종교재산의 사업용 재산인지 판단 기준
(2003. 6. 25. 선고 2003두3796 판결)

<개요>
□ 당사자
- 원고(피상고인) : 재단법인 ○○○교회유지재단
- 피고(상고인) : 광주광역시 ○구청장

□ 사건개요
- 원고는 천주교○○대교구에 속하는 모든 교회의 운영 등을 목적으로 설립된 법인으로서, 1995. 2. 16. 광주 남구 ○○동 산88-1 임야 1,686㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)을 대금 2,500만원에 취득하고, 1995. 3. 3. 원고 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

- 이에 피고는 비영리법인인 원고가 그 목적사업에 직접 사용하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하여 등기한 것으로 보고, 구 지방세법 107조, 127조에 의하여 취득세와 등록세를 부과하지 아니하였다.

- 그 후 원고는 이 사건 토지를 원고 재단 산하의 천주교 남동교회에 관리를 맡겨 그 신도를 위한 묘지로 사용하게 하였다. 그러자 피고는 2001. 5. 10. 원고가 이 사건 부동산의 취득일 및 등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 이를 그의 고유 목적사업에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로, 지방세법 소정의 규정에 의하여 이 사건 토지에 관하여 과세하지 아니하였던 취득세 4,500,000원, 농어촌특별세 412,500원, 등록세 900,000원, 지방교육세 165,000원을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

※ 관련규정
지법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제107조, 제127조

□ 심급내역
- 대법원 : 원고패(심리불속행기각)
- 광주고등법원 2003. 3. 27. 선고 2002누20859 판결 : 원고승(항소기각)
- 광주지방법원 2002. 10. 17. 선고 2002구합1038 판결 : 원고승

<판단>
가. 당사자 주장
(1) 원고
① 원고가 이 사건 토지를 취득한 날은 1995. 2. 16.(1995. 2. 15.은 착오기재로 선해한다)이고, 소유권이전등기를 경료한 날은 1995. 3. 3.인바, 이때로부터 5년의 지방세 부과권의 제척기간과 5년의 지방세 징수권의 소멸시효가 경과한 2001. 5. 10.자 이 사건 처분은 당연무효이다.

② 비록 법인등기부상의 목적에 교회 묘지 조성·관리사업이 명기되어 있지 않지만 신도들에게 제공할 목적으로 묘지를 조성, 관리하는 사업은 장례미사나 위령미사 등 종교의식에 수반되는 사업으로 원고 재단의 목적사업(전교 및 기타 자선사업)에 포함된다고 할 것인바, 이 사건 토지의 취득 및 등기일 무렵부터 이 사건 토지를 천주교 ○○교회 신도 등의 묘지로 사용하였으므로, 원고로서는 이 사건 부동산을 그 고유 목적사업에 직접 사용하였다고 할 것이며, 이 사건 토지의 취득 및 등기에 대하여는 취득세, 등록세 등을 부과하여서는 아니됨에도 불구하고, 이와 달리 보고 취득세, 등록세 등을 부과한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고
① 지방세 부과권 제척기간 및 징수권 소멸시효의 기산일은 유예기간 3년이 경과하여 신고납부기한 30일이 지난 후가 되고, 이 사건 처분일은 이때로부터 5년이 도과되지 않아 적법하다.
② 교회 묘지 조성·관리사업은 원고 재단의 법인등기부상 목적사업에 포함되어 있지 않아 원고 재단의 고유의 목적사업이라 할 수 없고, 나아가 묘지 관리사업은 한국산업표분표상의 묘지 및 화장업(그외 기타 서비스업)에 해당할 뿐만 아니라 묘지 및 화장업묘지를 이용하는 신도들로부터 연2만원의 관리비까지 징수하고 있으므로, 지방세법 107조, 127조 각 단서의 수익사업에 해당하여 비과세 대상이 아니다.

