의료법인이 병원구외에 설치한 주차장용 토지가 취득세 비과세 대상인지

【질의】
◆ 현황
비영리공익법인인 의료법인(종합병원)이 4,000㎡(용도: 상업지역)이 대지위에 지상 5층의 병원건물(건물바닥면적: 3,000㎡, 연면적: 18,000㎡)을 신축하면서 지하주차장(연면적: 1,500㎡)을 운용하고 있으나, 최근들어 차량증가로 주차장을 감당하지 못하여 부득이 폭 8m 도로를 사이에 둔 연접지역에 토지(1,500㎡)를 취득하여 주차장을 확보하고자 하고 있음.
현행 지방세법 제287조 제2항에서 “의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 하고, 다만 그 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징”하도록 규정하고 있음.

귀부에서 발행한 예규에서 “지방세법 제107조 규정에 의하여 교회용건물의 부속토지 내의 주차장용토지는 지방세법시행령 제84조의 4 제1항 제4호 가목(폐지조문)의 규정에 의한 기준면적 이내에 한하여 감면된 취득세 등이 추징되지 아니한다”고 해석하고 있는바(세정13407-1231, 2000.10.24.)① 내방하는 환자들이 사용하는 주차장이 의료업에 직접사용하는 부동산에 해당하는지 여부② 병원건물의 직접적인 부속토지는 아니나 본건과 같이 8m 도로를 접한 연접한 지역에 토지취득일로부터 1년 이내에 설치된 주차장도 기준면적 이내인 경우 의료업에 직접사용하는 시설로 보아 감면된 취득세 등의 추징이 제외되는지 여부

【회신】 세정13407-627(2001.12.3.)
지방세법 제287조 제2항의 규정에 의거 의료법 제41조 규정에 의하여 설립된 의료법인이 의료법에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제(특별시, 광역시 및 도청소재지 시지역에서 취득하는 부동산에 대하여는 등록세를 과세한다)하도록 규정하고 있으나, 귀문의 경우 의료법인이 동일구 내에 주차장을 설치하지 않는 경우라면 취득세 등이 면제되지 아니함.