감     사     원
심  사  결  정
결 정  번 호     2008년 감심 제 191 호
제        목     종합토지세 부과에 관한 심사청구
청   구   인     000000주식회사
                       0000시 0구 00로 2가 150
                 대표이사 000
                 대리인 세무사 000
처   분   청     0000시 00구청장
주        문    처분청은 2006. 5. 10. 이 사건 서측 토지 42필지 44,515㎡에 대하여 청구인에게 한 종합토지세 및 재산세 부과처분을  취소하고 별도합산과세대상 토지에 포함시켜 종합토지세 및 재산세를 경정부과하여야 한다.
이       유
1. 원 처분의 요지
  가. 처분청은 청구인 소유인 0000시 00구 00동 50번지 대지 및 전, 답, 임야 63필지 221,897㎡에 대하여 2001년부터 2005년까지 각 연도분 종합토지세 계 13,881,515,690원을 부과·고지하였다가 2006. 5. 10. 행정자치부의 감사결과에 따라 위 토지에 대한 종합토지세 경정부과처분을 하면서 위 전체 토지 중 종합병원(0000병원)이 건축되어 있는 같은 동 50번지 대지 148,581㎡는 당초대로 건축물의 부속토지로 별도합산과세대상으로, 종합합산 또는 분리과세했던 전, 답 및 임야 62필지 중 공원구역 내에 있는 20필지 공원용지 28,801㎡는 분리과세 대상 토지 및 0000시 00구세 감면조례 제11조 제2항의 규정에 따른 종합토지세 50% 감면대상인 사권제한토지(공원)로, 나머지 공원구역 밖의 전, 답 및 임야 42필지 44,515㎡(동서 관통 폭 15m 도로의 서측 40필지 토지 43,401㎡ 및 동측 2필지 임야 1,114㎡를 편의상 이하 “이 사건 서측 토지”라 한다)는 모두 종합합산과세대상 토지로 하여 세액을 산출한 다음 기 부과고지한 세액을 차감하여 2001년도분 종합토지세 88,009,630원(도시계획세, 지방교육세 및 농어촌특별세 포함, 이하 같다), 2002년도분 종합토지세 205,919,420원, 2003년도분 종합토지세 210,155,060원, 2004년도분 종합토지세 264,730,850원, 2005년도분 재산세(2005. 1. 5. 지방세법 개정 시 종합토지세가  폐지되면서 토지분 재산세로 변경됨, 이하 이 사건에서는 2005년도 토지분 재산세를 포함하여 “종합토지세”라 한다) 33,840,350원 계 802,655,310원을 각각 경정부과·고지  (이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.
2. 심사청구의 취지와 이유
  가. 청구 취지
    (1) 청구인 소유 토지 중 종합합산과세한 이 사건 서측 토지 전·답 및 임야 42필지 44,515㎡에 대하여는 건축물의 부속토지로 보아 별도합산과세하게 해주고
    (2) 별도합산과세대상 토지에 해당되지 않는다고 본다면 장기미집행 도시계획시설로 보아 종합토지세의 50%를 감면하게 해주되
    (3) 별도합산과세대상 토지나 장기미집행 도시계획시설에 모두 해당되지 않는다고 본다면 처분청의 지시에 따라 보존임지로 관리되고 있는 토지(9필지 임야 20,200㎡)에 대하여는 사권제한 토지로 인정하여 종합토지세의 50%를 감면하게 해달라는 취지의 청구
  나. 청구 이유
    청구인 소유의 전체 토지 63필지 221,897㎡ 중 43필지 193,096㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)는 1984. 7. 24. 도시계획시설 중 종합의료시설용지로 사용하도록  결정·고시된 일단의 토지인데도 처분청이 현재 병원이 건축되어 있는 50번지 148,581㎡에 대하여만 종합의료시설용지로 사용하도록 건축허가 해주고 나머지 토지는 건축허가를 해주지 않아 건축을 하지 못하고 있으므로 종합의료시설용지로 결정·고시된 토지 전체를 별도합산과세대상인 종합의료시설의 부속토지로 보아야 하고, 만약 건축물의 부속토지에 해당하지 않는다고 본다면 장기미집행 도시계획시설용 토지로 보아야 하며, 건축물의 부속토지나 장기미집행 도시계획시설용 토지 어디에도 해당되지 않는다고 본다면 이 사건 토지 중 처분청이 보존임지로 관리하도록 지시한 부분은 0000시 00구세 감면조례｣ 제11조 제1항의 규정에  따라 종합토지세의 50%를 감면하는 사권제한 토지에 해당하는 것으로 보아야 하는데도 처분청이 이 사건 토지 중 병원건물이 건축된 50번지 대지만을 건축 물의 부속토지로 인정하여 별도합산과세하고 나머지 토지는 모두 종합합산과세대상 토지로 보아 종합토지세를 경정 부과한 것은 부당하다.
