【제 목】 과점주주로서 납세의무가 성립한 때 취득세를 면제받았다 하여 과점주주의 납세의무가 면제되는 것은 아니므로 면제받은 가스관에 대한 취득세를 부과ㆍ고지한 사례
【사건번호】 감심2005-2, 2005.01.27
【주문】
심사청구를 기각한다.
【이유】
1. 원처분의 요지
청구법인은 2001.1.19. ○○광역시 ○○구 ○○동 500-3에 있는 주식회사 ○○○○○○(이하 "이 사건 법인"이라 한다)의 발행주식 100%를 취득함으로써 이 사건 법인의 과점주주가 되었다. 이에 따라 청구법인은 토지, 건물 등 고정자산과 회원권 등을 간주취득한 것으로 보아 2001.2.16. 취득세를 자진신고납부하였으나, 이 사건 법인소유의 가스공급설비(이하 "이 사건 가스관"이라 한다)는 지방세법 제281조 제2항에 의하여 취득세가 면제되었던 것이므로 과점주주의 간주취득시에도 취득세가 면제되는 것으로 보아 취득세를 자진납부하지 아니한 데 대하여, 처분청은 이 사건 가스관이 취득세 감면대상이라 하여 과점주주가 이를 취득하는 경우에도 면제되는 것은 아니라고 보아 이 사건 가스관에 해당하는 법인장부가액 8,568,800,240원을 과세표준으로 하여 이에 대한 취득세 205,651,200원(가산세 포함)을 2004.1.14. 부과ㆍ고지하는 처분(이하 "이 사건 부과처분"이라 한다)을 하였다.
2. 심사청구의 취지와 이유
가. 청구취지
이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
나. 청구이유
청구법인은 청구외 주식회사 ○○○○ 외 3인으로부터 이 사건 법인의 주식을 100% 양수하여 과점주주가 되었으나, 지방세법 제105조 제6항 단서의 규정에 따르면 과점주주에 대한 취득세는 납세의무성립일 현재 이 법 및 기타 법령에 의하여 취득세가 비과세, 감면되는 부분에 대하여는 부과하지 아니하도록 되어 있으므로 2001.2.14. 가스공급시설을 제외한 법인장부상 취득세 과세대상에 해당하는 건축물 등의 법인장부가액을 과세표준으로 하여 해당 구청에 과점주주의 간주취득에 따른 취득세 등을 자진신고납부하였다. 이에 대하여 처분청은 2003.4.30. 이 사건 가스관에 대한 취득세 감면분 농어촌특별세(세율 20%)가 누락되었으니 이를 납부하라는 고지를 하여 청구법인이 이를 납부하였는바, 이와 같이 처분청이 농어촌특별세(세율 20%)를 추징고지한 것은, 이 사건 과점주주 과세요건 성립당시 유권해석 또는 심사결정내용이 법인이 취득세를 감면받는 경우 당해 법인 과점주주의 납세의무도 면제되는 것으로 해석하는 것이 일반적 추세이었고, 행정자치부의 "과점주주에 대한 주요쟁점 사항별 운용요령(행정자치부 세정13430-392, 2001.10.4.)"에서 규정된 "…… 향후 과점주주에 대한 비과세ㆍ감면은 대법원판결에 따라 운영하되, 다만 구법 시행시기에 과세요건이 성립되어 비과세ㆍ감면처분을 받은 경우에는 신뢰보호원칙상 추징할 수 없다"는 유권해석을 토대로 행한 것으로 이는 처분청이 이 사건 가스관에 대하여 과점주주에 대한 납세의무가 없음을 표명한 것이다. 그런데도 이와 같은 선행조치에 반하여 처분청이 취득세 감면분 농어촌특별세를 일부(세율 10% 적용) 환급하고 이 사건 가스관에 대하여 과점주주의 간주취득에 따른 취득세를 부과고지한 처분은 납세자의 기대이익과 신뢰보호를 침해하는 행위로 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.
3. 우리원의 판단
가. 다툼
(1) 법인이 취득한 부동산에 대하여 취득세를 면제받았을 경우 동 법인의 과점주주의 간주취득에 대하여 취득세를 면제하여야 하는지 여부
(2) 감면하였던 취득세를 부과고지한 것이 국세기본법상의 신뢰보호의 원칙에 위배되는지 여부
나. 인정사실
이 사건 일건 기록에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다.
