청구번호 조심 2008지0072

주 문

처분청이 2007.11.1. 청구인에게 한 취득세 63,645,060원, 농어촌특별세 5,832,360원, 등록세 113,079,770원, 지방교육세 20,809,900원, 합계 203,367,090원(가산세 포함)의 부과처분중 취득세 63,645,060원, 농어촌특별세 5,832,360원, 등록세 70,751,960원, 지방교육세 13,089,950원, 합계 153,319,330원(가산세 포함)을 초과하는 부분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분 개요

가. 청구인은 2003.8.1. 주택건설을 목적으로 경기도 용인시 기흥구 중동 ○○○ 토지 48,753㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득하면서 이 사건 토지 취득이전에 이자비용으로 2,642,977,869원을 지급하였으며, 2006.8.31. 그 지상에 주택을 건설하여 사용승인을 받았고, 2007.5.11. 이 사건 토지를 소유권 이전등기를 할 때까지 지급이자로 4,511,814,852원을 지급하였다.

나. 처분청은 청구인에 대한 세무조사를 실시하여 청구인이 이 사건 토지를 취득 등기하면서 지급한 이자는 모두 건설자금이자로서 취득세 및 등록세 과세표준에 포함하여야 할 것인데도 이를 누락하였고, 이 사건 토지상에 신축한 주택과 관련하여 8,100,180원을 취득세 등의 과세표준에서 누락한 사실을 확인하고, 이 사건 토지와 관련하여 지급한 이자비용(취득세 2,642,977,869원, 등록세 4,511,814,852) 및 주택건축비용중 과소신고분을 합산하여 산정한 금액 4,519,915,032원을 과세표준으로 하고, 지방세법 제112조제1항의 취득세율과 제130조 제1항 제3호(2) 및 제4호의 등록세율을 적용하여 산출한 취득세 63,645,060원, 농어촌특별세 5,832,360원, 등록세 113,079,770원, 지방교육세 20,809,900원, 합계 203,367,090원(가산세 포함)을 2007.11.1. 부과고지하였다.

다. 청구인은 이러한 취득세 등 부과처분에 불복하여 2008.1.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 지방세법시행령 제82조의3제1항과 관련하여 대법원판결례에서는 취득과 관련성이 있는 부분만을 과세표준으로 하도록 판결하고 있으며, 부동산 등을 취득함에 있어서 금융기관 등의 차입금을 이용하여 취득하는 경우 그에 따른 차입금 이자를 건설자금이자로 하는 경우와 당기 비용으로 처리하는 경우 취득세 과세표준의 범위에 포함되는지 여부를 판단함에 있어서 기업회계기준에 불구하고 사실상의 취득가액에 포함할 경우 금융기관의 모든 차입금 이자는 사실상 취득가액에 포함되는 문제가 제기되므로 건설자금이자가 사실상의 취득가액에 포함할 것인지 여부는 취득가액에 포함될 수 있는 건설자금이자로서의 적합요건을 갖춘 경우에 한정되는 것으로 보아야 할 것이다.

(2) 2000.12.29. 지방세법시행령 제82조의3제1항이 개정되기 이전에는 법인세법 제16조의 규정에 의하여 사업용 고정자산에 대한 차입금 이자를 취득세 등 과세표준에 포함하였으나 2001.1.1.부터는 건설자금이자로 계상되는 모든 부분을 취득세 과세표준에 포함하도록 변경되었으므로 기업에서 차입금이자를 자본화처리하는지 당기 비용으로 처리하는지 여부에 따라 취득세 과세표준 포함 여부를 판단하는 것이 타당하고, 일반적으로 국세기본법상 기업회계존중의 원칙이 있음에도 기업에서 회계처리한 방식에 관계없이 건설자금이자를 모두 취득세 과세표준에 포함하는 것은 세법해석원칙에도 위배된다 할 것이므로 기업회계기준에 따라 자본화되어 당해 자산의 취득원가에 산입된 경우에만 취득세 등의 사실상의 취득가액으로 보아야 할 것이다. 지방세법령에서는 건설자금이자에 대한 독자적인 개념정의가 없이 연혁적으로 법인세법상의 개념을 준용하여 왔고, 2000.12.29. 법령이 개정되면서 “법인세법 제16조 제11호의 규정에 의한”이란 수식어가 삭제되었으나 이는 당해 인용조문에 변경이 생기는 경우 그 근거가 없어지게 되어 납세자에게 혼선을 초래할 수 있기 때문에 건설자금이자로만 규정해도 충분한 것으로 보아 수식어를 삭제한 것으로 보여지므로 당해 수식어가 삭제된 전후를 불문하고 건설자금이자의 범위는 법인세법상의 건설자금이자를 의미한다고 보아야 할 것으로 청구인이 당기 비용으로 처리한 차입금 이자를 취득세 등의 과세표준에 포함하여 취득세 등을 추징한 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.

