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법령해석 사례
문서번호/일자 행심2006-1072(2006.11.27) 

행심2006-1072(2006.11.27) 취득세 

 

 제목

건물과 부속토지가 동시에 매매되었으나 부동산거래계약신고시 지분 불일치로 토지와 건물에 대하여 분리 신고한 다음 각각 신고한 경우 과세표준액 적용 기준 및 시가표준액을 실거래가를 감안하여 재조정할 수 있는지 여부

[결정요지]

부동산의 시가표준액이 초과한 금액을 과세표준으로 하여 취득세 등을 납부하였으므로 이에 대한 취득세 등은 환부되어야 한다고 주장하나 토지는 신고가액을, 건물은 시가표준액으로 산정한 것은 잘못되었고 신고한 매매가격은 객관적인 가격이라 볼 수 없다. 따라서, 부동산 중 건물에 대한 시가표준액이 재산정 결정된 이상, 부동산에 대한 시가표준액 산출은 정당하다.

[참조조문]

지방세법 제10조【과세표준】

[주 문]

처분청이 2006.3.29. 청구인에게 부과고지한 취득세 71,878,880원, 농어촌특별세 7,187,880원, 등록세 71,878,880원, 지방교육세 14,375,760원, 합계 165,321,400원을 취득세 70,998,080원, 농어촌특별세 7,099,800원, 등록세 70,998,080원, 지방교육세 14,199,610원, 합계 163,295,570원으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 2006.3.29. 부산광역시 남구 ○○동 1763-1번지의 토지 607.6㎡, 지하2층, 지상9층 건물 4,552.82㎡(이하 "이 사건 부동산"이라 한다)를 취득한 후, 같은날 취득신고를 하면서 이 사건 부동산 중 토지의 취득신고가액 1,320,000,000원에 지방세법 제112조 제1항 및 같은법 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 26,400,000원, 농어촌특별세 2,640,000원, 등록세 26,400,000원, 지방교육세 5,280,000원, 합계 60,720,000원을 신고하고, 이 사건 부동산의 건물 시가표준액 2,337,165,117원을 적용하여 산출한 취득세 46,743,300원, 농어촌특별세 4,674,330원, 등록세 46,743,300원, 지방교육세 9,348,660원, 합계 107,091,960원을 신고하자 이를 같은날 징수결의하였으나, 2006.7.20. 부산광역시의 이의신청 심의결과 과세표준액 산정시 부수시설물 및 건물에 대한 용도지수를 착오 적용한 사실을 확인하고 이 사건 건물의 과세표준을 2,337,165,117원에서 2,273,944,204원으로 경정결정함으로써, 취득세 1,264,420원, 농어촌특별세 126,450원, 등록세 1,264,420원, 지방교육세 252,900원, 합계 2,908,190원을 2006.9.8. 부과취소한 후 환부하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이 사건 부동산의 시가표준액이 3,549,904,204원(부산광역시에 대한 이의신청결과 당초 시가표준액 3,613,125,117원에서 63,220,913원을 차감하여 3,549,904,204원으로 경정결정)임에도 처분청에서 취득세 등의 신고당시 과세표준액을 3,593,944,204원으로 안내함에 따라 이를 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등을 신고납부하였으므로 당초 시가표준액을 초과한 44,040,000원에 대한 취득세 등은 환부되어야 하고, 시가표준액 또한 실거래가를 감안하여 객관성 있게 조정되어야 한다고 주장하면서 기신고납부한 취득세 등의 경정을 구하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 건물과 동 부속토지가 동시에 매매되었으나 "공인중개사의업무및부동산거래신고에관한법률"의 규정에 의한 부동산거래계약신고시 토지와 건물소유자들의 지분 불일치로 토지와 건물에 대하여 분리신고한 다음 취득세 등을 각각 신고한 경우 과세표준액 적용기준 및 시가표준액을 실거래가를 감안하여 재조정할 수 있는지 여부에 관한 것이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제111조 및 같은법 제130조에서 취득세 등의 과세표준은 취득당시 가액으로 하되 취득ㆍ등기당시의 가액이 시가표준액에 미달하는 때에는 시가표준액을 과세표준으로 한다라고 하면서 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다고 규정하고, 같은법 제111조 제1항 제1호에서 "부동산가격공시및감정평가에관한법률"에 의하여 가격이 공시되는 토지 및 주택에 대하여는 동법에 의하여 공시된 가액이라고 하고, 제2호에서 제1호 외의 건축물과 선박ㆍ항공기 그 밖의 과세대상에 대하여는 거래가격, 수입가격, 신축ㆍ건조ㆍ제조가격 등을 참작하여 정한 기준가격에 종류ㆍ구조ㆍ용도ㆍ경과연수 등 과세대상별 특성을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 따라 지방자치단체의 장이 결정한 가액이라고 규정하고 있고, 제5항에서 다음에 게기하는 취득에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다라고 하면서 제5호에서 "공인중개사의업무및부동산거래신고에관한법률" 제27조의 규정에 의한 신고서를 제출하여 동법 제28조의 규정에 의하여 검증이 이루어진 취득이라고 규정하고 있으며, "공인중개사의업무및부동산거래신고에관한법률" 제27조의 규정에 의하여 신고를 받은 부동산거래내용 및 "부동산가격공시및감정평가에관한법률"에 의하여 공시된 토지 및 주택의 가액 그 밖의 부동산가격정보를 활용하여 부동산거래가격 검증체계를 구축ㆍ운영하여야 한다라고 규정하고 있으며, 건설교통부의 부동산 실거래가 신고제도 업무처리 요령에서 가격검증은 부동산거래계약신고와 주택거래계약신고를 통해 신고처리된 거래건 중 토지거래와 단독주택(단독 및 다가구, 다중주택 포함)거래, 공동주택(아파트, 연립주택 및 다세대주택 포함)거래를 그 대상으로 하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2006.3.9. 