(1) 청구법인은 2001.1.19. 청구외 주식회사 ○○○○ 외 3인으로부터 이 사건 법인의 주식을 100% 양수하여 이 사건 법인의 과점주주가 되었다.
(2) 청구법인은 2001.2.16. 이 사건 가스관을 제외한 토지, 건물 등의 간주취득에 따른 취득세 등을 자진신고납부하면서도, 이 사건 가스관에 대한 취득세 감면신청은 하지 아니하였다.
(3) 청구법인은 이 사건 법인에 대한 세무조사결과에 따라 부과ㆍ고지된 이 사건 가스관의 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세(세율 20%, 가산세 포함) 37,702,720원을 2003.4.30. 납부하였다.
(4) 처분청은 2003.8.29. 이 사건 가스관의 경우 취득세 감면대상에는 해당하나 과점주주가 취득하는 경우에도 면제되는 것이 아니라고 보아, 이 사건 가스관에 대한 과점주주의 간주취득에 따른 취득세를 추징하고 기납부한 감면분 농어촌특별세를 환부하겠다는 세무조사결과를 통지하였다.
(5) 처분청은 2003.11.25. 이 사건에 대한 청구인의 과세전적부심이 기각되자, 2004.1.13. 농어촌특별세 19,434,990원(환부이자 583,630원 포함)의 환급통지를 하고, 같은해 1.14. 이 사건 가스관에 대한 과점주주의 간주취득분 취득세 205,651,200원을 부과ㆍ고지하였다.
다. 관계법령의 규정
(1) 구지방세법(2001.4.7. 법률 제6460호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제1항 제1호의 규정에는 취득세를 납부할 의무는 취득세 과세물건을 취득하는 때에 성립한다고 규정하고 있다.
(2) 구지방세법 제105조 제6항에 "법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비ㆍ입목ㆍ항공기ㆍ선박ㆍ광업권ㆍ어업권ㆍ골프회원권ㆍ콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우 또는 과점주주에 대한 취득세 납세의무성립일 현재 이 법 및 기타 법령에 의하여 취득세가 비과세ㆍ감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다"라고 규정하고 있다.
(3) 구지방세법 제281조 제2항에서는 "도시가스사업법 제3조의 규정에 의하여 허가를 받은 도시가스사업자가 도시가스사업에 직접사용하기 위하여 취득하는 가스관에 대하여는 취득세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감한다"라고 규정하고 있다.
(4) 구지방세법 제82조에서 "지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는 국세기본법과 국세징수법을 준용한다"라고 규정하고 있다.
(5) 국세기본법 제18조 제3항에서 "세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다"라고 규정하고 있다.
라. 판단
(1) 법인이 취득한 부동산에 대하여 취득세를 면제받았을 경우 동 법인의 과점주주의 간주취득에 대하여 취득세를 면제하여야 하는지 여부에 대하여 관계법령의 규정을 살펴보면, 구지방세법 제29조 제1항 제1호의 규정에 취득세 납세의무는 취득세 과세물건을 취득하는 때 성립한다고 되어 있고, 같은법 제105조 제6항의 본문 규정에는 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보도록 규정하고 있으므로 과점주주가 되는 때 당해 법인의 부동산을 취득한 것으로 간주하여 취득세 납세의무가 성립한다 할 것이고, 같은법 제105조 제6항 단서에서 "다만, 이 법 및 기타 법령의 규정에 의하여 취득세가 비과세 또는 감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다"라고 규정한 것은 과점주주가 부동산 등을 간주취득하여 납세의무가 성립한 때 지방세법 또는 기타 법령의 규정에 의하여 과점주주가 취득세 비과세 또는 감면요건에 해당하는 경우에 그 과점주주에게도 취득세를 비과세 또는 감면한다고 하는 취지로 보아야 할 것이므로 당해 법인이 부동산 등을 취득할 때 취득세를 감면받거나 감면요건에 해당된다 하여 바로 과점주주에게도 취득세가 면제된다고 할 수 없다 할 것이다.
