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법령해석 사례
문서번호/일자  
감     사     원
심  사  결  정
결 정  번 호     2005년 감심 제59호
제        목     법인세 등 부과에 관한 심사청구
청   구   인     주식회사 ㅇㅇㅇㅇㅇ
                 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 203-9, 10
                 대표이사 ㅇㅇㅇ
                 대리인 우리세무법인
                 세무사 ㅇㅇㅇ
처   분   청     ㅇㅇ세무서장
주        문     심사청구를 기각한다.
이       유
1. 원 처분의 요지
    처분청은 청구인이 「조세특례제한법」 제6조의 규정에 의하여 창업벤처중소기업 세액감면을 적용받는 것으로 1999사업연도 법인세를 신고한 것에 대하여 개인사업자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우에는 감면대상인 창업으로 보지 아니하도록 규정한 「조세특례제한법」 제6조 제4항을 적용하여 2004. 6. 1. 1999사업연도 법인세 164,819,250원을 경정·고지(이하 「이 사건 부과처분」 이라 한다)하였다.
2. 심사청구의 취지와 이유
  가. 청구 취지
    이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구.
  나. 청구 이유
    1999. 3. 19. 상법이 정하는 절차에 따라 발기인들이 새로이 법인을 설립, 창업하여 같은 해 12. 30. 벤처기업으로 확인받은 중소제조업체로서 창업 후 2년 이내에 벤처기업으로 확인받아야 하는 요건과 업종제한 등 다른 감면 요건을 모두 충족하였는데도 처분청이 1999사업연도 법인세를 경정하면서 과세근거로 2000. 12. 29. 신설된 「조세특례제한법」 제6조 제4항을 적용한 것은 소급과세금지의 원칙에 반하는 것으로 이 사건 부과처분은 부당하다.
3. 우리 원의 판단
  가. 다툼
    개인사업자가 법인으로 전환한 경우는 창업으로 보지 아니하도록 규정된 개정 「조세특례제한법」을 적용한 것이 소급과세금지의 원칙에 위배되는지 여부
  나. 인정 사실
    이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.
    (1) 청구외 ㅇㅇㅇ은 1992. 4. 6. ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 998-4에서 ㅇㅇㅇㅇ라는 상호로 금속압형전자부품 제조업을 운영(사업자등록번호 : 000-00-00000)하다가 1999. 3. 19. 위 ㅇㅇㅇㅇ의 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 포괄적으로 청구인에게 양도하는 계약을 체결한 후 같은 해 5. 3. 법인전환을 사유로 폐업하였다.
    (2) 청구인은 위 ㅇㅇㅇㅇ의 사업을 양수하여 대표이사를 ㅇㅇㅇ으로, 상호를 주식회사 ㅇㅇㅇㅇ(이후 주식회사 ㅇㅇㅇㅇㅇ로 변경)으로, 설립일을 1999. 3. 19.로 하여 사업자등록(사업자등록번호 : 000-00-00000)을 하였다.
    (3) 청구인은 1999. 12. 30. 서울지방중소기업청장으로부터 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조의 규정에 의한 벤처기업임을 확인받았다.
    (4) 청구인은 창업일을 법인설립일인 1999. 3. 19.로 보고, 위 (3)항과 같이 창업일부터 2년 이내에 벤처기업임을 확인받았으므로 구 「조세특례제한법」(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조의 규정에 의하여 창업벤처중소기업 세액감면을 적용받는 것으로 1999사업연도 법인세를 신고하였다.
    (5) 처분청은 개인사업자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우에는 감면대상인 창업으로 보지 아니하도록 규정한 「조세특례제한법」 제6조 제4항을 적용하여 2004. 6. 1. 1999사업연도 법인세 164,819,250원을 경정·고지하였다.
  다. 관계 법령의 규정
    (1) 구 「조세특례제한법」 제6조 제2항에는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업 후 2년 이내에 동법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 것으로 규정하고 있고, 부칙 제2조에는 제6조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 창업하거나 벤처기업으로 확인받은 분부터 적용하는 것으로 규정하고 있다.
