【제      목】 창업중소기업을 지정받아 부동산을 취득한 후 공장등록을 필하였으나 제조업이 아닌 물류업(창고업)을 영위하고 있는 경우는 감면대상에 해당하지 않음

【사건번호】 행심2005-35, 2005.03.03  

【주문】
  청구인의 심사청구를 기각한다.
  
【이유】
  1. 원처분의 요지
  처분청은 청구인이 2003.6.18. 전기ㆍ전자부품제조 등을 목적사업으로 하여 법인을 설립한 후 2003.12.15. 경상남도 김해시 ○○읍 ○○리 202번지 외 7필지의 답 8,630㎡(이하 "이 사건 토지"라 한다)를 취득함에 따라 이 사건 토지를 창업중소기업이 취득ㆍ등기하는 사업용재산으로 보아 2004.1.19. 이 사건 토지에 대한 취득세 등을 과세면제하고 2004.4.2. 이 사건 토지의 지목변경(답→공장용지)에 따른 취득세 등도 과세면제받은 후 2004.3.31. 이 사건 토지상에 공장용건축물 3,417㎡(이하 "이 사건 건축물"이라 한다)를 신축하여 2004.4.6. 이 사건 건축물에 대한 취득세 및 등록세 등을 과세면제받았으나 2004.4.1.부터 이 사건 토지 중 3,967㎡와 이 사건 건축물 중 2,355㎡(이하 "이 사건 부동산"이라 한다)를 청구외 (주)○○상사(대표이사 금○주)에게 임대(임대기간: 2004.4.1.∼2007.3.31., 임대보증금: 1억원, 월임대료: 13,200,000원)하고 있으므로 임대한 이 사건 부동산의 취득가액(1,742,797,279원)에 지방세법 제112조 제1항 및 같은법 제131조 제1항 제4호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 43,186,480원, 농어촌특별세 3,834,120원, 등록세 18,777,310원, 지방교육세 3,452,340원, 합계 69,250,250원(가산세 포함)을 2004.9.10. 부과고지하였다.
  
  2. 청구의 취지 및 이유
  청구인은 2004.3.3. 신축한 건축물 3,417㎡ 중 1,062㎡는 선박구성부분품제조업에 사용하고 잔여 2,355㎡는 2004.4.1. (주)○○상사와 조건부 임대차계약을 체결한 후 임차한 (주)○○상사는 2004.5.17. 이 사건 부동산을 사업장으로 하여 ○○세관장에게 보세구역 설영특허신청을 하였지만, 2004.5.19. 부산항으로부터 원거리에 위치하고 있다는 사유 등으로 불허통보(○○출장소-1945)를 함에 따라 임대차계약이 해제되어 임대보증금이나 임대료를 받은 사실이 없고 다만, 이 사건 부동산 내에서 (주)○○상사에서 수입한 전자제품(냉장고 등)을 조립하여 납품하고 받은 도급비를 처분청에서는 임대료로 보아 이 사건 부동산을 창업중소기업이 직접 사용하지 아니하는 임대용부동산으로 판단하고 있지만 이 사건 부동산은 계약해제와 동시에 창업중소기업의 조세감면업종인 물류업인 창고업에 사용하고 있으므로 이 사건 부동산에 대한 취득세 등은 과세면제되어야 한다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하였다.
  
  3. 우리부의 판단
  이 사건 심사청구는 제조업(선박구성부분품)을 영위한다는 조건으로 창업중소기업을 지정받아 부동산을 취득한 후 공장등록을 필하였으나 제조업이 아닌 물류업(창고업)을 영위하고 있는 경우에 기과세면제한 취득세 등을 부과고지한 것이 적법한지의 여부에 관한 다툼이라 하겠다.
  먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 조세특례제한법 제6조 제3항에서 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 제조업, 광업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 과학 및 기술서비스업, 전문디자인업, 방송법에 의한 방송사업, 방송프로그램제작업, 대통령령이 정하는 엔지니어링사업, 정보처리 및 그밖의 컴퓨터운용관리업과 대통령령이 정하는 물류산업을 영위하는 중소기업으로 한다라고 규정하고 있고, 같은조 제4항 제4호에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우는 창업으로 보지 아니한다라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제5조 제8항에서 "대통령령이 정하는 물류산업"이라 함은 운수업 중 화물운송업, 화물취급업, 창고업을 말한다라고 규정하고 다만, 취득일ㆍ등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 다른 목적으로 사용하거나 처분(임대 포함)하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다라고 규정하고 있다.
  다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2003.6.18. 전기ㆍ전자부품제조업 등을 목적사업으로 하여 법인을 설립한 후 2003.6.19. ○○세무서장에게 사업자등록을 필하고 2003.12.15. 이 사건 토지를 취득한 후 2004.3.3. 이 사건 토지상에 공장용건축물 3,417㎡를 신축한 다음 2004.4.1.부터 이 사건 토지 8,630㎡ 중 3,967㎡와 이 사건 건축물 3,417㎡ 중 2,355㎡를 청구외 (주)○○상사에 임대하기로 한 임대차계약서에 의하여 기과세면제한 이 사건 부동산에 대한 취득세 등을 2004.9.10. 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.
  그런데 청구인은 이 사건 부동산을 (주)○○상사에게 임대하고자 임대차계약을 체결하였으나 계약이 해제됨에 따라 임대보증금이나 임대료를 받은 사실이 없을 뿐만 아니라 창업중소기업의 조세감면업종인 물류업인 창고업에 사용하고 있으므로 이 사건 부동산에 대한 취득세 등은 과세면제되어야 한다고 주장하고 있지만, 조세특례제한법 제119조 제3항 및 같은법 제120조 제3항에서 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 대해서는 취득세 및 등록세를 면제하되, 다만 취득ㆍ등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다라고 규정하고 있으므로, 동 규정에서의 "당해 사업"이라 함은 창업당시 면제받은 최초의 업종을 뜻하는 것이고, 다만 최초로 사업을 개시할 업종을 영위하지 못하고 다른 업종을 최초로 개시하는 경우에는 동 규정에서의 당해 사업은 아니지만 당초의 업종을 영위하지 못한 정당한 사유가 있는지의 여부를 판단하여 과세면제 여부가 결정되어야 하므로, 청구인의 경우 2003.6.18. 전자부품제조업 등을 목적사업으로 하여 법인을 설립한 후 2003.6.19. 사업의 종류를 전자부품제조업으로 하여 ○○세무서장에게 사업자등록을 필하고 2003.12.30. 처분청으로부터 공장설립승인을 받은 다음 2004.4.16. 공장(업종: 선박구성부분품제조업)등록을 필한 것으로 미루어 보면 청구인은 당초에 제조업을 영위하기 위하여 창업중소기업을 설립한 것으로 보아야 하고, 청구인의 주장과 같이 당초 업종을 영위하지 못하고 물류업(창고업)으로 업종을 변경하여 이 사건 부동산을 사용하고 있으면 이는 당초 업종을 영위하지 못한 정당한 사유가 있어야 함에도 단순히 투자비용이 과다지출된다는 사유로 업종을 변경한 것은 청구인의 내부사정으로 보아야 하므로, 처분청에서 기과세면제한 이 사건 부동산의 취득세 등을 부과고지한 것은 적법한 부과처분이라고 판단된다.
  따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.