따라서 청구법인이 구지방세법 제105조 제6항 단서규정에 따라 취득세를 면제받으려면 청구법인이 이 사건 법인의 주식지분을 취득하여 과점주주로서 납세의무가 성립하는 때(2001.1.19.)에 같은법 제281조 제2항의 규정에서 정한 취득세 면제 또는 감면요건에 해당하는지를 살펴보아야 할 것이다.
이 사건 법인은 도시가스사업법 제3조의 규정에 의하여 허가를 받은 도시가스사업자로서 구지방세법 제281조 제2항의 규정에 따라 도시가스사업에 직접사용하기 위하여 취득하는 가스관에 대하여는 취득세를 면제받았으나 청구법인은 이 사건 법인의 주식 100%를 취득함으로써 이 사건 가스관을 간주취득한 것이므로 과점주주로서 납세의무가 성립한 때에는 위 도시가스사업법에 의하여 허가를 받은 도시가스사업자가 아니므로 이 사건 법인이 이 사건 가스관을 취득할 때 취득세 등을 면제받았다 하여 바로 과점주주인 청구법인의 취득세 납세의무도 면제되는 것은 아니라 할 것이다.
(2) 감면하였던 취득세를 부과고지한 것이 신뢰보호의 원칙에 위배되는지 여부에 대하여 살펴본다.
청구인이 주장하는 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는 대법원판결은 ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 의견표명을 할 것, ② 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없을 것, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 그에 따른 일정한 행위를 할 것, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래할 것 등 네가지를 요구하고 있다. 2001.1.30. 대법원 취득세 등 부과처분취소 판결(선고, 99두6897)에서 "구지방세법 제105조 제6항 단서에서 소정의 "취득세가 비과세 또는 감면되는 경우"라 함은 과점주주의 간주취득이 지방세법 또는 기타 법령의 규정에 의한 비과세 또는 감면요건에 해당하는 경우라 할 것이므로, 당해 법인이 부동산 등을 취득하면서 취득세를 면제받았다고 하여 바로 과점주주로 된 자의 취득세 납세의무도 면제되는 것은 아니다"라는 판결 이후 과점주주의 간주취득에 대한 취득세 부과시 신뢰보호 여부에 대하여 행정자치부장관이 2001.10.4.(세정13430-392) 과점주주에 대한 비과세ㆍ감면 여부에 대한 운영지침을 시달하면서 "…… 향후 과점주주에 대한 비과세ㆍ감면은 대법원의 판결에 따라 운영하되, 다만 구법 시행시기에 과세요건이 성립되어 비과세ㆍ감면처분을 판단받은 경우에는 신뢰보호의 원칙상 추징할 수가 없음"이라고 하여 과점주주에 대한 비과세ㆍ감면처분이 있었던 경우에는 납세자의 신뢰를 보호하고자 하였던 것으로 보인다. 그러나 청구법인은 2001.1.19. 과점주주가 됨에 따라 건물, 토지 등에 대하여는 간주취득에 따른 취득세를 자진신고납부하였으나 이 사건 가스관에 대하여는 취득세 감면신청을 하지 아니하였으므로 청구법인이 그 견해표명을 신뢰하고 그에 따른 행위를 하였다고 볼 수는 없어 위 신뢰보호의 원칙요건을 충족하였다고 할 수 없다 할 것이다. 또한, 취득세에 대한 농어촌특별세 일반세율 10%와는 달리 취득세 감면분에 대하여 부과하는 20%의 농어촌특별세 세율을 적용하였다가 이를 환급한 것은 처분청이 관계법령을 잘못 적용하여 위법부당하게 처리된 행정행위를 바로잡는 경우에 해당한다 할 것이므로 "…… 구법 시행시기에 과세요건이 성립되어 비과세ㆍ감면처분을 판단받은 경우에는 신뢰보호의 원칙상 추징할 수가 없음"에 해당하지 아니하여 이 사건 가스관에 대하여 과점주주에 대한 납세의무가 없음을 표명한 것이라는 청구법인의 주장은 이를 받아들일 수 없다고 하겠다.
