행자부 심사청구 비영리사업자인 학교법인이 부동산을 취득한 날부터 2년 이내에 학교 이외의 용도로 사용하여 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당하는지 여부 및 부과제척기간이 경과하였는지 여부
제2007-661호
결 정 서
위 당사자간 취득세 등 부과 사건에 관하여 2007년 10월 4일 청구인 으로부터 심사청구가 있으므로 이를 심의하여 다음과 같이 결정한다.
주 문
청구인의 심사청구를 기각한다
이 유
1. 원처분의 요지
처분청은 청구인이 2002.4.30. 취득한 ○○○○시 ○○○구 ○○동 265-339 번지의 토지 658.0㎡ 및 건축물 999.67㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)에 대하여 구 지방세법(2005.12.31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조제1항 및 같은 법 제127조에서 규정하는 비영리사업자인 학교법인이 교육용에 직접 사용하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 비과세하였으나, 청구인은 이 사건 부동산을 취득한 날부터 2년 이내인 2003.10.24.부터 청구외 ○○○이 음악교육 및 어학(외국어)교육을 위한 학원(○○○○○○○어학학원, 후에 ○○○○○○○음악학원으로 변경)으로 사용하도록 하였으며, 그 후 2005.9.20. 청구외 ○○○과 이 사건 부동산 임대차계약(임대보증금 : 400,000,000원, 임대차기간 :2005.9.21～2010.9.20.)을 체결하여 청구외 ○○○이 ○○○교회로 사용하고 있는 사실을 확인하고 이 사건 부동산을 청구인이 2년 이상 목적사업인 교육용에 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 것으로 보아 그 취득가액 800,000,000원을 과세표준으로 하고 구 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 19,200,000원, 농어촌특별세 1,760,000원 및 이 사건 부동산이 대도시 내 법인 설립(1997.8.13.설립 등기)후 5년 이내에 취득 등기하는 부동산에 해당되므로 같은 법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 86,400,000원, 지방교육세 15,840,000원 합계 123,200,000원(가산세 포함)을 2007.7.11. 부과 고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유
청구인은 첫째, 이 사건 부동산을 취득한 후 청구인이 운영하는 ○○○○○○○○○○의 신학연구과 강의실 등으로 사용하다가 청구인이 직접 학생을 모집하여 교회음악을 가르치는 학원으로 사용하였지만 이는 일반적인 학원과 달리 학점인증제 학사과정의 일환으로 운영하였던 것이며, 운영도 학교법인인 청구인이 직접 담당하였을 뿐만 아니라 수업료 등 수입도 학교수입으로 충당하였으므로 이는 청구인이 학교용에 직접 사용하는 것으로 보아야 함에도, 처분청에서 단순히 청구인 소속 청구외 ○○○ 교수 개인 명의로 교회음악을 가르치는 학원을 등록하였다는 사유만으로 이를 학교용에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 비과세한 이 사건 취득세 등을 추징한 처분은 부당하며, 둘째, 청구인은 이 사건 부동산의 취득일은 2002.4.30.이고 같은 날부터 이 사건 부동산은 청구인의 수익용 재산으로 등재되었으므로 이 사건 부동산의 부과 사유 발생일은 이 사건 부동산을 취득한 2002.4.30.이라 할 것이고 그 날로부터 30일이 경과한 2002.5.29.부터 이 사건 취득세 등을 부과할 수 있는 바, 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과하고자 하였다면 부과제척기간 만료일인 2007.5.28.까지 추징하여야 할 것인데도 2007.7.11.에서야 이 사건 취득세 등을 부과 고지하였으므로 부과제척기간이 경과되었다고 주장하고 있으며, 셋째, 2005.9.21. 이 사건 부동산을 청구인이 운영하는 ○○○○○○○○○○의 부총장인 청구외 ○○○ 교수에게 임대한 것은 ○○○교회의 목사이기도 한 ○○○ 교수가 청구인의 건학이념에 따라 학생들과 함께 예배드리기 위해 신학대학원의 수업이 없는 수요일 저녁과 일요일에 교회로 사용하도록 한 것이므로 처분청에서 이 사건 부동산을 임대용 부동산으로 보아 이 사건 취득세 등을 추징한다고 하더라도 수요일 저녁과 일요일에만 예배목적으로 사용하고 있으므로 실질과세에 입각하여 그 해당되는 부분에 대하여만 안분하여 부과 고지하는 것이 타당하다고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단
