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법령해석 사례
문서번호/일자 대법원 2016두59713 / 2017.04.13 

대법원 2016두59713(2017.04.13) 취득세 
(처분청패소)
【원 심 판 결】
서울고등법원 2016. 10. 14. 선고 2016누37272 판결
 
 제목
기존 지주회사의 신규 자회사편입으로 인한 과점주주 간주취득세 면제 여부
[판결요지]
지주회사에 대한 세제혜택의 취지 및 공정거래법에 의하여 허용되는 지주회사의 자회사 편입 유형 등을 종합하여 보면, 이미 공정거래법에 따라 설립 내지는 전환된 지주회사가 계열회사가 아닌 국내 회사의 주식을 일시에 취득함으로써 그 국내 회사를 자회사로 새로 편입하여 그 국내 회사의 과점주주가 된 경우에도, 이 사건 감면조항에서 정하고 있는 ‘지주회사가 된 경우’에 해당한다고 보아야 한다.
【주 문】
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.
【이 유】
상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서 등 서면들의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
1. 상고이유 제1점에 대하여
가. 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제105조 제6항은 ‘법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 해당 법인의 부동산을 취득한 것으로 본다’고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법(2010.12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제120조 제6항 제8호(이하 ‘이 사건 감면조항’이라 한다)는 ‘독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘공정거래법’이라 한다)에 따른 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 금융지주회사법에 따른 자회사의 주식을 취득함으로써 「지방세법」제22조 제2호에 따른 과점주주에 해당하게 되는 경우 그 과점주주에 대하여는 간주취득세의 부과에 관한 구 「지방세법」제105조 제6항의 규정을 적용하지 아니한다‘고 규정하고 있다.
지주회사를 간주취득세 부과대상에서 제외하고 있는 이 사건 감면조항의 입법취지는 지주회사의 설립이나 지주회사로의 전환에 대하여 세제혜택을 줌으로써 소유와 경영의 합리화를 위한 기업의 구조조정을 지원하려는 데에 있다(대법원 2014. 1. 23. 선고2011두2781 판결 등 참조). 그렇다면 이미 공정거래법에 따른 지주회사로 설립 내지는 전환되었더라도 국내 회사를 자회사로 새로이 편입하여 그 국내 회사에 대한 지주회사가 되는 기업구조조정이 있는 경우에는 새로 지주회사를 설립하는 경우와 마찬가지로 여전히 이 사건 감면조항에 따른 세제혜택을 부여할 필요가 있다. 그리고 일반지주회사가 사업내용을 지배할 목적으로 일정한 요건을 갖추어 계열회사가 아닌 국내 회사를 자회사로 새로이 편입하기 위하여 해당 국내 회사의 주식을 일시에 취득함으로써 지주회사 및 과점주주가 되는 것은 공정거래법상 원칙적으로 허용된다.
이와 같은 이 사건 감면조항의 문언과 아울러 지주회사에 대한 세재혜택의 취지 및 공정거래법에 의하여 허용되는 지주회사의 자회사 편입 유형 등을 종합하여 보면, 이미 공정거래법에 따라 설립 내지는 전환된 지주회사가 계열회사가 아닌 국내 회사의 주식을 일시에 취득함으로써 그 국내 회사를 자회사로 새로 편입하여 그 국내 회사의 과점주주가 된 경우에도 이 사건 감면조항에서 , 정하고 있는 ‘지주회사가 된 경우’에 해당한다고 보아야 한다.
나. 원심판결 이유 및 적법하게 채택한 증거들에 의하면, 원고는 2009. 9. 30. 공정거래법에 따른 지주회사로 전환된 상태에서 2010. 10. 14. 이 사건 부동산을 소유하고 있는 아프라나서울 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)의 발행주식 51%를 취득하여 공정거래법에서 정한 자회사로 편입한 사실 등을 알 수 있다.
이러한 사실관계를 앞에서 본 법리에 비추어 보면, 원고가 공정거래법의 지주회사로서 소외 회사의 주식을 취득함으로써 소외 회사를 자회사로 새로 편입하였더라도 이 사건 감면조항이 적용된다고 할 것이다.
다. 그럼에도 원심은 이에 어긋나는 판시와 같은 이유만으로 이와 달리 판단하였으므로, 이러한 원심의 판단에는 이 사건 감면조항의 적용범위에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
2. 결론
그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략하고 원심판결을 파기하며, 사건을 다시 심리⋅판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