나. 관계법령(생략)

다. 인정사실
(1) 원고(1938. 5. 24. 성립)는 1957. 11. 27. 광주 남구 ○○동 산86-3 임야 25,587㎡을 취득하였는바, 1958. 3. 20. 박○○가 위 임야에 대하여 전남도지사로부터 사설묘지허가를 받아 그 무렵부터 원고 신도를 위한 묘지(약600여기)를 설치하여 관리하여 왔다.
(2) 원고는 1995. 2. 15. 위 산86-3 임야에 기설치하여 운영중인 묘지와 연계하여 신도들에게 새로운 묘지를 제공할 목적으로 위 산86-3 임야 중심부에 위치한 이 사건 토지를 정○○으로부터 2,500만원에 매수한 후 1995. 2. 16. 정○○에게 잔금을 지급하고, 1995. 3. 3. 원고 명의로 소유권이전등기를 경료하였다.
(3) 이 사건 토지 중 약80% 정도에 해당하는 면적에 분묘가 설치되어 있고, 나머지는 아직 묘지로 사용되고 있지 않다.
(4) 이 사건 토지상의 묘지는 원고 재단 산하 천주교 ○○교회 ○○묘지 관리 위원회에서 관리를 하고 있고, 위 교회에 교적을 둔 자와 그 가족 등으로 한정하여 묘지를 제공하고, 연2만원의 관리비를 받고 있다.
(5) 등기부등본에 기재된 원고 재단의 주요 목적사업은 아래와 같다.
- 교회가 설립 안된 각 시,읍면에 교회를 신설하고 전교사업을 행한다.
- 기타 자선사업
- 각호에 부속되는 일체의 사업 및 각호의 사업을 위하여 이미 확보된 교회의 일부 재산 및 일부시설을 임대할 수 있다.
[인정근거 : 갑1∼갑6, 갑10-2, 을3-2, 을5-1, 을6, 을7, 을8-2, 을10-2, 이 법원의 현장검증결과, 변론의 전취지]

라. 판단
(1) 판단의 전제
(가) 지방세법 107조 단서, 127조 단서의 취지는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여, 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득 및 이에 관한 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 과세하지 아니하는 혜택을 주되, 취득 및 등기일로부터 3년 이내에 이를 정당한 사유 없이 고유의 목적사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는, 취득세 및 등록세를 부과함으로써, 부동산의 효용가치를 증대시키고, 부동산투기 등을 근절하는 데 있다.

(나) 위 각 규정 소정의 “직접 사용”의 범위는 아무런 규정을 둔 바 없으므로, 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 1995. 4. 14. 선고 94누8211, 94누8228 판결 등 참조).

(2) 원고의 첫째 주장에 대한 판단
취득세나 등록세에 있어서 유예기간의 경과와 함께 비업무용부동산이 되어 취득세나 등록세를 중과하는 경우의 중과되는 취득세 등의 납세의무의 성립시기는 그 유예기간이 경과한 때이고(대법원 1991. 2. 26. 90누7050 판결 등 참조), 한편, 지방세법 120조 및 150조의 2 각 3항, 시행령 14조의 2 2항 3호에 의하면, 이 법에 의하여 취득세(등록세)를 비과세 받은 후에 과세물건이 취득세(등록세) 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 그 사유발생일로부터 30일 이내에 신고납부하여야 하고, 비과세 받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음날이 제척기간의 기산일이 되므로, 이 사건 취득세 제척기간의 기산일은 1998. 3. 16.이 되고(납세의무성립일은 1995. 2. 16.부터 3년이 경과한 1998. 2. 16.이 됨), 이 사건 등록세 제척기간의 기산일은 1998. 4. 3.(납세의무성립일은 1995. 3. 3.로부터 3년이 경과한 1998. 3. 3.이 됨)이 되어 이 사건 처분일은 이때로부터 5년이 지나지 않음이 역수상 명백하므로, 이와 다른 전제에선 원고의 위 주장은 이유없다(원고는 징수권 소멸시효 도과도 주장하나 징수권은 조세채권이 확정되었을 것을 전제로 하는 것인바, 이 사건 처분으로 비로소 조세채권이 확정되었으므로, 위 주장도 이유없다)

