제2007-692호
결 정 서
청 구 인 주식회사 ○○○○○ 대표이사 ○ ○ ○
○○○도 ○○시 ○○면 ○○리 47-6번지
대 리 인 공인회계사 ○ ○ ○
○○○○시 ○○구 ○○동 737번지 ○○○○ 9층 ○○회계법인
처 분 청 ○○도 ○○시장
위 당사자간 취득세 등 부과 사건에 관하여 2007년 10월 26일 청구인으로부터 심사청구가 있으므로 이를 심의하여 다음과 같이 결정한다.
주 문
청구인의 심사청구를 기각한다.
이 유
1. 원처분의 요지
처분청은 청구인이 2004.4.29. 취득한 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 340-5번지 잡종지 49,369㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 창업중소기업의 사업용 재산으로 보아 취득세 등을 면제하였으나, 그 후 이 사건 토지의 사용현황을 확인한 결과, 이 사건 토지를 구 조세특례제한법(2004.12.31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조제3항제1호 및 제120조제3항에서 규정하고 있는 2년 이내에 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고, 청구외 주식회사 ○○○○ 등에 야적장 등으로 임대하고 있는 사실을 확인하고 이 사건 토지의 취득가액 7,650,500,000원을 과세표준으로 하고 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 203,796,000원, 농어촌특별세 16,830,000원, 등록세 305,694,000원, 지방교육세 56,548,800원, 합계 582,868,800원(가산세 포함)을 2007.9.11. 부과고지 하였다.
2. 청구의 취지 및 이유
청구인은 이 사건 토지 취득 후, 목적사업인 물류업에 사용하기 위하여 부지정지작업, 매립공사, 진출입로 공사 및 제2종 지구단위계획구역 변경 등 성실한 노력을 다하여 건축이 가능하도록 하였으나, ○○도와 ○○지방해양항만청에서 추진하는 ○○○○○○ ○○○○○○ 건축과 관련하여 처분청에서 청구인에게 건축불허가처분을 함에 따라 건축이 지연된 것으로 이는 행정관청의 건축제한에 기인한 것이므로 이 사건 토지를 유예기간 내에 직접사용하지 못한 정당한 사유에 해당되며, 장기간 건축을 할 수 없는 사유로 인해 이 사건 토지를 일시적으로 임대하였다하더라도 이 사건 토지의 당초 사용목적을 변경한 것으로 볼 수는 없으므로 취득세 등의 추징사유에 해당되지 아니한다고 주장하며 이 사건 취득세 등의 부과처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단
이 사건 심사청구의 다툼은 창업중소기업이 사업용으로 취득한 부동산을 취득·등기일로부터 2년 내에 당해사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지의 여부에 관한 것이라 하겠다.
먼저 관계법령을 보면, 구 조세특례제한법 제119조제3항제1호 및 제120조제3항에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날)부터 2년 이내에 취득·등기하는 사업용재산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 취득·등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접사용하지 아니하는 경우 또는 다른 목적으로 사용하거나 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있다.
