”이라 함은 「외국인투자촉진법」 제5조 제1항의 규정에 의한 외국인투자비율을 말한다. 다만, 외국인투자가가 회사정리계획인가를 받은 내국법인의 채권금융기관이 회사정리계획에 따라 출자하여 새로이 설립한 내국법인(이하 이 항에서 “신설법인”이라 한다)에 대하여 2002년 12월 31일까지 외국인투자를 개시하여 동기한까지 출자목적물의 납입을 완료하는 경우로서 당해 신설법인의 부채가 출자전환(2002년 12월 31일까지 출자전환되는 분에 한한다)됨으로써 우선주가 발행되는 때에는 다음 각호의 비율중 높은 비율을 그 신설법인의 외국인투자비율로 한다.
1. 우선주를 포함하여 「외국인투자촉진법」 제5조 제1항의 규정에 따라 계산한 외국인투자비율
2. 우선주를 제외하고 「외국인투자촉진법」 제5조 제1항의 규정에 따라 계산한 외국인투자비율
(3) 외국인투자촉진법 제2조【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
4. “외국인투자”라 함은 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
가. 외국인이 이 법에 의하여 대한민국법인(설립중인 법인을 포함한다) 또는 대한민국국민이 영위하는 기업의 경영활동에 참여하는 등 당해 법인 또는 기업과 지속적인 경제관계를 수립할 목적으로 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 법인이나 기업의 주식 또는 지분(이하 “주식등”이라 한다)을 소유하는 것
5. “외국투자가”라 함은 이 법에 의하여 주식등을 소유하고 있거나 출연(출연)을 한 외국인을 말한다.
6. “외국인투자기업이나 출연을 한 비영리법인”이라 함은 외국투자가가 출자한 기업이나 출연을 한 비영리법인을 말한다.
외국인투자촉진법 제5조【신주등의 취득에 의한 외국인투자】① 외국인은 대한민국법인(설립중인 법인을 포함한다) 또는 대한민국국민이 영위하는 기업이 새로이 발행하는 주식등의 취득에 의하여 외국인투자를 하고자 하는 경우에는 지식경제부령이 정하는 바에 따라 미리 지식경제부장관에게 신고하여야 한다. 신고한 내용중 외국인투자금액․외국인투자비율(외국인투자기업의 주식등에 대한 외국투자가 소유의 주식등의 비율을 말한다. 이하 같다)등 대통령령이 정하는 사항을 변경하고자 할 때에도 또한 같다.
(4) 충청북도 도세감면조례 제26조【외국인투자유치지원을 위한 감면】외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득하는 재산에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 의하여 지방세를 감면한다. 다만,「조세특례제한법」제121조의5 제3항의 규정에 의한 추징대상이 되는 경우에는 감면된 지방세를 추징한다.
1. 「조세특례제한법」제121조의2 제4항 제1호의 규정에 의한 외국인 투자비율에 해당하는 취득세와 등록세는 동항 단서의 규정에 의하여 사업개시일부터 7년간 감면대상세액의 전액을 면제하고 그 다음 3년간 감면대상세액의 100분의 50을 경감하며, 동조 제1항 제2호의2․제2호의3․제2호의5 내지 제2호의7 및 제3호의 규정에 의한 감면대상사업의 외국인투자비율에 해당하는 취득세와 등록세는 사업개시일부터 7년간 감면대상세액의 전액을 면제하고, 그 다음 3년간 감면대상세액의 100분의 50을 경감한다.
(5) 구 충청북도 도세감면조례(2006.5.12. 조례2920호로 개정되기 전의 것) 제26조【외국인투자유치지원을 위한 감면】외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득하는 재산에 대하여 조세특례제한법 제121조의2 제4항 제1호․제5항 제1호․제12항 제3호 (가)목 및 제2항 제4호 (가)목의 규정에 의한 외국인투지비율에 해당하는 취득세와 등록세는 동법 제121조의2 제4항 단서․제5항 단서 및 제12항 단서의 규정에 의하여 사업개시일부터 7년간 전액을 면제하고, 그 다음 3년간 50%를 경감한다. 다만, 조세특례제한법 제121조의5 제3항의 규정에 의한 추징대상이 되는 경우에는 감면된 지방세를 추징한다.