    (2) 「조세특례제한법」(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되어 공포한 날부터 시행) 제6조 제4항에는 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 내국인이 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 기존사업을 승계 또는 인수하거나 거주자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우에는 창업으로 보지 아니하는 것으로 규정하고 있고, 부칙 제4조에는 제6조의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도부터 적용하는 것으로 규정하고 있다.
    (3) 구 「조세특례제한법 시행령」(2000. 12. 29. 대통령령 제17034호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조 제4항에는 법 제6조 제2항에서 “대통령령이 정하는 기업”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 기업을 말하는 것으로 규정하면서 그 제1호에 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항 제1호·제3호 및 제4호의 규정에 의한 중소기업을, 그 제2호에 기술 및 인력개발을 위하여 지출하는 비용 중 재정경제부령이 정하는 비용이 당해 과세연도의 수입금액의 100분의 5 이상인 중소기업을 각각 열거하고 있다.
    (4) 구 「중소기업창업지원법」(2000. 1. 21. 법률 제6194호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1호에는 “창업”이라 함은 중소기업을 새로이 설립하는 것이라고 규정하면서 이 경우 창업의 범위는 대통령령으로 정하는 것으로 규정하고 있고, 구 「중소기업창업지원법 시행령」(2000. 5. 10. 대통령령 제16806호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항에는 「중소기업창업지원법」 제2조 제1호의 규정에 의한 창업은 다음 각호의1에 해당하지 아니하는 것으로서 중소기업을 새로이 설립하여 사업을 개시하는 것을 말한다고 규정하면서 그 제2호에 개인사업자인 중소기업자가 법인으로 전환하거나 법인의 조직변경 등 기업형태를 변경하여 변경전의 사업과 동종의 사업을 계속하는 경우를 열거하고 있다.
  라. 판단
    청구인은 처분청이 1999사업연도 법인세를 부과하면서 2000. 12. 29. 신설된 구 「조세특례제한법」 제6조 제4항의 규정을 적용한 것은 소급과세금지의 원칙에 반하는 것이라고 주장한다.
    살피건대, 구 「조세특례제한법」 제6조 제2항의 규정에 따르면 중소기업이 창업 후 2년 이내에 벤처기업으로 확인받은 경우에는 법인세의 50%를 감면할 수 있도록 규정하면서 창업의 범위를 별도로 규정하지 아니하고 있다. 그러나 위 「같은 법」 제6조 제2항의 입법취지는 벤처중소기업의 창업을 지원하는데 있다 할 것이고, 또한 구 「중소기업창업지원법」에서 창업이란 중소기업을 새로이 설립하는 것이라고 규정하고 있으며 「같은 법 시행령」 제2조 제1항 제2호에서 개인사업자인 중소기업자가 법인으로 전환하거나 법인의 조직변경 등 기업형태를 변경하여 변경전의 사업과 동종의 사업을 계속하는 경우에는 창업이 아닌 것으로 규정하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 「조세특례제한법」 제6조 제2항에 규정된 ‘창업’이라 함은 중소기업을 새로이 설립하여 새로운 사업을 최초로 개시하는 것이므로 개인사업자가 법인으로 전환하는 경우에는 기존 조직을 변경하는 것이지 창업이라고 볼 수 없다 할 것이다.
    다만, 처분청이 1999사업연도의 법인세를 경정하면서 2000. 12. 29. 신설된 「조세특례제한법」 제6조 제4항의 규정을 근거로 적용한 것에는 잘못이 있다고 할 것이나, 개인사업자가 법인으로 전환하는 경우에는 창업중소기업 등에 대한 세액감면 요건인 창업에 해당되지 아니하는 이상 위 법령적용의 잘못을 이유로 이 사건 부과처분을 취소할 수는 없다고 할 것이므로 청구인의 주장은 이유 없다고 할 것이다.
4. 결론
    그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 부과처분은 정당하고, 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
2005. 6. 24.
                         감     사     원