이 사건 심사청구의 다툼은 비영리사업자인 학교법인이 부동산을 취득한 날부터 2년 이내에 학교 이외의 용도로 사용하여 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당하는지 여부 및 부과제척기간이 경과하였는지 여부 등에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령 보면, 구 지방세법 제107조에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다고 규정한 다음, 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득이라고 규정하고 있고, 같은 법 제127조 제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다고 규정한 다음, 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기라고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제79조제1항에서 법 제107조제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각호의 자를 말한다고 규정한 다음, 그 제2호에서 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교를 경영하는 자 및 「평생교육법」에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1997.8.13. ○○○○시 ○○구 ○○동 1577-5번지를 주사무소로하여 기독교 정신에 입각한 고등교육을 실시하여 국가와 교회에 봉사할 유능한 인재 양성을 목적으로 설립한 학교법인으로서, 2001.9.13. 청구인의 이사회에서 이 사건 부동산을 취득하여 청구인이 설치경영하는 학교의 증설되는 학과 및 과정의 교육용 기본재산에 활용하기로 결정한 후 2002.4.30. 이 사건 부동산을 취득하고 2002.5.20 처분청에 이 사건 부동산의 취득세 등에 대하여 비과세 신청을 하여 이 사건 취득세 등을 비과세 받았으며, 2002.5.21.부터 2003.2.28.까지 청구인이 설치경영하는 ○○○○○○○○○○의 신학연구과 강의실 등으로 사용하던 중 2003.1.23. 이 사건 부동산의 용도를 종교시설(교회)에서 교육연구및복지시설(학원)로 변경하였고, 2003.10.24. 청구인이 운영하는 ○○○○○○○○○○의 교수인 청구외 ○○○이 ○○○○시 ○○○○○교육장에게 종전부터 ○○○○시 ○○구 ○○동 186-7번지 ○○빌딩 301호에서 운영하던 ○○○○음악학원의 명칭을 ○○○○○○○○○학원으로, 위치를 이 사건 부동산 주소지로, 교습과정을 음악에서 음악 및 어학으로, 정원을 54명에서 316명(음악98명, 어학 218명)으로 하여 변경 등록(평생 ○○○○○-○○○○)을 하였고, 2004.3.3. ○○○○○○○음악학원으로 변경 등록하여 운영하면서 청구외 ○○○은 2003.12.4. 교육인적자원부장관에게 2004년 학점인증제 학습과목 평가인정신청서를 제출하면서 총 2학급 80명을 정원으로 22명 수용규모의 실습실을 운영하면서 신청한 학습과목을 교습할 예정임을 보고하였고, 2005.9.20. 청구인과 청구외 ○○○ 목사가 임차보증금을 400,000,000원으로 임대차기간을 5년(2005.9.21～2010.9.20)으로, 임차목적물을 이 사건 부동산 전체로 하여 임대차계약을 체결하여 교회로 사용하고 있으며, 2006.12.29. 처분청 담당공무원(세무8급 ○○○)의 현지 조사복명서에서 이 사건 부동산의 건축물중 지하1층과 지상2층은 공실로 되어 있고, 지상1, 3층은 예배당 및 사무실로 사용하고 있다고 조사복명하고 있으며, 청구인의 2003년도부터 2005년도까지 ○○○○○○○○○○○ 입시요강에서 일부 음악연구과정에 학점인증제 과정을 두고 이 사건 부동산중 일부를 실습실로 사용하였음을 제출된 관련증빙자료에서 알 수 있다. 청구인은 첫째, 이 사건 부동산을 취득한 후 바로 청구인이 운영하는 ○○○○○○○○○○의 신학연구과, 교회음악학과 강의실 및 레슨실로 사용하다가 2003.10.24. 