【제      목】 당해 건설자금이자가 건물 건설과 관련한 특정 차입금에 대한 이자라는 구체적인 증빙자료를 제시함이 없이 법인장부상 취득가격으로 계상되어 있다는 것만으로 과세한 것은 잘못이고, 건축물의 주요 구조부를 해체하거나 변경함이 없이 보수공사 시행과 관련하여 대수선허가를 받은 사실이 없음에도, 콘크리트 공사비가 건축비용에 포함된 것을 사유로 건축법상의 대수선공사를 시행한 것으로 본 것은 잘못임(행심2004-343, 2004.11.30  )

【주문】
  처분청이 청구인에게 ○○전화국과 관련하여 2004.6.10. 부과한 취득세 20,921,760원, 농어촌특별세 1,917,820원, 합계 22,839,580원과 △△전화국과 관련하여 2004.6.16. 부과한 취득세 41,783,330원, 농어촌특별세 3,830,120원, 합계 45,613,450원을 취소하고, 정보센터와 관련하여 2004.6.10. 부과한 취득세 27,770,850원, 농어촌특별세 2,545,650원, 등록세 41,092,640원, 지방교육세 7,533,640원, 합계 78,942,780원은 등록세 29,984,300원, 지방교육세 5,497,120원, 합계 35,481,420원으로, □□전화국과 관련하여 2004.6.21. 부과한 취득세 1,806,870원, 농어촌특별세 165,620원, 등록세 1,236,120원, 지방교육세 226,620원, 합계 3,435,230원은 등록세 513,370원, 지방교육세 94,110원, 합계 607,480원으로 경정하며, 나머지는 기각한다(붙임 참조).
  
【이유】
  1. 원처분의 요지
  청구인은 2001.6.25.부터 2002.8.20. 사이에 부산광역시 동구 ○○동 830-29번지 소재 ○○정보센타(이하 "정보센타"라 한다), 해운대구 ○○동 433-1번지 소재 ○○통신국(이하 "○○통신국"이라 한다), 북구 ○○동 1878번지 소재 □□전화국(이하 "□□전화국"이라 한다)을 신ㆍ중축하고 이에 대한 취득세 등을 신고납부하였으나, 같은시 기장군 ○○읍 ○○리 118-6번지 소재 △△전화국(이하 "△△전화국"이라 한다) 및 금정구 ○○동 63-1번지 소재 ○○전화국(이하 "○○전화국"이라 한다)에 대하여 수선공사를 하였으나 취득세과세대상이 되는 대수선에 해당되지 않는다고 보아 취득세를 신고납부하지 아니하였는바, 부산광역시 동구ㆍ북구ㆍ해운대구ㆍ○○구청장 및 ○○군수(이하 "처분청"이라 한다)는 세무조사결과 청구인이 정보센타 등의 신ㆍ증축공사와 관련하여 법인장부상 취득가액으로 계상한 건설자금이자를 취득세 등 과세표준에서 누락하였고, △△전화국 및 ○○전화국의 수선공사는 취득세과세대상이 되는 대수선에 해당하는데도 취득세를 신고납부하지 아니하였으며, 정보센타 등과 관련하여 취득 이후 등기시까지 장부상 계상한 건설자금이자 등을 등록세과세표준에서 누락한 사실을 확인하고, 이러한 누락된 금액(8,357,114,050원)을 과세표준으로 하여 취득세 92,282,800원, 농어촌특별세 8,459,220원, 등록세 43,487,930원, 지방교육세 7,972,760원, 합계 152,202,710원(가산세 포함)을 2004.6.10.부터 6.21. 사이에 다음과 같이 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유
  청구인은 구지방세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제82조의 3 제1항에서 취득가격의 범위를 정하면서 법인세법 제16조 제11호의 규정에 의한 건설자금에 충당한 금액의 이자를 취득세과세표준에 포함하도록 규정하고 있으며, 구법인세법(1998.12.28. 법률 제5581호로 전면개정되기 전의 것) 제16조 제11호 및 구법인세법시행령 제33조 제1항에서 당해 사업용고정자산의 매입ㆍ제작ㆍ건설에 소요되는 차입금(고정자산의 건설에 소요된 것인지의 여부가 분명하지 아니한 차입금을 제외)에 대한 지급이자로서 손금에 산입하지 아니하는 것은 손금불산입하도록 규정하고 있는바, 청구인이 법인장부상 ○○정보센타와 □□전화국의 취득가액으로 계상한 건설자금이자는 이러한 구법인세법상의 건설자금이자에 해당되지 않으나 기업회계기준에서 일반차입금의 이자도 건설자금이자로 안분하도록 하여 법인장부상 취득가액으로 계상한 것에 불과하며, 행정자치부의 지침에서도 2001년 이후에 발생한 일반차입금의 건설자금이자만 취득세과세표준에 포함하도록 하고 있으므로, 이 부분을 처분청이 취득세과세표준에 포함한 것은 부당하며, 처분청이 ○○정보센타, ○○통신국 및 □□전화국의 등록세과세표준에 포함한 가액은 모두 취득 이후에 발생한 비용으로서 이러한 금액은 등록세과세표준에서 제외되어야 할 것이고, 또한, △△전화국과 ○○전화국의 수선공사비의 경우 대수선이 아닌 일반개보수공사를 한 것으로서, 처분청이 건축법상 대수선공사에 해당되지 않으며, 취득세과세대상 물건을 설치한 것이 아닌 보수공사와 담장공사 등을 대수선으로 보아 그 공사비용을 취득세과세표준에 포함한 것은 부당하므로, 이 사건 부과처분은 모두 취소되어야 한다고 주장하고 있다.
