창업중소기업이 사업용에 사용하던 재산을 취득후 2년 이내에 매각하는 경우에 감면세액 추징여부

【질의】
본사는 안산시 쭛쭛동 606-10 반월공단 블럭에서 1999. 9. 1. 설립된 회사이며, 목적 사업으로 생물학적 제제 제조 및 판매, 생물학적 제제 연구개발, 정밀기기 제조 및 연구개발, 보관, 창고업을 영위하는 법인으로 1999. 10. 5. 자에 벤처기업으로 확인받은 후 연구개발실 및 창고로 사용할 목적으로 1999. 12. 24. 소울시내에 부동산을 취득하여 조세특례제한법 제119조 제3항 및 동법 제120조 제3항 규정에 따라 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 해당되어 취득, 등록세를 감면받은 바 있음.
그 후 2000. 1. 10. 부터 현재까지 연구실과 창고로 사용하고 있으나 경영난 악화로 인하여 전액 금융부채상환을 위하여 매각할 경우 감면받은 취득세 및 등록세가 추징되는지?

【회신】세정13407-134(2001.7.25)
구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 개정 이저의 것) 제119조 제3항 및 제120조 제3항의 규정에 의거 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 난을 말함)부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여 취득세와 등록세를 감면하나 취득일로부터 2년 이내에 다행 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 면제받은 세액이 추징되는 것임.
귀 문의 경우 취득일로부터 1년 6개월 이상 당해 사업에 직접 사용하다가 기업경영 악화로 동 부동산을 매각하여 그 매각대금 전액을 금융부채상환에 사용한 경우라면 기 감면받은 세액은 추징대상에 해당되지 아니하나(행자부 심사 2001-126 및 대판 92누11664 참조), 이에 해당 여부는 과세권자가 당해 사업에 사용실적 여부, 금융부채상환 사실 등을 사실조사후 판단할 사항임.