조세심판원 심판청구 대도시내에서 5년 이상 사업을 영위한 분할법인이 법인분할로 인하여 설립등기를 하고 그 후 자본금 증자등기를 하였다 하더라도 이는 중과세제외대상으로 봄이 타당하다.
청구번호 조심 2008지0018
주 문
처분청이 2007.9.11. 청구인에게 한 취득세 887,443,990원, 농어촌특별세 81,349,020원, 등록세 2,743,821,000원, 지방교육세 503,033,850원, 합계 4,215,647,860원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.
이 유
1. 처분 개요
가. 처분청은 청구인이 2003.1.11. 청구외 (주)○○○(이하 “분할법인”이라 한다)으로부터 법인 인적분할을 하면서 분할계획서에 따라 서울특별시 서초구 양재동○○○번지 토지 1,772.3㎡와 그 지상건축물 23,854.21㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한데 대하여 구 조세특례제한법 (2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조제1항제10호 및 같은 법 제120조제1항제9호의 규정에 따라 취득세와 등록세를 과세면제하였다.
나. 그리고 청구인이 법인 분할후 2003.3.22. 자본금 32,820,000,000원을 증액하는 증자등기를 하고, 2003.4.7. 다시 자본금 45,000,000,000원을 증액하는 증자등기를 하면서 일반세율을 적용하여 산출한 등록세를 신고납부하자 처분청은 이를 각각 수납하여 징수결정하였다.
다. 그 후 처분청은 청구인이 법인분할시 법인세법 제46조제1항 각호 및 같은 법시행령 제82조 제3항제1호 내지 제3호의 법인 인적분할 요건을 갖추지 못하였으므로 구 조세특례제한법 제119조 및 제120조의 규정에 의한 취득세 및 등록세의 과세면제 대상에 해당되지 아니할 뿐만 아니라 등록세는 중과세 대상인 대도시내 법인설립에 따른 부동산등기에 해당되므로 이 사건 부동산의 취득가액 36,976,833,360원에 지방세법 제112조제1항 및 제138조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 887,443,990원, 농어촌특별세 81,349,020원, 등록세 1,996,749,000원, 지방교육세 366,070,650원, 합계 3,331,612,660원(가산세 포함)을 2007.9.10. 부과고지하였고, 청구인이 법인분할 후 한 자본금 증자등기에 대하여도 증자 자본금을 과세표준으로 하고 지방세법 제138조 제1항의 등록세 중과세율(1000분의 12)을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 747,072,000원, 지방교육세 136,963,200원, 합계 884,035,200원(가산세 포함)을 2007.9.10. 부과고지하였다.
라. 청구인은 이러한 취득세 등의 추징 및 등록세 중과세 처분에 불복하여 2007.12.4. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 청구인은 분할법인의 금융지주부분과 부동산임대업 부분을 분할 승계받기로 분할계획서를 작성하여 금융감독위원회의 인가를 받아 설립된 분할신설법인으로서, 법인세법 제46조제1항 각 호 및 같은 법시행령 제86조 제2항의 규정에서 「분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할」하여야 한다는 규정을 판단함에 있어서 분할법인을 기준으로 판단하여야 할 것인데도 처분청에서는 분할신설법인인 청구인을 기준으로 청구인이 금융지주회사로서 부동산임대업을 영위할 수 없는 법인이므로 당해 요건을 충족하지 못하였다고 판단한 것은 잘못이다.
(2) 그리고 청구인은 법인분할시 취득한 임대용부동산을 2006.1.2. 매각할 때까지 계속하여 임대용으로 사용하였으며, 청구인은 금융지주회사이지만 금융감독위원회로부터 승인받은 사업은 영위할 수 있도록 금융지주회사법에 규정하고 있고, 청구인은 부동산임대업을 영위할 것을 전제로 사업계획서를 첨부하여 금융지주회사 설립인가를 받아 부동산임대업을 영위한 것으로서 부동산임대업과 관련하여 금융감독위원회 등 감독기관으로부터 어떠한 법률적, 행정적 제재를 받은 사실이 없는 점에서도 처분청에서 청구인이 부동산임대업을 영위하지 못하기 때문에 인적 분할 법인으로서 법인세법상의 인적분할 요건을 충족하지 못하였다는 주장은 부당하다는 사실이 입증되고 있으므로 처분청이 인적 분할법인인 청구인이 분할로 취득한 이 사건 부동산에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징하고 나아가 등록세의 경우 중과세 처분을 한 것은 잘못이라 하겠으므로 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.
(3) 청구인의 경우 분할법인이 대도시내에서 설립한지 5년이 경과된 법인이므로 이러한 법인에서 인적분할한 청구인이 분할 후 증자등기를 하는 경우에도 등록세 중과세 대상에 해당되지 아니한다 하겠으므로 이러한 증자등기에 대하여 등록세를 중과세한 처분도 취소되어야 할 것이다.
(4) 청구인은 이 사건 부동산을 법인분할을 원인으로 취득하였고 이와 같이 법인분할로 취득하는 경우에는 법인장부상 취득가액이 입증되는 취득에 해당된다고 할 수 없으므로 법인장부상 가액이 아닌 시가표준액을 과세표준으로 하여야 할 것인데도 법인장부상 가액을 취득세 등의 과세표준으로 하여 과세면제한 취득세 등을 추징하고 등록세를 중과세한 처분은 부당하므로 적어도 이 부분에 대하여는 이 사건 부과처분을 경정하여야 한다.
(5) 처분청이 당초 청구인에게 과세면제한 처분이 착오이었다면 그 귀책사유는 처분청에 있다 할 것으로서 이 사건 부과처분중 가산세 부분은 부당하다.
