종교단체에 소속된 교회에서 부동산을 취득하여 일부 종교목적으로 사용하고 일부는 수익사업에 사용하던 중 부동산 전체를 종교재단으로 소유권이전하는 경우, 수익사업용에 사용하는 부동산에 대한 취득세 납세의무가 있는지 여부

[회신] 세정-3468, 2005. 10. 27

가. 지방세법 제107조와 그 제1호에서 종교, 학술, 기타 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산은 취득세가 비과세 되나 수익사업에 사용하는 경우, 그 해당 부분에 대하여는 취득세를 부과한다고 규정하고 있습니다.

나. 종교재단과 동 종교재단에 소속된 교회는 정관과 회계 등 모든 운영이 독립적으로 운영되고 있어 별도의 비영리사업자에 해당되는 것이므로 재단에 소속된 교회에서 부동산을 취득하여 사용하던 중 소속된 종교재단에 증여함에 따라 소유권을 이전하는 경우라면 종교재단이 교회로부터 취득하는 부동산으로서 종교목적에 사용하는 부분은 취득세의 비과세대상이 되는 것이나, 수익사업에 사용하는 부분은 취득세 납세의무가 있는 것입니다.