평생교육법에 의한 학점인정제 학사과정 교육을 병행하기 위하여 청구외 ○○○ 교수 명의로 ○○○○○시○○○○○교육장에게 ○○○○○○○어학학원(후에 ○○○○○○○ 음악학원으로 변경)을 등록하여 일반적인 학원과 달리 평생교육법에 의한 학점인증제 학사과정의 일환으로 청구인이 직접 운영하였고 학원 수업료 등도 학교수입으로 충당하였으므로 이는 교육용에 직접 사용한 것으로 보아야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 학교법인이 교육용 기본재산에 편입된 부동산을 그 사업에 직접 사용한다고 함은 학교법인이 설치경영하는 학교의 시설 또는 부지 등과 같이 당해 부동산의 사용용도가 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 보아야 할 것으로서(대법원 1994.10.28. 선고, 94누224 판결 참조), 청구인의 경우 2003.10.24. 청구외 ○○○은 이 사건 부동산으로 종전에 운영하던 ○○○○음악학원을 옮긴 후 2004.3.3. ○○○○○○○음악학원으로 변경하기 전까지 교습과정에 음악뿐만 아니라 외국어도 포함하여 운영하였고, 그 교습정원도 음악이 98명이고, 어학이 218명으로서 어학교습이 주된 학원으로 되어 있었고, 청구외 ○○○이 교육인적부장관에게 제출한 학습과목 학점인증제 평가신청서상에도 실습실 수용인원이 22명이고 실습기자재도 피아노 15대, 보면대 5개, 오디오시스템 1개를 갖춘 것에 불과한 점을 보면 청구인이 이 사건 부동산 전체를 학점인정제 학사과정의 일환인 음악교육과정의 실습실로 사용하였다고 보기는 어렵다 하겠고, 학원의 운영주체는 청구인이 아닌 청구외 ○○○이라 할 것으로서 이와 같이 개인 명의로 등록되어 음악과 어학을 병행 교습하는 학원을 청구인이 학점인정제 교육과정의 일환으로 모집한 학생들의 일부 실습실로 활용하였다 하여 이를 청구인이 직접 교육용에 사용한 것으로 볼 수는 없다 하겠으며, 둘째, 청구인은 이 사건 부동산의 취득일은 2002.4.30.이고 같은 날 이 사건 부동산을 청구인의 수익용 재산으로 등재되었으므로 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과하고자 하면 부과제척기간 만료일인 2007.5.28.까지 추징하여야 하나, 2007.7.11.에서야 이 사건 취득세 등을 부과 고지하였으므로 부과제척기간이 경과되었다고 주장하고 있으나, 청구인은 2001.9.13. 청구인의 이사회에서 이 사건 부동산을 취득하여 청구인이 설치경영하는 학교의 증설되는 학과 및 과정의 교육용 기본재산에 활용하기로 결정한 후 2002.4.30. 이 사건 부동산을 취득하여 2002.5.20. 처분청에 취득세 등 비과세 신청을 하여 처분청으로부터 비과세 받아 2002.5.21.부터 2003.2.28.까지 청구인이 설치경영하는 ○○○○○○○○○○의 신학연구과 강의실 등으로 사용하다가 2003. 10.24. 청구외 ○○○이 이 사건 부동산에 ○○○○○○○어학학원을 설치하여 음악 및 외국어를 교습하였으므로 이 사건 취득세 등의 추징사유는 2003.10.24. 청구외 ○○○이 이를 학원으로 등록하여 사용한 시점에서 비로소 발생되었다 할 것이고, 이로부터 5년 이내인 2007.7.11. 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 이상 부과 제척기간이 경과하였다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다고 하겠으며 셋째, 청구인은 이 사건 부동산을 2005.9.21. 청구외 ○○○에게 임대한 것은 청구인이 운영하는 ○○○○○○○○○○의 부총장이자 ○○○교회의 목사이기도 한 ○○○ 교수가 청구인의 건학이념에 따라 학생들과 함께 예배드리기 위해 신학대학의 수업이 없는 수요일 저녁과 일요일에 교회로 사용하도록 한 것이므로 처분청에서 이 사건 부동산을 수익사업용 부동산으로 보아 이 사건 취득세 등을 추징한다고 하더라도 수요일 저녁과 일요일에만 예배목적으로 사용하고 있으므로 실질과세에 입각하여 그 해당되는 부분에 대하여만 안분하여 부과 고지하는 것이 타당하다고 주장하고 있으나, 청구외 ○○○이 이 사건 부동산을 임차한 시점은 2005.9.20.로서 이 날은 이미 이 사건 부동산에 대하여 그 취득일로부터 유예기간 3년도 경과한 시점이며, 2003.10.24. 청구외 ○○○이 이 사건 부동산에 ○○○○○○○어학학원을 설치하여 음악 및 외국어 교습 학원으로 사용하여 비과세한 취득세 등의 추징사유가 발생한 이후의 사항으로서 이 사건 부과처분에 아무런 영향을 미칠 수 없는 사항이라 하겠으므로, 교회로 사용하는 부분과 그렇지 아니한 부분을 안분하여 취득세 등을 추징하여야 한다는 청구인의 주장도 인정할 수 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2007. 11. 26. 행 정 자 치 부 장 관
결 정 서
위 당사자간 취득세 등 부과 사건에 관하여 2007년 10월 4일 청구인 으로부터 심사청구가 있으므로 이를 심의하여 다음과 같이 결정한다.