나. 처분청 의견
(1) 청구인이 조세특례제한법상의 법인 인적분할 요건을 충족하였는지 여부에 관하여 보면, 청구인은 법인세법 제46조 제1항 각호의 요건중 제2호 및 제3호의 요건은 갖추었으나 분할계획서상 부동산임대업에 대하여는 법인등기부상 목적사업과 사업자등록증상 업태 및 종목에 부동산임대업이 포함되어 있지 아니하였고, 금융지주회사법 제15조에서 금융지주회사는 부동산임대업을 영위하지 못하도록 규정하고 있으며 이러한 규정에 따라 금융감독원에서 법인분할로 취득한 부동산중 임대업과 관련한 부동산을 처분하도록 지시한 사실과 이 사건 부동산을 분할법인에게 재매각한 사실에서 이를 승계취득한 목적이 상실되었다는 점을 종합할 때, 청구인은 분할법인의 사업중 금융지주회사만을 분할한 것이지 부동산임대업까지 정상적으로 분리하여 승계한 것으로는 볼 수 없다 하겠으므로 법인장부상 가액을 과세표준으로 하여 과세면제한 취득세 등을 추징하고 등록세에 대하여 중과세한 처분은 정당하다.
(2) 처분청이 취득세 등을 과세면제하였다가 추징하면서 가산세를 가산하여 부과고지한 처분이 정당한지 여부를 보면, 취득세와 등록세는 신고납부방식의 지방세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 조세채무의 구체적 이행으로 하는 것이며, 세법상 가산세는 납세자가 정당한 사유없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재임을 비추어 볼 때, 처분청이 등록세 중과분에 대한 신고납부를 미이행한 청구인에 대하여 지방세법 제121조 및 같은 법 제151조의 규정에 의거 가산세를 포함하여 취득세 등을 추징한 처분도 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
(1) 조세특례제한법상 취득세 등의 과세면제 대상인 법인의 인적분할 요건을 갖추었는지 여부
(2) 법인분할로 인하여 분할신설법인이 취득한 부동산의 취득세 등 과세표준을 법인장부가액이 아닌 시가표준액으로 하여야 하는지 여부
(3) 과세면제후 면제한 취득세 등을 추징하면서 가산세를 가산하여 부과한 처분이 적법한지 여부
나. 관련 법령
(1) 쟁점(1)과 관련된 관계법령
(가) 구 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 (등록세의 면제등) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 등기 또는 등록세 대하여는 등록세를 면제(제13호·제16호·제28호· 및 제29호의 경우에는 100분의 50을 감면한다)한다. 이 경우 지방세법 제138조제1항의 세율을 적용하지 아니한다.
10. 법인세법 제46조제1항 각호(물적분할의 경우에는 동법 제47조제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기
(나) 구 조세특례제한법 제120조 (취득세의 면제등) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 재산의 취득에 대하여는 취득세를 면제(제12호·제15호·제24호 및 제25호의 경우에는 100분의 50을 감면한다)한다.
9. 법인세법 제46조제1항 각호(물적분할의 경우에는 동법 제47조제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산
(다) 법 인세법 제46조 (분할평가차익상당액의 손금산입) ① 다음 각호의 요건을 갖춘 분할(물적분할을 제외한다)의 경우로서 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액중 당해 자산에 대한 분할평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.
1. 분할등기일 현재 5년이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것일 것
2. 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인으로부터 받은 분할대가의 전액(분할합병의 경우에는 제44조제1항제2호의 비율이상)이 주식이고 그 주식이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정될 것
3. 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것
② 제1항의 규정에 의하여 분할평가차익에 상당하는 금액을 손금에 산입한 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인(분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 다른 법인과 합병하는 경우에는 그 합병법인을 말한다)이 분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년이내에 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우 손금에 산입한 금액(분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 다른 법인과 합병하는 경우로서 그 합병법인이 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인으로부터 제1항의 규정에 의한 손금산입액을 승계받은 경우에는 그 승계받은 손금상당액을 말한다)은 그 폐지한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. 이 경우 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인으로부터 승계받은 사업을 합병법인이 다시 승계하는 경우에는 사업의 폐지로 보지 아니한다
④ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 승계받은 사업의 계속 또는 폐지에 관한 판정기준, 손금산입액 및 익금산입액의 계산과 그 산입방법등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(다) 법인세법시행령 제82조 (분할평가차익상당액의 손금산입) ① 법 제46조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 유형고정자산을 말한다.
③ 법 제46조제1항제1호에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것"이라 함은 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다.
1. 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것
2. 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것. 다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 재정경제부령이 정하는 것의 경우에는 그러하지 아니하다.
3. 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다)만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것
4. 분할합병의 경우 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인일 것
(라) 구 지방세법(2006.12.30. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 (대도시 지역내 법인등기등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.
③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.
(마) 지방세법시행령 제102조 (대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준) ② 법 제138조 제1항 제3호에 서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점 등" 이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.
⑥ 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시내의 내국법인이 법인의 분할(「법인세법 시행령」 제82조제3항제1호 내지 제3호의 요건을 갖춘 경우에 한한다)로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 중과세 대상으로 보지 아니한다.
(2) 쟁점 (2)와 관련된 관계법령
(가) 지방세법 제111조 (과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.
⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조제1항의 규정에 의한 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.
3. 판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득
(나) 지방세법 제130조(과세표준) ① 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록당시의 가액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기·등록자의 신고에 의한다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 제111조제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다.
③ 제111조제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다. 다만, 등기·등록당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다.
(3) 쟁점 (3)과 관련된 관계법령
(가) 지방세법 제121조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 취득세 납세의무자가 제120조의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제111조 및 제112조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.
1. 제120조의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세
2. 제120조의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 금융기관의 연체이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율(이하 "가산율"이라 한다)과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세
(나) 지방세법 제151조 (부족세액의 추징 및 가산세) 등록세 납세의무자가 제150조의2제1항 내지 제3항의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제130조 내지 제143조, 제145조 및 제146조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.
1. 제150조의2제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세
2. 제150조의2제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 제121조제1항제2호의 규정에 의한 가산율과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세
다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점(1)에 대하여 본다.
(가) 분할법인은 다음과 같은 내용으로 2002.10.14. 분할계획서를 작성한 후 2002.11.28. 개최된 이사회에서 분할계획서 승인 및 임원 보수한도 승인을 위한 임시 주주총회를 개최하기로 하였다.
① 분할목적은 금융지주부문과 수산사업부문으로 회사를 분할한다.
② 분할방법은 상법 제530조의2 내지 제530조의12의 규정에 의한 인적 분할을 한다.
③ 분할기준일은 2003.1.1.로 한다.