(3) 또한 지방세법 제82조에서 지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는 국세기본법 및 국세징수법을 준용하도록 규정하고 있고, 국세기본법 제18조제3항에서 “세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정하고 있으므로 2001.1.1. 이후 건설자금이자에 대한 취득세 등의 과세표준 포함여부는 과표산정의 새로운 해석기준이 있는 날부터 적용되어야 할 것으로서, 구 행정자치부의 질의회신 사례에서는 법인장부상 건설자금이자로 계상된 부분만 취득세 과세표준에 포함하는 것으로 해석하고 있다가 2007.9.5. 새로운 해석지침에서 모든 건설자금이자를 취득세 과세표준에 포함하되 납세자의 신뢰보호를 위하여 2006.1.23.이후부터 새로운 해석기준을 적용하도록 하였으므로 청구인의 경우에도 종전의 해석에 따라 자본화한 금융비용만을 취득세 과세표준에 포함하여야 할 것으로서 종전의 해석관행에 따라 해석이전에 발생한 지급이자와 관련된 부분은 취소되어야 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 지방세법시행령 제82조의3제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용으로 규정하면서 건설자금에 충당된 금액의 이자에 대하여도 취득세 과세표준에 포함하도록 규정하고 있다.

(2) 법 문언상 건설자금이자의 경우 기업회계기준에 따라 건설자금이자로 계상한 금액만 과세표준에 포함되는 것으로 한정할 수 없으며, 회계처리방법의 차이에 따른 과세형평성 측면에서도 법인장부상 건설자금이자로 계상한 금액만 취득세 과세표준에 포함된다고 한정할 수 없다 하겠으므로 청구인이 주택건설기간중 지급한 차입금의 이자를 건설자금이자로 보아 취득세 등을 추징한 이 사건 부과처분은 정당하다.(같은 취지의 구 행정자치부심사결정 제2006-16호. 2006.1.23. 제2007-228호, 2007.4.30.)

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 주택건설용 토지의 취득과 관련하여 차입한 차입금의 이자를 당기 비용으로 회계처리한 경우 당해 지급이자를 건설자금이자로 보아 취득세 등의 과세표준에 산입한 것이 적법한지 여부

(2) 건설자금이자를 당기 비용으로 처리한 경우 취득세 등의 과세표준에 포함하지 않는다는 종전의 해석을 변경하여 이러한 비용을 취득세 과세표준에 포함하도록 새로운 해석을 한 경우 해석 변경 이전에 당기 비용으로 처리한 차입금 이자에 대하여 국세기본법 제18조 제3항의 규정에 의한 비과세 관행이 성립된 것으로 보아 취득세 과세표준에서 제외될 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 쟁점(1)과 관련된 법령

(가) 지방세법 제111조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.

⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조제1항의 규정에 의한 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

3. 판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

⑦ 제1항 내지 제5항의 규정에 의한 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

(나) 지방세법시행령 제82조의3 (취득가격의 범위) ① 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

(다) 지방세법 제130조(과세표준) ① 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록 당시의 가액으로 한다.

③ 제111조 제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조 동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다. 다만, 등기·등록 당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다.

(2) 쟁점(2)와 관련된 법령

(가) 지방세법 제82조 (국세기본법 등의 준용) 지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 또는 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는 「국세기본법」과 「국세징수법」을 준용한다.

(나) 국세기본법 제18조 (세법해석의 기준, 소급과세의 금지) ① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점 (1)에 대하여 본다.

(가) 청구인은 “○○○”라는 프로젝트명으로 각 연도별로 다음과 같이 이자를 지급하였으며, 법인장부상 계상된 지급이자중 청구외 ○○○에게 2004년부터 2006년까지 지급한 금액 6,454,367,908원은 이 사건 토지상에 아파트를 신축하는 것과는 관련없이 ○○○의 미래에 발생할 분양대금매출채권을 담보로 발생한 것이므로 처분청은 이러한 지급이자를 제외한 나머지 4,511,814,852원중 이 사건 토지와 관련하여 2003.7.24. 이전인 2002.2.18.부터 2003.7.14. 사이에 청구인이 토지 취득을 위하여 차입한 차입금과 관련하여 지급한 이자액 2,642,977,869원은 취득세의 과세표준에 포함하였고, 2002.2.18.부터 2004.3.31. 사이에 지급한 총 이자액 4,511,814,852원은 등록세 과세표준으로 보아 취득세 및 등록세를 과세하였다.

