제2006-203호
결 정 서
위 당사자간 종합토지세 등 부과 사건에 관하여 2006년 3월 15일 청구인으로부터 심사청구가 있으므로 이를 심의하여 다음과 같이 결정한다.
처분청이 청구인에게 2006.1.10. 부과고지한 2001년부터 2005년도까지 종합토지세 20,728,580원, 지방교육세 4,145,710원, 농어촌특별세 645,340원, 합계 25,519,630원을 취소한다.
1. 원처분의 요지
처분청은 청구인이 경상남도 ○○시 ○○동 459-4번지외 5필지 15,592.3㎡에 대한 종합토지세(현재 재산세) 과세대상구분의 착오에 따른 차액분과 같은 동 459-6번지앞 매립토지 일부 9,384㎡(이하 “이 사건 토지”이라 한다)에 대한 추가 과세분에 대하여 그 시가표준액(7,586,179,278원)을 과세표준으로 지방세법 제188조제1항의 세율을 적용하여 산출한 2001년부터 2005년도까지 종합토지세 20,728,580원, 지방교육세 4,145,710원, 농어촌특별세 645,340원, 합계 25,519,630원을 2006.1.10. 부과 고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유
청구인이 국가소유인 이 사건 토지를 포함한 공유수면(직간접면적 : 21,212.9㎡)은 공유수면관리법 제5조제4항 등에 의하여 매년 공유수면 점사용허가를 받아 관할관청에 사용료를 납부하여 조선소로 사용하여 왔는데, 이러한 허가를 받을 때는 공유수면관리법령에 의하여 그 사용종료시는 원상복구조건으로 구축물 등을 설치할 수 있도록 되어 있어서 이 사건 토지에 선박계류공간인 안벽 및 조선대를 구축하기 위하여 당연히 그 구축부분에 매립지를 조성한 것인데도, 처분청에서 이 사건 토지가 불법으로 매립된 토지이므로 지적공부에 등록여부를 불문하고 종합토지세과세대상이 된다고 보아 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단
이 사건 심사청구의 다툼은 공유수면관리법령에 의하여 공유수면 점사용허가를 받은 곳에 구축물을 설치하기 위하여 매립한 경우 종합토지세(현 재산세) 과세대상이 되는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제180조제1호에서 재산세에서 사용하는 용어의 정의는 지적법에 의하여 지적공부에 등록대상이 되는 토지와 그 밖의 사용되고 있는 사실상의 토지라고 하고 있고, 같은 법 제183조제3항에서 재산세 과세기준일 현재 소유권의 귀속이 분명하지 아니하여 사실상의 소유자를 확인할 수 없는 경우에는 그 사용자가 재산세를 납부할 의무가 있다고 하고 있으며, 구 지방세법(2005.1.5. 법률제9887호로 개정되기 전의 것) 제234조의8에서 종합토지세의 과세대상은 모든 토지로 한다고 하고 있고, 같은 법 제234조의9제3항에서 종합토지세 과세 기준일 현재 소유권의 귀속이 분명하지 아니하여 사실상의 소유자를 확인할 수 없는 경우에는 그 사용자가 종합토지세를 납부할 의무가 있다고 하고 있고, 공유수면관리법 제2조제1호에서 공유수면이라 함은 바다·바닷가, 그리고 하천 기타 공공용으로 사용되는 수면 등으로서 국유인 것이라고 하고 있으며, 같은 법 제5조제1항에서 그 제1호의 공유수면에 부두·방파제·건축물 기타 공작물을 신축·개축·증축 또는 변경하거나 이를 제거하는 행위 등에 해당하는 행위를 하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 해양수산부장관 또는 시장·군수·구청장으로부터 점용 또는 사용의 허가를 받아야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제9조제1항에서 관리청은 점·사용허가를 받은 자로부터 대통령령이 정하는 바에 따라 점용료 또는 사용료를 징수한다고 하고 있으며, 같은 법 제12조제1항에서 점·사용허가를 받은 자는 그 허가기간이 만료하거나 점·사용을 폐지한 경우에는 공유수면에 설치한 공작물·시설물·토석 기타의 물건을 제거하고 당해 공유수면을 원상으로 회복시켜야 한다고 하고 있고, 공유수면매립법 제4조제1항에서 해양수산부장관은 국토의 전체적인 기능 및 용도에 맞고 환경과 조화되도록 공유수면을 이용·관리하기 위하여 10년마다 연안관리법 제22조의 규정에 의한 중앙연안관리심의회의 심의를 거쳐 공유수면매립기본계획을 수립하여야 한다고 하고 있으며, 같은 법 제26조제1항에서 국가·지방자치단체 또는 매립면허를 받은 자는 제25조의 규정에 의한 준공인가를 받은 날에 다음 각호의 구분에 따라 매립지의 소유권을 각각 취득한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1996.4.3. 