④ 분할법인에 관한 사항으로서 감소한 자본금액은 12,180,000,000원으로 하고, 자본감소의 방법은 상법 제440조 내지 제444조의 규정에 의한 주식병합 절차에 따라 분할되는 회사의 주주들에게 1주당 0.4508566주의 비율로 병합한다.
⑤ 설립되는 회사에 관한 사항으로서 수권주식수는 9,000,000주(액면가 5,000원), 발행주식수는 2,436,000주, 분할되는 회사의 주주에 대한 주식배정 비율은 1.0대 0.5491434으로 한다.
⑥ 승계대상 목록은 다음과 같이 한다.
(다) 청구인은 2002.12.30. 금융감독위원회로부터 “주식의 소유를 통하여 1개 자회사(○○○) 및 6개 손자회사(○○○ 6개 법인)를 지배하는 것을 주된 사업으로 한다”는 내용으로 금융지주회사 설립 예비인가를 받았으며, 예비인가신청서상 승계 물적시설에 이 사건 부동산(토지 1,772.3㎡, 건물 7,215.8㎡)이 포함되어 있었다
(라) 청구인은 2003.1.11. 법인분할 설립등기를 하였으며. 2003.1.13. 관할 세무서인 서초세무서장에게 업태를 서비스로, 종목을 지주회사로 하여 사업자 등록을 하였고, 2003.2.5. 분할계획서상의 승계대상 자산인 이 사건 부동산에 대하여 소유권 이전등기를 하였으며, 소유권 이전당시 이 사건 부동산의 이용 현황은 다음과 같다.
(마) 분할법인의 법인등기부에서 2003.3.10. 분할법인이 발행 주식수를 22,880,000주에서 12,000,000주로 감자하고 부동산 매매 및 임대업을 목적사업에서 삭제하는 변경 등기를 하였다.
(바) 청구인은 금융지주회사 설립 본인가 신청을 하면서 사업계획서상 추정 재무제표에 이 사건 부동산과 관련하여 이를 승계하여 향후 3년 이상 보유한다는 계획과 부동산임대업을 영위함에 따라 발생하는 임대보증금 132억에 대한 채무를 3년 이상 부담함을 명시하였고, 추정 손익계산서 및 현금흐름표에 연간 11.4억의 임대수익이 3년 이상 발생하고, 이것이 회사의 향후 현금유입임을 명시하였고, 2003.5.10. 금융감독위원회로부터 금융지주회사 설립 인가를 받았다.
(사) 청구인은 2004.6.30. 금융감독원에 이 사건 부동산을 분할 완료시한인 2005.12월까지 처분하겠다는 내용의 보유 부동산 처분계획서를 제출하였고, 금융감독원은 2004.7.1. 청구인에게 보유부동산 처분계획 이행 철저라는 제목의 공문을 발송하였으며, 청구인은 이러한 이 사건 부동산 처분계획에 따라 2006.1.2. 이 사건 부동산을 분할법인에게 다시 매각하였다.
(아) 청구인은 법인분할 후 2003.1분기부터 이 사건 부동산의 매각일인 2006.1.2.이 속하는 2006.1분기까지 부가가치세를 신고납부하면서 부동산임대와 관련된 매출세액을 계속하여 다음과 같이 신고하였다.
(자) 처분청과 서울특별시에서 청구인에 대한 세무조사를 실시한 후 작성한 추징조서상 추징사유는 다음과 같다.
① 분할법인으로부터 자산을 승계시 평가후 승계받아야 함에도 이를 평가하지 않고 부동산을 승계받아 손금산입한 금액이 없어 법인세의 감면을 받지 않았고,
② 법인세법 제46조 제2항에 의거 승계받은 자산은 분할등기일이 속하는 다음 사업년도부터 3년 이내에는 승계받은 사업은 폐지하지 않아야 함에도 동 법인은 부동산 임대와 관련하여 승계받은 부동산을 평가하여 2006.1.2. 계열사인 ○○○에 매각하고 이를 익금산입하여 법인세를 납부한 점
③ 분할후 사업개시일은 2003.1.1.이며 사업자등록년월일은 2003.1.13. 등록 사업을 개시하였고 이후 2003.5.31. 금융감독원으로부터 금융지주회사로 승인을 받은 후에 ○○○(주)로 상호변경을 하였음
④ 국세 통칙 46-82-1(분할평가차익 상당액의 손금산입요건)에서 “법인의 투자주식 및 그와 관련된 자산과 부채만으로 분할하는 경우를 포함한다”로 되어 있으나 당해 통칙이 신설된 시점이 2003.5.10.임에도 청구인은 그 이전인 2003.1.1. 투자주식 등 금융부분을 분할하여 법인을 설립한 점
⑤ 법인설립등기시 법인목적사업에 부동산임대부분은 승계하지 않았고 금융감독원으로부터 금융지주회사를 승인받은 후 법인등기부를 변경하면서도 부동산 임대업을 추가하지 않으면서 임대한 부동산을 승계한 부분과 사업자등록증상에도 부동산임대부분은 등록하지 않은 점
⑥ 청구인이 금융지주부분을 분할법인으로부터 분리승계하면서 금융감독위원회로부터 승인을 받기 전에 분할신설한 점을 종합할 때 조세특례제한법 제119조제1항제10호 및 제120조제1항제9호의 규정에 의하여 취득세 및 등록세를 감면한 것은 잘못임
(차) 먼저 처분청에서 추징사유로 들고 있는 법인세법 제46조 제1항 및 제2항에 위반되었다는 사유의 경우 법인세법 제46조 제1항에서 손금산입할 수 있도록 하고 있을 뿐 강행규정으로 손금산입하도록 규정하고 있지 아니하며, 동법 제46조제2항은 법인세의 손금산입후 추징요건을 규정한 것으로서 법인분할시 법인세법상에서 분할평가차익상당액을 손금산입할 수 있도록 한 취지는 구조조정과 경영합리화를 위하여 법인분할을 함에 있어서 일시적으로 부동산 등의 평가로 인한 차익에 대하여 세부담문제가 발생할 수 있기 때문에 이러한 세부담을 경감하는데 있다고 할 것으로서, 이 러한 법인세법 제46조 제2항의 추징규정이 법인의 인적분할 자체를 부인하는 근거규정은 될 수 없다 하겠으며, 조세특례제한법 제119조제1항제10호 및 제120조제1항제9호에서 법인세법 제46조제1항의 규정에 의한 법인의 분할로 인하여 취득하는 재산이라고 규정하고 있을 뿐 법인세법 제46조제2항에 위반되는 경우에는 취득세 및 등록세를 추징하도록 별도로 규정하고 있지 아니하므로 처분청에서 이를 추징사유로 한 것은 잘못이라고 보여진다.