  
  3. 우리부의 판단
  이 사건 심사청구의 다툼은 취득세과세표준에 포함되는 건설자금이자에 해당하는지 여부 및 대수선공사에 해당하는지 여부 및 취득 이후 등기시까지 발생한 건설자금이자 등이 등록세과세표준에 포함되는지 여부에 있다 하겠다.
  먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제104조 본문 제10호에서 개수는 건축법 제2조 제1항 제10호의 규정에 의한 대수선과 건축물에 부수되는 시설물 중 대통령령이 정하는 시설물의 1종 이상을 설치하거나 수선하는 것을 말한다고 한 다음 같은법시행령 제76조에서 "대통령령이 정하는 시설물"이라 함은 승강기(엘리베이터ㆍ에스컬레이터 그밖의 승강시설), 20킬로와트 이상의 발전시설, 난방용보일러ㆍ욕탕용보일러, 7천560킬로칼로리급 이상의 에어콘(중앙조절식에 한한다), 부착된 금고, 교환시설, 건물의 냉ㆍ난방 등의 자동관리를 위하여 설치하는 인텔리전트빌딩시스템시설, 구내의 변전ㆍ배전시설이라고 하고 있으며, 건축법 제2조 제1항 제10호에서 "대수선"이라 함은 건축물의 주요구조부에 대한 수선 또는 변경이나 건축물의 외부형태의 변경에 해당하는 것으로서 대통령령이 정하는 것을 말하면서 같은법시행령 제3조의 2에서 법 제2조 제1항 제10호 본문에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 증축ㆍ개축 또는 재축에 해당하지 아니하는 것으로서 다음 각호에 해당하는 것이라고 규정하고, 지방세법 제130조 제1항에서 부동산ㆍ선박ㆍ항공기ㆍ자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기ㆍ등록당시의 가액으로 한다고 하고 있으며, 그 제3항에서 제111조 제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조 동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 하지만 등기ㆍ등록당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제82조의 3 제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용(소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접ㆍ간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다)을 말하고 있으나 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급 등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다고 하고 있으며, 같은법시행령 제99조의 2에서 법 제130조 제3항 단서의 규정에 의하여 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 변경된 가액을 과세표준액으로 할 경우에는 등기ㆍ등록일 현재의 법인장부 또는 결산서 등에 의하여 입증되는 가액을 과세표준액으로 한다고 규정하고 있고, 구법인세법(1998.12.28. 법률 제5581호로 개정되기 전) 제16조에서 대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 하면서 같은법시행령(1998.12.31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전) 제33조 제1항에서 법 제16조 제11호 가목에서 "대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자"라 함은 그 명목여하에 불구하고 당해 사업용고정자산의 매입ㆍ제작ㆍ건설에 소요되는 차입금(…생략…)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 말한다고 하며, 그 제2항에서 제1항의 규정에 의한 지급이자 또는 지출금은 건설이 준공된 날까지(…생략…) 이를 자본적지출로 하여 그 원본에 가산하나 다만, 제1항의 규정에 의한 차입금의 일시예금에서 생기는 수입이자는 원본에 가산하는 자본적지출금액에서 차감한다고 규정하고 있다.