다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 2002.8.24. 이 사건 토지가 소재한 ○○도 ○○면 ○○리 일원에 대하여 공고일부터 2004.8.23.까지 건축허가를 제한하는 공고(○○시 공고 제2002-404호)를 하였으며, 청구인은 2002.11.13. 본점을 ○○○도 ○○시 ○○면 ○○리 47-6번지로 하고, 목적사업을 일반창고업, 화물운송주선업 등으로 하여 법인을 설립하였으며, 2004.2.23. 이 사건토지의 이용계획을 콘테이너 야적장으로 하여 이 사건 토지에 대한 토지거래허가 신청을 하였고, 2004.4.29. 청구외 주식회사 ○○로부터 취득하여, 처분청에 물류업 창고신축용도로 감면신청을 하여 취득세 등을 감면받았으며, 2004.10.5.부터 2004.12.20.까지 부지정지작업 및 야적장 공사를 실시하고, 2005.6.9. 지구단위계획변경 용역계약을 체결하였으며, 2005.9.26. 이 사건 토지 전 소유자인 청구외 주식회사 ○○가 처분청에 부지면적 감소에 따른 일부구역 축소조정을 내용으로 하는 도시관리계획 변경(제2종지구단위계획구역변경) 제안서를 제출하여, 처분청은 2005.12.121. 도시관리계획 변경제안에 따른 공람공고를 하였으며, 2006.1.31. 청구외 주식회사 ○○의 지구단위 계획변경(○○리 산업형 제2종지구단위계획구역 축소조정)을 승인고시 하였고, 청구인은 2006.1.31. 처분청으로부터 공장부지 진출입로 부지로 도로점용 허가를 받고, 2006년 3월 이 사건 토지상에 건축허가를 신청(제2종근린생활시설 : 사무소 330㎡)하였으나, 처분청은 2006.4.11. ○○도 및 ○○지방해양청의 ○○○○○○ ○○○○○○ 건립으로 인하여 이 사건 토지의 일부에 대하여 매입 및 국유지와 교환검토 중이라는 사유로 불허가 처분을 하였으며, ○○도지사는 2006.10.31. 청구인에게 부지교환 협조요청을 하고, 2006.12.14. 관계기관 건립사업 추진회의를 개최하여 ○○○○○ ○○○○○○ 건립관련 부지문제 등 현안사항을 청구인등과 협의하였으나, 국유지와 등가교환이 사실상 어려워짐에 따라 청구인은 2007.4.9. 처분청에 건축허가 가능여부를 질의하였고, 2007.4.24. 처분청으로부터 건축허가가 가능하다는 회신을 받아, 2007.10.5. 물류창고에 대한 건축허가 신청을 한 사실은 제출된 관련자료에서 알 수 있다.
이에 대하여 청구인은, 이 사건 토지 취득 후, 목적사업인 물류업에 사용하기 위하여 성실한 노력을 다하여 건축이 가능하도록 하였으나, 처분청의 건축제한으로 이 사건 토지를 유예기간 내에 사용하지 못하였음에도 처분청에서 이 사건 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하나, 구 조세특례제한법 제119조제3항 및 제120조제3항에서 창업중소기업이 당해사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득·등기하는 사업용재산에 대하여는 취득세 등을 면제하되, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있는 바, 동 규정에서 “정당한 사유” 라 함은 입법 취지, 토지의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이며, 청구인의 경우, 청구인은 ○○도 ○○시 공고 제2002-404호(2002.8.24)에 의하여 이 사건 토지가 소재한 ○○도 ○○면 ○○리 일원에 2004.8.23.까지 건축을 제한한 사실과 이 사건 토지를 취득할 당시 이 사건 토지가 제2종지구단위계획구역내의 토지로 청구인이 신축하고자 하는 건축물의 건축허가에 제한이 있었음을 사전에 알 수 있었으므로 청구인이 이 사건 토지를 처분청의 건축허가 제한으로 조세특례제한법 제119조제3항 등에서 정한 유예기간 내에 목적사업에 사용하지 못하였다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이며, 비록, ○○도 및 ○○지방해양청의 ○○○○○○ ○○○○○○ 건립으로 인하여 청구인의 건축허가가 지연되었다하더라도 2004.4.29. 이 사건 토지를 취득한 후, 위 조세특례제한법에서 정한 기한 만료일 1개월 전인 2006년 3월에 면적 330제곱미터의 사무실 건축허가만을 신청하고, 위 기한이 지난 2007.10.5. 용도를 물류창고로 하는 건축허가를 신청한 점을 보면, 물류업을 목적사업으로 하는 청구인이 당해사업에 직접사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였다고 보기도 어려울 뿐 아니라 더욱이, 청구인은 이 사건 토지의 일부(31,350㎡)를 이 사건 토지의 교환협의 이전인 2005년 6월부터 8개업체에 보증금을 2,200만원내지 4,800만원으로 하고, 임대료를 매월 220만원에서 560만원으로 하여 콘테이너 운반용 차량 주차장등으로 임대한 사실을 처분청에서 제출한 임대차계약서에서 알 수 있으므로 처분청에서 이 사건 토지를 청구인의 목적사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.
2007. 12. 26.
행 정 자 치 부 장 관