번호 제목 문서번호/일자
283 가산세를 부과하기 위하여는 납세자의 고의·과실을 요하는지 여부(소극) 및 납세자의 법령의 부지 등이 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당하는지 여부 대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 
282 세무공무원의 조언을 구한 결과 그로부터 일반세율이 적용된다는 설명과 함께 일반세율에 의한 세액을 납세자 대신 기재한 납부고지서를 교부받았다 하더라도 세무공무원의 이러한 언동은 사실관계의 오인에서 비롯된 착각이거나 관계법령에 어긋나는 것임이 명백하다는 점에 비추어 볼 때 원고가 이를 믿고 따랐다 하여 취득세 자진신고납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 대법원 1993.11.23. 선고 93누15939 판결 
281 채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 등기’에 해당하지 않는다고 본 원심판단을 수긍한 사례  
280 주식교환으로인하여 기존과점주주와 구지방세법 제22조 제2호에 정한 특수관계를 형성하면서 주식전부를 이전받아 새로이 과점주주가 되었고, 주식교환전후로 보유한 총주식비율에는 아무런 변동이 없으므로,간주취득세의 과세대상이 될 수 없다.  
279 주택건설사업 업종에서 취득한 부동산이라고 하더라도 주택건설용으로 취득하여 실제로 이에 사용되는 경우에 한하여 대도시 법인의 등록세 중과세 대상에서 벗어날 수 있고  
278 당초에는 구 지방세법(제289조)에 의한 공공사업용 토지로 감면신청을 하였으나 처분청에서 감면대상이 아니라고 추징을 하자, 추징대상에 해당하지 아니하는 도세감면조례에 의한 임대주택 감면대상이라고 주장하는 경우 추징을 배제할 수 있는지  
277 2012두24276(재산세 등-사회복지단체 감면)  
276 2013두1997(취득세-종교단체 감면 여부)  
275 종교법인의 정규 직무에서 은퇴한 신부의 사택용으로 사용되는 아파트는 지방세법 제107조, 제127조 제1항, 제186조에서 정한 ‘그 사업에 직접 사용하는 부동산'으로 볼 수 없다고 한 사례.  
274 불어권 지역에 대한 선교활동을 목적으로 설립된 갑 사단법인이 증여받은 아파트를 임원인 대표 을의 사택으로 사용하면서 취득세·등록세 등을 신고·납부하지 않자, 관할행정청이 취득세 등 부과처분을 한 사안에서, 제반사정에 비추어 위 아파트는 갑 법인의 사업에 직접 사용되는 것이라고 할 수 없어  
273 구 지방세법 제107조 제1호 및 본문 단서에서 정한 ‘정당한 사유’의 의미 및 그 판단 기준  
272 본점이전 중과 file  
271 비영리법인이 운영하는 병원의 의료사업에 위의 수익성이 있다면 일부 극빈 환자들에 대하여 진료비 감면의 혜택을 준다하여 위 병원을 사업소세의 비과세대상이라 할 수 없다고 본 사례  
270 학교법인이 건물을 수익사업에 사용한 것으로 본 사례  
269 지방세법상 비영리사업자가 부동산을 그 사업에 직접 사용하는 것인지 아니면 수익사업에 사용하는 것인지 여부의 판단 기준  
268 도심재개발사업의 시행자가 사업구역 내에 다른 토지 등 소유자가 없어 구 도시재개발법 제34조 제1항 단서에 의하여 관리처분계획의 작성 및 인가 없이 재개발사업을 시행하여 신축건물을 취득한 경우, 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여 취득세를 비과세하도록 규정한 구 지방세법 제109조 제3항이 적용될 수 있는지 여부  
267 고급주택에 대한 취득세 중과세 규정인 구 지방세법 시행령(2007. 12. 31. 대통령령 제20517호로 개정되기 전의 것) 제84조의3 제3항 제4호가 모법인 구 지방세법(2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것) 제112조 제2항 제3호의 위임범위를 벗어난 무효의 규정인지 여부  
266 납세의무자가 어느 한 시ㆍ군에만 종합토지세 과세대상 토지를 소유하고 있는 경우, 구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 제234조의19 소정의 세액조정절차를 거치지 않았다는 이유만으로 그 종합토지세 부과처분이 위법한 것인지 여부  
265 경매가 개재된 사업양수도에 있어서 지방세법 제24조 제1항, 지방세법 시행령 제7조 제2호의 규정에 의하여 제2차 납세의무의 한도인 ‘양수한 재산의 가액’을 산정하는 방법  
264 구 지방세법 제243조 제6호에서 정한 ‘종업원’의 의미