대도시 내에서 설립한지 5년 미만인 장학법인이 제3자로부터 출연받은 토지에 건축물을 신축하여 임대업을 영위하는 경우 취득세와 등록세의 50% 감면대상이나 감면되지 않는 50%의 등록세는 중과세 납부 대상인지 여부

[회신] 세정-3141, 2005. 10. 10

가. 지방세법 제288조 제2항에서 정부로부터 인가를 받거나 민법외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 장학단체가 그 고유업무에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 하고 있고, 동법 동조 제5항에서 공익법인의설립·운영에관한법률에 의하여 설립된 장학법인이 장학금을 지급할 목적으로 취득하는 임대용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세 등의 50% 감면대상으로 규정하고 있으며, 동법시행령 제101조 제1항 제31호에서 법 제288조 제2항 규정에 의한 장학단체가 그 설립목적을 위해 수행하는 사업은 대도시내 등록세 예외대상으로 규정하고 있습니다.

나. 장학법인이 그 설립목적을 위하여 수행하는 사업은 대도시내 등록세 중과세 예외대상으로 규정하고 있고, 장학법인이 임대나 매각 등 장학기금의 마련 방법과는 상관없이 장학기금의 마련을 위하여 취득하는 부동산은 장학법인의 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당(대법원 2001두10318, 2002. 8. 23)하는 것이므로 귀문의 경우와 같이 대도시 내에서 설립한지 5년미만의 장학법인이 장학금 지급을 위하여 취득하는 임대용 부동산은 당해 장학법인의 설립목적을 위하여 수행하는 사업에 해당된다 할 것이므로 납부하여야 할 50%의 등록세는 중과세 대상이 되지 않는 것으로 판단됩니다.