상속으로 인한 취득세 관련 질의

【질 의】
저희 부친께서 98년 11월 18일 사망하였으나, 집안사정으로 상속등기를 하지못해 상속개시일로부터 6개월 이내에 신고하지 못하여 관할 관청으로부터 2000년 4월분으로 상속에 대한 취득세를 호주 상속자인 저(장남)에게 농지 취득에 대한 취득세가 일괄 고지 되었습니다.농지 중 일부는 장남이 상속받을 토지가 아니라서 취득세를 체납하고 있던 중 2000년 5월 29일 저(장남)에게 과세된 필지중 일부는 저, 일부는 모친앞으로 상속등기를 이행하였습니다.
저의 모친은 자경농민에 해당되어 상속에 대한 취득세 비과세 대상이므로 저에게 상속된 지분만큼 납부코자 관할관청을 방문하였으나 관할 관청에서는 고지서 송달일로부터 90일이내 이의신청을 하지 않아 안된다고 하는데 이런 경우 저에게 과세된 취득세 모두를 납부하여야 하는지요?

【회신】세정 13407-701, 2001. 12. 22
지방세법시행령 제73조 제2항의 규정에 의하면 상속으로 인한 취득의 경우에는 상속개시일에 취득한 것으로 보고 있고 민법 제1013조 제1항의 규정에 의거 공동상속인은 언제든지 그 협의에 의하여 상속재산을 분할할 수 있으며 민법 제 1015조에서는 상속재산의 분할의 효과는 상속개시된 때에 소급하여 그 효력이 있도록 규정하고 있으므로, 귀문의 경우 상속재산에 대하여 협의분할이 이루어지지 아니한 상태에서 그 상속인이 취득세를 납부한 후 그 공동상속인 상호간에 상속재산에 대하여 협의분할이 이루어짐으로써 상속취득하는 토지중 지방세법 제 110조 제3호 나목에 의거 동법 제261조 제1항의 규정에 의한 자경농민이 상속으로 농지를 취득하는 경우에는 그 농지에 대하여는 비과세되나 이에 해당여부는 과세권자가 사실조사하여 판단할 사항입니다.