(카) 또한 처분청은 국세청 통칙 46-82-1(분할평가차익 상당액의 손금산입요건)에서 “법인의 투자주식 및 그와 관련된 자산과 부채만으로 분할하는 경우를 포함한다”는 예규는 청구인의 법인설립 후에 시행된 예규이므로 이를 청구인에게 적용할 수 없다고 주장하고 있으나, 당해 국세청 예규가 직접적으로 납세자를 구속하는 법규적 효력을 가지고 있지 아니하며, 당해 예규가 기존에 금융지주회사가 투자자산만을 분리하여 분할하는 경우 법인 분할에 해당되지 않는다고 하던 해석을 변경한 것이 아니라 금융지주회사가 새로이 설립될 무렵에 투자자산만으로 금융지주회사를 설립하는 경우에도 이를 법인 분할에 해당되는 것으로 인정하겠다는 의미로 보여진다.
(타) 그리고 처분청은 금융지주회사법 제15조에서 금융지주회사는 영리업무를 하지 못하도록 금지하고 있으며, 청구인은 법인등기부와 사업자등록시 부동산임대업이 포함되어 있지 아니하므로 법인세법시행령 제82조제3항제1호에서의 “분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부분”을 분할한 경우에 해당되지 않는다고 주장하지만, 청 구인의 경우 당초 분할법인은 분할계획서상의 분할목적에서 금융지주회사 부문과 수산사업부문을 분할하기로 계획하였고, 이러한 분할계획서에 따라 분할하면서 부수적으로 분할법인이 임대용으로 사용하고 있던 이 사건 부동산과 그 임대보증금을 승계하고, 계속하여 임대용으로 사용하면서 이 사건 부동산을 매각할 때인 2006.1.2.까지 부동산임대와 관련된 매출세액을 계속하여 신고납부하였으며, 분할법인의 입장에서 부동산임대업에 공여되던 이 사건 부동산과 부채를 청구인이 승계한 것이므로 독립하여 사업이 가능한 사업을 승계하여 임대업을 영위한 것으로 볼 수 있으며, 그 후 분할신설법인인 청구인이 사업자등록증과 법인등기부상 부동산임대업을 등재하지 아니하였다거나, 금융지주회사법에 따라 계속하여 부동산임대업을 영위할 수 없었다는 사실은 분할이후의 사유로서 분할 당시를 기준으로 청구인이 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 승계하지 아니하였다고 할 수는 없다 하겠다.
(파) 법인세법시행령 제82조제3항제1호에서 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것을 요건으로 하고 있으며 당해 규정에서 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업의 의미를 해석함에 있어서 반드시 법적으로 계속하여 사업이 가능한 사업부문만을 의미한다고 한정하기는 어렵다 하겠고, 사실상 분리하여 독립된 사업이 가능한 사업부문도 포함하는 의미로 해석하는 것이 법인의 인적분할에 대하여 조세감면혜택을 주는 입법취지에도 부합된다 하겠으므로, 청구인의 경우와 같이 주된 사업으로서 금융지주회사업과 일부 부수 사업으로서 부동산임대업에 공여되던 자산을 분리하여 승계받아 사업을 영위한 경우에는 법인세법시행령 제82조제3항제1호의 요건을 충족하고 있다고 해석하는 것이 타당하다고 보여진다.
(하) 또한 청구인이 금융지주회사라는 특성상 부동산임대업을 지속적으로 영위하기 어려운 법인이기 때문에 분할계획서에 의하여 승계받은 임대용 부동산을 임대하다가 이를 매각하였다 하더라도 법인 분할의 효과가 그대로 유지되고 있는 경우에는 이를 인정하는 것이 타당하다고 판단되며, 처분청의 주장과 같이 법인분할 이후에 분할당시 승계받은 자산중 일부 자산이 분리하여 향후 지속적으로 사업을 영위하는데 법적인 제한이 있다고 하여 법인분할 당시 청구인이 법인세법 시행령 제82조제3항제1호의 요건을 부인할만한 합리적인 근거가 될 수는 없다 할 것이다.
(거) 청구인이 법인설립 이후에 한 증자등기의 경우에도 지방세법시행령 제102조제6항의 규정에 의하여 분할로 인하여 신설된 법인에 대하여 등록세를 중과세하지 아니하는 것은 형식상 법인분할의 경우 법인설립등기를 함으로써 대도시내에서 새로이 법인이 신설되지만 사실상으로는 종전의 법인의 일부가 분할되어 계속 존속하는 것으로서 이러한 법인이 취득하는 부동산이나 자본금 등기에 대하여 중과세하는 것은 중과세의 입법목적과 기존법인과의 과세형평에 비추어 타당하지 아니하다는 취지에서 중과세 대상에서 제외한다는 것이고, 중과세제외대상으로 삼는다는 것은 법인을 설립하는 경우라고 규정하고 있다고 하더라도 당해 설립 등기뿐만 아니라 설립법인을 분할전 기존 법인과의 연속성에서 대도시내 5년이상 사업이 영위된 법인과 동일하게 보겠다는 의미로 보는 것이 합목적성이 있다고 할 것이므로(같은 취지의 행정자치부 심사결정 제2007-210호, 2007.4.30.), 대도시내에서 5년 이상 사업을 영위한 분할법인이 법인분할로 인하여 청구인에 대하여 설립등기를 하고 그 후 자본금 증자등기를 하였다 하더라도 이는 중과세제외대상으로 봄이 타당하다.
(너) 따라서 쟁점 (2)와 (3)에 관계없이 처분청이 이 사건 부동산에 대하여 면제한 취득세 등을 추징하고 등록세의 경우 부동산 등기와 자본금 등기에 대하여 모두 중과세 대상에 해당된다고 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 잘못이라고 판단된다.