4. 결론
그렇다면 처분청이 청구법인에게 한 이 사건 부과처분은 정당하고, 이 사건 심사청구는 이유없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
【사건번호】 감심2005-2, 2005.01.27
【주문】
심사청구를 기각한다.
【이유】
1. 원처분의 요지
청구법인은 2001.1.19. ○○광역시 ○○구 ○○동 500-3에 있는 주식회사 ○○○○○○(이하 "이 사건 법인"이라 한다)의 발행주식 100%를 취득함으로써 이 사건 법인의 과점주주가 되었다. 이에 따라 청구법인은 토지, 건물 등 고정자산과 회원권 등을 간주취득한 것으로 보아 2001.2.16. 취득세를 자진신고납부하였으나, 이 사건 법인소유의 가스공급설비(이하 "이 사건 가스관"이라 한다)는 지방세법 제281조 제2항에 의하여 취득세가 면제되었던 것이므로 과점주주의 간주취득시에도 취득세가 면제되는 것으로 보아 취득세를 자진납부하지 아니한 데 대하여, 처분청은 이 사건 가스관이 취득세 감면대상이라 하여 과점주주가 이를 취득하는 경우에도 면제되는 것은 아니라고 보아 이 사건 가스관에 해당하는 법인장부가액 8,568,800,240원을 과세표준으로 하여 이에 대한 취득세 205,651,200원(가산세 포함)을 2004.1.14. 부과ㆍ고지하는 처분(이하 "이 사건 부과처분"이라 한다)을 하였다.
2. 심사청구의 취지와 이유
가. 청구취지
이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
나. 청구이유
청구법인은 청구외 주식회사 ○○○○ 외 3인으로부터 이 사건 법인의 주식을 100% 양수하여 과점주주가 되었으나, 지방세법 제105조 제6항 단서의 규정에 따르면 과점주주에 대한 취득세는 납세의무성립일 현재 이 법 및 기타 법령에 의하여 취득세가 비과세, 감면되는 부분에 대하여는 부과하지 아니하도록 되어 있으므로 2001.2.14. 가스공급시설을 제외한 법인장부상 취득세 과세대상에 해당하는 건축물 등의 법인장부가액을 과세표준으로 하여 해당 구청에 과점주주의 간주취득에 따른 취득세 등을 자진신고납부하였다. 이에 대하여 처분청은 2003.4.30. 이 사건 가스관에 대한 취득세 감면분 농어촌특별세(세율 20%)가 누락되었으니 이를 납부하라는 고지를 하여 청구법인이 이를 납부하였는바, 이와 같이 처분청이 농어촌특별세(세율 20%)를 추징고지한 것은, 이 사건 과점주주 과세요건 성립당시 유권해석 또는 심사결정내용이 법인이 취득세를 감면받는 경우 당해 법인 과점주주의 납세의무도 면제되는 것으로 해석하는 것이 일반적 추세이었고, 행정자치부의 "과점주주에 대한 주요쟁점 사항별 운용요령(행정자치부 세정13430-392, 2001.10.4.)"에서 규정된 "…… 향후 과점주주에 대한 비과세ㆍ감면은 대법원판결에 따라 운영하되, 다만 구법 시행시기에 과세요건이 성립되어 비과세ㆍ감면처분을 받은 경우에는 신뢰보호원칙상 추징할 수 없다"는 유권해석을 토대로 행한 것으로 이는 처분청이 이 사건 가스관에 대하여 과점주주에 대한 납세의무가 없음을 표명한 것이다. 그런데도 이와 같은 선행조치에 반하여 처분청이 취득세 감면분 농어촌특별세를 일부(세율 10% 적용) 환급하고 이 사건 가스관에 대하여 과점주주의 간주취득에 따른 취득세를 부과고지한 처분은 납세자의 기대이익과 신뢰보호를 침해하는 행위로 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.
3. 우리원의 판단
가. 다툼
(1) 법인이 취득한 부동산에 대하여 취득세를 면제받았을 경우 동 법인의 과점주주의 간주취득에 대하여 취득세를 면제하여야 하는지 여부
(2) 감면하였던 취득세를 부과고지한 것이 국세기본법상의 신뢰보호의 원칙에 위배되는지 여부
나. 인정사실
이 사건 일건 기록에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다.
