서  울  행  정  법  원
제    3    부
판         결
사       건 2005구합1466  취득세등부과처분취소
원       고 비젼ooo 주식회사
              소송대리인 법무법인 태o
              담당변호사 박oo
피       고 서울특별시 영등포구청장
변 론 종 결 2005. 6. 24.
판 결 선 고 2005. 7. 8.
 
주       문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
 
청 구 취 지
피고가 2004. 7. 14. 원고에 대하여 한 취득세 금 38,942,280원, 농어촌특별세 금 3,454,000원, 등록세 금 175,960,890원, 지방교육세 금 32,366,170원의 부과처분을 각 취소한다. 
 
이       유
1. 처분의 경위
  가. 원고는 2000. 3. 30. 서울 양천구 신월6동 559-2 삼정빌딩 102호를 본점소재지로 하여 차공구 제조판매업, 자동차부품 제조판매 등을 목적(2003. 6. 4. 위 목적사업을 절삭공구 제조 및 판매 등으로 변경)으로 설립된 법인인바, 2003. 6. 9. 아파트형공장을 설립하기 위하여 서울 영등포구 문래동 5가 23-5 공장용지 765.7㎡와 그 지상 건물 518.34㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 취득하고 같은 해 6. 11. 그 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.
  나. 그 후 원고는 피고에게 이 사건 부동산의 취득에 따른 취득세 및 등록세에 대한 면제를 신청하여, 피고로부터 구 서울특별시세감면조례(2003. 12. 30 조례 제4160호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘감면조례’라 한다) 제18조 제1항 소정의 아파트형공장을 설립할 목적으로 취득한 부동산에 해당하여 취득세 등을 면제받았다.
  다. 그런데 피고는 원고가 위 감면조례에서 정한 아파트형공장을 설립하지 않은 채 2004. 2. 27. 소외 태흥개발 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)에게 이 사건 부동산을 매도하였음을 이유로, 2004. 7. 14. 원고에 대하여 이 사건 부동산에 관한 취득세 금 38,942,280원, 농어촌특별세 금 3,454,000원, 등록세 금 175,960,890원(지방세법 제138조 제1항 소정의 대도시지역 내 법인설립 후 취득한 부동산등기의 중과세율을 적용), 지방교육세 금 32,366,170원을 추징하는 이 사건 처분을 하였다.
  [인정근거]  다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
  가. 원고의 주장
  (1) 원고가 소외 회사에게 이 사건 토지상에 아파트형공장을 신축하는 공사를 금 35억원에 도급주었는데, 산업자원부와 중소기업청에서 약속한 금 50억원의 시설지원자금의 지연과 제조업의 경기침체 등으로 인하여 소외 회사에게 위 공사대금을 지급하지 못하게 되었고, 그리하여 2004. 2. 27. 위 공사비의 지급을 담보하기 위하여 이 사건 부동산에 관하여 소외 회사의 명의로 소유권이전등기를 마친 것일 뿐이고 이 사건 부동산을 매도한 것이 아니다.
  (2) 감면조례 제18조 제1항 단서는 건축물의 사용승인서 교부일로부터 5년 이내에 정당한 사유 없이 매도하는 경우에 면제한 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있는데, 원고가 이 사건 아파트형공장이 완공되어 사용승인을 받기 이전에 이 사건 부동산을 매도한 것이므로 위 5년 기간의 기산점이 아직 도래하지 아니하였고, 따라서 감면조례의 추징사유에 해당하지 아니한다.
  (3) 원고가 산업자원부와 중소기업청에서 약속한 금 50억원의 시설지원자금의 지연과 제조업의 경기침체 등으로 인하여 자금사정이 어려워 이 사건 부동산을 어쩔 수 없이 매도하였으나 이 사건 아파트형공장을 설립하기 위하여 계속 노력하여 온 점, 원고가 2004. 3. 9. 피고로부터 이 사건 아파트형공장의 신설 승인시 부여한 당초조건을 이행하는 것을 조건하에 사업자를 소외 회사로 변경하는 승인을 받아 공장 또는 벤처기업 용도로 이 사건 부동산을 매도한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 부동산의 매도에 정당한 사유가 있다.
  (4) 설령 이 사건 취득세 등의 추징이 정당하다고 할지라도, 원고가 소외 회사로부터 이 사건 아파트형공장 중 1층과 2층을 분양받아 현재 공장으로 계속 사용하고 있으므로, 위 2개층에 해당하는 취득세 등은 추징대상에서 제외되어야 한다.
  나. 관계법령
  별지 기재와 같다.
  다. 인정사실
  (1) 원고는 이 사건 토지상의 구 건물을 철거하고 그 지상에 지하 1층 지상 8층의 아파트형공장을 설립하여 일부는 원고의 공장으로 사용하고 일부는 분양할 목적으로, 2003. 7. 9. 피고로부터 이 사건 아파트형공장의 건축허가를 받아 공사에 착공하였고, 이 사건 아파트형공장을 건축 중이던 2004. 2. 27. 소외 회사에게 이 사건 부동산을 매도하였다.
  (2) 소외 회사는 2004. 3. 9. 피고로부터 이 사건 아파트형공장의 신설 승인시 부여한 당초조건을 이행하는 조건으로 아파트형공장의 설립변경승인을 받고, 같은 달 11. 이 사건 토지의 취득에 관하여 서울특별시세감면조례 제19조 제1항의 규정을 근거로 하여 취득세 및 등록세의 면제를 신청하여 피고로부터 이를 면제받았다.