(6) 구 충청북도 도세감면조례(2003.12.31. 조례2787호로 개정되기 전의 것) 제26조【외국인투자유치지원을 위한 감면】외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득하는 재산에 대하여 조세특례제한법 제121조의2 제4항 제1호의 규정에 의한 외국인투자비율에 해당하는 취득세와 등록세는 동법 제121조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 사업개시일부터 7년간 전액을 면제하고, 그 다음 3년간 50%를 경감한다. 다만, 조세특례제한법 제121조의5 제3항의 규정에 의한 추징대상이 되는 경우에는 감면된 지방세를 추징한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인은 2005.11.1. 제1건축물을 축조하였고, 2006.4.3. 처분청으로부터 제2건축물에 대한 건축허가를 받아 일련의 건축공사를 진행하면서 2006.9.14. 구 행정자치부에 「외국인투자비율이 100%로서 고도수반기술사업을 영위하는 법인이 1996년 1월 사업을 개시한 후 4차례의 증자를 거쳐 2006년 10월 공장을 증축하여 취득한 경우 취득세와 등록세의 면제대상에 되는지 여부」에 대하여 질의를 하여 2006.9.21. 「최초 사업개시일부터 외국인투자비율이 100%인 외국인투자기업이 2006년 9월 증자하여 외국인투자비율 100%에 변동이 없다면 마지막 자본증자 변경등기일이 사업개시일이 되는 것이므로 당해 외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 자본증자 변경등기일부터 7년 이내에 취득하는 부동산은 취득세와 등록세의 면제대상이 되는 것으로 판단된다」는 회신(구 행정자치부 지방세정팀-○○○)을 받았다.
(2) 그 후 청구인은 2006.10.24. 제2건축물에 대한 사용승인을 받았고, 제3건축물에 대하여는 2006.11.21. 처분청으로부터 건축허가를 받아 일련의 건축공사를 진행한 다음 2007.6.8. 이에 대한 사용승인을 받았으며, 한편 청구인은 2001.4.13.에 10,100,000,000원을 증자한 이후 2006.9.29.에 1,700,000,000원, 2006.11.2.에 340,000,000원, 2006.11.20.에 1,010,390,000원, 2006.12.20.에 1,433,760,000원, 2007.1.24. 849,000,000원, 2007.3.8.에 893,400,000원, 2007.5.8.에 6,991,390,000원 등 2006.9.29.부터 제3건축물 취득일인 2007.6.8.까지 총 27,534,750,000원의 자본금을 증자하였으나, 감사원이 이 사건 부동산 중 제3건축물에 대한 감면비율(40.88%)을 산정하면서 반영한 자본금은 2006.11.20.까지의 자본금 증자분으로 한정하였고, 2007.6.8. 제3건축물 취득일까지의 자본금 증자분을 반영하여 산정한 감면비율은 55.11%이다.
(3) 처분청은 구 행정자치부의 질의회신에 따라 청구인의 이 사건 건축물의 취득․등기에 대하여 2006.11.28.과 2006.12.11. 및 2007.7.9. 청구인에게 취득세와 등록세를 면제한다는 각각의 지방세감면통지를 하였다(세정과-○○○, ○○○ ; 세정과-○○○, ○○○, ○○○).
(4) 감사원이 2007.9.5.부터 2007.9.20.까지 처분청에 대하여 감사를 실시한 이후인 2007.10.5. 구 행정자치부는 2006.9.21. 당초 회신내용과 관련하여 추가로 「마지막 자본증자 변경등기일만이 사업개시일이 된다는 뜻으로 회신한 것이 아니라 자본증자 변경등기일이 그 증자분에 대한 사업개시일이 된다는 의미로 판단되며, 이는 마지막 자본증자 변경등기일만이 사업개시일이라고 하면 외국인투자 법인이 증자를 통해 감면기간을 무한 연장할 수 있게 되어 과세당국이 과세할 수 없기 때문이다. 따라서 위 회신은 외국인투자기업이 유상증자를 하는 경우 증자분에 대한 조세감면은 자본증가에 관한 변경등기일을 각각 사업개시일로 보고 증자별로 감면대상이 되는 증자액에 100%, 50% 또는 0%(감면기간이 종료된 경우)를 적용한 후 이를 더한 것을 취득일의 총자본금으로 나누어 감면비율을 결정한다는 내용으로 해석된다」는 의견을 감사원에 개진하였다.