3. 우리 원의 판단
  가. 다툼
    (1) 이 사건 토지 193,096㎡ 중 건축물의 부속토지로 별도합산과세한 50번지 대지 148,581㎡ 이외의 나머지 전·답 및 임야 42필지 44,515㎡가 별도합산과세 대상 토지에 해당하는지 여부
    (2) 별도합산과세대상 토지에 해당되지 않는다고 본다면 종합토지세 50% 감면대상인 장기미집행 도시계획시설용 토지에 해당되는지 여부
    (3) 위 (1), (2)항에 모두 해당되지 않는다고 본다면 이 사건 토지 중 처분청이 보전임지로 관리하도록 지시한 임야(20,200㎡)가 종합토지세 50% 감면대상인 사권제한 토지에 해당하는지 여부
  나. 인정사실
    이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.
    (1) 청구인 소유의 전체 토지 63필지 221,897㎡ 중 이 사건 토지 43필지 193,096㎡(나머지 20필지 28,801㎡는 공원용지임)는 1984. 7. 24. 0000시장이 구 도시계획법 제2조 및 같은 법 시행령 제5조의 규정에 따라 도시계획시설 중 종합  의료시설용지로 결정·고시(0000시 고시 제420호, 당초 고시면적 : 201,654㎡)하였다.
    (2) 처분청은 1989. 11. 8. 위 종합의료시설용지의 개발과 관련하여 청구인 에게 “사업시행지 내 임상보전(미벌채지역) 요청” 공문을 송부하였고 그 공문의 내용은 “종합의료시설사업 시행지 내 미벌채지역(임상보전지)에 대하여 별도 통보 시까지 현 상태대로 보전 지시하니 이행에 철저를 기하여 주시기 바랍니다.”라고 되어 있다.
    (3) 청구인은 1991. 8. 26. 처분청으로부터 이 사건 토지 중 50번지 대지 148,581㎡(위 50번지 대지는 당초 47-2 외 99필지 전, 답 및 임야였으나 병원건물이 건축되면서 1996. 6. 28. 50번지 대지로 지번 및 지목이 변경된 것임)에 종합의료시설(시설명 : 0000병원) 건축허가를 받아 건물을 신축한 후 1994. 11. 8. 사용승인을 받아 종합병원을 운영하고 있다.
    (4) 0000시에서는 1989. 3. 21. 택지개발사업지구로 지정·고시된 수서택지개발사업지구에 대한 택지개발사업을 추진(사업기간 : 1990. 1. 23.～1996. 7. 31.) 하면서 이 사건 토지를 동서로 관통하는 폭 15m 도로(도로명 : 00동길)를 개설하였고, 위 도로의 개설로 이 사건 토지의 일부가 도로부지로 편입됨에 따라 이 사건 토지는 0000병원 건물이 위치한 동측 토지(대지 148,581㎡ 및 임야 2필지 1,114㎡)와 이  사건 서측 토지의 일부인 전, 답, 임야 40필지 43,401㎡로 양분되었다.
