▶ 질 의
서울시가 지정한 용도에 70% 이상 사용하는 조건으로 서울시로부터 토지를 취득하여 건축물을 신축한 후 기업부설연구소를 설치하여 운영하고 있는 중에 경영악화로 인해 기업개선작업(WORK-OUT)을 진행하게 되므로서 서울시의 승인을 받아 당해 부동산을 매각하였으나, 매각과 동시에 7년간 임차하여 매각 전과 동일하게 기업부설연구소로 계속 사용하는 경우 면제된 취득세와 등록세의 추징대상에 해당하는지 여부

사실관계
. 2003. 2. 3 : 서울시와 토지매매계약 체결
. 연건축면적의 최소 70% 이상 서울시 지정 주용도 사용, 건축물 완공 후 5년 이상 주용도 사용 및 제3자에 양도 제한
. 2005. 1.20 : 건물신축공사 착공
. 2006.12월 : 채권은행단에 기업개선작업(WORK-OUT)을 신청
. 2007. 4.19 : 건축물 준공
. 2007. 5.10 : 기업부설연구소 소재지 변경(신축건물로 이전)
. 2007. 5월 : 경영정상화계획 이행 약정체결(토지ㆍ건물 유동화 포함)
. 2007.12월 : 매수의사보유자와 조건부 매매계약체결(서울시승인조건)
. 2008. 4월초 : 서울시 매각승인 결정
. 매각 후 7년간 임차하여 당초 지정용도 사용 등 권리의무 승계
. 2008. 4월 : 부동산 매각 및 임대차계약 체결
. 2008. 4.17 : 기업부설연구소 변경신고(임대건물)


▶ 회 신  [도세과-696(’08.4.30)]

가. 지방세법 제282조에서 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다. 다만, 연구소 설치후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있습니다.

나. 귀문의 경우 건축물을 신축하여 기업부설연구소를 설치하여 운영하고 있는 중에 경영악화로 인해 기업부설연구소용 부동산을 매각하였으나, 당해 법인에서 부동산의 매각과 동시에 동 건축물을 7년간 임차하여 매각 전과 동일하게 기업부설연구소로 계속하여 사용하는 경우라면, “일단 면세취득한 공업단지 내의 토지를 그 사업목적에 사용하지 아니하거나 타에 매각한 경우에 면세된 취득세를 추징 또는 환수한다는 규정이 없으므로 이를 다시 부과할 수 없는 것이다”라는 대법원판례(81누246, 1982.10.26.참조)에 비추어 볼 때, 당해 부동산을 매각하기는 하였으나 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우가 아니어서 면제된 취득세와 등록세의 추징대상에 해당하지 아니할 것으로 사료되나, 이의 추징여부 판단은 과세권자가 관련사항 등을 면밀히 확인하여 결정할 사항입니다.