(5) 2008.3.28. 감사원은 처분청이 이 사건 건축물에 대한 지방세 감면업무를 처리하면서 유상증자분의 외국인투자비율(유상증자액/취득시점의 총자본금)을 산정한 후 감면기간에 따른 적정 감면율을 적용하여 1997.12.2. 유상증자의 경우 외국인투자비율은 유상증자액 5,874백만원을 위 가설건축물 취득시점의 총자본금인 29,100백만원으로 나누어 20.18%로 산정하고 기간에 대한 감면율은 50%를 적용하여 감면비율은 10.99%로 산정하는 등으로 가설건축물(제1건축물)에 대하여는 46.46%, 1차 공장 증축분(제2건축물)에 대하여는 38.30%, 2차 공장 증축분(제3건축물)에 대해서는 40.88%로 산정하여 감면세액을 결정하여야 했음에도, 외국인투자비율에 대해서는 유상증자액을 취득시점의 총자본금으로 나누지 않고, 기간에 따른 감면율은 적용기간에 따라 100%와 50%로 구분하여 적용하지 아니한 채 구 행정자치부의 질의회신을 근거로 투자비율과 감면비율을 각각 일괄적으로 100%를 적용하여 지방세 등 감면세액을 결정함으로써 지방세 등 합계 177,675,340원만큼 과다하게 감면하여 같은 금액만큼 부족하게 징수된 결과를 가져왔다」고 하면서 이에 대한 시정요구를 하였고(자치행정감사국 제3과-○○○), 이에 처분청은 ○○○ 이 사건 취득세 등을 청구인에게 부과 고지하였다.
(6) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 이러한 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하고, 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요하는 것이나, 이러한 신의성실의 원칙 또한 합법성을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의, 형평에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되는 것이고, 이를 적용함에 있어서도 과세상 잘못을 시정하는 것까지 금지하는 것은 아니라 할 것인바,
조세특례제한법 제121조의2 제4항 제1호, 같은 법 제121조의4 제1항 및 제3항, 충청북도 도세감면조례 제26조 제1호의 규정을 종합하여 볼 때, 외국인투자기업이 조세감면대상사업을 영위하면서 자본금을 증자하고 부동산을 취득․등기하는 경우 당해 부동산에 조세감면은 각각의 당해 자본증가에 관한 변경등기일을 사업개시일로 보아 증자시점별로 외국인투자비율을 적용하되, 그 감면비율은 각각의 증자시점별로 감면기간에 따른 감면율을 적용하여야 하는 것이므로, 총자본금 중 당해 증자분(외국인투자금액)별로 감면율 및 적용기간에 따른 감면비율을 적용하여 감면세액을 산정하여야 함이 타당하다 하겠고, 더구나 외국인 투자기업에 대한 지방세감면은 당초 외자도입촉진법에서 감면하였다가 그 후 외자도입법, 외국인투자및외자도입에관한법률, 외국인투자촉진법으로 변경하였고, 1999.5.24.부터 이를 조세특례제한법으로 이관하여 규정하고 있는바, 종전 대법원 판례(94누11156, 1995.7.14)에서 구 외자도입법에 의하여 외국인투자기업이 취득․보유하는 재산에 대한 감면여부를 판단함에 있어서도 감면율과 외국인투자비율에 따라 감면비율을 정하여야 한다고 판시하고 있을 뿐만 아니라 구 행정자치부 또한 ○○○ 질의회신을 통해 외국인투자기업의 자본증자 등기도 외국인투자비율에 따라 등록세를 감면하는 것이라고 한 바 있고(세정과-○○○), 당초 ○○○자 질의회신에 대한 감사원의 확인요청에 대하여 ○○○ 다른 의견을 개진한 사실 등에 비추어 볼 때, 당초 이 사건 건축물 취득에 대하여 마지막 자본증자 변경등기일만이 사업개시일이 된다고 보고 감면비율 100%를 일괄 적용하여야 한다는 ○○○자 구 행정자치부의 회신과 처분청이 이에 근거하여 취득세 등을 과다하게 감면한 것은 관계법령의 해석의 잘못으로 인한 것으로 보아야 할 것이며, 그렇다면 통상의 경우 과세관청은 과세표준과 세율을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 5년의 부과제척기간이 만료되기 전까지는 언제든지 경정할 수 있는 것이므로, 처분청의 이 사건 부과처분이 신의성실의 원칙에 반한다거나 조세법률주의 원칙에 위배된다고 인정할 수는 없다 할 것이다.
다만, 당초 감사원에서 제3건축물에 대한 감면비율(40.88%) 산정시 그 취득일(2007.6.8)까지의 자본금 증자분(총 자본금 42,317,940,000원)을 반영하였어야 함에도 2006.11.20.까지의 자본금 증자분(총 자본금 32,150,390,000원)만을 반영함으로써 정당감면비율(55.11%)보다 낮게 산정되었음이 법인등기부등본에 의하여 확인되고 있으므로, 그 차이(14.23%)만큼은 추가로 감면되어야 할 것으로 판단된다.
4. 결 론
이 사건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으나 감면비율 산정에 잘못이 있으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.