4. 결 론
이 사건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장중 법인분할에 대한 주장은 이유가 있으므로 다른 주장을 살펴볼 필요가 없이 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
2008.12.26
주 문
처분청이 2007.9.11. 청구인에게 한 취득세 887,443,990원, 농어촌특별세 81,349,020원, 등록세 2,743,821,000원, 지방교육세 503,033,850원, 합계 4,215,647,860원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.
이 유
1. 처분 개요
가. 처분청은 청구인이 2003.1.11. 청구외 (주)○○○(이하 “분할법인”이라 한다)으로부터 법인 인적분할을 하면서 분할계획서에 따라 서울특별시 서초구 양재동○○○번지 토지 1,772.3㎡와 그 지상건축물 23,854.21㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한데 대하여 구 조세특례제한법 (2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조제1항제10호 및 같은 법 제120조제1항제9호의 규정에 따라 취득세와 등록세를 과세면제하였다.
나. 그리고 청구인이 법인 분할후 2003.3.22. 자본금 32,820,000,000원을 증액하는 증자등기를 하고, 2003.4.7. 다시 자본금 45,000,000,000원을 증액하는 증자등기를 하면서 일반세율을 적용하여 산출한 등록세를 신고납부하자 처분청은 이를 각각 수납하여 징수결정하였다.
다. 그 후 처분청은 청구인이 법인분할시 법인세법 제46조제1항 각호 및 같은 법시행령 제82조 제3항제1호 내지 제3호의 법인 인적분할 요건을 갖추지 못하였으므로 구 조세특례제한법 제119조 및 제120조의 규정에 의한 취득세 및 등록세의 과세면제 대상에 해당되지 아니할 뿐만 아니라 등록세는 중과세 대상인 대도시내 법인설립에 따른 부동산등기에 해당되므로 이 사건 부동산의 취득가액 36,976,833,360원에 지방세법 제112조제1항 및 제138조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 887,443,990원, 농어촌특별세 81,349,020원, 등록세 1,996,749,000원, 지방교육세 366,070,650원, 합계 3,331,612,660원(가산세 포함)을 2007.9.10. 부과고지하였고, 청구인이 법인분할 후 한 자본금 증자등기에 대하여도 증자 자본금을 과세표준으로 하고 지방세법 제138조 제1항의 등록세 중과세율(1000분의 12)을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 747,072,000원, 지방교육세 136,963,200원, 합계 884,035,200원(가산세 포함)을 2007.9.10. 부과고지하였다.
라. 청구인은 이러한 취득세 등의 추징 및 등록세 중과세 처분에 불복하여 2007.12.4. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 청구인은 분할법인의 금융지주부분과 부동산임대업 부분을 분할 승계받기로 분할계획서를 작성하여 금융감독위원회의 인가를 받아 설립된 분할신설법인으로서, 법인세법 제46조제1항 각 호 및 같은 법시행령 제86조 제2항의 규정에서 「분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할」하여야 한다는 규정을 판단함에 있어서 분할법인을 기준으로 판단하여야 할 것인데도 처분청에서는 분할신설법인인 청구인을 기준으로 청구인이 금융지주회사로서 부동산임대업을 영위할 수 없는 법인이므로 당해 요건을 충족하지 못하였다고 판단한 것은 잘못이다.
(2) 그리고 청구인은 법인분할시 취득한 임대용부동산을 2006.1.2. 매각할 때까지 계속하여 임대용으로 사용하였으며, 청구인은 금융지주회사이지만 금융감독위원회로부터 승인받은 사업은 영위할 수 있도록 금융지주회사법에 규정하고 있고, 청구인은 부동산임대업을 영위할 것을 전제로 사업계획서를 첨부하여 금융지주회사 설립인가를 받아 부동산임대업을 영위한 것으로서 부동산임대업과 관련하여 금융감독위원회 등 감독기관으로부터 어떠한 법률적, 행정적 제재를 받은 사실이 없는 점에서도 처분청에서 청구인이 부동산임대업을 영위하지 못하기 때문에 인적 분할 법인으로서 법인세법상의 인적분할 요건을 충족하지 못하였다는 주장은 부당하다는 사실이 입증되고 있으므로 처분청이 인적 분할법인인 청구인이 분할로 취득한 이 사건 부동산에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징하고 나아가 등록세의 경우 중과세 처분을 한 것은 잘못이라 하겠으므로 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.
(3) 청구인의 경우 분할법인이 대도시내에서 설립한지 5년이 경과된 법인이므로 이러한 법인에서 인적분할한 청구인이 분할 후 증자등기를 하는 경우에도 등록세 중과세 대상에 해당되지 아니한다 하겠으므로 이러한 증자등기에 대하여 등록세를 중과세한 처분도 취소되어야 할 것이다.
(4) 청구인은 이 사건 부동산을 법인분할을 원인으로 취득하였고 이와 같이 법인분할로 취득하는 경우에는 법인장부상 취득가액이 입증되는 취득에 해당된다고 할 수 없으므로 법인장부상 가액이 아닌 시가표준액을 과세표준으로 하여야 할 것인데도 법인장부상 가액을 취득세 등의 과세표준으로 하여 과세면제한 취득세 등을 추징하고 등록세를 중과세한 처분은 부당하므로 적어도 이 부분에 대하여는 이 사건 부과처분을 경정하여야 한다.
(5) 처분청이 당초 청구인에게 과세면제한 처분이 착오이었다면 그 귀책사유는 처분청에 있다 할 것으로서 이 사건 부과처분중 가산세 부분은 부당하다.
나. 처분청 의견
(1) 청구인이 조세특례제한법상의 법인 인적분할 요건을 충족하였는지 여부에 관하여 보면, 청구인은 법인세법 제46조 제1항 각호의 요건중 제2호 및 제3호의 요건은 갖추었으나 분할계획서상 부동산임대업에 대하여는 법인등기부상 목적사업과 사업자등록증상 업태 및 종목에 부동산임대업이 포함되어 있지 아니하였고, 금융지주회사법 제15조에서 금융지주회사는 부동산임대업을 영위하지 못하도록 규정하고 있으며 이러한 규정에 따라 금융감독원에서 법인분할로 취득한 부동산중 임대업과 관련한 부동산을 처분하도록 지시한 사실과 이 사건 부동산을 분할법인에게 재매각한 사실에서 이를 승계취득한 목적이 상실되었다는 점을 종합할 때, 청구인은 분할법인의 사업중 금융지주회사만을 분할한 것이지 부동산임대업까지 정상적으로 분리하여 승계한 것으로는 볼 수 없다 하겠으므로 법인장부상 가액을 과세표준으로 하여 과세면제한 취득세 등을 추징하고 등록세에 대하여 중과세한 처분은 정당하다.