연도 구분	2002	2003	2004	2005	2006	계
지급 이자	1,397,458,892	2,418,614,865	3,596,661,898	3,354,843,270	198,603,835	10,966,182,760

(나) 이 사건 토지 취득과 관련하여 청구인이 제출한 이자비용에 대한 소명자료는 다음과 같다.

구분	용지선급금		차입금		이자비용
	일자	금액	일자	금액	일자	금액
토지비 1회 중도금	2002.1.17.	8,526,501,100	2002.1.17.	8,200,000,000	매월 17일경 18회 지급	885,604,481
토지비 2회 중도금	2002.3.23.	12,718,500,000	2002.3.23.	12,700,000,000	매월 23일경 16회 지급	1,208,942,570
토지비 3회 중도금	2002.9.12.	9,100,000,000	2002.9.12.	9,100,000,000	분기별 12일경 4회 지급	548,430,818
토지비 잔금	2003.7.16. 2003.7.24.	10,000,000,000 2,039,062,960	2007.7.14.	38,000,000,000	매월 14일경 10회 지급	1,868,836,983
합계						4,511,814,852

(다) 공사비 연도별 지급현황은 다음과 같다.

구분	2004년	2005년	2006년	합계
공사비지급액	23,500,000,000	32,576,000,000	17,272,000,000	73,348,000,000

 (라) 청구인은 2003.7.24. 이 사건 토지에 대한 잔금을 지급하고 취득한 후 2003.8.24. 이 사건 토지상에 주택건설사업계획 승인을 받고 2006.8.31. 사용검사를 받아 완공하였다.

(마) 지방세법시행령 제82조의3 제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격에 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용으로서 건설자금에 충당한 금액의 이자를 취득비용에 포함하도록 규정하고 있다.

(바) 기업회계기준서에서는 금융비용은 원칙적으로 기간비용으로 하되 자본화대상자산(유형자산, 무형자산 및 투자자산과 제조, 매입, 건설, 또는 개발이 개시된 날로부터 의도된 용도로 사용하거나 판매할 수 있는 상태가 될 때까지 1년 이상의 기간이 소요되는 재고자산)의 취득과 관련된 차입금으로 인해 발생한 금융비용은 자본화할 수 있도록 하고 있기 때문에 청구인이 이 사건 토지의 취득과 관련하여 차입한 금전의 이자를 모두 기간비용으로 회계처리하였지만, 지방세법시행령 제82조의3 제1항의 법 문언상 건설자금이자가 있는 경우에는 기업회계기준에 따라 건설자금의 이자로 계상한 금액만 과세표준에 포함된다고 한정할 수는 없다 하겠고, 회계처리방법의 차이에 상관없이 건설자금의 이자가 있는 경우에는 이를 취득세 등의 과세표준에 포함하도록 해석하는 것이 과세형평에 비추어 볼 때에도 타당하다 할 것으로서, 청구인의 경우도 이 사건 토지의 취득과 관련하여 차입한 금전이 있는 사실을 인정하고 있고, 이러한 차입금의 이자는 기업회계기준상의 자본화할 수 있는 금융비용에 해당되는 사실이 명백하다 하겠으므로 처분청이 이러한 건설자금의 이자를 취득세 등의 과세표준에 포함한 것은 적법하다고 보여진다.

(사) 그러나 처분청은 취득세 과세표준을 산정함에 있어서는 토지 취득시점까지 지급한 이자비용만 과세표준에 포함하였고, 토지 취득이후에 지급한 이자에 대하여는 등록세 과세표준에만 포함하였는 바, 청구인이 이 사건 토지와 관련하여 지급한 이자중 토지 취득 이후에 지급한 이자가 토지의 취득비용으로서 등록세 과세표준에 포함될 수 있는지 여부에 대하여 보면, 처분청이 산정한 건설자금이자의 내역에서 청구인은 이 사건 토지와 관련하여 총 4,511,814,852원을 지급하였고, 그 중 이 사건 토지에 대한 잔금을 지급하고 취득한 날인 2003.7.24. 이전에 지급한 이자비용 2,642,977,869원의 경우에는 취득세 및 등록세의 과세표준에 포함될 수 있다 할 것이지만 이 사건 토지 취득이후 건설공사가 진행되던 도중인 2003.7.25.부터 2004.3.31.까지 이 사건 토지를 취득하면서 차입한 차입금과 관련하여 지급한 이자 1,868,836,983원의 경우에는 일반적인 회계처리상 취득이후에 발생된 비용이므로 토지의 건설자금이자로서 자본화할 수 있는 비용이라고 볼 수 없다 하겠으며, 등록세의 경우 지방세법 제130조제3항의 규정에 의하여 법인장부 등에서 취득가격이 입증되는 경우에는 법인장부상 취득가액이 등록세의 과세표준이 되는 것으로서, 청구인이 이 사건 토지를 취득한 이후에 지급한 이자의 경우에는 토지의 취득비용에 해당되지 않는다 하겠으므로 이러한 비용을 등록세 과세표준에도 포함할 수는 없는 것으로 보여진다.