    (5) 청구인은 1994. 9. 28. 이 사건 서측 토지상에 병동과 기숙사 및 강당을 신축하기 위하여 “도시계획사업(종합의료시설) 시행계획 변경인가신청”을 하였으나 1994. 11. 18. 처분청은 “사업예정지 토지가 임상이 양호하여 임상보전지역으로 관리토록 청구인에게 협조 요청한 바 있으니 1989. 11. 18. 지시공문을 참조하여 사업계획을 조정 재신청하라”고 반려처분을 하였다.
    (6) 이에 따라 청구인은 의료시설 확충을 하지 못하고 있다가 2000년 5월경  기존 건물이 들어서 있는 50번지 대지상에 의료시설을 증축하기 위하여 처분청에 구 0000시 건축조례(2000. 7. 15. 조례 3760호로 개정되기 전의 것) 제50조 제7항의 규정에 의한 자연녹지지역(용적률 상한 : 60%) 내 도시계획시설 용적률완화신청을 하였고, 2000. 6. 28. 0000시에서는 도시계획위원회를 개최하여 이를 심의하였으며 심의결과 병원건물이 들어서 있는 50번지 대지의 용적률 60%를 99.98%로 완화하되 이 사건 서측 토지는 개발할 수 없다는 조건부로 가결되었고 2000. 7. 6.  처분청은 이러한 심의결과를 청구인에게 통보하였다.
    (7) 청구인은 위 (5)항의 용적률완화조치에 따라 2001. 11. 22. 기존 병원  건물이 있는 50번지 대지상에 증축허가를 받아 건물 1개동(지하 7층, 지상11층, 건축연면적 98,002㎡)과 철골조립식 주차장 2개소를 축조하였다.
    (8) 처분청은 청구인 소유의 위 대지, 전, 답 및 임야 63필지 전체 토지 221,897㎡에 대하여 매년 종합토지세를 부과·고지하면서 별표 “연도별 종합토지세 부과 현황”과 같이 2001년도의 경우는 전체 63필지 221,897㎡ 가운데 병원건물이 건축되어 있는 50번지 대지 148,581㎡는 구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 지방세법”이라 한다) 제234조의15 제3항 및 구 지방세법 시행령(2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 변경되기 전의 것, 이하 “구 지방세법 시행령”이라 한다) 제194조의14 제1항의 규정에 따른 건축물의 부속토지로 보아 별도합산과세대상 토지로, 나머지 토지 가운데 전, 답 44필지 14,785㎡ 중 42필지 13,799㎡는 종합합산과세대상 토지(전 2필지 986㎡는 과세대상에서 누락되었고 이후에도 매년 누락됨)로, 임야 18필지 58,527㎡ 중 3필지 7,974㎡는 분리과세대상 토지로, 나머지 임야 15필지 55,553㎡ 가운데 14필지 38,142㎡는 종합합산과세대상 토지(임야 1필지 12,411㎡는 과세대상에서 누락되었고 이후에도 매년 누락됨)로 하여 2001년도분 종합토지세 3,051,612,620원을 부과·고지하였다가 2002년도부터 2005년도까지 4년간은 종합과세했던 위 전, 답 42필지 13,799㎡를 자경농지로 인정하여 추가로 분리과세대상 토지에 포함시켜 2002년도분 종합토지세 2,576,739,040원, 2003년도분 종합토지세 3,006,952,800원, 2004년도분 종합토지세 3,712,658,860원, 2005년도분 재산세 1,553,552,370원을 각각 부과·고지(5년간 총 부과세액 : 13,881,515,690원)하였다.
    (9) 행정자치부에서는 2005. 2. 12.부터 2005. 3. 10.까지 사이에 처분청의 세정업무에 대하여 감사를 실시하였고 감사결과 처분청이 분리과세한 위 전, 답 42필지 13,724㎡와 임야 3필지 7,974㎡는 분리과세대상 토지에 해당되지 않는데도 분리과세하였고 전, 답 2필지(986㎡)와 임야 1필지(12,411㎡)는 과세대상에서 누락되었다는 이유로 시정요구를 하였다.
