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법령해석 사례
문서번호/일자  
감     사     원
심  사  결  정
결 정  번 호     2009년 감심 제 130 호
제        목     등록세 등 부과에 관한 심사청구
청   구   인     주식회사 △△△△△
                    □□도 □□시 □□구 □동 □□□-□ □□□□타운 □□□호
                  대표이사 ○ ○ ○
                  대리인 △△△ ○○○
처   분   청     □□시 □□□□장
주        문    처분청은 2008. 5. 8.자로 청구인에 대하여 한 등록세 등 합계 617,818,560원의 부과처분을 취소하여야 한다.
이        유
1. 원 처분의 요지
  청구인은 1999. 12. 1. 해산된 청구 외 주식회사 △△(소재지 : □□□□시 □□구 □동 □□-□, 목적사업 : △△△, △△△△ △△△, △△△ △△△ 등)을 2001. 12. 21. 인수하여 상호를 주식회사 △△△△△로 변경하고, 본점 소재지를 □□도 □□시 □□구 □동 □□□□-□ □□□□□빌딩 □□□호로 이전하고, 목적사업을 △△△ △△ 및 △△△, △△△ △△ △△△ 및 △△ △△△ 등으로 변경하여 회사계속 및 상호 등 변경등기를 마쳤다. 그리고 2003. 6. 25. □□도 □□시 □□구 □동 □□□□-□ 건물 12,712.77㎡과 2004. 12. 18. 같은 구 □동 □□□□ 건물 18,847.94㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 각각 신축하여 소유권 보전등기한 데에 대하여 등록세 181,825,300원과 지방교육세 36,365,050원 합계 218,190,350원을 신고․납부하였다.
  이에 대하여 처분청은 2008. 5. 8. 위 회사계속등기일인 2001. 12. 24.을 법인설립일로 보아 이 사건 부동산의 취득, 등기에 대하여 구 「지방세법」(2006. 12. 30. 법률 제8147호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항 제3호의 중과세율(100분의 300)을 적용하여 산출한 등록세액에서 기납부한 세액을 공제한 등록세 520,981,490원(가산세 153,020,770원 포함)과 지방교육세 96,837,070원(가산세 23,244,930원 포함) 합계 617,818,560원을 부과 고지(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.
2. 심사청구의 취지와 이유
  가. 청구 취지
     이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
  나. 청구 이유
     청구인은 1993. 9. 8. 주식회사 △△ 설립 당시 부여받은 법인등록번호(○○○○○○-○○○○○○○)를 사용하고 있어 법인의 동일성이 유지되고 있는 데도 법인의 소재지, 상호, 사업목적 등의 변경사실만으로 법인의 새로운 설립으로 보아 이 사건 부동산 등기에 대하여 중과세하는 것은 부당하다.
3. 우리 원의 판단
  가. 다툼
     대도시 내에 설립된 지 5년 이상 된 휴면회사를 인수하여 회사계속 및 상호 등 변경등기한 후 부동산을 취득한 경우 위 회사계속등기한 날을 법인설립일로 볼 수 있는지 여부
  나. 인정 사실
     이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.
  (1) 청구 외 주식회사 △△(이하 “종전법인”이라 한다)은 1993. 9. 8. 본점 소재지를 □□□□시 □□구 □동 □□-□에 두고, 대표이사는 ○○○, 목적사업은 △△△,  △△△△ △△△, △△△ △△△, △△△ △△△ 등으로 하여 설립되었다.
  (2) 종전법인은 1995. 3. 31. 폐업하여, 1999. 12. 1. 상법 제520조의2 제1항에 따라 해산되었다.
  (3) 그리고 2001. 12. 21. 종전법인의 주식을 인수하여 같은 해 12. 24. 회사계속등기를 하면서, 상호는 주식회사 △△△△△, 대표이사는 ○○○로 변경하고, 본점 소재지는 □□도 □□시 □□구 □동 □□□□-□ □□□□□빌딩 □□□호로 이전하며, 기존의 목적사업을 모두 삭제한 후 △△△ △△ 및 △△ △△△, △△△ △△ △△△ 및 △△ △△△, △△△△ △ㆍ△△△ 등을 추가하였다는 내용의 변경등기를 하였다.
