행심2002-25호 취득세 등 부과처분 취소 - 2002.1.28.

※ 토지를 취득하여 교회를 신축하던 도중 교회용 건축물의 건축허가를 건축주를 교회유지재단으로 변경하여 건축물을 준공한 경우 토지를 교회가 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부

【결정요지】

교회 교육관의 부속토지에 대하여는 소유권도 이전하지 않은 채 교육관을 계속 사용하고 있고, 교회와 교회유지재단의 관계가 재산권 행사나 종교활동 등에 있어서 확연히 구분되는 것이 아니라 현실적으로 교회는 교회유지재단을 구성하는 일부 내지는 구성원으로서의 역할을 수행하고 있는 점에 비추어, 제3자에게 매각 또는 임대함으로서 종교용으로 사용하지 않는 경우와는 달리 보아야 할 것이므로, 교육관의 건축허가 명의로 유지재단으로 변경하였다 하여 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이라고 보아 취소로 결정

가. 원처분의 요지

처분청은 종교단체인 청구인이 1999. 7.17. 서울특별시 ○○구 ○○동 437-36번지 1필지 토지 427.4㎡(이하 "이 사건 토지"라 한다)를 취득한 후 취득세 등을 비과세받고서 교회교육관을 신축하던 도중 2001.1.9. 건축주 명의를 기독교○○교회유지재단으로 변경하고 교육관을 신축한 후 교육관으로 사용하고 있으나, 교육관의 소유자가 청구인이 아니므로 그 부속토지인 이 사건토지를 청구인이 직접 사용하는 것으로 볼 수 없으므로 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당된다고 보아, 이 사건 토지의 취득가액(620,000,000원)에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 14,880,000원, 농어촌특별세 1,364,000원, 등록세 22,320,000원, 지방교육세 4,092,000원, 합계 42,656,000원(가산세 포함)을 2001.10. 10. 부과고지하였다.

나. 청구의 취지 및 이유

청구인은 청구 외 (재)○○교회유지재단(이하 "교회유지재단"이라 한다)에 소속된 교회로서 청구인은 이 사건 토지를 취득한 후 그 지상에 교육관을 신축하다가 교회유지재단 명의로 건축주 명의변경을 하여 사용승인을 받고 교회유지재단 명의로 소유권 보존등기를 한 상태로서, 청구인은 이 사건 토지상에 취득 목적대로 교육관을 신축하여 직접 사용하고 있으며, 종교재산 관리 목적상 이사건 토지상에 신축한 교육관을 교회유지재단에게 증여한 것에 불과한데도, 처분청이 이 사건 토지를 직접 사용하지 아니하는 토지로 보아 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

다. 우리부의 판단

이 사건 심사청구는 종교단체가 취득한 토지상에 교회 교육관을 신축한 후 교육관을 교회유지재단에 증여하였으나, 증여 이후에도 계속하여 취득 목적대로 종교용으로 사용하고 있는 경우, 그 부속토지에 대하여 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 관한 다툼이라 하겠다.
먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조 본문 및 제1호, 제127조 제1항에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득등기에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세하지만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하도록 규정하고 있고, 지방세법시행령 제79조 제1항제1호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체를 비영리사업자로 규정하고 있다.
다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1999.7.17. 이 사건 토지를 취득한 후같은 해 10.21. 교육관을 신축하기 위하여 건축허가를 받고, 같은 해 12.14. 착공신고를 하고 건축공사를 진행하다가, 건축공사가 마무리될 무렵인 2001.1.9 건축주를 교회유지재단 명의로 변경 신고를 하고, 같은 해 1.29. 교회유지재단 명의로 사용승인(지하2층, 지상 7층, 연면적 2,032.75㎡)을 받아 소유권 보존등기를 한 후 청구인이 이를 교육관으로 사용하고 있으며, 이 사건 토지에 대한 소유권 이전등기는 이루어지지 않은 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.
이에 대하여 살펴보면, 청구인은 교육관을 신축할 목적으로 이 사건토지를 취득한 후 교육관을 신축하다가 건축공사가 완료될 무렵 건축주를 교회유지재단 명의로 변경하여 사용승인을 받고 교회유지재단 명의로 소유권 보존등기를 하였으나, 교육관의 부속토지인 이 사건 토지에 대하여는 소유권 이전등기를 하지 않은 채 청구인이 교육관을 계속 사용하고 있으므로 이 사건 토지를 종교용에 사용하지 아니하고 있다고 보기도 어렵다 하겠으며, 설령 이 사건 토지에 대한 소유권이 청구인과 같은 교파의 속하는 교회들의 재산의 유지 관리를 목적으로 설립된 교회유지재단에게 이전되었다 하더라도, 청구인과 교회유지재단의 관계가 재산권 행사나 종교활동 등에 있어서 확연히 구분되는 것이 아니라 현실적으로 청구인은 재단법인을 구성하는 일부 내지는 구성원으로서의 역할을 수행하고 있는 점에 비추어, 당해 교회가 취득한 부동산을 종교용으로 계속 사용하고 있다면, 종교단체가 부동산을 취득하여 제3자에게 매각 또는 임대함으로서 종교용으로 사용하지 아니하게 된 경우와는 달리 봄이 타당하다 하겠으므로(같은 취지의 행정자치부 심사결정 제2001-465호, 2001.9.24.), 처분청이 이 사건 토지에 대하여 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이라 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.