(3) 원고의 둘째 주장에 대한 판단
원고 재단의 천주교 교회는 신도가 사망하면 장례미사를 거행하고 묘지에 매장한 후 수시로 위령미사를 실시하는데, 묘지는 이러한 장례미사 등의 종교의식이 행하여지는 장소로서 원고 재단이 교회 묘지를 관리·운영하는 것은 교회 의식에 대한 장례절차의 수행 등 여러 가지 종교행사를 통하여 원고 재단의 종교를 보다 널리 알리고, 저렴한 비용으로 교회 묘지를 사용할 수 있는 특혜를 교인들에게 줌으로 인해 원고 재단의 교인을 보다 많이 확보하기 위한 전교에 그 본질적인 목적이 있다고 할 것인데(원고 재단의 목적사업에 명시적으로 묘지의 조성이나 관리사업이 기재되어 있지 않았다고 하여 달리 볼 것은 아니고, 위와 같은 묘지의 설치 목적과 위 인정사실에서 나타난 운영형태, 위 규정취지 등에 비추어 교회 묘지의 조성·관리사업은 적어도 위 전교사업에 부속되는 사업범위에 포함된다 할 것이다), 위 인정사실에 나타난 바와 같이 원고 재단이 신도들에게 교회 묘지로 제공할 목적으로 이 사건 토지를 취득하여 등기를 경료한 이후 그 무렵부터 원고 재단 산하 천주교 ○○교회 묘지 위원회에 관리를 맡겨 위 ○○교회 신도들에게 묘지로 제공하게 하였으므로, 결국 원고 재단은 이 사건 토지를 취득 및 등록일로부터 3년 이내에 그 고유 목적사업에 직접 사용한 때에 해당하여 이와 다른 전제에서 원고에 대하여 취득세, 등록세 등을 부과한 피고의 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다(이 사건 토지를 둘러싼 위 산86-3임야 전체가 원고 재단의 교회묘지로 조성되어 관리되고 있는 점, 이 사건 토지의 위치 등을 감안하면, 이 사건 토지를 교회묘지로 추가 사용하는 것이 이 사건 토지의 효용가치를 증대시킨다고 볼 수 있어 위 (1)의 (가)항에서 본 규정취지에도 부합한다고 할 것이다)

피고는, 묘지 조성·관리 사업이 한국표준산업분류표상의 서비스업의 일종으로 분류된 점과 원고 재단(천주교 ○○교회 묘지 위원회)이 묘지 제공 대가로 신도들로부터 연2만원의 관리비를 징수하는 것을 근거로 교회 묘지 조성·관리사업이 지방세법 107조, 127조 각 단서의 수익사업에 해당한다는 취지로 주장하므로 살피건대, 법인세법 시행령 2조 1항 및 을11호증의 기재에 의하면, 묘지 관리사업이 한국표준산업분류표상 서비스업의 일종으로 분류된 사실이 인정되어 일응 수익사업에 해당한다고 할 수 있으나, 한편, 관계법령(법인세법 시행령 2조 1항 단서, 부가가치세법 시행령 37조)에 의하면, “주무관청에 등록된 종교단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역”은 수익사업에 포함되지 아니한바, 앞서 본 바와 같이 교회 묘지 조성·관리 사업은 저렴한 비용으로 교회 묘지를 사용할 수 있는 특혜를 교인들에게 줌으로 인해 원고 재단의 교인을 보다 많이 확보하기 위한 전교에 그 본질적인 목적이 있다는 사정에 위 인정사실에서 나타난 원고 재단의 사업목적, 이 사건 토지의 취득목적, 실제사용관계, 관련법의 취지 등을 전체적으로 고려하여 보면, 원고 재단의 교회 묘지 조성·관리 사업은 원고 재단이 신도들에게 실비(연2만원)로 공급하는 재화 및 용역에 포함되어 위 수익사업에 해당되지 않는다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에선 피고의 위 주장은 이유없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.