(아) 따라서 청구인이 이 사건 토지를 취득한 이후에 지급한 이자에 대하여 처분청이 이를 이 사건 토지와 관련하여 지급한 건설자금 이자에 해당된다고 보아 이를 등록세 과세표준에 포함하여 등록세 및 지방교육세를 부과고지한 것은 잘못이라고 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다.

(가) 구 행정자치부장관은 2000.12.29. 지방세법시행령 제82조의3제1항이 개정되면서 종전에는 「법인세법 제16조 제11호의 규정에 의한 건설자금에 충당한 금액의 이자」라고 규정되어 있던 조항이 「건설자금에 충당한 금액의 이자」로 개정된 것과 관련하여 2001.3.5. 건설자금이자의 과세표준 적용범위와 관련하여 지방자치단체에 해석기준을 시달(세정 13407-246호)하면서 기업회계기준에 따라 처리한 것이라면 건설자금이자의 범위로 이를 인정하여야 할 것이며 기업회계기준에 의거 법인장부에 계상을 과세표준으로 하도록 하였다.

(나) 그 후 구 행정자치부장관은 이러한 지침과 관련하여 행정자치부 심사결정에서 기업회계기준에 따라 기간비용으로 처리한 이자비용의 경우에도 기업회계기준에 따라 자본화할 수 있는 이자비용에 해당된다면 회계처리상 기간비용으로 처리하거나 자본화하였는지 여부에 관계없이 모두 취득세 등의 과세표준에 포함되는 건설자금이자에 해당된다고 결정하자 이러한 결정에 따라 2007.9.15. 회계처리상 비용이나 자본화 여부에 관계없이 모두 취득세 과세표준에 포함하는 것으로 운영하되, 2006.1.23. 이후분부터 적용하도록 운영지침을 지방자치단체에 통보하였다.(세정-3812)

(다) 국세기본법 제18조 제3항에서 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다고 규정하고 있는 바, 당해 규정에서의 이른 바 비 과세 관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 하고, 이 경우 특히 과세관청의 의사표시가 일반론적인 견해표명에 불과한 경우에는 위 원칙의 적용을 부정하여야 할 것이다.(같은 취지의 대법원 판결 1995. 11. 14. 선고 95누10181 참조)

(라) 그런데 청구인의 경우에 있어서는 이 사건 토지와 관련하여 직접적으로 차입한 금전에 대한 지급이자로서 이러한 특정차입금에 대한 지급이자의 경우에는 기업회계기준상으로도 당연히 자본화할 수 있는 이자비용에 해당되며, 구 행정자치부장관이 2001.3.5. 지방자치단체에 통보한 해석기준상에서도 건설자금이자에 해당되므로 취득세 과세표준에 포함하여야 한다고 해석하고 있을 뿐만 아니라, 차입금에 대한 이자를 당기 비용으로 처리하는 경우 취득세 등 과세표준에 포함되지 않는다는 구 행정자치부장관의 해석기준이 일반적으로 납세자에게 관행으로서 받아들여졌다고 볼 수 있는 아무런 근거를 찾아볼 수도 없으므로 기간비용으로 회계처리한 이자비용에 대하여 취득세 과세표준에 포함하지 않는다는 비과세 관행이 성립되었다는 청구인의 주장은 인정하기 어렵다고 보여진다.

(마) 따라서 처분청이 이 사건 토지와 관련하여 그 취득이전에 지급한 이자비용에 대하여 이를 취득세 및 등록세 과세표준에 포함하여 이 사건 부과처분을 한 것은 적법하다고 판단된다.

4. 결 론

이 사건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장은 이유가 없지만 처분청이 등록세 과세표준에 포함되는 건설자금이자 범위를 과다하게 산정한 잘못이 있으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2008.12.18