이 사건 부동산 중 토지는 청구외 안○성 외 3인(각 4분의 1 지분)으로부터, 이 사건 부동산 중 건물은 청구외 안○성 외 1인(각 2분의 1 지분)으로부터 2,520,000,000원에 취득하기로 부동산 매매계약서를 작성하고 2006.3.28. "공인중개사의업무및부동산거래신고에관한법률"의 규정에 의한 부동산거래관리시스템(RTMS)에 의하여 부동산거래계약신고를 하면서 매도자의 토지와 건물지분이 상이함에 따라 토지(607.6㎡)는 시가표준액 1,275,960,000원보다 높은 1,320,000,000원으로, 건물(4,552.82㎡)은 신고가액 1,200,000,000원보다 높은 시가표준액 2,337,165,117원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등을 2006.3.29. 신고한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산의 시가표준액이 3,549,904,204원임에도 44,040,000원 초과한 3,593,944,204원을 과세표준으로 하여 취득세 등을 납부하였으므로 이에 대한 취득세 등은 환부되어야 한다고 주장하고 있으나, 이 사건 부동산은 업무시설 및 근린생활시설 용도로 사용되기 때문에 "공인중개사의업무및부동산거래신고에관한법률" 제28조 및 건설교통부의 부동산 실거래가 신고제도 업무처리 요령 등에 의한 가격검증대상 부동산에 해당되지 아니하므로, 청구인이 비록 "공인중개사의업무및부동산거래신고에관한법률"에 의한 부동산거래계약신고를 하였다고 하더라도 같은법 제28조의 규정에 의한 검증이 이루어진 취득이라고 볼 수 없으므로 개인으로부터 취득한 이 사건 부동산의 취득세 등의 과세표준액은 시가표준액으로 하는 것이 정당함에도 처분청에서 부동산거래관리시스템(RTMS)상 토지와 건물의 공유지분 소유자가 상이하다는 이유로 토지와 건물을 별개의 거래단위로 신고하도록 안내함에 따라 신고납부할 당시 토지는 신고가액이 시가표준액보다 높은 것으로 신고하고 건물은 시가표준액보다 낮은 가액으로 신고하였으나 이 사건 부동산의 과세표준을 토지 및 건물 모두 동일하게 시가표준액으로 하지 아니하고 토지는 신고가액을 건물은 시가표준액으로 산정한 것은 잘못이 있는 것으로 판단되고, 또한, 청구인은 이 사건 부동산의 시가표준액이 실제 거래가격보다 훨씬 높으므로 재조정하여 줄 것을 요구하고 있으나 청구인이 실제로 거래했다고 신고한 매매가격은 거래시점 및 거래당사자, 방법 등 개별적인 거래내용에 따라 다양한 가액이 형성될 수 있으므로 이는 객관적인 가격이라 볼 수 없고, 토지에 대한 시가표준액의 경우 지방세법 제111조 제2항 제1호의 규정에 의거 부동산가격공시및감정평가에관한법률에 의하여 공시된 가액이라고 규정하고 있고, 부동산가격공시및감정평가에관한법률 제12조 제1항에서 개별공시지가에 대하여 이의가 있는 자는 개별공시지가의 결정ㆍ공시일부터 30일 이내에 서면으로 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 이의를 신청할 수 있다 라고 규정하고 있으며, 건축물에 대한 시가표준액의 경우 지방세법 제111조 제2항 제2호에서 제1호 외의 건축물과 선박ㆍ항공기 그 밖의 과세대상에 대하여는 거래가격, 수입가격, 신축ㆍ건조ㆍ제조가격 등을 참작하여 정한 기준가격에 종류ㆍ구조ㆍ용도ㆍ경과연수 등 과세대상별 특성을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 따라 지방자치단체의 장이 결정한 가액을 적용하여 산출하여야 할 것인바, 이 사건 토지에 대한 시가표준액(1,275,960,000원)의 경우 처분청이 2006.5.31. 부산광역시남구공고 제2006-373호 "2006년도 개별공시지가 결정고시"하면서 공시기준일을 2006.1.1.로 하여 개별공시지가에 이의가 있는 토지소유자 및 이해관계인은 2006.6.1.부터 2006.6.30.까지 처분청에 이의신청하도록 결정ㆍ공시하였으나, 이 사건 토지의 개별공시지가(2,100,000원/㎡)의 경우 특별한 이의신청없이 결정되었으며 이와 같이 결정된 2006년도 개별공시지가에 토지의 면적을 곱하여 시가표준액을 적정하게 산출하였고, 이 사건 건물에 대한 시가표준액(2,273,944,204원)의 경우 2005.12.31. 부산광역시남구고시 제2005-70호 "2006년도 건물 및 기타 물건의 과세대상에 대한 시가표준액 결정고시"에 의거 지방세법시행령 제80조 제1항의 규정에 의한 건축물의 ㎡당 기준가액에 구조지수ㆍ용도지수ㆍ위치지수ㆍ경과연수별 잔가율을 적용하는 이외에 건물의 규모ㆍ형태ㆍ특수한 부대설비 등의 유무 및 기타 여건에 따른 가감산율을 참작하여 시가표준액이 적정하게 산출되었다고 보여지고, 청구인이 2006.5.17. 부산광역시에 대한 이의신청을 통해 이 사건 부동산 중 건물에 대한 시가표준액이 재산정 결정된 이상 이 사건 부동산에 대한 시가표준액 산출은 정당하다 하겠다.