(2) 처분청이 취득세 등을 과세면제하였다가 추징하면서 가산세를 가산하여 부과고지한 처분이 정당한지 여부를 보면, 취득세와 등록세는 신고납부방식의 지방세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 조세채무의 구체적 이행으로 하는 것이며, 세법상 가산세는 납세자가 정당한 사유없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재임을 비추어 볼 때, 처분청이 등록세 중과분에 대한 신고납부를 미이행한 청구인에 대하여 지방세법 제121조 및 같은 법 제151조의 규정에 의거 가산세를 포함하여 취득세 등을 추징한 처분도 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
(1) 조세특례제한법상 취득세 등의 과세면제 대상인 법인의 인적분할 요건을 갖추었는지 여부
(2) 법인분할로 인하여 분할신설법인이 취득한 부동산의 취득세 등 과세표준을 법인장부가액이 아닌 시가표준액으로 하여야 하는지 여부
(3) 과세면제후 면제한 취득세 등을 추징하면서 가산세를 가산하여 부과한 처분이 적법한지 여부
나. 관련 법령
(1) 쟁점(1)과 관련된 관계법령
(가) 구 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 (등록세의 면제등) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 등기 또는 등록세 대하여는 등록세를 면제(제13호·제16호·제28호· 및 제29호의 경우에는 100분의 50을 감면한다)한다. 이 경우 지방세법 제138조제1항의 세율을 적용하지 아니한다.
10. 법인세법 제46조제1항 각호(물적분할의 경우에는 동법 제47조제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기
(나) 구 조세특례제한법 제120조 (취득세의 면제등) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 재산의 취득에 대하여는 취득세를 면제(제12호·제15호·제24호 및 제25호의 경우에는 100분의 50을 감면한다)한다.
9. 법인세법 제46조제1항 각호(물적분할의 경우에는 동법 제47조제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산
(다) 법 인세법 제46조 (분할평가차익상당액의 손금산입) ① 다음 각호의 요건을 갖춘 분할(물적분할을 제외한다)의 경우로서 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액중 당해 자산에 대한 분할평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.
1. 분할등기일 현재 5년이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것일 것
2. 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인으로부터 받은 분할대가의 전액(분할합병의 경우에는 제44조제1항제2호의 비율이상)이 주식이고 그 주식이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정될 것
3. 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것
② 제1항의 규정에 의하여 분할평가차익에 상당하는 금액을 손금에 산입한 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인(분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 다른 법인과 합병하는 경우에는 그 합병법인을 말한다)이 분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년이내에 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우 손금에 산입한 금액(분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 다른 법인과 합병하는 경우로서 그 합병법인이 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인으로부터 제1항의 규정에 의한 손금산입액을 승계받은 경우에는 그 승계받은 손금상당액을 말한다)은 그 폐지한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. 이 경우 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인으로부터 승계받은 사업을 합병법인이 다시 승계하는 경우에는 사업의 폐지로 보지 아니한다
④ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 승계받은 사업의 계속 또는 폐지에 관한 판정기준, 손금산입액 및 익금산입액의 계산과 그 산입방법등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(다) 법인세법시행령 제82조 (분할평가차익상당액의 손금산입) ① 법 제46조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 유형고정자산을 말한다.
③ 법 제46조제1항제1호에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것"이라 함은 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다.
1. 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것
2. 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것. 다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 재정경제부령이 정하는 것의 경우에는 그러하지 아니하다.
3. 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다)만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것
4. 분할합병의 경우 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인일 것
(라) 구 지방세법(2006.12.30. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 (대도시 지역내 법인등기등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.
③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.
(마) 지방세법시행령 제102조 (대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준) ② 법 제138조 제1항 제3호에 서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점 등" 이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.
⑥ 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시내의 내국법인이 법인의 분할(「법인세법 시행령」 제82조제3항제1호 내지 제3호의 요건을 갖춘 경우에 한한다)로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 중과세 대상으로 보지 아니한다.
(2) 쟁점 (2)와 관련된 관계법령
(가) 지방세법 제111조 (과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.
⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조제1항의 규정에 의한 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.
3. 판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득
(나) 지방세법 제130조(과세표준) ① 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록당시의 가액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기·등록자의 신고에 의한다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 제111조제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다.
③ 제111조제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다. 다만, 등기·등록당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다.
(3) 쟁점 (3)과 관련된 관계법령
(가) 지방세법 제121조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 취득세 납세의무자가 제120조의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제111조 및 제112조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.
1. 제120조의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세
2. 제120조의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 금융기관의 연체이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율(이하 "가산율"이라 한다)과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세
(나) 지방세법 제151조 (부족세액의 추징 및 가산세) 등록세 납세의무자가 제150조의2제1항 내지 제3항의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제130조 내지 제143조, 제145조 및 제146조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.
1. 제150조의2제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세
2. 제150조의2제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 제121조제1항제2호의 규정에 의한 가산율과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세
다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점(1)에 대하여 본다.
(가) 분할법인은 다음과 같은 내용으로 2002.10.14. 분할계획서를 작성한 후 2002.11.28. 개최된 이사회에서 분할계획서 승인 및 임원 보수한도 승인을 위한 임시 주주총회를 개최하기로 하였다.
① 분할목적은 금융지주부문과 수산사업부문으로 회사를 분할한다.
② 분할방법은 상법 제530조의2 내지 제530조의12의 규정에 의한 인적 분할을 한다.
③ 분할기준일은 2003.1.1.로 한다.
④ 분할법인에 관한 사항으로서 감소한 자본금액은 12,180,000,000원으로 하고, 자본감소의 방법은 상법 제440조 내지 제444조의 규정에 의한 주식병합 절차에 따라 분할되는 회사의 주주들에게 1주당 0.4508566주의 비율로 병합한다.