최초 (주)○○조선이 공유수면 점사용허가를 받은 다음 점사용료 계산 때문에 1년 단위로 변경허가를 받았고, 2004.12.23. 청구인은 마산지방해양수산청통영해상수산사무소로부터 당초 2004.1.10.부터 2005.1.9.까지로 되어 있는 것을 2005.1.10.부터 2006.1.9.까지로 공유수면 점사용변경허가를 받았으며, 그 변경허가내역서상에 그 점사용 면적(21,212.9㎡)은 직접면적(17,604.15㎡) 및 간접면적(3,608.75㎡)으로 되어 있고, 그 사용료는 43,306,090원으로, 그 목적은 선박계류공간(함선안벽)함선운영선가대설치 등 조선소 운영 및 폐기물처리로 기재되어 있으며, 이 사건 토지 현황은 안벽과 제1,2,3조선대가 배치된 것으로 보아 이러한 시설물을 설치하고자 매립한 것으로 보이고, 매립한 부분에 대한 제반자료를 확인할 수 없으나 1996년 최초 점사용허가를 받을 당시 매립한 것으로 보이는 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 토지를 포함한 공유수면을 공유수면관리법 제5조제4항 등에 의하여 공유수면 점사용허가를 받아 조선소로 사용하여 왔는데, 이러한 허가를 받을 때는 공유수면관리법령에 의하여 그 사용종료시는 원상복구조건으로 구축물 등을 설치할 수 있으므로 그 기반조성을 위하여 매립한 것이지만 이 사건 토지는 여전히 국가소유인 공유수면이어서 종합토지세 납세의무가 없다고 주장하여 이를 보면, 지방세법 제183조제3항(구 지방세법 제234조의9제3항과 동일함)에서 재산세 과세기준일 현재 소유권의 귀속이 분명하지 아니하여 사실상의 소유자를 확인할 수 없는 경우에는 그 사용자가 재산세를 납부할 의무가 있다고 하고 있는 바, 처분청에서는 이 사건 토지를 공유수면매립법에 의해 매립 승인을 득하지도 않고 신조선박 건조 등을 하기 위해 사실상 매립하여 사용하고 있는 토지이므로 지방세법 제234조의8은 종합토지세의 과세대상은 모든 토지로 한다고 규정하고 있을 뿐 그 대상에 아무런 제한을 두고 있지 아니하므로 공유수면 매립에 의하여 원시 취득하는 토지는 원시 취득시기가 도래하면 지적공부에 등록되었는지 여부를 불문하고 종합토지세의 과세대상이 된다(대법원 98두14549판결, 1999.9.7.선고)고 하는 것에 비추어 종합토지세(현 재산세)를 부과하였으나, 이 사건 토지의 경우, 그 소유가 공유수면으로서 국가소유로 되어 있으므로 청구인은 관할관청으로부터 1년 단위로 공유수면 점사용변경허가를 받아 매년 국가에게 사용료를 납부하고 있고, 공유수면관리법 제5조 및 제8조 및 제12조 등에서 공유수면에 부두·방파제·교량·수문·건축물 기타 공작물을 신축·개축·증축 또는 변경하거나 이를 제거하는 행위 등을 점사용허가를 통하여 할 수 있다고 할 수 있고, 특히 공유수면매립법에 의하여 면허를 받은 자가 그 면허를 받은 공유수면을 점·사용하고자 하는 경우에는 그러하지 아니하다고 하는 것에 미루어 이러한 시설물이나 공작물을 설치할 때는 그 기반조성을 위해서 부득이 매립 등의 행위가 수반되어야 하고, 이러한 매립 등의 기반조성행위는 별도의 공유수면매립법령상의 매립허가없이도 할 수 있는 것이므로 이는 공유수면매립법령에 의하여 매립된 토지를 매립허가를 받은 자가 준공 후 또는 사실상 사용시 원시취득하는 경우와는 다른 것인데도 처분청에서 청구인이 이를 단순히 매립하여 조선소부지로 사용하고 있다는 사실만으로 그 소유권이 불분명한 토지에 대하여 그 사용자에게 종합토지세를 부과한다는 규정과 위 대법원판례를 적용하여 이 사건 종합토지세를 부과한 처분은 이 사건 토지는 공유수면이고, 그 공유수면은 국가소유라는 본질적인 사실을 간과함은 물론 지방세법 관련규정이나 공유수면관리법령이나 공유수면매립법령을 잘못 해석하여 청구인을 납세의무자로 본 것은 잘못이라고 하겠다. 따라서 청구인의 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2006. 5. 29. 행 정 자 치 부 장 관