주 문
청구인의 심사청구를 기각한다
이 유
1. 원처분의 요지
처분청은 청구인이 2002.4.30. 취득한 ○○○○시 ○○○구 ○○동 265-339 번지의 토지 658.0㎡ 및 건축물 999.67㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)에 대하여 구 지방세법(2005.12.31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조제1항 및 같은 법 제127조에서 규정하는 비영리사업자인 학교법인이 교육용에 직접 사용하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 비과세하였으나, 청구인은 이 사건 부동산을 취득한 날부터 2년 이내인 2003.10.24.부터 청구외 ○○○이 음악교육 및 어학(외국어)교육을 위한 학원(○○○○○○○어학학원, 후에 ○○○○○○○음악학원으로 변경)으로 사용하도록 하였으며, 그 후 2005.9.20. 청구외 ○○○과 이 사건 부동산 임대차계약(임대보증금 : 400,000,000원, 임대차기간 :2005.9.21～2010.9.20.)을 체결하여 청구외 ○○○이 ○○○교회로 사용하고 있는 사실을 확인하고 이 사건 부동산을 청구인이 2년 이상 목적사업인 교육용에 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 것으로 보아 그 취득가액 800,000,000원을 과세표준으로 하고 구 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 19,200,000원, 농어촌특별세 1,760,000원 및 이 사건 부동산이 대도시 내 법인 설립(1997.8.13.설립 등기)후 5년 이내에 취득 등기하는 부동산에 해당되므로 같은 법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 86,400,000원, 지방교육세 15,840,000원 합계 123,200,000원(가산세 포함)을 2007.7.11. 부과 고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유
청구인은 첫째, 이 사건 부동산을 취득한 후 청구인이 운영하는 ○○○○○○○○○○의 신학연구과 강의실 등으로 사용하다가 청구인이 직접 학생을 모집하여 교회음악을 가르치는 학원으로 사용하였지만 이는 일반적인 학원과 달리 학점인증제 학사과정의 일환으로 운영하였던 것이며, 운영도 학교법인인 청구인이 직접 담당하였을 뿐만 아니라 수업료 등 수입도 학교수입으로 충당하였으므로 이는 청구인이 학교용에 직접 사용하는 것으로 보아야 함에도, 처분청에서 단순히 청구인 소속 청구외 ○○○ 교수 개인 명의로 교회음악을 가르치는 학원을 등록하였다는 사유만으로 이를 학교용에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 비과세한 이 사건 취득세 등을 추징한 처분은 부당하며, 둘째, 청구인은 이 사건 부동산의 취득일은 2002.4.30.이고 같은 날부터 이 사건 부동산은 청구인의 수익용 재산으로 등재되었으므로 이 사건 부동산의 부과 사유 발생일은 이 사건 부동산을 취득한 2002.4.30.이라 할 것이고 그 날로부터 30일이 경과한 2002.5.29.부터 이 사건 취득세 등을 부과할 수 있는 바, 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과하고자 하였다면 부과제척기간 만료일인 2007.5.28.까지 추징하여야 할 것인데도 2007.7.11.에서야 이 사건 취득세 등을 부과 고지하였으므로 부과제척기간이 경과되었다고 주장하고 있으며, 셋째, 2005.9.21. 이 사건 부동산을 청구인이 운영하는 ○○○○○○○○○○의 부총장인 청구외 ○○○ 교수에게 임대한 것은 ○○○교회의 목사이기도 한 ○○○ 교수가 청구인의 건학이념에 따라 학생들과 함께 예배드리기 위해 신학대학원의 수업이 없는 수요일 저녁과 일요일에 교회로 사용하도록 한 것이므로 처분청에서 이 사건 부동산을 임대용 부동산으로 보아 이 사건 취득세 등을 추징한다고 하더라도 수요일 저녁과 일요일에만 예배목적으로 사용하고 있으므로 실질과세에 입각하여 그 해당되는 부분에 대하여만 안분하여 부과 고지하는 것이 타당하다고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단