따라서 이 사건 부동산에 대한 취득세 등 신고납부에 있어 과세표준액 적용에 일부 잘못이 있어 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

번호 제목 문서번호/일자
» 건물과 부속토지가 동시에 매매되었으나 부동산거래계약신고시 지분 불일치로 토지와 건물에 대하여 분리 신고한 다음 각각 신고한 경우 과세표준액 적용 기준 및 시가표준액을 실거래가를 감안하여 재조정할 수 있는지 여부 행심2006-1072(2006.11.27) 
2488 무허가 주거용 건축물에 대한 주택 취득세율 적용 여부에 대한 질의 회신 서울세제-13780(2016.09.30) 
2487 무허가주택과 허가주택이 병존하는 주택 취득시 과세표준 적용기준 질의회신 서울세제-6660(2017.05.08) 
2486 합유자 2인 중 1인이 사망하여 그 합유지분이 잔존 합유자에게 소유권이전등기된 경우 잔존 합유자에게 취득세 등의 납세의무가 있는지 여부 2013년 감심 제25호(2013.02.14.) 
2485 피상속인의 납세의무를 상속인이 승계한 것으로 보아 신고납부한 취득세를 징수결정한 행위가 적법한지 여부(기각) 1998-0540 (1998.10.28) 
2484 구분소유적 공유관계에 있는 공유자가 상호간의 명의신탁관계를 해소하기 위하여 명의신탁해지를 원인으로 한 지분이전등기의 방식을 취한 것이 같은 법 제110조 제2호 소정의 “공유권의 분할로 인한 취득”에 해당하여 취득세의 비과세대상이 되는지 여부 대법원 1992. 5. 12. 선고 91누10411 판결 
2483 부동산 1필지중 일부를 특정하여 취득하고 다만 그 소유권이 전등기만은 편의상 1필지 전체에 관하여 고유지분등기를 경료한 경우에는 그 특정부분 이외의 부분에 관한 등기는, 상호 명의신탁에 의한 수탁자의 등기로서 유효하고 적어도 외부관계에 있어서는 그 1필지 전체에 관하여 적법한 공유관계가 성립되어 그 공유지분등기는 내부관계에 있어 소유권을 취득한 특정부분에 한하지 않고, 그 전부에 유효하게 이전될 수 있는 것이라고 할 것 대법원 1979.6.26, 선고, 79다741, 판결 
2482 토지 중 일부를 특정하여 매수하고 편의상 그 토지 전체에 대한 공유지분이전등기를 한 경우의 법률관계(구분소유적 공유의 본질은 상호명의신탁이라는 사례) 대법원 1989.4.25, 선고, 88다카7184, 판결 
2481 구분소유적 공유관계에서 각 공유자 상호 간에는 각자의 특정 구분부분을 자유롭게 처분함에 서로 동의하고 있다고 볼 수 있으므로, 공유자 각자는 자신의 특정 구분부분을 단독으로 처분하고 이에 해당하는 공유지분등기를 자유로이 이전할 수 있는데, 이는 공유지분등기가 내부적으로 공유자 각자의 특정 구분부분을 표상하기 때문이다. 대법원 2009. 10. 15. 선고 2007다83632 판결 
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