  다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 2002.8.20. 신축하여 2003.9.5. 등기경료한 ○○정보센타는 장부상 총취득가액이 111,717,887,708원에서 취득세 및 등록세의 과세표준으로 신고한 취득가액은 97,262,723,203원이나 처분청에서 조사결과 2000년도분 건설자금이자 1,157,119,491원과 취득 이후 계상한 취득비용 3,123,365,151원(기타 경비 672,523,242원, 자본화비용 676,749,865원, 건설자금이자 1,774,092,044원)을 확인하여 취득세는 98,419,842,694원, 등록세는 101,543,207,845원(취득과표 누락분 1,157,119,491원 포함)으로 다시 과세표준을 산정하였고, 2002.3.5. 신축하여 2002.12.6. 등기경료한 ○○통신국은 등기당시 장부상 가액 10,170,412,214원에서 등록세과세표준으로 신고한 가액은 8,735,234,008원이나 처분청에서 조사결과 취득 이후 계상한 비용 120,747,712원(기타 경비 3,828,800원, 자본화비용 103,099,406원, 건설자금이자 13,819,506원)을 확인하고 등록세과세표준을 8,855,981,720원으로 산정하였으며, 2001.12.10. 신축하여 2002.1.9. 등기경료한 □□전화국은 총법인장부상 취득가액 7,563,321,369원에서 신고한 취득세 및 등록세과세표준은 6,709,113,073원이나 조사결과 2000년도분 건설자금이자 75,286,681원 및 취득 이후 비용 53,476,257원(자본화비용 13,312,215원, 건설자금이자 40,164,042원)을 확인하고 취득세는 6,784,399,754원, 등록세는 6,837,876,011원(취득과표 누락분 75,286,681원 포함)으로 다시 과세표준을 산정하였고, 2001.6.25. 공사한 △△전화국은 처분청에서 법인장부상 공사관련 비용이 전기공사비 581,974,849원, 구내통신공사비 126,054,925원, 소방설비공사비 64,214,446원, 기계설비공사비 565,294,363원, 건물 및 구축물공사비 1,740,972,227원, 총 3,078,510,810원으로 확인하였으며, 2002.6.9. 공사한 ○○전화국은 법인장부상 공사관련 비용이 전기공사비 111,944,014원, 구내통신공사비 29,502,286원, 소방설비공사비 132,096,980원, 기계설비공사비 101,817,884원, 수익적지출 18,842,107원, 건물 및 구축물공사비 871,740,935원, 총 1,265,943,630원으로 확인된 사실을 제출된 관계증빙자료를 통해 알 수 있다.
  이에 대하여 청구인은 법인장부상 ○○정보센타와 □□전화국의 취득비용으로 계상된 2000년도분 건설자금이자가 취득세 등의 과세표준에 포함되지 아니한다고 주장하므로 이를 살펴보면, 청구인은 2000년도 건설자금이자 정산을 하면서 네트워크공사와 관련한 특정차입금이자 296,672,490원과 일반차입금 이자 126,999,413,307원을 건설자금이자로 보아 고정자산과 건설가계정에 각각 대체하도록 하였으며, 일반차입금 이자를 각 공사별로 대체한 내역서에서 ○○정보센타(시공기관코드 4419990097, 기관코드 529900)과 관련하여 1,157,119,491원을, □□전화국(시공기관코드 2719990099, 기관코드 520200)과 관련하여 75,286,681원을 건설가계정으로 대체한 사실이 청구인의 내부문서와 법인장부상 건설가계정에서 확인되고 있음에도, 처분청이 당해 건설자금이자가 ○○정보센타 및 □□전화국의 건설과 관련한 특정차입금에 대한 이자라는 구체적인 증빙자료를 제시함이 없이 법인장부상 취득가격으로 계상되어 있다고 하여 이를 취득세과세표준에 포함되는 구법인세법 제16조 제11호에서 정하는 건설자금이자에 해당된다고 보아 취득세 등의 과세표준에 포함한 것은 잘못이라 하겠으며, 다음으로 ○○정보센타, ○○통신국, □□전화국의 등록세과세표준이 잘못되었다는 주장을 살펴보면, 처분청이 등록세과세표준에 포함한 금액은 대부분 취득 이후 등기일까지 법인장부상 취득비용으로 계상된 금액으로서, 지방세법 제131조 제1항에서 등록세과세표준은 등기ㆍ등록당시의 가액으로 하도록 규정하고 있고, 같은조 제3항에서 제111조 제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조 동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 하되, 등기ㆍ등록당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 하며, 지방세법시행령 제99조의 2에서 법 제130조 제3항 단서의 규정에 의하여 변경된 가액을 과세표준으로 할 경우에는 등기ㆍ등록일 현재의 법인장부 또는 결산서 등에 의하여 입증되는 가액을 과세표준액으로 한다고 규정하고 있는바, 등록세과세표준의 경우 원칙적으로 등기ㆍ등록당시의 가액이 과세표준이 되는 것이므로, 법인장부에 의하여 등기ㆍ등록당시에 그 취득가액이 입증되는 경우에는 등기ㆍ등록일 현재의 법인장부에서 입증되는 가액을 과세표준으로 하는 것이 타당하다 할 것으로서, 취득 이후에 발생한 비용이므로 등록세과세표준에서 제외되어야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다. 