  (3) 소외 회사는 2004. 3. 12. 이 사건 토지에 관하여 그 명의로 소유권이전등기를 마치고, 2004. 11. 3. 이 사건 아파트형공장의 사용승인을 받아 그 명의로 소유권보존등기를 마쳤다.
  (4) 한편, 원고는 소외 회사로부터 이 사건 아파트형공장 중 101호, 201호를 분양받은 다음, 2005. 1. 18. 서울특별시세감면조례 제19조 제2항에 따른 취득세 등의 면제를 신청하여 피고로부터 면제를 받았다.
  [인정근거]  갑 제3호증, 을 제1호증, 을 제2호증의 1 내지 7, 을 제3호증의 1, 2, 을 제4호증의 1 내지 12, 을 제6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
  [부족증거]  갑 제5호증의 1, 2, 갑 제12호증의 각 기재
  라. 판단
    (1) 원고의 첫째 주장에 대한 판단
  위 인정사실에 의하면, 원고가 소외 회사에게 이 사건 부동산을 단지 양도담보의 목적으로 제공한 것이 아니라 실제로 매도하였다고 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.
    (2) 원고의 둘째 주장에 대한 판단
  감면조례 제18조 제1항은 공업배치및공장설립에관한법률(2002. 12. 30. 법률 제6842호로 산업집적활성화및공장설립에관한법률로 법명이 변경되었다) 제2조 제6호의 규정에 의한 아파트형공장(동일건축물 안에 다수의 공장이 동시에 입주할 수 있는 3층 이상의 집합건축물로서 6이상의 공장이 입주할 수 있는 건축물을 말한다)을 설립할 목적으로 취득하는 부동산(이미 사업용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하고, 그 부동산을 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다고 규정하고, 다만 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 건축공사에 착공하지 아니하거나 건축물의 사용승인서교부일로부터 5년 이내에 정당한 사유 없이 공장 또는 벤처기업 이외의 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세 및 등록세를 추징한다고 규정하고 있다.
  위 면제규정의 입법취지는 아파트형공장을 설립하여 이용하고자 하는 자에게 세제혜택을 주어 산업의 집적을 활성화하고 공장의 원활한 설립을 할 수 있도록 도와주기 위한 데 있다고 할 것이고, 따라서 위 단서의 추징규정은 아파트형공장을 설립할 목적으로 부동산을 취득한 자가 정당한 사유 없이 취득일로부터 1년 이내에 그 부동산 취득의 목적에 따른 건축공사에 착공하지 아니하거나, 착공하였다고 하더라도 사용승인(최소한 시장·군수 또는 구청장으로부터 건축법 제18조 제1항의 규정에 의한 사용승인을 받아야 아파트형공장으로서 설립되었다고 할 것이다)을 받기 이전에 매각 등을 함으로써 더 이상 아파트형공장의 설립이라는 부동산 취득의 목적을 달성할 수 없게 되는 경우 또는 그 부동산 취득의 목적에 따라 아파트형공장을 설립하기는 하였으나 사용승인을 받은 날로부터 5년 이내에 정당한 사유 없이 공장 또는 벤처기업 이외의 용도로 분양·임대하거나 매각함으로써 아파트형공장으로 이용하지 않는 경우에는 위 면제규정 본래의 의도와 어긋나므로 면제하였던 세액을 추징하겠다는 취지라고 해석할 것이다.
  이 사건에 있어서, 원고가 이 사건 아파트형공장을 착공한 후 그 사용승인을 받기 이전에 소외 회사에게 이 사건 부동산을 매도함으로써 더 이상 아파트형공장의 설립이라는 이 사건 부동산 취득의 목적을 달성할 수 없게 되었다고 할 것이므로, 감면조례 제18조 제1항 단서에 규정된 취득세 등의 추징사유가 발생하였다고 할 것이다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.
    (3) 원고의 셋째 주장에 대한 판단
  감면조례 제18조 제1항 단서의 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 부동산의 취득자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유를 뜻하는 것이 원칙이고, 그 부동산의 취득자의 내부적인 사유의 경우에는 아파트형공장을 설립하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하고도 과실 없이 아파트형공장을 설립할 수 없거나 매각할 수밖에 없는 경우에 한한다고 할 것인바, 이 사건에 있어서 원고가 자금사정의 곤란으로 인하여 이 사건 아파트형공장을 설립하지 못하고 이 사건 부동산을 매도할 수밖에 없었음을 인정할 아무런 증거가 없을 뿐만 아니라, 설령 위와 같은 사정이 인정된다고 하더라도 이는 원고의 내부적인 사정에 불과하다 할 것이어서 그러한 내부적 사정만으로는 정당한 사유가 있었다고 할 수 없다.
  또한 피고의 이 사건 아파트형공장에 관한 설립변경승인은 이 사건 부동산을 매수한 소외 회사가 산업집적활성화및공장설립에관한법률 제28조의2 제1항, 제13조 제1항 소정의 아파트형공장의 설립자로서의 자격요건을 갖추고 있는지 여부만을 판단하여 변경승인한 것이므로, 위 변경승인을 받았다고 하여 이 사건 부동산의 매도에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.
    (4) 원고의 넷째 주장에 대한 판단
  위 인정사실에 의하면, 원고가 이 사건 부동산을 매도하였다가 소외 회사로부터 이 사건 아파트형공장 중 101호, 102호를 분양받은 것이므로, 위 101호, 102호를 계속하여 소유하고 있었음을 전제로 한 원고의 위 주장도 이유 없다.
3. 결론
  그렇다면, 이 사건 처분은 적법하므로 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.  
 

