제2007-688호

결     정     서


청  구  인  사회복지법인 ○○재단 대표이사 ○  ○  ○
            ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 579-1번지
대  리  인   세무사 ○  ○  ○
             ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 707-4번지 ○○법조빌딩 601호
처  분  청  ○○도 ○○시장(○○구청장)

   위 당사자간 취득세 등 부과 사건에 관하여 2007년 10월 9일 청구인으로부터 심사청구가 있으므로 이를 심의하여 다음과 같이 결정한다.

주            문

청구인의 심사청구를 기각한다.

이            유

1. 원처분의 요지

   처분청은 청구인이 2003.7.24. 취득한 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 711번지 토지 569㎡, 같은 동 712번지 토지 496㎡ 및 같은 동 713번지 토지 317㎡, 합계 3필지 1,382㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 지방세법 제107조제1항 및 같은 법 제127조제1항제1호에 규정하고 있는 노인복지사업용 부동산으로 보아 취득세 등을 비과세 하였으나, 2007.3.16. 이 사건 토지를 유예기간 내에 청구인의 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 사실을 확인하고, 이 사건 부동산의 취득가액 865,000,000원을 과세표준으로 하고 지방세법 제112조 등의 규정을 적용하여 산출한 취득세 22,581,690원, 농어촌특별세 1,903,000원, 등록세 11,290,840원, 지방교육세 2,085,160원, 합계 37,860,690원(가산세 포함)을 2007.8.10. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

   청구인은 국·도비보조금을 지원받아 ○○도 ○○시 ○○동 29-15번지에서 운영하던 노인복지시설(이하 “이 사건 종전 노인복지시설”이라 한다)을 이 사건 토지로 이전하기 위하여 2003.7.24. 이 사건 토지를 취득한 후, 2003.11.11. 노인복지시설의 신축공사에 착공하기 위하여 처분청에 건축허가를 신청하였으나, 건축불허가처분을 함에 따라 ○○도행정심판위원회로부터 이 사건 건축불허가처분이 위법하다는 결정을 받아 당초 건축허가 신청일로부터 6개월이 지난 2004.6.2. 이 사건 노인복지시설에 대한 건축허가를 득함에 따라 공사착공이 지연되었으며, 2004.9.16. 처분청에 이 사건 토지상에 노인복지시설 신축을 위한 국·도비보조금 신청을 하였으나, 건축허가 당시와 목적사업이 상이하고, 사업비 충당을 전액 청구인 자부담에서 국·도비보조사업으로 변경하였다는 사유로 국·도비보조금 지급신청을 거부함에 따라 2005년 1월 이 사건 노인복지시설의 시공업체에 건축비지급이 중단되어 건축이 중단되었으며, 2005.3.7. 처분청에 재차 국·도비보조금 신청을 하였으나, 다시 거부함에 따라 보건복지부장관에게 민원을 제기하여 ○○도지사로부터 예산확보조건으로 보조금지원이 가능하다는 통보를 받은 후, 당초 보조금 신청일로부터 22개월이 지난 2006.8.2. 처분청에 보조금을 신청하여 2007.1.10. 보조금을 지급하겠다는 통지를 받고, 이 사건 토지 사용 유예기간으로부터 1년 1개월이 지난 2007.8.27. 이 사건 노인복지시설을 준공하였으므로 이 사건 토지를 유예기간 내에 목적사업에 사용하지 못한 귀책사유는 위법한 건축불허가처분과 부당한 보조금 신청거부로 인한 사실상의 장애로 인한 것이며, 청구인은 이 사건 토지를 투기에 사용하거나 나대지 상태로 방치한 것이 아니라 당해 목적사업에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였음에도 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하며 이 사건 취득세 등의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

   이 사건 심사청구의 다툼은 사회복지법인이 토지를 취득한 후, 3년내에 그 용도에 직접사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부에 관한 것이라 하겠다.

   먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제107조 본문 및 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 해당하는 것에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하되, 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 용도에 직접사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 제127조제1항 본문 및 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기에 해당하는 것에 대하여는 등록세를 부과하지 아니하되, 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 용도에 직접사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제79조제1항 본문 및 그 제3호에서 법 제107조제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 사회복지사업법의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제94조제1항에서 법 제127조제1항제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다고 각각 규정하고 있다.