이 사건 심사청구의 다툼은 비영리사업자인 학교법인이 부동산을 취득한 날부터 2년 이내에 학교 이외의 용도로 사용하여 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당하는지 여부 및 부과제척기간이 경과하였는지 여부 등에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령 보면, 구 지방세법 제107조에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다고 규정한 다음, 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득이라고 규정하고 있고, 같은 법 제127조 제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다고 규정한 다음, 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기라고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제79조제1항에서 법 제107조제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각호의 자를 말한다고 규정한 다음, 그 제2호에서 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교를 경영하는 자 및 「평생교육법」에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1997.8.13. ○○○○시 ○○구 ○○동 1577-5번지를 주사무소로하여 기독교 정신에 입각한 고등교육을 실시하여 국가와 교회에 봉사할 유능한 인재 양성을 목적으로 설립한 학교법인으로서, 2001.9.13. 청구인의 이사회에서 이 사건 부동산을 취득하여 청구인이 설치경영하는 학교의 증설되는 학과 및 과정의 교육용 기본재산에 활용하기로 결정한 후 2002.4.30. 이 사건 부동산을 취득하고 2002.5.20 처분청에 이 사건 부동산의 취득세 등에 대하여 비과세 신청을 하여 이 사건 취득세 등을 비과세 받았으며, 2002.5.21.부터 2003.2.28.까지 청구인이 설치경영하는 ○○○○○○○○○○의 신학연구과 강의실 등으로 사용하던 중 2003.1.23. 이 사건 부동산의 용도를 종교시설(교회)에서 교육연구및복지시설(학원)로 변경하였고, 2003.10.24. 청구인이 운영하는 ○○○○○○○○○○의 교수인 청구외 ○○○이 ○○○○시 ○○○○○교육장에게 종전부터 ○○○○시 ○○구 ○○동 186-7번지 ○○빌딩 301호에서 운영하던 ○○○○음악학원의 명칭을 ○○○○○○○○○학원으로, 위치를 이 사건 부동산 주소지로, 교습과정을 음악에서 음악 및 어학으로, 정원을 54명에서 316명(음악98명, 어학 218명)으로 하여 변경 등록(평생 ○○○○○-○○○○)을 하였고, 2004.3.3. ○○○○○○○음악학원으로 변경 등록하여 운영하면서 청구외 ○○○은 2003.12.4. 교육인적자원부장관에게 2004년 학점인증제 학습과목 평가인정신청서를 제출하면서 총 2학급 80명을 정원으로 22명 수용규모의 실습실을 운영하면서 신청한 학습과목을 교습할 예정임을 보고하였고, 2005.9.20. 청구인과 청구외 ○○○ 목사가 임차보증금을 400,000,000원으로 임대차기간을 5년(2005.9.21～2010.9.20)으로, 임차목적물을 이 사건 부동산 전체로 하여 임대차계약을 체결하여 교회로 사용하고 있으며, 2006.12.29. 처분청 담당공무원(세무8급 ○○○)의 현지 조사복명서에서 이 사건 부동산의 건축물중 지하1층과 지상2층은 공실로 되어 있고, 지상1, 3층은 예배당 및 사무실로 사용하고 있다고 조사복명하고 있으며, 청구인의 2003년도부터 2005년도까지 ○○○○○○○○○○○ 입시요강에서 일부 음악연구과정에 학점인증제 과정을 두고 이 사건 부동산중 일부를 실습실로 사용하였음을 제출된 관련증빙자료에서 알 수 있다. 청구인은 첫째, 이 사건 부동산을 취득한 후 바로 청구인이 운영하는 ○○○○○○○○○○의 신학연구과, 교회음악학과 강의실 및 레슨실로 사용하다가 2003.10.24. 