(1) 청구법인은 2001.1.19. 청구외 주식회사 ○○○○ 외 3인으로부터 이 사건 법인의 주식을 100% 양수하여 이 사건 법인의 과점주주가 되었다.
(2) 청구법인은 2001.2.16. 이 사건 가스관을 제외한 토지, 건물 등의 간주취득에 따른 취득세 등을 자진신고납부하면서도, 이 사건 가스관에 대한 취득세 감면신청은 하지 아니하였다.
(3) 청구법인은 이 사건 법인에 대한 세무조사결과에 따라 부과ㆍ고지된 이 사건 가스관의 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세(세율 20%, 가산세 포함) 37,702,720원을 2003.4.30. 납부하였다.
(4) 처분청은 2003.8.29. 이 사건 가스관의 경우 취득세 감면대상에는 해당하나 과점주주가 취득하는 경우에도 면제되는 것이 아니라고 보아, 이 사건 가스관에 대한 과점주주의 간주취득에 따른 취득세를 추징하고 기납부한 감면분 농어촌특별세를 환부하겠다는 세무조사결과를 통지하였다.
(5) 처분청은 2003.11.25. 이 사건에 대한 청구인의 과세전적부심이 기각되자, 2004.1.13. 농어촌특별세 19,434,990원(환부이자 583,630원 포함)의 환급통지를 하고, 같은해 1.14. 이 사건 가스관에 대한 과점주주의 간주취득분 취득세 205,651,200원을 부과ㆍ고지하였다.
다. 관계법령의 규정
(1) 구지방세법(2001.4.7. 법률 제6460호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제1항 제1호의 규정에는 취득세를 납부할 의무는 취득세 과세물건을 취득하는 때에 성립한다고 규정하고 있다.
(2) 구지방세법 제105조 제6항에 "법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비ㆍ입목ㆍ항공기ㆍ선박ㆍ광업권ㆍ어업권ㆍ골프회원권ㆍ콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우 또는 과점주주에 대한 취득세 납세의무성립일 현재 이 법 및 기타 법령에 의하여 취득세가 비과세ㆍ감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다"라고 규정하고 있다.
(3) 구지방세법 제281조 제2항에서는 "도시가스사업법 제3조의 규정에 의하여 허가를 받은 도시가스사업자가 도시가스사업에 직접사용하기 위하여 취득하는 가스관에 대하여는 취득세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감한다"라고 규정하고 있다.
(4) 구지방세법 제82조에서 "지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는 국세기본법과 국세징수법을 준용한다"라고 규정하고 있다.
(5) 국세기본법 제18조 제3항에서 "세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다"라고 규정하고 있다.
라. 판단
(1) 법인이 취득한 부동산에 대하여 취득세를 면제받았을 경우 동 법인의 과점주주의 간주취득에 대하여 취득세를 면제하여야 하는지 여부에 대하여 관계법령의 규정을 살펴보면, 구지방세법 제29조 제1항 제1호의 규정에 취득세 납세의무는 취득세 과세물건을 취득하는 때 성립한다고 되어 있고, 같은법 제105조 제6항의 본문 규정에는 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보도록 규정하고 있으므로 과점주주가 되는 때 당해 법인의 부동산을 취득한 것으로 간주하여 취득세 납세의무가 성립한다 할 것이고, 같은법 제105조 제6항 단서에서 "다만, 이 법 및 기타 법령의 규정에 의하여 취득세가 비과세 또는 감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다"라고 규정한 것은 과점주주가 부동산 등을 간주취득하여 납세의무가 성립한 때 지방세법 또는 기타 법령의 규정에 의하여 과점주주가 취득세 비과세 또는 감면요건에 해당하는 경우에 그 과점주주에게도 취득세를 비과세 또는 감면한다고 하는 취지로 보아야 할 것이므로 당해 법인이 부동산 등을 취득할 때 취득세를 감면받거나 감면요건에 해당된다 하여 바로 과점주주에게도 취득세가 면제된다고 할 수 없다 할 것이다.