   다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2003.1.13. ○○도 ○○시 ○○동 29-15번지에서 실비양로시설인 ○○○○(2003.12.6 “○○재단”으로 명칭 변경)를 운영하던 중 동 시설 기능보강과 관련하여 국도비보조금이 확정 내시(약 10억원)되었으나, 동 지역이 개발제한 구역으로 증축이 어렵게 되자 2003.7.24. 이 사건 토지를 매입하고 이 사건 노인복지시설을 건립하기 위하여 2003.11.11. 처분청에 건축허가를 신청하였으나, 처분청이 2003.12.31. 불허가처분 하였고, 2004.5.7. ○○도행정심판위원회의 건축불허가처분의 취소결정이 있었으며, 청구인은 2004.6.2. 건축허가를 받아 2004.7.22. 공사를 착공하고, 2004.9.15. 국비보조금 교부신청서를 처분청에 제출하였으나, 처분청은 2004.10.16. 목적사업이 건축허가를 득할 당시와 상이(양로원→전문요양시설)하고, 사업비 충당을 전액 청구인 자부담에서 국·도비 보조사업으로 변경하였다는 사유로 ○○도에 보조금지원요청을 하기 곤란하다는 회신을 하였으며, 2005년 1월 공사대금 지급문제로 청구인과 시공업체 간에 소송이 제기되어 시공업체에서 이 사건 노인복지시설의 공사를 중단한 바가 있으며, 청구인이 2005.3.7. 및 2005.10.22. 처분청에 예산신청 및 재원투자계획서를 각각 제출하고 보건복지부장관에게 민원을 제기함에 따라 보건복지부 및 ○○도 담당공무원이 2006.5.22. 합동으로 이 사건 노인복지시설 현장을 점검하였고, ○○도지사가 2006.5.30. 당해 시설에 대한 국고보조가 가능하다고 회신하였으며, 2006.10.30. 국·도비보조금 교부결정 통보에 따라 2007.1.10. 이 사건 노인복시시설의 공사를 재개하였으며, 처분청이 2007.8.10. 이 사건 취득세 등을 부과고지하고, 청구인이2007.8.27. 이 사건 노인복시시설을 준공한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

   이에 대하여 청구인은 이 사건 토지를 취득한 후, 동 지상에 노인복지시설을 건축하기 위하여 건축허가 및 보조금 신청 등 일련의 노력을 다하였으나, 처분청의 위법한 건축불허가처분 및 부당한 보조금 지급거부로 인하여 건축이 지연되었으므로 이 사건 토지를 유예기간 내에 그 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있음에도 이 사건 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 지방세법 제107조 및 제127조제1항에서 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산을 취득·등기 한 후, 취득·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 취득·등록세를 부과한다고 규정하고 있으며, 위 규정에서 “정당한 사유”라 함은 비영리사업자에 의하여 수행되는 공익성을 감안함은 물론 취득세를 중과하는 입법 취지, 토지의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 1998.7.10. 선고 98두7626 판례참조)이므로 청구인의 경우 비록, 처분청의 건축불허가처분 등으로 인하여 행정심판절차를 거치게 되는 등 청구인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유로 인하여 건축공사 착공이 지연되었다 하더라도, 청구인이 처분청에 2004년 7월 제출한 이 사건 노인복지시설 신축관련 민간건설공사 표준도급계약서에서 착공년월일을 2004년 7월로, 준공예정년월일을 2005년 3월로 하고 있고, 2004.7.22. 건축공사에 착공한 점을 보면, 청구인이 정상적으로 건축공사를 추진하였다면 적어도 유예기간 내에 이 사건 노인복지시설을 준공할 수 있었을 것으로 판단되므로 처분청의 건축불허가처분이 유예기간 내에 사용하지 못한 직접적인 사유는 아니라 보여지며, 또한, 처분청의 보조금 지급결정은 행정주체가 광범위한 재량을 가지고 있어서 보조금 지급여부가 불확실한 것이며, 비록, ○○도청 담당직원의 구두상 지급약속을 하였다하더라도 이는 이 사건 종전 노인복지시설의 확장공사에 대한 약속을 표명한 것으로 보여지며, 처분청에서 이 사건 토지 취득이전에 보조금 지급을 약속한 공적인 의견을 표명한 사실이 없는 이상, 처분청의 보조금 신청거부는 청구인이 이 사건 토지를 그 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당한다고 볼 수는 없으며, 처분청의 보조금 신청거부 사유가 청구인이 이 사건 노인복지시설 건축허가 당시 건물용도를 양로원으로 하였다가 보조금 신청시 전문요양시설로 상이하게 변경하여 건축허가 당시 지역주민 설명과 배치되는 점 및 사업비를 전액 청구인 자부담에서 국·도비보조사업으로 변경한 점을 보면, 보조금 신청거부에 대한 귀책사유는 청구인에게 있다 할 것이며, 또한, 이 사건 노인복지시설의 공사중단은 청구인과 건설회사와의 공사비지급관계에 따른 내부적인 사유로 이를 행정관청의 귀책사유로 보기는 어렵고, 더욱이, 보건복지부 및 ○○도 담당공무원의 현장점검결과(보건복지부 노인요양운영팀 ○○○외 2인, 2006.5.22)에서 이 사건 노인복지시설의 신축사업 지연을 노인복지시설 기능보강사업에 대한 보조금 확정 내시가 되지 아니한 상태에서 청구인이 자부담을 통해 무리하게 사업을 추진한 것을 원인이라 기술하고 있는 점을 보면, 이 사건 토지를 지방세법 제107조에서 정한유예기간 내에 그 용도에 직접 사용하지 못한 귀책사유는 청구인에게 있다할 것이므로 처분청의 이 사건 취득세 등의 부과처분은 잘못이 없다고 판단된다.

    따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.


                                        2007.  12.  26.


                        행 정 자 치 부 장 관