⑤ 설립되는 회사에 관한 사항으로서 수권주식수는 9,000,000주(액면가 5,000원), 발행주식수는 2,436,000주, 분할되는 회사의 주주에 대한 주식배정 비율은 1.0대 0.5491434으로 한다.
⑥ 승계대상 목록은 다음과 같이 한다.
(다) 청구인은 2002.12.30. 금융감독위원회로부터 “주식의 소유를 통하여 1개 자회사(○○○) 및 6개 손자회사(○○○ 6개 법인)를 지배하는 것을 주된 사업으로 한다”는 내용으로 금융지주회사 설립 예비인가를 받았으며, 예비인가신청서상 승계 물적시설에 이 사건 부동산(토지 1,772.3㎡, 건물 7,215.8㎡)이 포함되어 있었다
(라) 청구인은 2003.1.11. 법인분할 설립등기를 하였으며. 2003.1.13. 관할 세무서인 서초세무서장에게 업태를 서비스로, 종목을 지주회사로 하여 사업자 등록을 하였고, 2003.2.5. 분할계획서상의 승계대상 자산인 이 사건 부동산에 대하여 소유권 이전등기를 하였으며, 소유권 이전당시 이 사건 부동산의 이용 현황은 다음과 같다.
(마) 분할법인의 법인등기부에서 2003.3.10. 분할법인이 발행 주식수를 22,880,000주에서 12,000,000주로 감자하고 부동산 매매 및 임대업을 목적사업에서 삭제하는 변경 등기를 하였다.
(바) 청구인은 금융지주회사 설립 본인가 신청을 하면서 사업계획서상 추정 재무제표에 이 사건 부동산과 관련하여 이를 승계하여 향후 3년 이상 보유한다는 계획과 부동산임대업을 영위함에 따라 발생하는 임대보증금 132억에 대한 채무를 3년 이상 부담함을 명시하였고, 추정 손익계산서 및 현금흐름표에 연간 11.4억의 임대수익이 3년 이상 발생하고, 이것이 회사의 향후 현금유입임을 명시하였고, 2003.5.10. 금융감독위원회로부터 금융지주회사 설립 인가를 받았다.
(사) 청구인은 2004.6.30. 금융감독원에 이 사건 부동산을 분할 완료시한인 2005.12월까지 처분하겠다는 내용의 보유 부동산 처분계획서를 제출하였고, 금융감독원은 2004.7.1. 청구인에게 보유부동산 처분계획 이행 철저라는 제목의 공문을 발송하였으며, 청구인은 이러한 이 사건 부동산 처분계획에 따라 2006.1.2. 이 사건 부동산을 분할법인에게 다시 매각하였다.
(아) 청구인은 법인분할 후 2003.1분기부터 이 사건 부동산의 매각일인 2006.1.2.이 속하는 2006.1분기까지 부가가치세를 신고납부하면서 부동산임대와 관련된 매출세액을 계속하여 다음과 같이 신고하였다.
(자) 처분청과 서울특별시에서 청구인에 대한 세무조사를 실시한 후 작성한 추징조서상 추징사유는 다음과 같다.
① 분할법인으로부터 자산을 승계시 평가후 승계받아야 함에도 이를 평가하지 않고 부동산을 승계받아 손금산입한 금액이 없어 법인세의 감면을 받지 않았고,
② 법인세법 제46조 제2항에 의거 승계받은 자산은 분할등기일이 속하는 다음 사업년도부터 3년 이내에는 승계받은 사업은 폐지하지 않아야 함에도 동 법인은 부동산 임대와 관련하여 승계받은 부동산을 평가하여 2006.1.2. 계열사인 ○○○에 매각하고 이를 익금산입하여 법인세를 납부한 점
③ 분할후 사업개시일은 2003.1.1.이며 사업자등록년월일은 2003.1.13. 등록 사업을 개시하였고 이후 2003.5.31. 금융감독원으로부터 금융지주회사로 승인을 받은 후에 ○○○(주)로 상호변경을 하였음
④ 국세 통칙 46-82-1(분할평가차익 상당액의 손금산입요건)에서 “법인의 투자주식 및 그와 관련된 자산과 부채만으로 분할하는 경우를 포함한다”로 되어 있으나 당해 통칙이 신설된 시점이 2003.5.10.임에도 청구인은 그 이전인 2003.1.1. 투자주식 등 금융부분을 분할하여 법인을 설립한 점
⑤ 법인설립등기시 법인목적사업에 부동산임대부분은 승계하지 않았고 금융감독원으로부터 금융지주회사를 승인받은 후 법인등기부를 변경하면서도 부동산 임대업을 추가하지 않으면서 임대한 부동산을 승계한 부분과 사업자등록증상에도 부동산임대부분은 등록하지 않은 점
⑥ 청구인이 금융지주부분을 분할법인으로부터 분리승계하면서 금융감독위원회로부터 승인을 받기 전에 분할신설한 점을 종합할 때 조세특례제한법 제119조제1항제10호 및 제120조제1항제9호의 규정에 의하여 취득세 및 등록세를 감면한 것은 잘못임
(차) 먼저 처분청에서 추징사유로 들고 있는 법인세법 제46조 제1항 및 제2항에 위반되었다는 사유의 경우 법인세법 제46조 제1항에서 손금산입할 수 있도록 하고 있을 뿐 강행규정으로 손금산입하도록 규정하고 있지 아니하며, 동법 제46조제2항은 법인세의 손금산입후 추징요건을 규정한 것으로서 법인분할시 법인세법상에서 분할평가차익상당액을 손금산입할 수 있도록 한 취지는 구조조정과 경영합리화를 위하여 법인분할을 함에 있어서 일시적으로 부동산 등의 평가로 인한 차익에 대하여 세부담문제가 발생할 수 있기 때문에 이러한 세부담을 경감하는데 있다고 할 것으로서, 이 러한 법인세법 제46조 제2항의 추징규정이 법인의 인적분할 자체를 부인하는 근거규정은 될 수 없다 하겠으며, 조세특례제한법 제119조제1항제10호 및 제120조제1항제9호에서 법인세법 제46조제1항의 규정에 의한 법인의 분할로 인하여 취득하는 재산이라고 규정하고 있을 뿐 법인세법 제46조제2항에 위반되는 경우에는 취득세 및 등록세를 추징하도록 별도로 규정하고 있지 아니하므로 처분청에서 이를 추징사유로 한 것은 잘못이라고 보여진다.