한편, △△전화국 및 ○○전화국의 개보수가 취득세과세대상에 해당되지 아니한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴보면, 지방세법 제104조 제10호에서 취득세과세대상이 되는 개수라 함은 건축법 제2조 제1항 제10호의 규정에 의한 대수선과 건축물에 부수되는 시설물 중 대통령령이 정하는 시설물의 1종 이상을 설치하거나 수선하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 지방세법시행령 제76조 각호에서 개수의 대상이 되는 시설물의 종류를 열거하고 있는바, 먼저, △△전화국의 공사현황을 보면, △△전화국은 본 청사(지하1층, 지상2층, 연면적 3,417.8㎡)와 부속동(2개의 창고, 연면적 140.79㎡)로 구성되어 있고, 이러한 건축물에 대하여 청구외 (주)○○건설이 건축공사를 담당하고, 청구외 (주)○○이엔씨 외 3개 업체가 기계설비, 전기설비, 소방설비, 구내통신시설에 대한 보수공사를 시행하는 것으로 계획을 세워 공사를 시행하였으며, 건축공사는 내부칸막이공사와 방수공사, 외장공사, 내부마감공사(타일공사, 천정공사, 바닥공사), 부대공사(미관담장공사, 배수공사, 조경공사, 철거공사)로 이루어져 있고, 설비공사는 냉난방열원공사, 공기조화설비공사, 위생설비공사(급수설비, 급탕설비)로 이루어져 있으며, 전기설비공사는 수ㆍ변전설비, 배전설비, 비상전원설비(동력설비, 전등설비, 전열설비, 피로침, 접지설비)로 이루어져 있고, 소방설비공사는 옥내ㆍ외 소화전, 하론약제소화설비, 자동화재탐지설비, 피난설비, 경보설비를 보수하는 것으로 되어 있으며, 구내통신설비공사는 방호감시설비, 전화설비, TV공시청설비, 방송설비, 케이블트레이설비를 보수하는 것으로 되어 있는 사실을 한국통신조달본부에서 발행한 부산△△전화국 건설지에서 볼 수 있듯이 그 전체적인 공사내용을 보면, 건축물의 주요구조부를 해체하거나 변경함이 없이 보수공사를 시행한 것으로 보여지고, 청구인이 이러한 공사와 관련하여 처분청으로부터 대수선허가를 받은 사실도 없음에도, 처분청은 콘크리트공사비가 건축비용에 포함된 것을 사유로 건축법상의 대수선공사를 시행한 것으로 본 것은 잘못이라 하겠으나, 지방세법시행령 제76조 각호에서 정하는 시설물을 설치하는 경우에 이를 개수로 보아 취득세를 과세하도록 규정하고 있는데, 청구인의 공사내용상 보일러, 발전시설 등을 설치한 사실이 확인되고 있는바, 이러한 시설의 취득가액은 취득세과세표준에 포함되어야 할 것이지만, 사후에 이러한 취득세과세대상이 되는 개수부분에 대한 취득가격을 재조사하여 부과하는 것은 별론으로 하더라도, 처분청이 이러한 시설의 취득가액에 대한 명확한 근거자료를 제시하지 못하고 있으므로 일단 △△전화국과 관련하여 부과한 취득세 등을 전부 취소할 수밖에 없다 하겠고, 둘째로 ○○전화국에 대하여 보면, ○○전화국은 지상1층, 지상4층, 연면적 6,453.96㎡의 규모이고, 공사내용은 건축공사로서 가설공사, 조적공사, 석공사, 금속공사, 미장공사, 창호공사, 유리공사, 도장공사, 수장공사, 세라믹판넬공사, 부대토목공사, 철거공사를 시행하며, 그 이외에도 법인장부상 △△전화국과 유사하게 각종 부대설비를 교체하거나 설치한 사실을 알 수 있는바, ○○전화국과 관련하여서도 청구인이 대수선허가를 받은 사실이 없고, 전체적인 건축공사내용도 건축법상의 대수선공사로 보여지지 아니하며, 처분청에서도 콘크리트공사비가 법인장부상 기재되어 있는 사실 이외에는 당해 공사가 대수선공사에 해당된다는 구체적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있으므로, 이를 대수선에 해당된다고 인정하기는 어렵다 하겠으나, 법인장부에서 동력설비, 냉난방설비 등과 관련된 지출이 있는 사실을 볼 때, 지방세법상 취득세과세대상이 되는 개수가 이루어진 것으로 볼 수 있지만, 이러한 개수비용이 정확히 확인되고 있지 아니하므로 사후에 이를 재조사하여 부과하는 것은 별론으로 하더라도 일단은 취득세 등을 전부 취소할 수밖에 없다 하겠다.
  따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.