평생교육법에 의한 학점인정제 학사과정 교육을 병행하기 위하여 청구외 ○○○ 교수 명의로 ○○○○○시○○○○○교육장에게 ○○○○○○○어학학원(후에 ○○○○○○○ 음악학원으로 변경)을 등록하여 일반적인 학원과 달리 평생교육법에 의한 학점인증제 학사과정의 일환으로 청구인이 직접 운영하였고 학원 수업료 등도 학교수입으로 충당하였으므로 이는 교육용에 직접 사용한 것으로 보아야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 학교법인이 교육용 기본재산에 편입된 부동산을 그 사업에 직접 사용한다고 함은 학교법인이 설치경영하는 학교의 시설 또는 부지 등과 같이 당해 부동산의 사용용도가 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 보아야 할 것으로서(대법원 1994.10.28. 선고, 94누224 판결 참조), 청구인의 경우 2003.10.24. 청구외 ○○○은 이 사건 부동산으로 종전에 운영하던 ○○○○음악학원을 옮긴 후 2004.3.3. ○○○○○○○음악학원으로 변경하기 전까지 교습과정에 음악뿐만 아니라 외국어도 포함하여 운영하였고, 그 교습정원도 음악이 98명이고, 어학이 218명으로서 어학교습이 주된 학원으로 되어 있었고, 청구외 ○○○이 교육인적부장관에게 제출한 학습과목 학점인증제 평가신청서상에도 실습실 수용인원이 22명이고 실습기자재도 피아노 15대, 보면대 5개, 오디오시스템 1개를 갖춘 것에 불과한 점을 보면 청구인이 이 사건 부동산 전체를 학점인정제 학사과정의 일환인 음악교육과정의 실습실로 사용하였다고 보기는 어렵다 하겠고, 학원의 운영주체는 청구인이 아닌 청구외 ○○○이라 할 것으로서 이와 같이 개인 명의로 등록되어 음악과 어학을 병행 교습하는 학원을 청구인이 학점인정제 교육과정의 일환으로 모집한 학생들의 일부 실습실로 활용하였다 하여 이를 청구인이 직접 교육용에 사용한 것으로 볼 수는 없다 하겠으며, 둘째, 청구인은 이 사건 부동산의 취득일은 2002.4.30.이고 같은 날 이 사건 부동산을 청구인의 수익용 재산으로 등재되었으므로 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과하고자 하면 부과제척기간 만료일인 2007.5.28.까지 추징하여야 하나, 2007.7.11.에서야 이 사건 취득세 등을 부과 고지하였으므로 부과제척기간이 경과되었다고 주장하고 있으나, 청구인은 2001.9.13. 청구인의 이사회에서 이 사건 부동산을 취득하여 청구인이 설치경영하는 학교의 증설되는 학과 및 과정의 교육용 기본재산에 활용하기로 결정한 후 2002.4.30. 이 사건 부동산을 취득하여 2002.5.20. 처분청에 취득세 등 비과세 신청을 하여 처분청으로부터 비과세 받아 2002.5.21.부터 2003.2.28.까지 청구인이 설치경영하는 ○○○○○○○○○○의 신학연구과 강의실 등으로 사용하다가 2003. 10.24. 청구외 ○○○이 이 사건 부동산에 ○○○○○○○어학학원을 설치하여 음악 및 외국어를 교습하였으므로 이 사건 취득세 등의 추징사유는 2003.10.24. 청구외 ○○○이 이를 학원으로 등록하여 사용한 시점에서 비로소 발생되었다 할 것이고, 이로부터 5년 이내인 2007.7.11. 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 이상 부과 제척기간이 경과하였다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다고 하겠으며 셋째, 청구인은 이 사건 부동산을 2005.9.21. 청구외 ○○○에게 임대한 것은 청구인이 운영하는 ○○○○○○○○○○의 부총장이자 ○○○교회의 목사이기도 한 ○○○ 교수가 청구인의 건학이념에 따라 학생들과 함께 예배드리기 위해 신학대학의 수업이 없는 수요일 저녁과 일요일에 교회로 사용하도록 한 것이므로 처분청에서 이 사건 부동산을 수익사업용 부동산으로 보아 이 사건 취득세 등을 추징한다고 하더라도 수요일 저녁과 일요일에만 예배목적으로 사용하고 있으므로 실질과세에 입각하여 그 해당되는 부분에 대하여만 안분하여 부과 고지하는 것이 타당하다고 주장하고 있으나, 청구외 ○○○이 이 사건 부동산을 임차한 시점은 2005.9.20.로서 이 날은 이미 이 사건 부동산에 대하여 그 취득일로부터 유예기간 3년도 경과한 시점이며, 2003.10.24. 청구외 ○○○이 이 사건 부동산에 ○○○○○○○어학학원을 설치하여 음악 및 외국어 교습 학원으로 사용하여 비과세한 취득세 등의 추징사유가 발생한 이후의 사항으로서 이 사건 부과처분에 아무런 영향을 미칠 수 없는 사항이라 하겠으므로, 교회로 사용하는 부분과 그렇지 아니한 부분을 안분하여 취득세 등을 추징하여야 한다는 청구인의 주장도 인정할 수 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2007. 11. 26. 행 정 자 치 부 장 관