  (4) 청구인은 2003. 6. 18.과 2004. 12. 7. 이 사건 부동산을 각각 신축하여 소유권 보존등기한 데에 대하여 구 「지방세법」 제131조 제1항의 일반세율을 적용하여 등록세 등 계 218,190,350원을 2003. 6. 25.과 2004. 12. 18. 각각 신고 납부하였다.
  다. 관계법령의 규정
     별지 기재와 같다.
  라. 판단
     청구인은 휴면법인의 법인등록번호를 그대로 사용하고 있어 법인의 동일성이 유지되고 있는데도 법인의 새로운 설립으로 보아 이 사건 부과처분하는 것은 부당하다고 주장한다.
     살피건대 구 「지방세법」 제138조 제1항 제3호 및 구 「지방세법 시행령」(2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것) 제102조 제2항에 따르면 법인이 대도시 내에서 설립 후 5년 이내에 부동산을 취득하여 등기하는 때에는 그 등록세율을 제131조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고, 상법 제171조 제1항 및 제172조에 따르면 법인은 설립행위를 거쳐 본점소재지에서 설립등기를 함으로써 성립함과 동시에 법인격을 취득한다고 규정하고 있다.
     위 「지방세법」은 “법인이 대도시 내에서 설립 후 5년 이내에 부동산을 취득하여 등기”하는 경우 등록세를 중과세하도록 규정하고 있으나 어떠한 경우를 회사의 설립으로 볼 수 있는지 등에 대하여 아무런 규정을 두고 있지 않다. 등록세 중과요건을 해석에 의하여 확장하는 것은 조세법률주의의 내용인 과세요건 명확주의의 취지에 비추어 허용될 수 없고, 지방세법이 명문으로 회사 설립이라는 개념을 규정하고 있지 않은 이상, 위 「지방세법」 제138조 제1항의 회사설립은 상법상 ‘설립등기에 의한 설립’을 뜻하는 것으로 해석하여야 할 것이다. 상법에 따라 회사가 성립된 후에는 회사가 영업활동을 하지 않았다고 하더라도, 당해 법인의 법인격이 소멸되지 않는 한 같은 설립등기에 의한 새로운 회사의 설립은 있을 수 없으며 위 회사의 설립일은 당초 설립등기일이라고 보아야 한다.
     또한 조세법률주의 원칙상 처분청이 당사자의 거래행위를 그 형식에도 불구하고 조세회피행위라고 보아 그 실질에 따라 과세하기 위해서는, 이에 관한 개별적이고 구체적인 법률규정을 두어야 할 것이다. 법인 또는 개인이 새로이 사업 활동을 개시하기 위하여 신규 창업을 할 것인지 또는 기존 업체를 인수할 것인지 여부는 스스로 선택할 사항이라고 할 것이고, 그로 인한 조세의 내용이나 범위는 그 법률 관계에 맞추어 개별적으로 결정되어야 한다. 청구인이 주식 양수의 방법을 선택한 경우 그 궁극적 목적이 기존 법인과는 다른 사업을 하기 위한 것이라고 하더라도 종전법인이 기존의 법인격을 유지하고 있고 지방세법에 그와 같은 행위의 효력을 부인하는 규정을 두고 있지 않은 이상, 그 상호, 목적사업, 본점소재지, 이사 및 감사 등이 변경되는 일련의 행위를 새로운 법인의 설립으로 보아 실질과세원칙 등을 근거로 청구인에게 등록세 중과처분을 할 수는 없다고 할 것이다.
     따라서 처분청이 이 사건 회사계속 및 변경등기를 구 「지방세법」 제138조 제1항 제3호에 정한 법인의 설립에 해당한다고 보아 이 사건 부동산 등기에 대하여 등록세를 중과한 이 사건 처분은 취소되어야 한다.
4. 결론
  그렇다면 청구인의 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
2009. 5. 28.