따라서 청구법인이 구지방세법 제105조 제6항 단서규정에 따라 취득세를 면제받으려면 청구법인이 이 사건 법인의 주식지분을 취득하여 과점주주로서 납세의무가 성립하는 때(2001.1.19.)에 같은법 제281조 제2항의 규정에서 정한 취득세 면제 또는 감면요건에 해당하는지를 살펴보아야 할 것이다.
이 사건 법인은 도시가스사업법 제3조의 규정에 의하여 허가를 받은 도시가스사업자로서 구지방세법 제281조 제2항의 규정에 따라 도시가스사업에 직접사용하기 위하여 취득하는 가스관에 대하여는 취득세를 면제받았으나 청구법인은 이 사건 법인의 주식 100%를 취득함으로써 이 사건 가스관을 간주취득한 것이므로 과점주주로서 납세의무가 성립한 때에는 위 도시가스사업법에 의하여 허가를 받은 도시가스사업자가 아니므로 이 사건 법인이 이 사건 가스관을 취득할 때 취득세 등을 면제받았다 하여 바로 과점주주인 청구법인의 취득세 납세의무도 면제되는 것은 아니라 할 것이다.
(2) 감면하였던 취득세를 부과고지한 것이 신뢰보호의 원칙에 위배되는지 여부에 대하여 살펴본다.
청구인이 주장하는 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는 대법원판결은 ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 의견표명을 할 것, ② 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없을 것, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 그에 따른 일정한 행위를 할 것, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래할 것 등 네가지를 요구하고 있다. 2001.1.30. 대법원 취득세 등 부과처분취소 판결(선고, 99두6897)에서 "구지방세법 제105조 제6항 단서에서 소정의 "취득세가 비과세 또는 감면되는 경우"라 함은 과점주주의 간주취득이 지방세법 또는 기타 법령의 규정에 의한 비과세 또는 감면요건에 해당하는 경우라 할 것이므로, 당해 법인이 부동산 등을 취득하면서 취득세를 면제받았다고 하여 바로 과점주주로 된 자의 취득세 납세의무도 면제되는 것은 아니다"라는 판결 이후 과점주주의 간주취득에 대한 취득세 부과시 신뢰보호 여부에 대하여 행정자치부장관이 2001.10.4.(세정13430-392) 과점주주에 대한 비과세ㆍ감면 여부에 대한 운영지침을 시달하면서 "…… 향후 과점주주에 대한 비과세ㆍ감면은 대법원의 판결에 따라 운영하되, 다만 구법 시행시기에 과세요건이 성립되어 비과세ㆍ감면처분을 판단받은 경우에는 신뢰보호의 원칙상 추징할 수가 없음"이라고 하여 과점주주에 대한 비과세ㆍ감면처분이 있었던 경우에는 납세자의 신뢰를 보호하고자 하였던 것으로 보인다. 그러나 청구법인은 2001.1.19. 과점주주가 됨에 따라 건물, 토지 등에 대하여는 간주취득에 따른 취득세를 자진신고납부하였으나 이 사건 가스관에 대하여는 취득세 감면신청을 하지 아니하였으므로 청구법인이 그 견해표명을 신뢰하고 그에 따른 행위를 하였다고 볼 수는 없어 위 신뢰보호의 원칙요건을 충족하였다고 할 수 없다 할 것이다. 또한, 취득세에 대한 농어촌특별세 일반세율 10%와는 달리 취득세 감면분에 대하여 부과하는 20%의 농어촌특별세 세율을 적용하였다가 이를 환급한 것은 처분청이 관계법령을 잘못 적용하여 위법부당하게 처리된 행정행위를 바로잡는 경우에 해당한다 할 것이므로 "…… 구법 시행시기에 과세요건이 성립되어 비과세ㆍ감면처분을 판단받은 경우에는 신뢰보호의 원칙상 추징할 수가 없음"에 해당하지 아니하여 이 사건 가스관에 대하여 과점주주에 대한 납세의무가 없음을 표명한 것이라는 청구법인의 주장은 이를 받아들일 수 없다고 하겠다.
4. 결론
그렇다면 처분청이 청구법인에게 한 이 사건 부과처분은 정당하고, 이 사건 심사청구는 이유없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.