    (10) 2006. 5. 10. 처분청은 위 감사결과에 따라 청구인 소유 토지에 대하여 종합토지세 경정부과를 하면서 과세누락되었던 전, 답 및 임야 3필지 13,397㎡를 과세대상에 포함시키는 한편 경정부과과정에서 공원용지로 확인된 종합의료시설용지 밖의 공원용지 20필지 28,801㎡에 대하여는 분리과세 대상토지로 과세함과 동시에 0000시 00구세 감면조례 제11조 제2항의 규정에 따라 종합토지세의 50%를 감면하고, 나머지 토지 중 병원시설이 건축되어 있는 위 50번지 대지 148,581㎡는 종전대로 건축물 부속토지로 별도합산과세하고 이 사건 서측 토지는 모두 종합합산과세대상 토지에 포함시켜 세액을 다시 산출한 다음 기 부과고지한 세액을 차감하여 802,655,310원(2001년도분  88,009,630원, 2002년도분 205,919,420원, 2003년도분 210,155,060원, 2004년도분  264,730,850원, 2005년도분 33,840,350원)을 각각 경정부과·고지하였다.
  라. 관계법령의 규정
    (1) ｢국세기본법｣ 제15조는 “납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아서 성실히 하여야 하고 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.”라고 규정하고 있다.
    (2) 구 ｢지방세법｣ 제82조는 “지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는 국세기본법과 국세징수법을 준용한다.”라고 규정하고 있다.
    (3) 구 ｢지방세법 제234조의15 제1항은 “종합토지세의 과세표준은 종합합산과세표준·별도합산과세표준 및 분리과세표준으로 구분한다.”라고 규정하고 있고, 그 제2항은 “종합합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 토지 중 별도합산 또는 분리과세의 대상이 되는 건축물의 부속토지로서 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지를 제외한 토지의 가액을 합한 금액으로 한다.(단서 조항 생략)”라고 규정하고 있다.
    (4) 구 지방세법 제234조의15 제3항은 “별도합산과세표준액은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 건축물의 부속토지 중 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지의 가액을 합산한 가액으로 한다.(단서조항 생략)”라고 규정하고 있다.
    (5) 구 지방세법 시행령 제194조의14 제1항은 “법 제234조의15 제2항 본문에서 ‘대통령령이 정하는 건축물의 부속토지’라 함은 건축물(법 제104조 제4호의 규정에 의한 건축물과 행정자치부령으로 정하는 지상정착물을 말하며, 건축 중인 경우와 과세기준일 현재 건물 멸실등기를 한 날부터 6월이 경과하지 아니한 경우를 포함하되, -이하 생략-)중 다음 각호의 1에 해당하는 건축물을 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적에 제2항의 규정에 의한 용도지역별 적용배율(녹지지역의 경우 7배)을 곱하여 산정한 면적을 초과하지 아니하는 토지를 말한다.”라고 규정하고, 그 제1호에서 “공장구내의 건축물(괄호 내용 생략)과 법 제234조의15 제2항 제5호의 규정에 의한 토지(골프장용 토지와 별장·고급오락장용 토지 및 주택의 부속토지 중 대통령령으로 정하는 기준면적을 초과하는 토지를 말함) 안의 건축물이라고 규정하고 있고, 그 제2호에서 “주거용 건축물(괄호 생략)”이라고 규정하고 있으며, 그 제3호에서 “제1호 및 제2호 외의 건축물로서 건축물의 시가표준액이 당해 부속토지의 시가표준액의 100분의 3에 미달하는 건축물”이라고 규정하고 있고, 그 제4호에서 “제1호 및 제2호 외의 건축물 중 건축법 등 관계법령의 규정에 의하여 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인을 받지 아니하고 사용 중인 건축물”이라고 규정하고 있다.
    (6) 0000시 00구세 감면조례 제11조 제1항은 “국토의 계획 및 이용에  관한 법률 제2조 제13호의 규정에 의한 공공시설용 토지로서 동법 제30조 및 제32조의 규정에 의하여 도시관리계획결정 및 도시관리계획에 관한 지형도면이 고시된 토지의 경우 그 해당부분에 대하여는 종합토지세 과세표준액의 100분의 50을 경감한다,”라고 규정하고 있고, 그 제2항은 “국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제2조 제7호의 규정에 의한 도시계획시설로서 동법 제32조의 규정에 의하여 지형도면이 고시된 후 10년 이상 장기간 미집행된 토지 및 지상 건축물에 대하여는 재산세의 100분의 50을 경감하고, 종합토지세 과세표준액의 100분의 50을 경감한다.”라고 규정하고 있다.
