벤처기업의 사업용 재산에 대한 감면

○○판넬(주)(이하 “갑”이라 함)은 1999년 6월 25일 창업하였습니다.
그리고 이 후
-1차 벤처 확인(유효기간 1999. 10. 19 - 2001. 6. 30)
-2차 벤처 확인(유효기간 2001. 7. 4 - 2003. 7. 3)
-3차 벤처 확인(유효기간 2003. 7. 4 - 2005. 7. 3)을 받았습니다.
갑은 2003. 3월에 ○○군 ○○면 ○○리에 공장용지 등을 구입하면서 지방세(취득세, 등록세 등)를 감면 받았습니다.
현재 상기 감면받은 지방세에 대해 부과 결정이 내려졌는데 그 사유가 갑이 창업 후 2년 이내의 기간에 벤처확인을 받지 못한 것이라고 합니다.
첨부한 벤처기업확인서를 보면 갑은 1999. 10. 19일 벤처기업 확인을 받은 이후로 계속하여 벤처기업확인을 받았습니다. (단 2001. 7. 1 - 7. 3, 3일을 제외하고)
이에 갑이 2001. 7. 1 ~ 7. 3. 3일 동안에도 벤처기업으로 계속 적용 받을 수 있는지 질의합니다.

[답변]
세정-2887, 2004. 9. 4
조세특례제한법 제119조 제3항 제1호 및 제120조 제3항에서 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(벤처기업으로 확인 받은 날을 말한다)부터 2년 이내에 취득(등기)하는 사업용 재산에 대하여는 취득(등록)세를 면제한다고 규정하고 있고, 벤처기업육성에관한법률 제25조의 규정에 의한 종전의 벤처기업 확인요령(중소기업청 고시 제2001-7호, 2001 5. 4) 제13조에서 벤처기업확인서의 유효기간이 만료됨에 따라 기존의 벤처기업이 벤처기업확인서의 재발급을 신청할 경우에도 동 요령 제4조 각호에 의한 증빙서류를 첨부하여 신청하도록 하면서 벤처기업의 요건을 충족하는 경우 벤처기업확인서를 재발급하도록 규정하였으며, 현행 벤처기업 확인요령(중소기업청 고시 제2003-12호, 2003. 8. 1) 제8조 제1호에서 기존 벤처기업이 유효기간 만료일전 2개월, 만료일 후 1개월 이내에 신청하는 경우에는 종전 유효기간 만료일 익일을 벤처기업의 확인일로 하고 있습니다.
귀 문의 경우 제1차 벤처기업확인의 유효기간 만료일(2001. 6. 30) 전에 기존 벤처기업의 지위에서 벤처기업확인서 재발급을 신청하였으나 중소기업청장의 확인절차나 벤처기업 평가기관의 현장실사 등 평가기간의 소요로 확인서 발급이 지체되어 종전 확인서의 유효기간 만료일 익일까지 발급되지 않은 경우라면 벤처기업으로 계속 적용함이 타당할 것이나 이 경우에도 제1차 벤처기업확인일(창업일)로부터 2년 이내에 사업용 재산을 취득하는 경우에 한하여 취득(등록)세가 면제되는 것이며, 이에 해당되는지 여부는 과세권자가 사실조사하여 판단할 사항입니다.