벤처중소기업의 지방세감면세액 추징에 대한 질의

【질 의】
1) 당사는 벤처기업으로서 2000년 건물을 매입하여 등록세 및 취득세를 면제받고 면제받은 금액의 20%에 해당하는 농특세를 납부한 바 있습니다. 당사에서는 취득시(2000년 3월)부터 회사 본점 사무실로 사용중 회사 자금부족 및 차입금을 상환하기 위하여 건물일부를 매각(2001년 10월)한 바 있습니다. 매각후 ○○구청으로부터 감면받은 취득세 및 등록세는 물론, 가산세에 해당하는 금액을 부과 예정 통보받은 바 있습니다.
2) 상기와 관련 질의사항을 요청하오니 회신하여 주시기 바랍니다.
가) 조세특례제한법 제119조 내지 제 121조의 단서조항 취득일(등록일)부터 2년이내에 당해재산을 정당한 사유없이 당해사업에 직접 사용하지 아니한 경우에 해당되므로 감면세액에 대하여 당연 추징, 기 납부 농특세는 환급불가.
나) 단서조항에 의거 감면세액에 대하여 당연 추징하고, 당초 감면세액이 취소되었으므로 농특세는 환급하여야 한다.
다) 매각과 직접 사용하는 것은 별개의 것으로 법에 따라 당초 취득목적에 사용하고 매각하였다면 당연히 취득세와 등록세는 면세됨

【회신】 세정 13407-678, 2001. 12. 18
조세특례제한법 제119조 제3항 및 제120조 제3항의 규정에 의거 창업중소기업이 창업일(창업벤처중소기업의 경우 벤처기업으로 확인받은 날)로부터 2년이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하나 취득일로부터 2년이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면받은 세액을 추징토록 규정하고 있으므로, 귀문의 경우 동법 제6조의 규정에 의한 창업중소기업(창업벤처중소기업)인 경우로서 창업일로부터 2년이내에 사업용부동산을 취득하여 취득세 등을 감면받은 후 당해 사업용 부동산을 매각하는 경우라면 당해 사업용 부동산을 당해 사업에 직접사용한 기간이 2년미만이라 하더라도 기 감면된 취득세 등이 추징되지 않으나 당해 재산을 직접사용했는지 여부는 과세권자가 사실조사하여 판단할 사항입니다.