관계법령
1. 구 서울특별시세감면조례(2003. 12. 30 조례 제4160호로 개정되기 전의 것)
제1조 (목적) 이 조례는 지방세법 제9조의 규정에 의하여 서울특별시세의 과세면제 및 불균일과세에 관한 사항을 규정함을 목적으로 한다.
제18조 (아파트형공장 및 협동화공장에 대한 감면) ① 공업배치및공장설립에관한법률 제2조 제6호의 규정에 의한 아파트형공장을 설립할 목적으로 취득하는 부동산(이미 사업용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하며, 그 부동산을 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 건축공사에 착공하지 아니하거나 건축물의 사용승인서교부일로부터 5년 이내에 정당한 사유없이 공장 또는 벤처기업 이외의 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세 및 등록세를 추징한다.
② 아파트형공장에 입주하여 사업을 영위하고자 하는 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자가 공업배치및공장설립에관한법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 사업 또는 벤처기업을 영위할 목적으로 아파트형공장 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 아파트형공장용 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만, 그 취득한 날부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 사업 또는 벤처기업용에 직접 사용하지 아니하는 경우와 5년 이내에 매각하거나 다른 용도에 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

2. 서울특별시세감면조례
제19조 (아파트형공장 및 협동화공장에 대한 감면) ① 산업집적활성화및공장설립에관한법률 제2조 제6호의 규정에 의한 아파트형공장을 설립할 목적으로 취득하는 부동산(이미 아파트형공장용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하며, 그 부동산을 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 건축공사에 착공하지 아니하거나 건축물의 사용승인서 교부일부터 5년 이내에 정당한 사유없이 공장 또는 벤처기업 이외의 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세 및 등록세를 추징한다.
② 아파트형공장에 입주하여 사업을 영위하고자 하는 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자가 산업집적활성화및공장설립에관한법률 제28조의5 제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 사업 또는 벤처기업을 영위할 목적으로 아파트형공장 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 아파트형공장용 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만, 그 취득한 날부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 사업 또는 벤처기업용에 직접 사용하지 아니하는 경우와 5년 이내에 매각하거나 다른 용도에 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

3. 산업집적활성화및공장설립에관한법률
제1조 (목적) 이 법은 산업의 집적을 활성화하고 공장의 원활한 설립을 지원하며 산업입지 및 산업단지의 체계적 관리를 실현함으로써 지속적인 산업발전 및 균형있는 지역발전을 통하여 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다.
제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
  6. "아파트형공장"이라 함은 동일건축물안에 다수의 공장이 동시에 입주할 수 있는 다층형 집합건축물로서 대통령령이 정하는 것을 말한다.
제13조 (공장설립등의 승인) ① 공장건축면적이 500제곱미터이상인 공장의 신설·증설 또는 업종변경(이하 "공장설립등"이라 한다)을 하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 시장·군수 또는 구청장의 승인을 얻어야 하고, 승인을 얻은 사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다. 다만, 승인을 얻은 사항중 산업자원부령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장·군수 또는 구청장에게 신고하여야 한다.
제28조의2 (아파트형공장의 설립등) ① 제13조·제13조의2·제13조의3·제13조의4·제13조의5·제14조·제14조의2·제14조의3·제14조의4 및 제18조의 규정은 아파트형공장의 설립승인, 인·허가등의 의제, 설립등의 승인에 대한 특례, 처리기준의 고시등, 설립등의 승인취소, 건축허가, 사용승인, 제조시설설치승인, 제조시설설치승인의 취소 및 협의에 관하여 이를 준용한다. 끝.