  라. 판단
    (1) 첫째 다툼에 대하여 살펴본다.
    청구인은 이 사건 토지가 현재는 도로를 사이에 두고 병원 건물이 들어서 있는 동측 토지와 전, 답 및 임야 상태인 서측 토지로 나뉘어져 있지만 도시계획시설 결정·고시를 할 때에는 전체가 일단의 종합의료시설용지로 결정·고시된 토지인데도 처분청이 동측 토지만 종합의료시설용도로 건축허가를 해주고 서측 토지는 건축허가를 해주지 않아 건축을 하지 못하고 있으므로 이 사건 토지 전체를 별도합산과세대상인 건축물(종합의료시설)의 부속토지로 보아야 한다고 주장한다.
    살피건대 국세기본법 제15조의 규정에 따르면 납세자는 신의에 따라 성실히 납세의무를 이행하여야 하고 세무공무원 또한 신의에 따라 성실히 그 직무를 수행하여야 한다고 규정하고 있으므로 종합토지세 납세의무자가 자신의 귀책사유가 아닌 과세관청의 행정처분이나 지시에 따라 부득이 하게 건축을 할 수 없었다고 인정되는 경우에는 과세관청의 행정처분 등에 반하는 과세를 하여서는 아니 된다 할 것이다.
    위 인정사실에서 본 바와 같이 이 사건 토지는 종합의료시설용지로 결정·고시된 일단의 토지이므로 청구인은 이 사건 토지 전체를 종합의료시설용지로 사용할 수 있는데도 처분청이 이 사건 서측 토지를 임상이 양호하다는 이유로 보전임지로 관리하도록 지시함에 따라 청구인은 이 사건 동측 토지에 대하여만 건축허가를 받아 종합의료시설을 건축하게 되었고, 그 후 청구인이 이 사건 서측 토지에 대하여도 종합의료시설을 신축하기 위하여 건축허가신청을 하였으나 처분청은 위 1989. 11. 8.자 “임상보전지역 관리협조요청 공문”을 근거로 허가신청을 반려하였다가 이 사건 서측 토지는 개발할 수 없다는 조건을 붙여 이 사건 동측 토지의 용적률을 상향조정하여 이 사건 동측 토지상에 건축물을 증축하도록 허가하였다.
    이와 같이 처분청이 임상이 양호하다는 이유로 이 사건 서측 토지에 대한 건축허가신청을 반려하여 청구인으로 하여금 그 지상에 건축행위를 하지 못하 도록 해놓고서는 조세를 부과할 때에는 건축물이 없다는 이유로 별도합산과세 대상 토지보다 중과세율이 적용되는 종합합산과세대상 토지로 보아 과세처분  하는 것은 청구인에게 그 책임을 돌릴 수 없는 사유로 청구인에게 불리한 처분을 하는 것으로서 과세관청이 준수해야 할 신의성실의 원칙 또는 금반언의 원칙에 위배된다 할 것이다.
    따라서 종합의료시설용지로 결정·고시된 이 사건 토지의 일부인 이 사건 서측 토지 또한 달리 특별한 사정이 없는 한 이 사건 동측 토지와 마찬가지로 종합의료시설의 부속토지의 일부로서 별도합산과세대상이 된다고 할 것이므로 청구인의 나머지 주장에 대하여는 살펴볼 것도 없이 처분청의 이 사건 처분은 위법하다 할 것이다.
4. 결론
   그렇다면 처분청이 이 사건 서측 토지를 별도합산과세대상 토지인 건축물의 부속토지로 인정하지 아니하고 종합합산과세대상 토지에 포함시켜 종합토지세를 부과·고지한 것은 잘못돤 처분이라 할 것이어서 그 취소를 구하는 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.

       2008.  6.  26.
                  감     사     원