(카) 또한 처분청은 국세청 통칙 46-82-1(분할평가차익 상당액의 손금산입요건)에서 “법인의 투자주식 및 그와 관련된 자산과 부채만으로 분할하는 경우를 포함한다”는 예규는 청구인의 법인설립 후에 시행된 예규이므로 이를 청구인에게 적용할 수 없다고 주장하고 있으나, 당해 국세청 예규가 직접적으로 납세자를 구속하는 법규적 효력을 가지고 있지 아니하며, 당해 예규가 기존에 금융지주회사가 투자자산만을 분리하여 분할하는 경우 법인 분할에 해당되지 않는다고 하던 해석을 변경한 것이 아니라 금융지주회사가 새로이 설립될 무렵에 투자자산만으로 금융지주회사를 설립하는 경우에도 이를 법인 분할에 해당되는 것으로 인정하겠다는 의미로 보여진다.
(타) 그리고 처분청은 금융지주회사법 제15조에서 금융지주회사는 영리업무를 하지 못하도록 금지하고 있으며, 청구인은 법인등기부와 사업자등록시 부동산임대업이 포함되어 있지 아니하므로 법인세법시행령 제82조제3항제1호에서의 “분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부분”을 분할한 경우에 해당되지 않는다고 주장하지만, 청 구인의 경우 당초 분할법인은 분할계획서상의 분할목적에서 금융지주회사 부문과 수산사업부문을 분할하기로 계획하였고, 이러한 분할계획서에 따라 분할하면서 부수적으로 분할법인이 임대용으로 사용하고 있던 이 사건 부동산과 그 임대보증금을 승계하고, 계속하여 임대용으로 사용하면서 이 사건 부동산을 매각할 때인 2006.1.2.까지 부동산임대와 관련된 매출세액을 계속하여 신고납부하였으며, 분할법인의 입장에서 부동산임대업에 공여되던 이 사건 부동산과 부채를 청구인이 승계한 것이므로 독립하여 사업이 가능한 사업을 승계하여 임대업을 영위한 것으로 볼 수 있으며, 그 후 분할신설법인인 청구인이 사업자등록증과 법인등기부상 부동산임대업을 등재하지 아니하였다거나, 금융지주회사법에 따라 계속하여 부동산임대업을 영위할 수 없었다는 사실은 분할이후의 사유로서 분할 당시를 기준으로 청구인이 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 승계하지 아니하였다고 할 수는 없다 하겠다.
(파) 법인세법시행령 제82조제3항제1호에서 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것을 요건으로 하고 있으며 당해 규정에서 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업의 의미를 해석함에 있어서 반드시 법적으로 계속하여 사업이 가능한 사업부문만을 의미한다고 한정하기는 어렵다 하겠고, 사실상 분리하여 독립된 사업이 가능한 사업부문도 포함하는 의미로 해석하는 것이 법인의 인적분할에 대하여 조세감면혜택을 주는 입법취지에도 부합된다 하겠으므로, 청구인의 경우와 같이 주된 사업으로서 금융지주회사업과 일부 부수 사업으로서 부동산임대업에 공여되던 자산을 분리하여 승계받아 사업을 영위한 경우에는 법인세법시행령 제82조제3항제1호의 요건을 충족하고 있다고 해석하는 것이 타당하다고 보여진다.
(하) 또한 청구인이 금융지주회사라는 특성상 부동산임대업을 지속적으로 영위하기 어려운 법인이기 때문에 분할계획서에 의하여 승계받은 임대용 부동산을 임대하다가 이를 매각하였다 하더라도 법인 분할의 효과가 그대로 유지되고 있는 경우에는 이를 인정하는 것이 타당하다고 판단되며, 처분청의 주장과 같이 법인분할 이후에 분할당시 승계받은 자산중 일부 자산이 분리하여 향후 지속적으로 사업을 영위하는데 법적인 제한이 있다고 하여 법인분할 당시 청구인이 법인세법 시행령 제82조제3항제1호의 요건을 부인할만한 합리적인 근거가 될 수는 없다 할 것이다.
(거) 청구인이 법인설립 이후에 한 증자등기의 경우에도 지방세법시행령 제102조제6항의 규정에 의하여 분할로 인하여 신설된 법인에 대하여 등록세를 중과세하지 아니하는 것은 형식상 법인분할의 경우 법인설립등기를 함으로써 대도시내에서 새로이 법인이 신설되지만 사실상으로는 종전의 법인의 일부가 분할되어 계속 존속하는 것으로서 이러한 법인이 취득하는 부동산이나 자본금 등기에 대하여 중과세하는 것은 중과세의 입법목적과 기존법인과의 과세형평에 비추어 타당하지 아니하다는 취지에서 중과세 대상에서 제외한다는 것이고, 중과세제외대상으로 삼는다는 것은 법인을 설립하는 경우라고 규정하고 있다고 하더라도 당해 설립 등기뿐만 아니라 설립법인을 분할전 기존 법인과의 연속성에서 대도시내 5년이상 사업이 영위된 법인과 동일하게 보겠다는 의미로 보는 것이 합목적성이 있다고 할 것이므로(같은 취지의 행정자치부 심사결정 제2007-210호, 2007.4.30.), 대도시내에서 5년 이상 사업을 영위한 분할법인이 법인분할로 인하여 청구인에 대하여 설립등기를 하고 그 후 자본금 증자등기를 하였다 하더라도 이는 중과세제외대상으로 봄이 타당하다.
(너) 따라서 쟁점 (2)와 (3)에 관계없이 처분청이 이 사건 부동산에 대하여 면제한 취득세 등을 추징하고 등록세의 경우 부동산 등기와 자본금 등기에 대하여 모두 중과세 대상에 해당된다고 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 잘못이라고 판단된다.
4. 결 론
이 사건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장중 법인분할에 대한 주장은 이유가 있으므로 다른 주장을 살펴볼 필요가 없이 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
2008.12.26